# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.017 0.374 0.328 0.006 0.041 0.012 0.006 0.001 0.211 0.004 0.001 2 P 0.126 0.007 0.754 0.011 0.004 0.025 0.001 0.001 0.003 0.001 0.069 3 W 0.169 0.306 0.245 0.144 0.059 0.030 0.013 0.010 0.019 0.002 0.001 4 R 0.075 0.370 0.342 0.059 0.084 0.034 0.011 0.002 0.021 0.001 0.001 5 L 0.073 0.559 0.217 0.036 0.066 0.023 0.005 0.001 0.018 0.001 0.001 6 E 0.046 0.639 0.178 0.018 0.068 0.031 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 7 V 0.019 0.644 0.246 0.011 0.024 0.038 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 8 V 0.036 0.515 0.295 0.020 0.047 0.064 0.003 0.001 0.016 0.001 0.003 9 L 0.035 0.692 0.146 0.035 0.046 0.022 0.005 0.001 0.017 0.001 0.001 10 D 0.010 0.255 0.455 0.009 0.055 0.037 0.023 0.001 0.149 0.005 0.002 11 P 0.275 0.008 0.614 0.017 0.010 0.013 0.001 0.001 0.013 0.009 0.039 12 P 0.081 0.050 0.727 0.023 0.007 0.055 0.004 0.001 0.043 0.002 0.006 13 P 0.225 0.016 0.683 0.040 0.003 0.005 0.004 0.001 0.004 0.001 0.018 14 G 0.023 0.003 0.028 0.011 0.030 0.006 0.021 0.696 0.001 0.181 0.001 15 R 0.409 0.109 0.317 0.095 0.032 0.020 0.004 0.001 0.009 0.001 0.002 16 E 0.578 0.133 0.150 0.063 0.035 0.014 0.006 0.001 0.015 0.003 0.001 17 E 0.431 0.149 0.230 0.094 0.037 0.037 0.008 0.001 0.010 0.001 0.002 18 V 0.581 0.177 0.107 0.085 0.019 0.019 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 19 Y 0.455 0.166 0.210 0.010 0.048 0.013 0.003 0.001 0.092 0.002 0.001 20 P 0.910 0.002 0.072 0.008 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 L 0.910 0.017 0.026 0.027 0.007 0.007 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 22 L 0.952 0.012 0.016 0.013 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.983 0.004 0.003 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 Q 0.975 0.004 0.004 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 V 0.953 0.013 0.005 0.024 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 26 A 0.952 0.010 0.009 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 27 R 0.867 0.019 0.018 0.081 0.005 0.003 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 28 R 0.686 0.039 0.069 0.156 0.012 0.009 0.011 0.001 0.017 0.001 0.001 29 A 0.287 0.046 0.166 0.384 0.016 0.011 0.063 0.005 0.016 0.004 0.001 30 G 0.028 0.005 0.039 0.046 0.019 0.004 0.278 0.434 0.001 0.146 0.001 31 G 0.049 0.056 0.176 0.059 0.162 0.026 0.088 0.263 0.006 0.116 0.001 32 V 0.080 0.468 0.346 0.036 0.036 0.018 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 33 T 0.067 0.446 0.333 0.021 0.043 0.067 0.004 0.001 0.016 0.001 0.002 34 V 0.059 0.678 0.132 0.016 0.068 0.019 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 35 R 0.062 0.457 0.297 0.021 0.065 0.051 0.003 0.001 0.041 0.001 0.002 36 M 0.103 0.367 0.313 0.077 0.070 0.019 0.015 0.002 0.032 0.003 0.001 37 G 0.056 0.066 0.094 0.031 0.192 0.017 0.055 0.170 0.018 0.300 0.001 38 D 0.188 0.092 0.362 0.189 0.070 0.019 0.047 0.005 0.013 0.012 0.002 39 G 0.062 0.026 0.056 0.048 0.096 0.014 0.075 0.373 0.006 0.243 0.001 40 L 0.235 0.255 0.326 0.093 0.047 0.020 0.006 0.001 0.012 0.002 0.002 41 A 0.246 0.295 0.236 0.095 0.054 0.032 0.011 0.003 0.023 0.003 0.002 42 S 0.176 0.287 0.270 0.106 0.071 0.037 0.018 0.002 0.028 0.002 0.002 43 W 0.161 0.282 0.252 0.168 0.052 0.040 0.013 0.003 0.022 0.002 0.004 44 S 0.018 0.250 0.488 0.010 0.049 0.019 0.009 0.001 0.145 0.009 0.001 45 P 0.065 0.008 0.849 0.004 0.005 0.012 0.001 0.001 0.024 0.006 0.027 46 P 0.574 0.004 0.348 0.041 0.005 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 47 E 0.338 0.168 0.211 0.180 0.045 0.033 0.010 0.005 0.010 0.001 0.001 48 V 0.093 0.645 0.173 0.030 0.031 0.016 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 49 L 0.070 0.480 0.329 0.012 0.026 0.068 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 50 V 0.102 0.630 0.165 0.015 0.027 0.034 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 51 L 0.154 0.366 0.281 0.027 0.073 0.050 0.004 0.001 0.044 0.001 0.001 52 E 0.291 0.178 0.299 0.093 0.052 0.019 0.041 0.002 0.020 0.003 0.001 53 G 0.145 0.020 0.058 0.021 0.162 0.009 0.060 0.309 0.003 0.213 0.001 54 T 0.563 0.167 0.136 0.064 0.038 0.018 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 55 L 0.715 0.116 0.085 0.038 0.020 0.012 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 56 A 0.820 0.051 0.040 0.048 0.022 0.007 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 57 R 0.657 0.076 0.068 0.114 0.038 0.014 0.008 0.001 0.022 0.001 0.001 58 M 0.324 0.082 0.174 0.333 0.021 0.012 0.032 0.002 0.018 0.002 0.001 59 G 0.136 0.020 0.067 0.036 0.065 0.011 0.133 0.345 0.005 0.182 0.001 60 Q 0.433 0.142 0.238 0.099 0.036 0.028 0.010 0.002 0.009 0.002 0.001 61 T 0.393 0.196 0.197 0.104 0.048 0.033 0.008 0.001 0.019 0.001 0.001 62 Y 0.376 0.331 0.110 0.059 0.073 0.022 0.009 0.002 0.016 0.002 0.001 63 A 0.436 0.270 0.140 0.056 0.046 0.031 0.008 0.001 0.012 0.001 0.001 64 Y 0.319 0.348 0.105 0.121 0.062 0.016 0.006 0.001 0.021 0.001 0.001 65 R 0.179 0.344 0.199 0.066 0.109 0.034 0.023 0.001 0.044 0.001 0.001 66 L 0.149 0.345 0.290 0.102 0.025 0.060 0.009 0.001 0.015 0.001 0.003 67 Y 0.029 0.390 0.335 0.007 0.045 0.014 0.004 0.001 0.171 0.005 0.001 68 P 0.197 0.008 0.645 0.016 0.002 0.028 0.002 0.001 0.004 0.001 0.098 69 K 0.170 0.074 0.302 0.269 0.032 0.017 0.089 0.027 0.011 0.008 0.001 70 G 0.023 0.010 0.049 0.017 0.044 0.008 0.065 0.542 0.002 0.241 0.001 71 R 0.128 0.182 0.467 0.135 0.037 0.022 0.010 0.002 0.011 0.003 0.002 72 R 0.022 0.298 0.493 0.006 0.025 0.014 0.004 0.001 0.131 0.005 0.001 73 P 0.081 0.009 0.802 0.008 0.004 0.025 0.001 0.001 0.004 0.001 0.065 74 L 0.210 0.229 0.375 0.092 0.035 0.028 0.004 0.002 0.021 0.001 0.004