This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 1 NATAA M A 2 2 NATAA N A 3 3 NATAA H A 4 4 NATAA L A 5 5 NATAA G A 6 6 NATAA K A 7 7 NATAA T A 8 8 NATAA E A 9 9 NATAA V A 10 10 NATAA F A 11 11 NATAA L A 12 12 NATAA N A 13 13 NATAA R A 14 14 NATAA F A 15 15 NATAA A A 16 16 NATAA L A 17 17 NATAA R A 18 18 NATRO P A 19 19 NATAA L A 20 20 NATAA N A 21 21 NATRO P A 22 22 NATAA E A 23 23 NATAA E A 24 24 NATAA L A 25 25 NATAA R A 26 26 NATRO P A 27 27 NATAA W A 28 28 NATAA R A 29 29 NATAA L A 30 30 NATAA E A 31 31 NATAA V A 32 32 NATAA V A 33 33 NATAA L A 34 34 NATAA D A 35 35 NATRO P A 36 36 NATRO P A 37 37 NATRO P A 38 38 NATAA G A 39 39 NATAA R A 40 40 NATAA E A 41 41 NATAA E A 42 42 NATAA V A 43 43 NATAA Y A 44 44 NATRO P A 45 45 NATAA L A 46 46 NATAA L A 47 47 NATAA A A 48 48 NATAA Q A 49 49 NATAA V A 50 50 NATAA A A 51 51 NATAA R A 52 52 NATAA R A 53 53 NATAA A A 54 54 NATAA G A 55 55 NATAA G A 56 56 NATAA V A 57 57 NATAA T A 58 58 NATAA V A 59 59 NATAA R A 60 60 NATAA M A 61 61 NATAA G A 62 62 NATAA D A 63 63 NATAA G A 64 64 NATAA L A 65 65 NATAA A A 66 66 NATAA S A 67 67 NATAA W A 68 68 NATAA S A 69 69 NATRO P A 70 70 NATRO P A 71 71 NATAA E A 72 72 NATAA V A 73 73 NATAA L A 74 74 NATAA V A 75 75 NATAA L A 76 76 NATAA E A 77 77 NATAA G A 78 78 NATAA T A 79 79 NATAA L A 80 80 NATAA A A 81 81 NATAA R A 82 82 NATAA M A 83 83 NATAA G A 84 84 NATAA Q A 85 85 NATAA T A 86 86 NATAA Y A 87 87 NATAA A A 88 88 NATAA Y A 89 89 NATAA R A 90 90 NATAA L A 91 91 NATAA Y A 92 92 NATRO P A 93 93 NATAA K A 94 94 NATAA G A 95 95 NATAA R A 96 96 NATAA R A 97 97 NATRO P A 98 98 NATAA L A 99 99 NATAA D A 100 100 NATRO P A 101 101 NATAA K A 102 102 NATAA D A 103 103 NATRO P A 104 104 NATAA G A 105 105 NATAA E A 106 106 NATAA R A 107 107 NATAA S A 108 108 NATAA V A 109 109 NATAA L A 110 110 NATAA S A 111 111 NATAA A A 112 112 NATAA L A 113 113 NATAA A A 114 114 NATAA R A 115 115 NATAA R A 116 116 NATAA L A 117 117 NATAA L A 118 118 NATAA Q A 119 119 NATAA E A 120 120 NATAA R A 121 121 NATAA L A 122 122 NATAA R A 123 123 NATAA R A 124 124 NATAA L A 125 125 NATAA E A 126 126 NATAA G A 127 127 NATAA V A 128 128 NATAA W A 129 129 NATAA V A 130 130 NATAA E A 131 131 NATAA G A 132 132 NATAA L A 133 133 NATAA A A 134 134 NATAA V A 135 135 NATAA Y A 136 136 NATAA R A 137 137 NATAA R A 138 138 NATAA E A 139 139 NATAA H A 140 140 NATAA A A 141 141 NATAA R A 142 142 NATAA G A 143 143 NATRO P A 144 144 NATAA G A 145 145 NATAA W A 146 146 NATAA R A 147 147 NATAA V A 148 148 NATAA L A 149 149 NATAA G A 150 150 NATAA G A 151 151 NATAA A A 152 152 NATAA V A 153 153 NATAA L A 154 154 NATAA D A 155 155 NATAA L A 156 156 NATAA W A 157 157 NATAA V A 158 158 NATAA S A 159 159 NATAA D A 160 160 NATAA S A 161 161 NATAA G A 162 162 NATAA A A 163 163 NATAA F A 164 164 NATAA L A 165 165 NATAA L A 166 166 NATAA E A 167 167 NATAA V A 168 168 NATAA D A 169 169 NATRO P A 170 170 NATAA A A 171 171 NATAA Y A 172 172 NATAA R A 173 173 NATAA I A 174 174 NATAA L A 175 175 NATRO C A 176 176 NATAA E A 177 177 NATAA M A 178 178 NATAA S A 179 179 NATAA L A 180 180 NATAA E A 181 181 NATAA A A 182 182 NATAA W A 183 183 NATAA L A 184 184 NATAA A A 185 185 NATAA Q A 186 186 NATAA G A 187 187 NATAA H A 188 188 NATRO P A 189 189 NATAA L A 190 190 NATRO P A 191 191 NATAA K A 192 192 NATAA R A 193 193 NATAA V A 194 194 NATAA R A 195 195 NATAA N A 196 196 NATAA A A 197 197 NATAA Y A 198 198 NATAA D A 199 199 NATAA R A 200 200 NATAA R A 201 201 NATAA T A 202 202 NATAA W A 203 203 NATAA E A 204 204 NATAA L A 205 205 NATAA L A 206 206 NATAA R A 207 207 NATAA L A 208 208 NATAA G A 209 209 NATAA E A 210 210 NATAA E A 211 211 NATAA D A 212 212 NATRO P A 213 213 NATAA K A 214 214 NATAA E A 215 215 NATAA L A 216 216 NATRO P A 217 217 NATAA L A 218 218 NATRO P A 219 219 NATAA G A 220 220 NATAA G A 221 221 NATAA L A 222 222 NATAA S A 223 223 NATAA L A 224 224 NATAA L A 225 225 NATAA D A 226 226 NATAA Y A 227 227 NATAA H A 228 228 NATAA A A 229 229 NATAA S A 230 230 NATAA K A 231 231 NATAA G A 232 232 NATAA R A 233 233 NATAA L A 234 234 NATAA Q A 235 235 NATAA G A 236 236 NATAA R A 237 237 NATAA E A 238 238 NATAA G A 239 239 NATAA G A 240 240 NATAA R A 241 241 NATAA V A 242 242 NATAA A A 243 243 NATAA W A 244 244 NATAA V A 245 245 NATAA A A 246 246 NATAA D A 247 247 NATRO P A 248 248 NATAA K A 249 249 NATAA D A 250 250 NATRO P A 251 251 NATAA R A 252 252 NATAA K A 253 253 NATRO P A 254 254 NATAA I A 255 255 NATRO P A 256 256 NATAA H A 257 257 NATAA L A 258 258 NATAA T A 259 259 NATAA G A 260 260 NATAA L A 261 261 NATAA L A 262 262 NATAA V A 263 263 NATRO P A 264 264 NATAA V A 265 265 NATAA L A 266 266 NATAA T A 267 267 NATAA L A 268 268 NATAA E A 269 269 NATAA D A 270 270 NATAA L A 271 271 NATAA H A 272 272 NATAA E A 273 273 NATAA E A 274 274 NATAA E A 275 275 NATAA G A 276 276 NATAA S A 277 277 NATAA L A 278 278 NATAA A A 279 279 NATAA L A 280 280 NATAA S A 281 281 NATAA L A 282 282 NATRO P A 283 283 NATAA W A 284 284 NATAA E A 285 285 NATAA E A 286 286 NATAA R A 287 287 NATAA R A 288 288 NATAA R A 289 289 NATAA R A 290 290 NATAA T A 291 291 NATAA R A 292 292 NATAA E A 293 293 NATAA I A 294 294 NATAA A A 295 295 NATAA S A 296 296 NATAA W A 297 297 NATAA I A 298 298 NATAA G A 299 299 NATAA R A 300 300 NATAA R A 301 301 NATAA L A 302 302 NATAA G A 303 303 NATAA L A 304 304 NATAA G A 305 305 NATAA T A 306 306 NATRO P A 307 307 NATAA E A 308 308 NATAA A A 309 309 NATAA V A 310 310 NATAA R A 311 311 NATAA A A 312 312 NATAA Q A 313 313 NATAA A A 314 314 NATAA Y A 315 315 NATAA R A 316 316 NATAA L A 317 317 NATAA S A 318 318 NATAA I A 319 319 NATRO P A 320 320 NATAA K A 321 321 NATAA L A 322 322 NATAA M A 323 323 NATAA G A 324 324 NATAA R A 325 325 NATAA R A 326 326 NATAA A A 327 327 NATAA V A 328 328 NATAA S A 329 329 NATAA K A 330 330 NATRO P A 331 331 NATAA A A 332 332 NATAA D A 333 333 NATAA A A 334 334 NATAA L A 335 335 NATAA R A 336 336 NATAA V A 337 337 NATAA G A 338 338 NATAA F A 339 339 NATAA Y A 340 340 NATAA R A 341 341 NATAA A A 342 342 NATAA Q A 343 343 NATAA E A 344 344 NATAA T A 345 345 NATAA A A 346 346 NATAA L A 347 347 NATAA A A 348 348 NATAA L A 349 349 NATAA L A 350 350 NATAA R A 351 351 NATAA L A 352 352 NATAA D A 353 353 NATAA G A 354 354 NATAA A A 355 355 NATAA Q A 356 356 NATAA G A 357 357 NATAA W A 358 358 NATRO P A 359 359 NATAA E A 360 360 NATAA F A 361 361 NATAA L A 362 362 NATAA R A 363 363 NATAA R A 364 364 NATAA A A 365 365 NATAA L A 366 366 NATAA L A 367 367 NATAA R A 368 368 NATAA A A 369 369 NATAA F A 370 370 NATAA G A 371 371 NATAA A A 372 372 NATAA S A 373 373 NATAA G A 374 374 NATAA A A 375 375 NATAA S A 376 376 NATAA L A 377 377 NATAA R A 378 378 NATAA L A 379 379 NATAA H A 380 380 NATAA T A 381 381 NATAA L A 382 382 NATAA H A 383 383 NATAA A A 384 384 NATAA H A 385 385 NATRO P A 386 386 NATAA S A 387 387 NATAA Q A 388 388 NATAA G A 389 389 NATAA L A 390 390 NATAA A A 391 391 NATAA F A 392 392 NATAA R A 393 393 NATAA E A 394 394 NATAA A A 395 395 NATAA L A 396 396 NATAA R A 397 397 NATAA K A 398 398 NATAA A A 399 399 NATAA K A 400 400 NATAA E A 401 401 NATAA E A 402 402 NATAA G A 403 403 NATAA V A 404 404 NATAA Q A 405 405 NATAA A A 406 406 NATAA V A 407 407 NATAA L A 408 408 NATAA V A 409 409 NATAA L A 410 410 NATAA T A 411 411 NATRO P A 412 412 NATRO P A 413 413 NATAA M A 414 414 NATAA A A 415 415 NATAA W A 416 416 NATAA E A 417 417 NATAA D A 418 418 NATAA R A 419 419 NATAA N A 420 420 NATAA R A 421 421 NATAA L A 422 422 NATAA K A 423 423 NATAA A A 424 424 NATAA L A 425 425 NATAA L A 426 426 NATAA L A 427 427 NATAA R A 428 428 NATAA E A 429 429 NATAA G A 430 430 NATAA L A 431 431 NATRO P A 432 432 NATAA S A 433 433 NATAA Q A 434 434 NATAA I A 435 435 NATAA L A 436 436 NATAA N A 437 437 NATAA V A 438 438 NATRO P A 439 439 NATAA L A 440 440 NATAA R A 441 441 NATAA E A 442 442 NATAA E A 443 443 NATAA E A 444 444 NATAA R A 445 445 NATAA H A 446 446 NATAA R A 447 447 NATAA W A 448 448 NATAA E A 449 449 NATAA N A 450 450 NATAA A A 451 451 NATAA L A 452 452 NATAA L A 453 453 NATAA G A 454 454 NATAA L A 455 455 NATAA L A 456 456 NATAA A A 457 457 NATAA K A 458 458 NATAA A A 459 459 NATAA G A 460 460 NATAA L A 461 461 NATAA Q A 462 462 NATAA V A 463 463 NATAA V A 464 464 NATAA A A 465 465 NATAA L A 466 466 NATAA S A 467 467 NATAA G A 468 468 NATAA A A 469 469 NATAA Y A 470 470 NATRO P A 471 471 NATAA A A 472 472 NATAA E A 473 473 NATAA L A 474 474 NATAA A A 475 475 NATAA V A 476 476 NATAA G A 477 477 NATAA F A 478 478 NATAA D A 479 479 NATAA A A 480 480 NATAA G A 481 481 NATAA G A 482 482 NATAA R A 483 483 NATAA E A 484 484 NATAA S A 485 485 NATAA F A 486 486 NATAA R A 487 487 NATAA F A 488 488 NATAA G A 489 489 NATAA G A 490 490 NATAA A A 491 491 NATAA A A 492 492 NATRO C A 493 493 NATAA A A 494 494 NATAA V A 495 495 NATAA G A 496 496 NATAA G A 497 497 NATAA D A 498 498 NATAA G A 499 499 NATAA G A 500 500 NATAA H A 501 501 NATAA L A 502 502 NATAA L A 503 503 NATAA W A 504 504 NATAA T A 505 505 NATAA L A 506 506 NATRO P A 507 507 NATAA E A 508 508 NATAA A A 509 509 NATAA Q A 510 510 NATAA A A 511 511 NATAA G A 512 512 NATAA E A 513 513 NATAA R A 514 514 NATAA I A 515 515 NATRO P A 516 516 NATAA Q A 517 517 NATAA E A 518 518 NATAA V A 519 519 NATAA V A 520 520 NATAA W A 521 521 NATAA D A 522 522 NATAA L A 523 523 NATAA L A 524 524 NATAA E A 525 525 NATAA E A 526 526 NATAA T A 527 527 NATAA L A 528 528 NATAA W A 529 529 NATAA A A 530 530 NATAA F A 531 531 NATAA R A 532 532 NATAA R A 533 533 NATAA K A 534 534 NATAA A A 535 535 NATAA G A 536 536 NATAA R A 537 537 NATAA L A 538 538 NATRO P A 539 539 NATAA S A 540 540 NATAA R A 541 541 NATAA V A 542 542 NATAA L A 543 543 NATAA L A 544 544 NATAA L A 545 545 NATAA R A 546 546 NATAA D A 547 547 NATAA G A 548 548 NATAA R A 549 549 NATAA V A 550 550 NATRO P A 551 551 NATAA Q A 552 552 NATAA D A 553 553 NATAA E A 554 554 NATAA F A 555 555 NATAA A A 556 556 NATAA L A 557 557 NATAA A A 558 558 NATAA L A 559 559 NATAA E A 560 560 NATAA A A 561 561 NATAA L A 562 562 NATAA A A 563 563 NATAA R A 564 564 NATAA E A 565 565 NATAA G A 566 566 NATAA I A 567 567 NATAA A A 568 568 NATAA Y A 569 569 NATAA D A 570 570 NATAA L A 571 571 NATAA V A 572 572 NATAA S A 573 573 NATAA V A 574 574 NATAA R A 575 575 NATAA K A 576 576 NATAA S A 577 577 NATAA G A 578 578 NATAA G A 579 579 NATAA G A 580 580 NATAA R A 581 581 NATAA V A 582 582 NATAA Y A 583 583 NATRO P A 584 584 NATAA V A 585 585 NATAA Q A 586 586 NATAA G A 587 587 NATAA R A 588 588 NATAA L A 589 589 NATAA A A 590 590 NATAA D A 591 591 NATAA G A 592 592 NATAA L A 593 593 NATAA Y A 594 594 NATAA V A 595 595 NATRO P A 596 596 NATAA L A 597 597 NATAA E A 598 598 NATAA D A 599 599 NATAA K A 600 600 NATAA T A 601 601 NATAA F A 602 602 NATAA L A 603 603 NATAA L A 604 604 NATAA L A 605 605 NATAA T A 606 606 NATAA V A 607 607 NATAA H A 608 608 NATAA R A 609 609 NATAA D A 610 610 NATAA F A 611 611 NATAA R A 612 612 NATAA G A 613 613 NATAA T A 614 614 NATRO P A 615 615 NATAA R A 616 616 NATRO P A 617 617 NATAA L A 618 618 NATAA K A 619 619 NATAA L A 620 620 NATAA V A 621 621 NATAA H A 622 622 NATAA E A 623 623 NATAA A A 624 624 NATAA G A 625 625 NATAA D A 626 626 NATAA T A 627 627 NATRO P A 628 628 NATAA L A 629 629 NATAA E A 630 630 NATAA A A 631 631 NATAA L A 632 632 NATAA A A 633 633 NATAA H A 634 634 NATAA Q A 635 635 NATAA I A 636 636 NATAA F A 637 637 NATAA H A 638 638 NATAA L A 639 639 NATAA T A 640 640 NATAA R A 641 641 NATAA L A 642 642 NATAA Y A 643 643 NATRO P A 644 644 NATAA A A 645 645 NATAA S A 646 646 NATAA G A 647 647 NATAA F A 648 648 NATAA A A 649 649 NATAA F A 650 650 NATRO P A 651 651 NATAA R A 652 652 NATAA L A 653 653 NATRO P A 654 654 NATAA A A 655 655 NATRO P A 656 656 NATAA L A 657 657 NATAA H A 658 658 NATAA L A 659 659 NATAA A A 660 660 NATAA D A 661 661 NATAA R A 662 662 NATAA L A 663 663 NATAA V A 664 664 NATAA K A 665 665 NATAA E A 666 666 NATAA V A 667 667 NATAA G A 668 668 NATAA R A 669 669 NATAA L A 670 670 NATAA G A 671 671 NATAA I A 672 672 NATAA R A 673 673 NATAA H A 674 674 NATAA L A 675 675 NATAA K A 676 676 NATAA E A 677 677 NATAA V A 678 678 NATAA D A 679 679 NATAA R A 680 680 NATAA E A 681 681 NATAA K A 682 682 NATAA L A 683 683 NATAA F A 684 684 NATAA F A 685 685 NATAA V