# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.076 0.052 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.011 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.092 0.113 0.126 0.497 2 P 0.031 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.095 0.067 0.104 0.657 3 W 0.014 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.004 0.015 0.014 0.007 0.003 0.354 0.053 0.076 0.424 4 R 0.015 0.040 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.002 0.004 0.002 0.006 0.011 0.015 0.008 0.320 0.115 0.074 0.373 5 L 0.020 0.047 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.004 0.524 0.070 0.059 0.253 6 E 0.020 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.539 0.109 0.037 0.256 7 V 0.047 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.425 0.079 0.052 0.376 8 V 0.011 0.002 0.002 0.001 0.005 0.009 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.439 0.054 0.066 0.392 9 L 0.007 0.002 0.002 0.001 0.005 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.340 0.030 0.100 0.502 10 D 0.033 0.007 0.004 0.001 0.008 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.049 0.104 0.704 11 P 0.038 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.021 0.135 0.759 12 P 0.366 0.021 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.043 0.063 0.471 13 P 0.036 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.023 0.130 0.770 14 G 0.098 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.044 0.072 0.693 15 R 0.198 0.064 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.010 0.009 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.059 0.079 0.088 0.468 16 E 0.084 0.051 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.041 0.060 0.087 0.655 17 E 0.024 0.121 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.005 0.005 0.003 0.001 0.139 0.043 0.089 0.559 18 V 0.042 0.359 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.025 0.065 0.440 19 Y 0.069 0.743 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.041 0.020 0.085 20 P 0.020 0.788 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.055 0.016 0.098 21 L 0.021 0.831 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.052 0.011 0.051 22 L 0.023 0.902 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.022 0.008 0.029 23 A 0.023 0.822 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.041 0.016 0.066 24 Q 0.040 0.759 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.064 0.017 0.083 25 V 0.117 0.550 0.028 0.002 0.002 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.102 0.033 0.119 26 A 0.084 0.156 0.172 0.003 0.023 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.214 0.052 0.230 27 R 0.246 0.040 0.063 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.093 0.054 0.455 28 R 0.251 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.041 0.060 0.615 29 A 0.070 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.036 0.085 0.779 30 G 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.020 0.128 0.756 31 G 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.018 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.151 0.033 0.093 0.638 32 V 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.033 0.030 0.025 0.002 0.008 0.003 0.003 0.003 0.510 0.059 0.052 0.251 33 T 0.009 0.005 0.002 0.001 0.006 0.014 0.021 0.009 0.003 0.004 0.010 0.003 0.068 0.032 0.022 0.011 0.404 0.067 0.043 0.266 34 V 0.010 0.004 0.004 0.001 0.094 0.062 0.041 0.019 0.001 0.001 0.001 0.002 0.035 0.049 0.039 0.010 0.376 0.042 0.034 0.176 35 R 0.034 0.009 0.010 0.002 0.063 0.011 0.010 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.010 0.008 0.367 0.065 0.060 0.330 36 M 0.297 0.014 0.003 0.001 0.006 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 0.048 0.071 0.434 37 G 0.098 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.033 0.108 0.696 38 D 0.035 0.015 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.069 0.094 0.695 39 G 0.076 0.032 0.003 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.115 0.037 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.134 0.088 0.399 40 L 0.129 0.022 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.049 0.070 0.037 0.003 0.007 0.002 0.001 0.002 0.081 0.116 0.074 0.399 41 A 0.064 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.008 0.019 0.003 0.040 0.015 0.004 0.002 0.102 0.070 0.094 0.559 42 S 0.012 0.004 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.023 0.026 0.013 0.004 0.103 0.041 0.130 0.627 43 W 0.006 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.003 0.098 0.018 0.151 0.702 44 S 0.045 0.032 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.103 0.040 0.158 0.605 45 P 0.317 0.126 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.055 0.087 0.345 46 P 0.095 0.145 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.045 0.104 0.527 47 E 0.044 0.150 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.365 0.041 0.059 0.325 48 V 0.038 0.095 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.006 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.291 0.073 0.075 0.395 49 L 0.023 0.046 0.013 0.001 0.009 0.004 0.003 0.003 0.001 0.002 0.005 0.001 0.005 0.003 0.002 0.002 0.544 0.103 0.044 0.185 50 V 0.044 0.044 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.346 0.135 0.055 0.356 51 L 0.085 0.145 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.287 0.095 0.058 0.315 52 E 0.030 0.190 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.154 0.023 0.096 0.502 53 G 0.042 0.334 0.006 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.218 0.041 0.044 0.303 54 T 0.156 0.401 0.010 0.002 0.005 0.011 0.009 0.003 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.101 0.100 0.036 0.144 55 L 0.105 0.224 0.045 0.003 0.023 0.008 0.007 0.004 0.003 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.103 0.121 0.047 0.297 56 A 0.233 0.090 0.020 0.001 0.009 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.128 0.060 0.048 0.395 57 R 0.304 0.053 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.123 0.050 0.410 58 M 0.053 0.052 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.093 0.108 0.644 59 G 0.030 0.116 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.036 0.083 0.658 60 Q 0.049 0.195 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.017 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.158 0.063 0.066 0.403 61 T 0.059 0.245 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.010 0.009 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.159 0.086 0.069 0.331 62 Y 0.115 0.199 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.005 0.011 0.004 0.022 0.016 0.008 0.005 0.223 0.101 0.046 0.225 63 A 0.062 0.068 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.011 0.022 0.025 0.009 0.291 0.097 0.055 0.337 64 Y 0.065 0.025 0.005 0.002 0.002 0.010 0.013 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.012 0.007 0.284 0.070 0.072 0.412 65 R 0.008 0.016 0.012 0.003 0.026 0.070 0.053 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.363 0.053 0.066 0.311 66 L 0.010 0.014 0.029 0.002 0.041 0.008 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.246 0.038 0.086 0.515 67 Y 0.312 0.011 0.028 0.001 0.038 0.006 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.131 0.083 0.061 0.320 68 P 0.405 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.038 0.047 0.466 69 K 0.040 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.020 0.070 0.839 70 G 0.009 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.019 0.105 0.761 71 R 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.035 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.030 0.087 0.742 72 R 0.041 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.011 0.021 0.001 0.014 0.003 0.001 0.001 0.060 0.040 0.148 0.638 73 P 0.040 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.002 0.001 0.039 0.020 0.109 0.768 74 L 0.028 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.006 0.002 0.055 0.021 0.144 0.725