# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.090 0.016 0.020 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.016 0.133 0.634 2 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 3 W 0.021 0.002 0.003 0.001 0.023 0.013 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.287 0.004 0.080 0.543 4 R 0.124 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.370 0.004 0.056 0.425 5 L 0.043 0.009 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.582 0.002 0.042 0.308 6 E 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.817 0.002 0.037 0.118 7 V 0.013 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.645 0.002 0.049 0.275 8 V 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.884 0.001 0.014 0.080 9 L 0.007 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.003 0.649 0.003 0.061 0.254 10 D 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.003 0.003 0.005 0.375 0.004 0.057 0.523 11 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.001 0.019 0.919 12 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.016 0.968 13 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 14 G 0.075 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.008 0.098 0.769 15 R 0.618 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.008 0.032 0.311 16 E 0.064 0.024 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.001 0.079 0.800 17 E 0.076 0.032 0.003 0.001 0.002 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.008 0.224 0.609 18 V 0.193 0.159 0.006 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.012 0.080 0.481 19 Y 0.088 0.259 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.151 0.007 0.070 0.409 20 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 21 L 0.035 0.175 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.008 0.114 0.631 22 L 0.077 0.566 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.006 0.043 0.283 23 A 0.028 0.828 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.004 0.007 0.113 24 Q 0.014 0.888 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.011 0.078 25 V 0.020 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.033 26 A 0.018 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.006 0.002 0.026 27 R 0.018 0.912 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.012 0.004 0.039 28 R 0.051 0.818 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.044 0.003 0.060 29 A 0.108 0.698 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.090 0.002 0.085 30 G 0.222 0.194 0.058 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.173 0.021 0.298 31 G 0.037 0.006 0.759 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.018 0.019 0.142 32 V 0.044 0.006 0.023 0.041 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.440 0.008 0.060 0.371 33 T 0.021 0.004 0.004 0.003 0.039 0.012 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.010 0.006 0.200 0.003 0.068 0.602 34 V 0.008 0.005 0.002 0.002 0.018 0.029 0.035 0.018 0.001 0.001 0.006 0.005 0.077 0.074 0.014 0.008 0.446 0.002 0.040 0.210 35 R 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.008 0.026 0.027 0.005 0.037 0.008 0.004 0.004 0.521 0.002 0.076 0.258 36 M 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.146 0.057 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.399 0.003 0.058 0.302 37 G 0.013 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.006 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.287 0.005 0.187 0.436 38 D 0.043 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.020 0.242 0.610 39 G 0.190 0.014 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.054 0.162 0.517 40 L 0.120 0.030 0.022 0.004 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.127 0.021 0.212 0.443 41 A 0.062 0.037 0.009 0.005 0.142 0.083 0.035 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.180 0.011 0.089 0.332 42 S 0.110 0.035 0.006 0.002 0.026 0.083 0.065 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.063 0.013 0.069 0.507 43 W 0.183 0.048 0.010 0.002 0.002 0.010 0.013 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.160 0.019 0.061 0.471 44 S 0.058 0.028 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.110 0.009 0.107 0.663 45 P 0.015 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.001 0.047 0.883 46 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.995 47 E 0.073 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.324 0.007 0.117 0.458 48 V 0.180 0.031 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.342 0.005 0.056 0.373 49 L 0.052 0.050 0.002 0.002 0.004 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.002 0.001 0.677 0.004 0.022 0.160 50 V 0.027 0.080 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.549 0.005 0.060 0.252 51 L 0.022 0.092 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.566 0.007 0.052 0.226 52 E 0.019 0.115 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.317 0.017 0.069 0.445 53 G 0.075 0.074 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.163 0.040 0.101 0.519 54 T 0.135 0.055 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.091 0.032 0.241 0.416 55 L 0.071 0.129 0.012 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.018 0.004 0.001 0.001 0.202 0.020 0.065 0.463 56 A 0.070 0.231 0.011 0.002 0.016 0.010 0.008 0.002 0.003 0.007 0.002 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.157 0.016 0.103 0.346 57 R 0.090 0.307 0.006 0.001 0.002 0.008 0.006 0.003 0.026 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.067 0.018 0.091 0.362 58 M 0.114 0.531 0.005 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.030 0.015 0.244 59 G 0.147 0.317 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.069 0.042 0.326 60 Q 0.169 0.099 0.166 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.056 0.098 0.327 61 T 0.055 0.091 0.023 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.126 0.014 0.061 0.621 62 Y 0.075 0.102 0.012 0.003 0.026 0.013 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.230 0.020 0.070 0.428 63 A 0.069 0.099 0.008 0.001 0.006 0.012 0.013 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.252 0.011 0.097 0.419 64 Y 0.072 0.107 0.010 0.002 0.002 0.002 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.007 0.003 0.410 0.012 0.063 0.283 65 R 0.079 0.116 0.004 0.002 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.035 0.040 0.011 0.365 0.016 0.042 0.264 66 L 0.070 0.136 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.002 0.024 0.009 0.002 0.002 0.308 0.021 0.040 0.364 67 Y 0.056 0.072 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.072 0.024 0.003 0.007 0.004 0.003 0.002 0.325 0.014 0.064 0.326 68 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 69 K 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.106 0.006 0.104 0.746 70 G 0.405 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.037 0.039 0.463 71 R 0.290 0.020 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.027 0.115 0.468 72 R 0.046 0.010 0.017 0.004 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.146 0.005 0.102 0.653 73 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 74 L 0.018 0.003 0.002 0.001 0.008 0.016 0.020 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.185 0.004 0.072 0.657