# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.120 0.111 0.059 0.137 0.130 0.117 0.137 0.087 0.054 0.031 0.017 2 P 0.280 0.143 0.071 0.139 0.103 0.075 0.080 0.048 0.031 0.019 0.011 3 W 0.063 0.050 0.043 0.086 0.094 0.113 0.169 0.127 0.121 0.082 0.053 4 R 0.074 0.118 0.072 0.209 0.168 0.097 0.102 0.070 0.047 0.028 0.015 5 L 0.008 0.009 0.013 0.030 0.043 0.076 0.154 0.161 0.206 0.183 0.116 6 E 0.056 0.114 0.128 0.258 0.177 0.104 0.073 0.041 0.026 0.015 0.008 7 V 0.015 0.013 0.024 0.044 0.061 0.088 0.158 0.161 0.172 0.158 0.107 8 V 0.017 0.025 0.030 0.074 0.088 0.120 0.157 0.126 0.154 0.133 0.075 9 L 0.013 0.014 0.016 0.033 0.045 0.082 0.168 0.139 0.204 0.181 0.104 10 D 0.083 0.146 0.130 0.231 0.151 0.089 0.070 0.042 0.029 0.018 0.010 11 P 0.152 0.100 0.052 0.116 0.106 0.104 0.151 0.093 0.063 0.039 0.023 12 P 0.249 0.143 0.043 0.112 0.087 0.084 0.105 0.069 0.051 0.035 0.022 13 P 0.326 0.226 0.050 0.134 0.088 0.055 0.052 0.031 0.019 0.011 0.007 14 G 0.336 0.195 0.043 0.104 0.076 0.059 0.065 0.046 0.034 0.026 0.015 15 R 0.216 0.170 0.045 0.141 0.106 0.090 0.099 0.057 0.039 0.025 0.012 16 E 0.285 0.162 0.078 0.165 0.099 0.075 0.063 0.036 0.020 0.012 0.006 17 E 0.113 0.133 0.078 0.204 0.152 0.119 0.096 0.054 0.028 0.015 0.008 18 V 0.022 0.035 0.025 0.051 0.061 0.084 0.144 0.145 0.176 0.160 0.096 19 Y 0.017 0.023 0.026 0.077 0.105 0.165 0.220 0.141 0.115 0.077 0.033 20 P 0.140 0.136 0.222 0.230 0.113 0.063 0.046 0.024 0.014 0.008 0.004 21 L 0.014 0.017 0.027 0.054 0.084 0.120 0.205 0.170 0.141 0.104 0.064 22 L 0.008 0.014 0.017 0.043 0.063 0.078 0.154 0.173 0.193 0.162 0.095 23 A 0.027 0.025 0.065 0.101 0.121 0.149 0.209 0.127 0.091 0.057 0.026 24 Q 0.043 0.077 0.257 0.237 0.153 0.092 0.074 0.035 0.018 0.010 0.005 25 V 0.011 0.010 0.021 0.035 0.053 0.078 0.181 0.171 0.183 0.156 0.100 26 A 0.022 0.025 0.037 0.074 0.088 0.101 0.175 0.143 0.145 0.126 0.064 27 R 0.036 0.070 0.203 0.191 0.143 0.116 0.107 0.057 0.039 0.026 0.012 28 R 0.046 0.100 0.150 0.188 0.142 0.126 0.116 0.063 0.035 0.022 0.012 29 A 0.072 0.082 0.046 0.083 0.085 0.110 0.156 0.123 0.107 0.081 0.056 30 G 0.345 0.147 0.055 0.117 0.093 0.062 0.076 0.050 0.029 0.016 0.010 31 G 0.260 0.125 0.073 0.154 0.109 0.076 0.076 0.049 0.036 0.026 0.016 32 V 0.028 0.024 0.017 0.036 0.047 0.088 0.147 0.126 0.194 0.173 0.122 33 T 0.058 0.136 0.058 0.206 0.172 0.117 0.104 0.064 0.044 0.025 0.016 34 V 0.019 0.012 0.019 0.034 0.049 0.074 0.123 0.143 0.188 0.172 0.166 35 R 0.071 0.112 0.068 0.193 0.167 0.121 0.112 0.068 0.044 0.028 0.016 36 M 0.018 0.023 0.017 0.052 0.063 0.083 0.146 0.152 0.183 0.149 0.114 37 G 0.202 0.127 0.047 0.137 0.116 0.089 0.104 0.069 0.050 0.037 0.022 38 D 0.218 0.150 0.073 0.182 0.111 0.078 0.076 0.047 0.034 0.020 0.011 39 G 0.223 0.126 0.048 0.144 0.115 0.090 0.100 0.067 0.043 0.027 0.017 40 L 0.028 0.033 0.018 0.060 0.069 0.089 0.134 0.136 0.165 0.145 0.120 41 A 0.071 0.066 0.044 0.110 0.124 0.131 0.153 0.115 0.090 0.060 0.036 42 S 0.140 0.138 0.096 0.205 0.137 0.087 0.084 0.049 0.033 0.019 0.011 43 W 0.052 0.034 0.023 0.055 0.067 0.088 0.145 0.125 0.153 0.138 0.117 44 S 0.163 0.184 0.052 0.157 0.125 0.082 0.091 0.059 0.043 0.029 0.016 45 P 0.157 0.155 0.056 0.163 0.122 0.099 0.093 0.062 0.046 0.030 0.017 46 P 0.222 0.105 0.042 0.115 0.103 0.091 0.112 0.083 0.060 0.042 0.026 47 E 0.149 0.161 0.063 0.207 0.132 0.091 0.090 0.052 0.030 0.017 0.008 48 V 0.018 0.019 0.019 0.048 0.061 0.105 0.145 0.133 0.177 0.161 0.114 49 L 0.019 0.026 0.030 0.076 0.099 0.130 0.174 0.134 0.137 0.104 0.071 50 V 0.015 0.030 0.052 0.100 0.112 0.111 0.147 0.125 0.131 0.108 0.070 51 L 0.007 0.012 0.019 0.031 0.048 0.088 0.152 0.135 0.197 0.183 0.129 52 E 0.083 0.107 0.080 0.209 0.166 0.106 0.109 0.064 0.042 0.023 0.012 53 G 0.210 0.080 0.067 0.127 0.101 0.095 0.124 0.085 0.055 0.036 0.020 54 T 0.104 0.118 0.062 0.169 0.134 0.110 0.127 0.076 0.052 0.031 0.018 55 L 0.017 0.019 0.017 0.040 0.054 0.073 0.141 0.157 0.185 0.166 0.130 56 A 0.070 0.070 0.104 0.163 0.156 0.125 0.122 0.079 0.054 0.035 0.021 57 R 0.068 0.121 0.160 0.190 0.135 0.107 0.103 0.052 0.033 0.020 0.010 58 M 0.028 0.030 0.026 0.064 0.081 0.103 0.167 0.148 0.151 0.119 0.082 59 G 0.225 0.135 0.058 0.126 0.094 0.074 0.104 0.070 0.055 0.039 0.019 60 Q 0.105 0.099 0.112 0.200 0.138 0.109 0.105 0.059 0.039 0.023 0.012 61 T 0.107 0.109 0.097 0.158 0.131 0.113 0.115 0.072 0.047 0.033 0.018 62 Y 0.019 0.026 0.022 0.056 0.075 0.130 0.193 0.157 0.154 0.110 0.058 63 A 0.061 0.066 0.068 0.138 0.121 0.113 0.144 0.109 0.086 0.064 0.031 64 Y 0.016 0.018 0.034 0.062 0.070 0.131 0.191 0.134 0.154 0.130 0.060 65 R 0.058 0.090 0.096 0.196 0.160 0.125 0.119 0.068 0.046 0.028 0.014 66 L 0.024 0.025 0.025 0.044 0.057 0.086 0.150 0.145 0.175 0.156 0.112 67 Y 0.039 0.044 0.033 0.091 0.112 0.127 0.182 0.133 0.112 0.077 0.050 68 P 0.280 0.212 0.084 0.123 0.074 0.060 0.073 0.038 0.029 0.018 0.009 69 K 0.346 0.246 0.060 0.157 0.084 0.040 0.032 0.017 0.010 0.005 0.004 70 G 0.605 0.135 0.023 0.059 0.039 0.027 0.038 0.029 0.022 0.016 0.009 71 R 0.233 0.188 0.048 0.159 0.106 0.083 0.076 0.048 0.030 0.019 0.010 72 R 0.120 0.173 0.084 0.159 0.124 0.116 0.093 0.061 0.037 0.022 0.012 73 P 0.271 0.213 0.067 0.139 0.097 0.066 0.066 0.041 0.021 0.011 0.006 74 L 0.229 0.111 0.049 0.113 0.098 0.081 0.116 0.085 0.060 0.036 0.022