# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.019 0.003 0.002 0.015 0.017 0.033 0.043 0.001 0.001 0.002 0.867 2 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 3 W 0.015 0.001 0.001 0.038 0.122 0.306 0.043 0.001 0.001 0.004 0.470 4 R 0.156 0.004 0.002 0.076 0.087 0.175 0.059 0.001 0.001 0.005 0.435 5 L 0.060 0.009 0.002 0.081 0.247 0.321 0.029 0.001 0.001 0.001 0.249 6 E 0.016 0.009 0.001 0.123 0.294 0.359 0.037 0.001 0.001 0.003 0.157 7 V 0.021 0.008 0.001 0.101 0.277 0.265 0.025 0.001 0.001 0.001 0.300 8 V 0.021 0.006 0.001 0.143 0.227 0.389 0.022 0.001 0.001 0.001 0.191 9 L 0.018 0.009 0.003 0.133 0.228 0.322 0.039 0.001 0.001 0.005 0.244 10 D 0.015 0.005 0.002 0.071 0.150 0.259 0.060 0.001 0.001 0.003 0.432 11 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.988 12 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.012 0.001 0.001 0.001 0.980 13 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 14 G 0.073 0.005 0.001 0.009 0.011 0.029 0.087 0.001 0.001 0.005 0.779 15 R 0.318 0.017 0.006 0.012 0.009 0.015 0.056 0.001 0.001 0.003 0.563 16 E 0.080 0.051 0.001 0.012 0.016 0.020 0.114 0.001 0.001 0.002 0.703 17 E 0.229 0.074 0.004 0.016 0.015 0.020 0.192 0.002 0.001 0.007 0.440 18 V 0.241 0.296 0.009 0.018 0.013 0.028 0.083 0.005 0.001 0.005 0.304 19 Y 0.108 0.325 0.012 0.034 0.029 0.056 0.088 0.004 0.001 0.003 0.341 20 P 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 21 L 0.032 0.306 0.003 0.014 0.017 0.061 0.133 0.002 0.001 0.004 0.429 22 L 0.087 0.749 0.002 0.004 0.005 0.008 0.032 0.002 0.001 0.001 0.110 23 A 0.023 0.895 0.001 0.002 0.004 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.061 24 Q 0.015 0.909 0.002 0.002 0.002 0.003 0.012 0.002 0.001 0.001 0.053 25 V 0.051 0.899 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.035 26 A 0.016 0.958 0.002 0.001 0.003 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.013 27 R 0.028 0.892 0.008 0.002 0.006 0.006 0.004 0.009 0.001 0.001 0.044 28 R 0.083 0.775 0.008 0.004 0.006 0.009 0.010 0.025 0.001 0.001 0.078 29 A 0.164 0.563 0.017 0.008 0.009 0.012 0.013 0.050 0.001 0.003 0.161 30 G 0.227 0.166 0.040 0.023 0.022 0.029 0.039 0.073 0.001 0.007 0.373 31 G 0.228 0.042 0.217 0.034 0.019 0.024 0.044 0.013 0.001 0.012 0.365 32 V 0.080 0.035 0.117 0.153 0.112 0.091 0.098 0.004 0.001 0.007 0.302 33 T 0.016 0.012 0.005 0.128 0.122 0.162 0.063 0.002 0.001 0.006 0.482 34 V 0.029 0.011 0.002 0.174 0.194 0.260 0.031 0.001 0.001 0.002 0.297 35 R 0.010 0.014 0.001 0.198 0.171 0.258 0.079 0.001 0.001 0.004 0.264 36 M 0.029 0.015 0.003 0.134 0.126 0.226 0.076 0.001 0.001 0.005 0.384 37 G 0.023 0.019 0.002 0.126 0.078 0.176 0.140 0.002 0.001 0.009 0.426 38 D 0.090 0.009 0.009 0.042 0.040 0.061 0.120 0.002 0.001 0.024 0.604 39 G 0.100 0.018 0.006 0.049 0.027 0.041 0.173 0.002 0.001 0.017 0.566 40 L 0.130 0.023 0.021 0.048 0.044 0.099 0.222 0.003 0.001 0.015 0.395 41 A 0.057 0.052 0.005 0.073 0.080 0.134 0.142 0.003 0.001 0.008 0.446 42 S 0.083 0.031 0.002 0.032 0.057 0.098 0.064 0.005 0.001 0.004 0.624 43 W 0.183 0.046 0.011 0.063 0.051 0.098 0.067 0.007 0.001 0.008 0.465 44 S 0.083 0.022 0.010 0.029 0.047 0.070 0.317 0.007 0.001 0.007 0.405 45 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 46 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.990 47 E 0.103 0.003 0.002 0.043 0.029 0.054 0.257 0.001 0.001 0.013 0.495 48 V 0.264 0.026 0.002 0.066 0.033 0.050 0.086 0.001 0.001 0.003 0.469 49 L 0.061 0.045 0.002 0.235 0.213 0.218 0.042 0.001 0.001 0.003 0.180 50 V 0.029 0.063 0.004 0.141 0.096 0.128 0.096 0.001 0.001 0.004 0.439 51 L 0.026 0.065 0.001 0.222 0.144 0.280 0.060 0.001 0.001 0.002 0.198 52 E 0.015 0.094 0.004 0.120 0.067 0.155 0.070 0.002 0.001 0.005 0.467 53 G 0.038 0.054 0.005 0.081 0.066 0.104 0.103 0.004 0.001 0.010 0.537 54 T 0.168 0.054 0.015 0.056 0.044 0.059 0.208 0.003 0.001 0.011 0.380 55 L 0.052 0.203 0.012 0.044 0.097 0.126 0.074 0.002 0.001 0.009 0.380 56 A 0.059 0.205 0.004 0.043 0.079 0.176 0.072 0.003 0.001 0.004 0.354 57 R 0.085 0.321 0.004 0.023 0.025 0.045 0.192 0.012 0.001 0.005 0.287 58 M 0.241 0.410 0.005 0.022 0.018 0.039 0.021 0.014 0.001 0.004 0.226 59 G 0.174 0.222 0.014 0.023 0.031 0.055 0.056 0.044 0.001 0.009 0.371 60 Q 0.191 0.081 0.272 0.030 0.026 0.040 0.068 0.005 0.001 0.009 0.279 61 T 0.031 0.073 0.012 0.038 0.049 0.071 0.086 0.003 0.001 0.005 0.631 62 Y 0.054 0.069 0.017 0.049 0.127 0.224 0.094 0.003 0.001 0.015 0.348 63 A 0.047 0.160 0.009 0.075 0.086 0.193 0.095 0.003 0.001 0.004 0.329 64 Y 0.065 0.096 0.003 0.075 0.191 0.284 0.043 0.002 0.001 0.002 0.239 65 R 0.104 0.121 0.004 0.074 0.184 0.202 0.041 0.005 0.001 0.005 0.260 66 L 0.106 0.115 0.014 0.057 0.156 0.214 0.031 0.006 0.001 0.004 0.296 67 Y 0.059 0.059 0.005 0.054 0.192 0.332 0.059 0.004 0.001 0.003 0.233 68 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 69 K 0.010 0.010 0.001 0.013 0.042 0.117 0.095 0.002 0.001 0.005 0.706 70 G 0.609 0.006 0.004 0.009 0.008 0.019 0.039 0.003 0.001 0.011 0.291 71 R 0.325 0.019 0.026 0.013 0.014 0.023 0.082 0.002 0.001 0.007 0.490 72 R 0.040 0.011 0.018 0.031 0.064 0.078 0.113 0.001 0.001 0.005 0.641 73 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 74 L 0.019 0.005 0.001 0.042 0.080 0.237 0.078 0.001 0.001 0.003 0.536