# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.052 0.005 0.012 0.021 0.023 0.042 0.003 0.841 2 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 3 W 0.022 0.002 0.041 0.106 0.196 0.083 0.003 0.547 4 R 0.148 0.007 0.060 0.088 0.116 0.060 0.006 0.516 5 L 0.039 0.010 0.081 0.190 0.268 0.033 0.004 0.374 6 E 0.025 0.008 0.139 0.215 0.338 0.047 0.004 0.225 7 V 0.030 0.010 0.126 0.171 0.188 0.046 0.005 0.424 8 V 0.016 0.006 0.159 0.246 0.398 0.023 0.004 0.148 9 L 0.016 0.011 0.114 0.215 0.283 0.036 0.005 0.319 10 D 0.017 0.009 0.098 0.196 0.347 0.039 0.005 0.289 11 P 0.002 0.001 0.005 0.006 0.007 0.007 0.001 0.973 12 P 0.002 0.001 0.003 0.004 0.007 0.024 0.001 0.959 13 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.989 14 G 0.055 0.003 0.007 0.008 0.018 0.184 0.007 0.718 15 R 0.471 0.007 0.010 0.012 0.019 0.060 0.013 0.409 16 E 0.058 0.019 0.007 0.010 0.008 0.102 0.003 0.795 17 E 0.111 0.047 0.016 0.026 0.035 0.228 0.006 0.531 18 V 0.179 0.190 0.022 0.015 0.047 0.060 0.010 0.478 19 Y 0.101 0.169 0.049 0.066 0.110 0.087 0.006 0.412 20 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 21 L 0.025 0.174 0.021 0.019 0.066 0.152 0.004 0.538 22 L 0.089 0.694 0.014 0.006 0.020 0.025 0.004 0.148 23 A 0.027 0.745 0.023 0.009 0.021 0.039 0.004 0.133 24 Q 0.037 0.756 0.012 0.007 0.015 0.038 0.008 0.126 25 V 0.038 0.875 0.003 0.004 0.008 0.010 0.004 0.057 26 A 0.014 0.927 0.004 0.004 0.007 0.006 0.003 0.034 27 R 0.036 0.824 0.017 0.012 0.011 0.015 0.010 0.075 28 R 0.082 0.732 0.014 0.017 0.020 0.012 0.026 0.097 29 A 0.157 0.507 0.027 0.021 0.028 0.021 0.061 0.176 30 G 0.211 0.116 0.077 0.030 0.026 0.071 0.092 0.376 31 G 0.147 0.022 0.199 0.046 0.043 0.070 0.040 0.433 32 V 0.050 0.007 0.241 0.181 0.123 0.098 0.008 0.292 33 T 0.007 0.002 0.176 0.171 0.210 0.051 0.002 0.380 34 V 0.004 0.002 0.218 0.270 0.303 0.025 0.001 0.175 35 R 0.005 0.005 0.198 0.132 0.244 0.089 0.002 0.326 36 M 0.017 0.008 0.198 0.120 0.235 0.076 0.008 0.337 37 G 0.026 0.011 0.124 0.073 0.145 0.188 0.015 0.419 38 D 0.065 0.008 0.056 0.045 0.061 0.141 0.022 0.601 39 G 0.074 0.012 0.036 0.030 0.050 0.151 0.014 0.633 40 L 0.102 0.015 0.050 0.071 0.126 0.216 0.011 0.410 41 A 0.071 0.031 0.053 0.099 0.128 0.139 0.009 0.471 42 S 0.108 0.029 0.036 0.104 0.156 0.082 0.013 0.473 43 W 0.173 0.030 0.046 0.066 0.127 0.063 0.018 0.476 44 S 0.077 0.021 0.050 0.090 0.118 0.106 0.013 0.525 45 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.991 46 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.001 0.989 47 E 0.101 0.002 0.042 0.076 0.120 0.142 0.006 0.511 48 V 0.135 0.015 0.061 0.102 0.115 0.055 0.006 0.512 49 L 0.027 0.020 0.118 0.301 0.352 0.025 0.002 0.154 50 V 0.018 0.028 0.166 0.188 0.318 0.037 0.003 0.242 51 L 0.015 0.033 0.134 0.245 0.399 0.030 0.004 0.142 52 E 0.016 0.049 0.060 0.110 0.305 0.060 0.008 0.392 53 G 0.052 0.038 0.057 0.081 0.170 0.120 0.023 0.458 54 T 0.129 0.048 0.041 0.061 0.084 0.200 0.025 0.413 55 L 0.054 0.131 0.046 0.062 0.137 0.112 0.008 0.450 56 A 0.034 0.177 0.045 0.110 0.176 0.133 0.007 0.318 57 R 0.091 0.229 0.027 0.037 0.073 0.148 0.015 0.380 58 M 0.125 0.386 0.040 0.037 0.083 0.045 0.019 0.265 59 G 0.130 0.271 0.040 0.042 0.085 0.057 0.040 0.334 60 Q 0.164 0.101 0.060 0.056 0.059 0.118 0.042 0.401 61 T 0.047 0.083 0.051 0.057 0.066 0.107 0.013 0.575 62 Y 0.049 0.101 0.062 0.102 0.209 0.080 0.009 0.388 63 A 0.046 0.115 0.071 0.108 0.184 0.110 0.010 0.357 64 Y 0.054 0.137 0.078 0.191 0.195 0.062 0.010 0.273 65 R 0.089 0.174 0.037 0.183 0.209 0.033 0.014 0.261 66 L 0.082 0.193 0.041 0.109 0.236 0.020 0.018 0.300 67 Y 0.053 0.073 0.099 0.222 0.274 0.049 0.010 0.220 68 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 69 K 0.017 0.009 0.026 0.030 0.079 0.098 0.007 0.735 70 G 0.278 0.015 0.038 0.015 0.028 0.087 0.028 0.510 71 R 0.293 0.020 0.055 0.019 0.033 0.075 0.031 0.474 72 R 0.086 0.010 0.048 0.025 0.027 0.093 0.005 0.705 73 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 74 L 0.026 0.004 0.040 0.039 0.153 0.090 0.003 0.645