# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.001 0.006 0.776 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.140 0.009 0.049 0.010 2 P 0.001 0.004 0.776 0.003 0.020 0.008 0.001 0.001 0.009 0.062 0.064 0.003 0.049 3 W 0.008 0.007 0.445 0.025 0.071 0.032 0.005 0.001 0.020 0.162 0.139 0.058 0.028 4 R 0.044 0.009 0.265 0.017 0.064 0.025 0.017 0.004 0.076 0.099 0.036 0.103 0.242 5 L 0.149 0.007 0.139 0.026 0.013 0.015 0.049 0.017 0.106 0.026 0.009 0.150 0.293 6 E 0.173 0.006 0.061 0.028 0.005 0.011 0.064 0.043 0.160 0.009 0.004 0.312 0.124 7 V 0.204 0.002 0.044 0.008 0.006 0.009 0.108 0.046 0.138 0.004 0.004 0.132 0.295 8 V 0.283 0.005 0.050 0.030 0.006 0.010 0.073 0.033 0.139 0.009 0.013 0.206 0.143 9 L 0.183 0.021 0.193 0.025 0.010 0.007 0.035 0.013 0.081 0.047 0.041 0.150 0.193 10 D 0.009 0.013 0.708 0.002 0.003 0.002 0.004 0.001 0.028 0.117 0.044 0.028 0.041 11 P 0.001 0.007 0.669 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.005 0.228 0.068 0.004 0.009 12 P 0.001 0.005 0.574 0.001 0.020 0.008 0.001 0.001 0.002 0.179 0.205 0.003 0.002 13 P 0.001 0.004 0.081 0.001 0.039 0.020 0.001 0.001 0.001 0.143 0.707 0.001 0.002 14 G 0.001 0.011 0.113 0.003 0.043 0.045 0.001 0.001 0.002 0.154 0.622 0.004 0.003 15 R 0.001 0.027 0.370 0.002 0.092 0.250 0.001 0.001 0.009 0.123 0.085 0.016 0.022 16 E 0.003 0.035 0.171 0.007 0.086 0.431 0.001 0.001 0.019 0.090 0.096 0.015 0.043 17 E 0.007 0.022 0.136 0.005 0.068 0.509 0.002 0.002 0.015 0.064 0.096 0.057 0.018 18 V 0.008 0.012 0.114 0.003 0.032 0.672 0.002 0.002 0.010 0.036 0.049 0.006 0.054 19 Y 0.003 0.006 0.117 0.007 0.014 0.720 0.001 0.001 0.004 0.053 0.017 0.051 0.005 20 P 0.001 0.001 0.014 0.001 0.022 0.921 0.001 0.001 0.001 0.005 0.022 0.001 0.013 21 L 0.001 0.001 0.007 0.001 0.022 0.941 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.003 0.001 22 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.014 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.002 23 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 24 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 25 V 0.002 0.001 0.003 0.001 0.007 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.004 26 A 0.003 0.001 0.007 0.001 0.010 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.003 0.005 27 R 0.004 0.001 0.015 0.001 0.024 0.844 0.001 0.001 0.001 0.007 0.089 0.006 0.008 28 R 0.006 0.002 0.051 0.002 0.040 0.665 0.001 0.001 0.003 0.019 0.187 0.005 0.017 29 A 0.008 0.003 0.123 0.012 0.031 0.217 0.001 0.001 0.005 0.104 0.464 0.017 0.014 30 G 0.003 0.001 0.090 0.011 0.006 0.017 0.001 0.001 0.003 0.136 0.719 0.006 0.006 31 G 0.013 0.005 0.334 0.014 0.008 0.013 0.003 0.002 0.018 0.221 0.309 0.021 0.038 32 V 0.082 0.019 0.345 0.016 0.007 0.007 0.029 0.011 0.083 0.070 0.017 0.176 0.138 33 T 0.197 0.019 0.050 0.021 0.004 0.005 0.067 0.052 0.151 0.015 0.005 0.101 0.312 34 V 0.207 0.017 0.048 0.035 0.003 0.005 0.103 0.084 0.115 0.010 0.004 0.219 0.151 35 R 0.131 0.020 0.139 0.025 0.008 0.008 0.057 0.053 0.139 0.022 0.013 0.114 0.272 36 M 0.033 0.014 0.347 0.032 0.025 0.019 0.013 0.014 0.087 0.095 0.097 0.073 0.150 37 G 0.009 0.006 0.245 0.031 0.031 0.025 0.003 0.001 0.020 0.188 0.376 0.034 0.032 38 D 0.005 0.009 0.109 0.013 0.040 0.025 0.002 0.001 0.007 0.251 0.498 0.015 0.022 39 G 0.016 0.039 0.247 0.013 0.050 0.027 0.004 0.001 0.012 0.232 0.236 0.071 0.051 40 L 0.037 0.060 0.348 0.011 0.068 0.033 0.005 0.002 0.013 0.093 0.060 0.080 0.189 41 A 0.043 0.043 0.272 0.029 0.090 0.054 0.006 0.003 0.016 0.111 0.085 0.099 0.150 42 S 0.045 0.022 0.285 0.019 0.086 0.043 0.006 0.002 0.014 0.132 0.129 0.094 0.123 43 W 0.025 0.025 0.421 0.005 0.028 0.025 0.003 0.001 0.007 0.218 0.097 0.056 0.090 44 S 0.004 0.009 0.691 0.002 0.005 0.004 0.001 0.001 0.003 0.208 0.025 0.026 0.022 45 P 0.001 0.005 0.762 0.002 0.014 0.014 0.001 0.001 0.004 0.120 0.051 0.006 0.020 46 P 0.003 0.006 0.329 0.014 0.106 0.122 0.001 0.001 0.009 0.183 0.194 0.008 0.025 47 E 0.012 0.008 0.176 0.018 0.137 0.201 0.004 0.003 0.028 0.150 0.142 0.086 0.034 48 V 0.059 0.010 0.112 0.007 0.064 0.210 0.026 0.023 0.108 0.026 0.026 0.041 0.289 49 L 0.165 0.018 0.039 0.018 0.013 0.139 0.051 0.074 0.121 0.009 0.013 0.267 0.072 50 V 0.159 0.012 0.058 0.013 0.015 0.264 0.038 0.049 0.103 0.008 0.037 0.047 0.197 51 L 0.074 0.005 0.158 0.021 0.012 0.370 0.015 0.015 0.059 0.032 0.071 0.088 0.079 52 E 0.021 0.003 0.087 0.030 0.021 0.426 0.003 0.003 0.025 0.072 0.247 0.018 0.044 53 G 0.018 0.005 0.093 0.017 0.022 0.363 0.002 0.001 0.006 0.114 0.304 0.030 0.025 54 T 0.041 0.012 0.137 0.007 0.053 0.437 0.003 0.001 0.008 0.058 0.100 0.069 0.074 55 L 0.045 0.011 0.051 0.005 0.079 0.570 0.003 0.003 0.010 0.016 0.067 0.023 0.118 56 A 0.038 0.006 0.027 0.017 0.051 0.677 0.002 0.003 0.008 0.014 0.072 0.050 0.034 57 R 0.058 0.005 0.043 0.010 0.061 0.550 0.004 0.001 0.005 0.020 0.098 0.035 0.108 58 M 0.029 0.005 0.066 0.012 0.034 0.380 0.002 0.001 0.006 0.061 0.335 0.034 0.037 59 G 0.023 0.006 0.173 0.020 0.017 0.169 0.001 0.001 0.005 0.141 0.377 0.027 0.041 60 Q 0.027 0.012 0.277 0.006 0.033 0.218 0.002 0.001 0.007 0.162 0.103 0.070 0.081 61 T 0.048 0.025 0.242 0.014 0.043 0.141 0.006 0.002 0.021 0.096 0.072 0.058 0.230 62 Y 0.075 0.016 0.151 0.064 0.043 0.153 0.013 0.005 0.034 0.052 0.039 0.221 0.135 63 A 0.101 0.007 0.113 0.032 0.080 0.164 0.015 0.009 0.037 0.026 0.045 0.092 0.278 64 Y 0.173 0.007 0.065 0.063 0.079 0.127 0.025 0.010 0.042 0.029 0.033 0.127 0.219 65 R 0.175 0.008 0.060 0.013 0.038 0.064 0.018 0.006 0.050 0.021 0.031 0.369 0.148 66 L 0.122 0.047 0.114 0.007 0.013 0.043 0.016 0.007 0.046 0.037 0.049 0.041 0.459 67 Y 0.009 0.024 0.486 0.009 0.005 0.008 0.002 0.001 0.011 0.109 0.012 0.289 0.036 68 P 0.003 0.008 0.265 0.005 0.138 0.048 0.001 0.001 0.007 0.061 0.362 0.008 0.095 69 K 0.001 0.003 0.045 0.013 0.098 0.016 0.001 0.001 0.001 0.071 0.744 0.004 0.003 70 G 0.001 0.007 0.189 0.003 0.109 0.011 0.001 0.001 0.002 0.318 0.328 0.022 0.008 71 R 0.002 0.028 0.543 0.001 0.025 0.006 0.001 0.001 0.006 0.257 0.072 0.006 0.053 72 R 0.001 0.055 0.610 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.006 0.205 0.014 0.089 0.011 73 P 0.001 0.030 0.774 0.001 0.010 0.005 0.001 0.001 0.007 0.078 0.024 0.005 0.065 74 L 0.001 0.015 0.786 0.003 0.019 0.009 0.001 0.001 0.004 0.100 0.021 0.029 0.011