# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.037 0.011 0.018 0.057 0.076 0.125 0.046 0.630 2 P 0.033 0.011 0.017 0.029 0.057 0.101 0.035 0.717 3 W 0.021 0.009 0.055 0.180 0.159 0.095 0.055 0.426 4 R 0.010 0.009 0.106 0.069 0.178 0.067 0.074 0.488 5 L 0.015 0.009 0.106 0.185 0.209 0.074 0.046 0.356 6 E 0.009 0.006 0.277 0.168 0.264 0.038 0.034 0.203 7 V 0.015 0.004 0.172 0.209 0.198 0.059 0.047 0.297 8 V 0.012 0.002 0.190 0.147 0.243 0.070 0.038 0.298 9 L 0.010 0.002 0.103 0.091 0.131 0.108 0.027 0.527 10 D 0.049 0.007 0.067 0.067 0.099 0.106 0.099 0.506 11 P 0.067 0.007 0.025 0.025 0.030 0.105 0.039 0.701 12 P 0.167 0.016 0.018 0.023 0.024 0.099 0.076 0.578 13 P 0.025 0.009 0.012 0.013 0.023 0.126 0.026 0.766 14 G 0.111 0.056 0.014 0.018 0.021 0.103 0.099 0.577 15 R 0.207 0.067 0.011 0.017 0.027 0.089 0.106 0.474 16 E 0.067 0.072 0.020 0.028 0.032 0.105 0.067 0.609 17 E 0.020 0.175 0.033 0.040 0.091 0.096 0.058 0.485 18 V 0.019 0.496 0.018 0.022 0.024 0.046 0.048 0.326 19 Y 0.031 0.778 0.010 0.017 0.019 0.019 0.042 0.083 20 P 0.025 0.764 0.009 0.008 0.011 0.022 0.065 0.096 21 L 0.018 0.832 0.011 0.007 0.011 0.013 0.052 0.056 22 L 0.012 0.909 0.005 0.003 0.006 0.007 0.019 0.039 23 A 0.030 0.776 0.015 0.007 0.011 0.020 0.053 0.088 24 Q 0.032 0.797 0.014 0.007 0.012 0.015 0.047 0.076 25 V 0.071 0.652 0.021 0.018 0.027 0.026 0.054 0.131 26 A 0.116 0.111 0.127 0.029 0.036 0.069 0.203 0.309 27 R 0.286 0.020 0.034 0.020 0.022 0.071 0.084 0.464 28 R 0.288 0.006 0.010 0.009 0.012 0.070 0.033 0.573 29 A 0.029 0.002 0.005 0.003 0.005 0.129 0.018 0.810 30 G 0.008 0.004 0.023 0.014 0.040 0.128 0.025 0.758 31 G 0.012 0.006 0.034 0.037 0.068 0.100 0.035 0.708 32 V 0.009 0.008 0.135 0.227 0.123 0.081 0.053 0.364 33 T 0.013 0.007 0.300 0.063 0.174 0.053 0.073 0.316 34 V 0.022 0.004 0.216 0.134 0.151 0.068 0.040 0.364 35 R 0.041 0.003 0.359 0.099 0.148 0.052 0.048 0.251 36 M 0.059 0.007 0.070 0.037 0.051 0.096 0.044 0.636 37 G 0.144 0.012 0.044 0.019 0.030 0.124 0.065 0.561 38 D 0.033 0.008 0.041 0.041 0.059 0.131 0.046 0.640 39 G 0.050 0.011 0.041 0.071 0.128 0.118 0.066 0.515 40 L 0.088 0.006 0.034 0.104 0.110 0.121 0.064 0.472 41 A 0.042 0.004 0.039 0.083 0.136 0.106 0.038 0.552 42 S 0.023 0.003 0.020 0.054 0.119 0.113 0.034 0.634 43 W 0.008 0.003 0.019 0.054 0.065 0.142 0.019 0.690 44 S 0.061 0.039 0.024 0.049 0.056 0.125 0.101 0.545 45 P 0.207 0.110 0.009 0.017 0.026 0.097 0.136 0.397 46 P 0.033 0.095 0.029 0.034 0.056 0.138 0.080 0.536 47 E 0.012 0.081 0.059 0.066 0.276 0.069 0.105 0.333 48 V 0.017 0.103 0.097 0.133 0.225 0.056 0.076 0.293 49 L 0.013 0.033 0.196 0.272 0.268 0.027 0.079 0.113 50 V 0.023 0.022 0.130 0.163 0.145 0.045 0.218 0.254 51 L 0.058 0.118 0.128 0.127 0.186 0.066 0.078 0.238 52 E 0.047 0.165 0.058 0.076 0.116 0.078 0.071 0.390 53 G 0.034 0.212 0.058 0.084 0.139 0.070 0.083 0.320 54 T 0.064 0.271 0.060 0.081 0.094 0.072 0.133 0.224 55 L 0.095 0.088 0.142 0.057 0.073 0.074 0.193 0.278 56 A 0.285 0.052 0.041 0.038 0.069 0.080 0.072 0.363 57 R 0.126 0.017 0.026 0.023 0.035 0.092 0.120 0.560 58 M 0.020 0.023 0.016 0.012 0.023 0.145 0.037 0.724 59 G 0.056 0.080 0.022 0.025 0.035 0.132 0.051 0.599 60 Q 0.041 0.081 0.045 0.085 0.107 0.099 0.080 0.462 61 T 0.051 0.085 0.055 0.049 0.110 0.085 0.101 0.464 62 Y 0.065 0.072 0.077 0.123 0.174 0.086 0.084 0.320 63 A 0.045 0.036 0.092 0.078 0.198 0.075 0.086 0.389 64 Y 0.068 0.027 0.050 0.116 0.158 0.081 0.075 0.424 65 R 0.011 0.010 0.072 0.180 0.295 0.071 0.035 0.325 66 L 0.013 0.007 0.055 0.094 0.144 0.085 0.039 0.564 67 Y 0.261 0.011 0.030 0.099 0.069 0.063 0.105 0.361 68 P 0.195 0.008 0.010 0.017 0.024 0.062 0.045 0.640 69 K 0.058 0.003 0.006 0.012 0.019 0.085 0.018 0.798 70 G 0.020 0.002 0.015 0.030 0.067 0.077 0.020 0.770 71 R 0.044 0.002 0.010 0.030 0.030 0.095 0.022 0.767 72 R 0.042 0.002 0.027 0.099 0.091 0.096 0.027 0.616 73 P 0.023 0.002 0.014 0.017 0.041 0.095 0.026 0.781 74 L 0.039 0.003 0.028 0.036 0.042 0.131 0.043 0.678