# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.044 0.394 0.294 0.026 0.162 0.009 0.010 0.014 0.012 0.020 0.013 2 P 0.175 0.152 0.049 0.015 0.263 0.016 0.036 0.096 0.106 0.049 0.041 3 W 0.099 0.278 0.083 0.014 0.285 0.018 0.034 0.064 0.052 0.044 0.029 4 R 0.271 0.107 0.019 0.006 0.380 0.010 0.019 0.045 0.029 0.047 0.068 5 L 0.213 0.148 0.031 0.009 0.381 0.016 0.030 0.052 0.037 0.028 0.054 6 E 0.197 0.164 0.030 0.010 0.427 0.018 0.026 0.041 0.019 0.030 0.039 7 V 0.250 0.126 0.013 0.002 0.508 0.004 0.008 0.023 0.014 0.020 0.031 8 V 0.260 0.093 0.017 0.005 0.470 0.009 0.016 0.028 0.019 0.026 0.057 9 L 0.159 0.149 0.050 0.030 0.291 0.046 0.049 0.042 0.030 0.070 0.083 10 D 0.157 0.196 0.138 0.020 0.337 0.010 0.015 0.015 0.011 0.052 0.049 11 P 0.064 0.228 0.213 0.056 0.109 0.039 0.047 0.045 0.069 0.088 0.041 12 P 0.020 0.347 0.415 0.045 0.063 0.014 0.018 0.025 0.023 0.018 0.011 13 P 0.022 0.130 0.058 0.039 0.037 0.041 0.109 0.221 0.230 0.086 0.026 14 G 0.027 0.123 0.138 0.070 0.054 0.028 0.025 0.083 0.079 0.321 0.052 15 R 0.073 0.150 0.057 0.013 0.140 0.010 0.016 0.226 0.189 0.088 0.039 16 E 0.022 0.050 0.027 0.013 0.043 0.020 0.043 0.506 0.209 0.051 0.016 17 E 0.049 0.089 0.027 0.006 0.095 0.009 0.032 0.465 0.112 0.096 0.022 18 V 0.086 0.064 0.008 0.002 0.109 0.005 0.017 0.478 0.110 0.092 0.029 19 Y 0.040 0.087 0.031 0.012 0.084 0.014 0.019 0.584 0.085 0.025 0.019 20 P 0.023 0.025 0.007 0.002 0.029 0.003 0.011 0.774 0.107 0.014 0.007 21 L 0.009 0.014 0.001 0.001 0.011 0.001 0.007 0.852 0.070 0.030 0.004 22 L 0.010 0.009 0.001 0.001 0.010 0.002 0.007 0.858 0.075 0.022 0.006 23 A 0.003 0.007 0.001 0.001 0.005 0.002 0.006 0.900 0.067 0.006 0.002 24 Q 0.007 0.006 0.001 0.001 0.008 0.001 0.007 0.897 0.053 0.018 0.002 25 V 0.011 0.025 0.003 0.001 0.015 0.001 0.007 0.836 0.077 0.022 0.004 26 A 0.015 0.011 0.002 0.001 0.017 0.003 0.028 0.774 0.113 0.028 0.006 27 R 0.014 0.033 0.013 0.003 0.022 0.005 0.039 0.728 0.113 0.025 0.006 28 R 0.035 0.024 0.044 0.016 0.030 0.019 0.169 0.427 0.101 0.109 0.024 29 A 0.043 0.263 0.154 0.077 0.081 0.054 0.058 0.133 0.044 0.070 0.024 30 G 0.029 0.107 0.070 0.228 0.041 0.098 0.100 0.056 0.037 0.165 0.070 31 G 0.059 0.122 0.109 0.104 0.083 0.025 0.019 0.031 0.033 0.287 0.128 32 V 0.181 0.223 0.032 0.004 0.494 0.004 0.010 0.013 0.011 0.011 0.016 33 T 0.299 0.080 0.012 0.003 0.550 0.004 0.007 0.008 0.005 0.007 0.026 34 V 0.229 0.176 0.044 0.009 0.428 0.012 0.012 0.013 0.007 0.012 0.057 35 R 0.184 0.188 0.082 0.027 0.293 0.024 0.027 0.027 0.013 0.033 0.102 36 M 0.135 0.121 0.094 0.084 0.121 0.050 0.068 0.069 0.042 0.124 0.093 37 G 0.028 0.059 0.102 0.406 0.041 0.114 0.044 0.052 0.033 0.088 0.033 38 D 0.037 0.162 0.119 0.178 0.071 0.077 0.102 0.084 0.071 0.079 0.021 39 G 0.046 0.068 0.088 0.092 0.062 0.032 0.030 0.071 0.119 0.292 0.100 40 L 0.121 0.146 0.052 0.013 0.191 0.018 0.047 0.121 0.150 0.088 0.052 41 A 0.102 0.157 0.071 0.036 0.180 0.040 0.061 0.113 0.092 0.091 0.058 42 S 0.137 0.130 0.082 0.033 0.198 0.030 0.051 0.091 0.076 0.106 0.066 43 W 0.094 0.107 0.092 0.049 0.135 0.045 0.064 0.091 0.077 0.181 0.066 44 S 0.077 0.284 0.243 0.039 0.171 0.019 0.024 0.030 0.024 0.063 0.026 45 P 0.083 0.262 0.159 0.024 0.186 0.013 0.022 0.078 0.082 0.056 0.036 46 P 0.053 0.151 0.068 0.017 0.115 0.023 0.059 0.220 0.214 0.051 0.029 47 E 0.108 0.140 0.039 0.009 0.187 0.022 0.062 0.171 0.118 0.093 0.048 48 V 0.214 0.156 0.017 0.002 0.464 0.005 0.012 0.053 0.024 0.025 0.028 49 L 0.203 0.098 0.009 0.001 0.634 0.004 0.006 0.022 0.006 0.006 0.013 50 V 0.270 0.117 0.020 0.003 0.452 0.006 0.009 0.030 0.008 0.023 0.063 51 L 0.186 0.177 0.052 0.029 0.246 0.026 0.029 0.082 0.028 0.045 0.100 52 E 0.045 0.078 0.046 0.144 0.062 0.110 0.126 0.202 0.066 0.073 0.048 53 G 0.038 0.091 0.118 0.143 0.063 0.046 0.028 0.172 0.083 0.178 0.042 54 T 0.134 0.150 0.026 0.004 0.247 0.006 0.018 0.219 0.111 0.061 0.023 55 L 0.087 0.066 0.013 0.005 0.125 0.012 0.038 0.390 0.163 0.066 0.034 56 A 0.060 0.070 0.033 0.019 0.085 0.033 0.091 0.415 0.126 0.037 0.031 57 R 0.072 0.038 0.036 0.026 0.062 0.032 0.097 0.348 0.096 0.147 0.046 58 M 0.040 0.269 0.119 0.056 0.082 0.039 0.073 0.163 0.056 0.074 0.029 59 G 0.044 0.050 0.057 0.118 0.046 0.056 0.037 0.128 0.079 0.269 0.115 60 Q 0.101 0.190 0.069 0.016 0.191 0.010 0.023 0.183 0.084 0.092 0.041 61 T 0.156 0.124 0.027 0.010 0.234 0.015 0.049 0.213 0.088 0.045 0.039 62 Y 0.116 0.159 0.035 0.012 0.204 0.025 0.048 0.240 0.074 0.047 0.039 63 A 0.205 0.086 0.013 0.006 0.256 0.012 0.031 0.222 0.065 0.060 0.045 64 Y 0.156 0.116 0.030 0.010 0.295 0.018 0.032 0.184 0.073 0.047 0.040 65 R 0.144 0.129 0.031 0.006 0.303 0.011 0.036 0.183 0.063 0.046 0.047 66 L 0.169 0.145 0.038 0.006 0.270 0.011 0.046 0.112 0.043 0.104 0.056 67 Y 0.078 0.321 0.282 0.018 0.172 0.011 0.016 0.034 0.014 0.025 0.029 68 P 0.056 0.182 0.153 0.063 0.081 0.060 0.049 0.191 0.096 0.039 0.031 69 K 0.016 0.237 0.091 0.098 0.038 0.076 0.173 0.106 0.088 0.062 0.015 70 G 0.030 0.047 0.050 0.078 0.039 0.023 0.018 0.033 0.051 0.501 0.129 71 R 0.085 0.264 0.127 0.029 0.201 0.019 0.024 0.034 0.040 0.120 0.058 72 R 0.068 0.427 0.195 0.023 0.202 0.010 0.012 0.014 0.013 0.018 0.018 73 P 0.139 0.252 0.098 0.017 0.273 0.015 0.028 0.052 0.058 0.034 0.033 74 L 0.120 0.203 0.073 0.015 0.245 0.022 0.035 0.088 0.090 0.064 0.045