# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.138 0.049 0.002 0.019 0.061 0.054 0.103 0.005 0.001 0.044 0.525 2 P 0.036 0.061 0.002 0.016 0.021 0.044 0.110 0.004 0.001 0.046 0.661 3 W 0.030 0.045 0.002 0.036 0.120 0.217 0.089 0.002 0.001 0.046 0.412 4 R 0.026 0.059 0.002 0.068 0.074 0.247 0.067 0.003 0.001 0.057 0.396 5 L 0.035 0.044 0.003 0.082 0.159 0.236 0.060 0.003 0.001 0.049 0.329 6 E 0.018 0.013 0.003 0.097 0.227 0.343 0.039 0.002 0.001 0.046 0.210 7 V 0.021 0.005 0.001 0.138 0.222 0.275 0.044 0.002 0.001 0.050 0.242 8 V 0.020 0.003 0.001 0.141 0.221 0.203 0.061 0.001 0.001 0.047 0.301 9 L 0.007 0.002 0.001 0.067 0.157 0.124 0.090 0.001 0.001 0.033 0.520 10 D 0.019 0.003 0.002 0.046 0.075 0.078 0.110 0.002 0.001 0.057 0.608 11 P 0.043 0.006 0.001 0.013 0.021 0.020 0.121 0.003 0.001 0.027 0.744 12 P 0.161 0.013 0.002 0.009 0.010 0.013 0.091 0.005 0.001 0.039 0.655 13 P 0.033 0.012 0.002 0.012 0.005 0.009 0.112 0.002 0.001 0.026 0.786 14 G 0.069 0.044 0.003 0.017 0.005 0.010 0.076 0.004 0.001 0.031 0.740 15 R 0.180 0.104 0.002 0.018 0.009 0.015 0.075 0.009 0.001 0.032 0.555 16 E 0.095 0.076 0.002 0.015 0.009 0.014 0.083 0.003 0.001 0.067 0.637 17 E 0.006 0.153 0.001 0.040 0.031 0.067 0.102 0.001 0.001 0.046 0.552 18 V 0.018 0.637 0.001 0.009 0.008 0.019 0.028 0.003 0.001 0.021 0.256 19 Y 0.059 0.793 0.002 0.007 0.018 0.015 0.014 0.005 0.001 0.028 0.060 20 P 0.013 0.825 0.002 0.005 0.006 0.017 0.012 0.003 0.001 0.038 0.078 21 L 0.038 0.863 0.002 0.007 0.005 0.015 0.007 0.006 0.001 0.020 0.037 22 L 0.033 0.900 0.002 0.003 0.004 0.007 0.005 0.007 0.001 0.012 0.029 23 A 0.015 0.809 0.005 0.003 0.016 0.020 0.009 0.004 0.001 0.054 0.064 24 Q 0.026 0.836 0.005 0.002 0.010 0.021 0.007 0.003 0.001 0.038 0.049 25 V 0.112 0.677 0.011 0.005 0.013 0.017 0.018 0.018 0.005 0.040 0.083 26 A 0.133 0.088 0.177 0.013 0.039 0.055 0.048 0.040 0.072 0.156 0.179 27 R 0.337 0.014 0.056 0.011 0.035 0.065 0.052 0.009 0.017 0.096 0.309 28 R 0.325 0.009 0.003 0.009 0.011 0.013 0.059 0.004 0.001 0.022 0.544 29 A 0.037 0.004 0.003 0.008 0.011 0.015 0.136 0.002 0.001 0.031 0.754 30 G 0.006 0.005 0.001 0.047 0.025 0.048 0.158 0.001 0.001 0.023 0.685 31 G 0.011 0.007 0.001 0.044 0.045 0.062 0.105 0.001 0.001 0.027 0.698 32 V 0.004 0.003 0.001 0.113 0.294 0.213 0.071 0.001 0.001 0.029 0.271 33 T 0.012 0.009 0.001 0.225 0.096 0.221 0.048 0.002 0.001 0.075 0.311 34 V 0.010 0.002 0.001 0.252 0.138 0.162 0.083 0.001 0.001 0.045 0.306 35 R 0.083 0.007 0.003 0.333 0.069 0.105 0.052 0.003 0.001 0.070 0.275 36 M 0.132 0.014 0.001 0.086 0.042 0.048 0.101 0.004 0.001 0.035 0.538 37 G 0.067 0.023 0.002 0.030 0.017 0.026 0.107 0.004 0.001 0.030 0.691 38 D 0.034 0.013 0.003 0.026 0.055 0.074 0.134 0.003 0.001 0.074 0.583 39 G 0.063 0.024 0.004 0.048 0.065 0.097 0.120 0.006 0.001 0.094 0.477 40 L 0.094 0.017 0.003 0.030 0.079 0.090 0.106 0.008 0.001 0.080 0.493 41 A 0.088 0.011 0.002 0.023 0.054 0.093 0.096 0.005 0.001 0.055 0.571 42 S 0.022 0.003 0.001 0.014 0.040 0.076 0.118 0.001 0.001 0.049 0.675 43 W 0.004 0.004 0.001 0.021 0.041 0.059 0.129 0.001 0.001 0.026 0.715 44 S 0.092 0.050 0.002 0.019 0.029 0.034 0.122 0.005 0.001 0.035 0.609 45 P 0.269 0.128 0.002 0.010 0.013 0.016 0.078 0.010 0.001 0.040 0.432 46 P 0.040 0.217 0.002 0.015 0.017 0.034 0.088 0.003 0.001 0.026 0.559 47 E 0.025 0.236 0.002 0.036 0.035 0.158 0.065 0.002 0.001 0.038 0.402 48 V 0.040 0.168 0.002 0.087 0.070 0.160 0.075 0.004 0.001 0.060 0.335 49 L 0.032 0.069 0.006 0.123 0.171 0.266 0.043 0.004 0.001 0.089 0.196 50 V 0.026 0.024 0.004 0.091 0.141 0.212 0.048 0.002 0.001 0.176 0.275 51 L 0.117 0.166 0.003 0.106 0.125 0.107 0.054 0.008 0.001 0.054 0.260 52 E 0.033 0.262 0.002 0.022 0.076 0.081 0.063 0.005 0.001 0.058 0.399 53 G 0.033 0.374 0.006 0.017 0.042 0.083 0.055 0.008 0.002 0.057 0.323 54 T 0.074 0.461 0.006 0.023 0.058 0.086 0.040 0.010 0.002 0.065 0.175 55 L 0.107 0.204 0.024 0.037 0.048 0.067 0.055 0.028 0.009 0.128 0.293 56 A 0.204 0.109 0.010 0.024 0.066 0.083 0.078 0.009 0.003 0.084 0.330 57 R 0.161 0.063 0.007 0.025 0.018 0.035 0.066 0.006 0.002 0.123 0.494 58 M 0.024 0.078 0.005 0.029 0.022 0.035 0.150 0.004 0.001 0.067 0.586 59 G 0.051 0.250 0.004 0.015 0.019 0.031 0.093 0.007 0.001 0.038 0.490 60 Q 0.064 0.257 0.005 0.015 0.053 0.067 0.079 0.007 0.001 0.047 0.404 61 T 0.048 0.244 0.007 0.036 0.039 0.091 0.067 0.006 0.002 0.117 0.344 62 Y 0.097 0.161 0.011 0.077 0.076 0.134 0.065 0.010 0.002 0.072 0.295 63 A 0.082 0.062 0.004 0.095 0.080 0.183 0.080 0.009 0.001 0.061 0.343 64 Y 0.060 0.018 0.002 0.068 0.072 0.120 0.081 0.002 0.001 0.068 0.508 65 R 0.005 0.010 0.001 0.083 0.156 0.230 0.094 0.001 0.001 0.042 0.378 66 L 0.012 0.013 0.006 0.049 0.085 0.107 0.089 0.002 0.001 0.058 0.576 67 Y 0.394 0.015 0.006 0.027 0.102 0.057 0.065 0.014 0.003 0.062 0.256 68 P 0.379 0.013 0.003 0.013 0.020 0.022 0.055 0.008 0.002 0.032 0.453 69 K 0.048 0.002 0.001 0.007 0.013 0.026 0.076 0.001 0.001 0.016 0.809 70 G 0.014 0.001 0.001 0.016 0.025 0.041 0.107 0.001 0.001 0.015 0.780 71 R 0.018 0.001 0.001 0.007 0.024 0.024 0.089 0.001 0.001 0.014 0.822 72 R 0.031 0.002 0.001 0.018 0.074 0.068 0.121 0.001 0.001 0.027 0.658 73 P 0.021 0.002 0.001 0.008 0.010 0.018 0.083 0.001 0.001 0.013 0.844 74 L 0.016 0.002 0.001 0.017 0.046 0.066 0.127 0.001 0.001 0.017 0.708