This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 1 NATAA M A 2 2 NATAA M A 3 3 NATAA F A 4 4 NATAA K A 5 5 NATAA W A 6 6 NATRO P A 7 7 NATAA W A 8 8 NATAA K A 9 9 NATAA A A 10 10 NATAA D A 11 11 NATAA D A 12 12 NATAA E A 13 13 NATAA S A 14 14 NATAA G A 15 15 NATAA N A 16 16 NATAA A A 17 17 NATAA E A 18 18 NATAA M A 19 19 NATRO P A 20 20 NATAA W A 21 21 NATAA E A 22 22 NATAA Q A 23 23 NATAA A A 24 24 NATAA L A 25 25 NATAA A A 26 26 NATAA I A 27 27 NATRO P A 28 28 NATAA V A 29 29 NATAA L A 30 30 NATAA A A 31 31 NATAA H A 32 32 NATAA L A 33 33 NATAA S A 34 34 NATAA S A 35 35 NATAA T A 36 36 NATAA E A 37 37 NATAA Q A 38 38 NATAA H A 39 39 NATAA K A 40 40 NATAA L A 41 41 NATAA T A 42 42 NATAA Q A 43 43 NATAA M A 44 44 NATAA A A 45 45 NATAA A A 46 46 NATAA R A 47 47 NATAA F A 48 48 NATAA L A 49 49 NATAA Q A 50 50 NATAA Q A 51 51 NATAA K A 52 52 NATAA R A 53 53 NATAA L A 54 54 NATAA V A 55 55 NATAA A A 56 56 NATAA L A 57 57 NATAA Q A 58 58 NATAA G A 59 59 NATAA L A 60 60 NATAA E A 61 61 NATAA L A 62 62 NATAA T A 63 63 NATRO P A 64 64 NATAA L A 65 65 NATAA H A 66 66 NATAA Q A 67 67 NATAA A A 68 68 NATAA R A 69 69 NATAA I A 70 70 NATAA A A 71 71 NATAA M A 72 72 NATAA L A 73 73 NATAA F A 74 74 NATRO C A 75 75 NATAA L A 76 76 NATRO P A 77 77 NATAA V A 78 78 NATAA L A 79 79 NATAA E A 80 80 NATAA L A 81 81 NATAA G A 82 82 NATAA I A 83 83 NATAA E A 84 84 NATAA W A 85 85 NATAA L A 86 86 NATAA D A 87 87 NATAA G A 88 88 NATAA F A 89 89 NATAA H A 90 90 NATAA E A 91 91 NATAA V A 92 92 NATAA L A 93 93 NATAA I A 94 94 NATAA Y A 95 95 NATRO P A 96 96 NATAA A A 97 97 NATRO P A 98 98 NATAA F A 99 99 NATAA I A 100 100 NATAA V A 101 101 NATAA D A 102 102 NATAA D A 103 103 NATAA E A 104 104 NATAA W A 105 105 NATAA E A 106 106 NATAA D A 107 107 NATAA D A 108 108 NATAA I A 109 109 NATAA G A 110 110 NATAA L A 111 111 NATAA V A 112 112 NATAA H A 113 113 NATAA N A 114 114 NATAA Q A 115 115 NATAA R A 116 116 NATAA V A 117 117 NATAA V A 118 118 NATAA Q A 119 119 NATAA S A 120 120 NATAA G A 121 121 NATAA Q A 122 122 NATAA S A 123 123 NATAA W A 124 124 NATAA Q A 125 125 NATAA Q A 126 126 NATAA G A 127 127 NATRO P A 128 128 NATAA V A 129 129 NATAA V A 130 130 NATAA L A 131 131 NATAA N