# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.061 0.015 0.288 0.459 0.010 0.078 0.034 0.003 0.005 0.003 0.006 0.008 0.019 0.002 0.001 0.009 2 P 0.027 0.099 0.335 0.342 0.015 0.116 0.008 0.018 0.002 0.001 0.016 0.005 0.009 0.002 0.002 0.004 3 W 0.006 0.082 0.018 0.822 0.002 0.023 0.001 0.006 0.012 0.002 0.012 0.009 0.002 0.001 0.001 0.002 4 R 0.019 0.060 0.055 0.804 0.001 0.033 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.011 0.003 0.001 0.001 0.003 5 L 0.016 0.027 0.139 0.787 0.001 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 6 E 0.002 0.014 0.061 0.910 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 V 0.003 0.005 0.034 0.905 0.016 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 V 0.001 0.035 0.018 0.750 0.090 0.086 0.002 0.008 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 9 L 0.002 0.115 0.006 0.804 0.004 0.023 0.001 0.032 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 D 0.007 0.052 0.035 0.707 0.010 0.104 0.003 0.004 0.036 0.018 0.006 0.006 0.003 0.001 0.001 0.009 11 P 0.110 0.072 0.145 0.493 0.036 0.048 0.004 0.011 0.005 0.002 0.051 0.009 0.007 0.001 0.001 0.004 12 P 0.002 0.012 0.027 0.105 0.646 0.097 0.043 0.009 0.001 0.003 0.012 0.013 0.002 0.029 0.001 0.001 13 P 0.003 0.074 0.016 0.103 0.011 0.048 0.004 0.628 0.003 0.002 0.031 0.007 0.005 0.001 0.061 0.001 14 G 0.003 0.023 0.007 0.044 0.006 0.115 0.002 0.013 0.303 0.278 0.060 0.063 0.018 0.001 0.003 0.060 15 R 0.363 0.020 0.011 0.016 0.002 0.079 0.002 0.006 0.007 0.004 0.211 0.190 0.080 0.001 0.003 0.005 16 E 0.012 0.120 0.084 0.025 0.001 0.039 0.002 0.005 0.005 0.002 0.233 0.300 0.159 0.001 0.005 0.009 17 E 0.011 0.041 0.062 0.068 0.001 0.077 0.006 0.001 0.002 0.001 0.035 0.261 0.414 0.002 0.002 0.014 18 V 0.006 0.020 0.143 0.060 0.001 0.013 0.006 0.001 0.001 0.001 0.034 0.034 0.661 0.001 0.003 0.014 19 Y 0.003 0.004 0.031 0.038 0.001 0.060 0.005 0.001 0.001 0.001 0.012 0.044 0.796 0.001 0.001 0.004 20 P 0.001 0.006 0.010 0.017 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.021 0.842 0.001 0.001 0.002 21 L 0.001 0.006 0.002 0.010 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.158 0.775 0.001 0.001 0.002 22 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.017 0.966 0.001 0.001 0.001 23 A 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.972 0.001 0.001 0.001 24 Q 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.981 0.001 0.001 0.005 25 V 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.980 0.001 0.001 0.003 26 A 0.001 0.002 0.007 0.009 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.951 0.008 0.001 0.005 27 R 0.002 0.009 0.011 0.013 0.003 0.006 0.009 0.002 0.001 0.001 0.008 0.006 0.861 0.021 0.019 0.029 28 R 0.002 0.004 0.007 0.003 0.068 0.005 0.074 0.002 0.001 0.001 0.005 0.012 0.086 0.702 0.008 0.019 29 A 0.009 0.005 0.017 0.004 0.019 0.003 0.110 0.068 0.001 0.001 0.012 0.004 0.031 0.188 0.521 0.007 30 G 0.014 0.029 0.032 0.018 0.001 0.012 0.010 0.055 0.087 0.048 0.007 0.009 0.043 0.002 0.320 0.314 31 G 0.524 0.025 0.059 0.030 0.001 0.004 0.004 0.001 0.066 0.016 0.005 0.005 0.016 0.002 0.002 0.239 32 V 0.329 0.017 0.448 0.172 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.008 0.001 0.002 0.002 33 T 0.004 0.031 0.392 0.460 0.004 0.090 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.001 0.001 0.002 34 V 0.003 0.011 0.024 0.912 0.010 0.018 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 35 R 0.001 0.015 0.012 0.379 0.432 0.099 0.015 0.006 0.001 0.002 0.005 0.015 0.006 0.011 0.001 0.001 36 M 0.007 0.055 0.012 0.407 0.046 0.036 0.010 0.303 0.007 0.002 0.063 0.006 0.021 0.001 0.021 0.002 37 G 0.002 0.013 0.010 0.084 0.215 0.111 0.045 0.022 0.082 0.268 0.043 0.045 0.027 0.020 0.001 0.012 38 D 0.141 0.075 0.024 0.077 0.007 0.027 0.004 0.300 0.017 0.008 0.105 0.047 0.067 0.002 0.090 0.009 39 G 0.013 0.031 0.054 0.067 0.008 0.061 0.011 0.006 0.182 0.114 0.054 0.151 0.118 0.007 0.007 0.117 40 L 0.308 0.039 0.115 0.076 0.009 0.041 0.012 0.009 0.003 0.003 0.061 0.075 0.213 0.008 0.015 0.015 41 A 0.014 0.126 0.208 0.133 0.014 0.070 0.019 0.016 0.009 0.006 0.047 0.077 0.194 0.009 0.020 0.039 42 S 0.039 0.083 0.111 0.213 0.027 0.111 0.057 0.013 0.010 0.006 0.036 0.041 0.160 0.021 0.011 0.062 43 W 0.048 0.111 0.316 0.237 0.004 0.027 0.027 0.017 0.011 0.003 0.039 0.018 0.067 0.002 0.022 0.052 44 S 0.042 0.070 0.302 0.302 0.004 0.083 0.017 0.004 0.017 0.010 0.011 0.029 0.053 0.001 0.003 0.052 45 P 0.062 0.033 0.141 0.174 0.009 0.399 0.007 0.006 0.003 0.002 0.073 0.021 0.059 0.003 0.002 0.006 46 P 0.010 0.272 0.054 0.252 0.003 0.080 0.002 0.009 0.004 0.001 0.162 0.106 0.037 0.001 0.003 0.003 47 E 0.014 0.191 0.060 0.474 0.001 0.029 0.002 0.002 0.007 0.001 0.015 0.138 0.054 0.001 0.002 0.011 48 V 0.017 0.018 0.353 0.451 0.001 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.011 0.105 0.001 0.001 0.008 49 L 0.006 0.019 0.237 0.604 0.004 0.033 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.072 0.001 0.001 0.004 50 V 0.003 0.021 0.044 0.700 0.041 0.089 0.003 0.003 0.001 0.001 0.010 0.010 0.070 0.002 0.001 0.002 51 L 0.002 0.025 0.019 0.336 0.335 0.089 0.047 0.016 0.001 0.002 0.023 0.012 0.065 0.027 0.001 0.002 52 E 0.008 0.068 0.028 0.332 0.010 0.069 0.008 0.234 0.012 0.005 0.046 0.025 0.095 0.001 0.053 0.006 53 G 0.009 0.034 0.024 0.132 0.010 0.073 0.006 0.007 0.091 0.171 0.099 0.093 0.171 0.003 0.002 0.075 54 T 0.107 0.042 0.023 0.099 0.004 0.109 0.003 0.007 0.004 0.002 0.065 0.194 0.326 0.004 0.004 0.007 55 L 0.004 0.032 0.047 0.055 0.010 0.046 0.018 0.003 0.002 0.002 0.193 0.099 0.463 0.012 0.006 0.008 56 A 0.007 0.057 0.028 0.059 0.004 0.017 0.004 0.009 0.002 0.001 0.024 0.173 0.587 0.003 0.012 0.015 57 R 0.004 0.008 0.021 0.026 0.067 0.020 0.159 0.003 0.003 0.005 0.019 0.030 0.315 0.283 0.003 0.034 58 M 0.021 0.016 0.068 0.028 0.002 0.014 0.019 0.108 0.002 0.001 0.036 0.016 0.231 0.005 0.422 0.012 59 G 0.007 0.028 0.049 0.037 0.003 0.034 0.015 0.003 0.089 0.073 0.019 0.042 0.234 0.006 0.006 0.355 60 Q 0.484 0.021 0.058 0.061 0.002 0.023 0.005 0.005 0.002 0.002 0.048 0.041 0.222 0.005 0.006 0.015 61 T 0.015 0.090 0.297 0.091 0.002 0.091 0.011 0.005 0.005 0.002 0.032 0.095 0.233 0.005 0.007 0.018 62 Y 0.019 0.068 0.103 0.259 0.003 0.066 0.006 0.004 0.002 0.002 0.056 0.048 0.341 0.001 0.006 0.016 63 A 0.012 0.040 0.088 0.347 0.012 0.057 0.009 0.003 0.003 0.002 0.032 0.080 0.293 0.007 0.003 0.013 64 Y 0.016 0.043 0.119 0.402 0.006 0.026 0.010 0.007 0.003 0.001 0.021 0.030 0.292 0.004 0.008 0.012 65 R 0.007 0.037 0.122 0.472 0.008 0.071 0.011 0.004 0.004 0.003 0.009 0.016 0.202 0.007 0.004 0.022 66 L 0.022 0.088 0.138 0.541 0.008 0.020 0.011 0.012 0.006 0.002 0.015 0.007 0.089 0.004 0.008 0.030 67 Y 0.017 0.020 0.129 0.339 0.063 0.221 0.031 0.006 0.009 0.007 0.011 0.014 0.106 0.004 0.004 0.016 68 P 0.009 0.022 0.032 0.053 0.413 0.066 0.065 0.032 0.001 0.003 0.101 0.008 0.032 0.158 0.002 0.002 69 K 0.005 0.159 0.014 0.103 0.005 0.021 0.004 0.358 0.024 0.004 0.022 0.038 0.013 0.004 0.222 0.005 70 G 0.019 0.029 0.047 0.112 0.003 0.036 0.013 0.006 0.265 0.110 0.019 0.024 0.048 0.004 0.011 0.254 71 R 0.554 0.052 0.200 0.119 0.001 0.004 0.003 0.003 0.005 0.001 0.006 0.006 0.014 0.001 0.004 0.026 72 R 0.024 0.011 0.494 0.260 0.033 0.110 0.015 0.003 0.004 0.004 0.007 0.010 0.018 0.003 0.001 0.004 73 P 0.014 0.095 0.115 0.297 0.123 0.214 0.020 0.043 0.002 0.002 0.031 0.010 0.019 0.009 0.003 0.003 74 L 0.005 0.086 0.014 0.443 0.049 0.076 0.011 0.100 0.030 0.013 0.110 0.029 0.015 0.003 0.012 0.005