# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.723 0.197 0.050 0.021 0.007 0.002 0.001 2 P 0.692 0.237 0.049 0.016 0.005 0.001 0.001 3 W 0.219 0.187 0.246 0.227 0.093 0.026 0.002 4 R 0.222 0.302 0.262 0.142 0.051 0.018 0.002 5 L 0.073 0.092 0.146 0.242 0.272 0.157 0.018 6 E 0.133 0.258 0.228 0.198 0.126 0.052 0.005 7 V 0.048 0.084 0.121 0.211 0.279 0.228 0.028 8 V 0.058 0.109 0.172 0.233 0.247 0.160 0.021 9 L 0.079 0.124 0.206 0.271 0.218 0.094 0.008 10 D 0.309 0.336 0.193 0.103 0.045 0.013 0.001 11 P 0.329 0.270 0.178 0.144 0.061 0.017 0.001 12 P 0.539 0.262 0.111 0.056 0.026 0.006 0.001 13 P 0.606 0.262 0.086 0.035 0.009 0.002 0.001 14 G 0.550 0.239 0.122 0.062 0.023 0.005 0.001 15 R 0.386 0.264 0.189 0.112 0.039 0.010 0.001 16 E 0.490 0.286 0.129 0.063 0.025 0.006 0.001 17 E 0.275 0.345 0.197 0.119 0.049 0.015 0.001 18 V 0.077 0.107 0.148 0.236 0.259 0.155 0.018 19 Y 0.060 0.126 0.218 0.284 0.201 0.103 0.009 20 P 0.185 0.282 0.245 0.169 0.081 0.033 0.005 21 L 0.045 0.073 0.135 0.240 0.289 0.184 0.035 22 L 0.045 0.081 0.104 0.184 0.278 0.257 0.051 23 A 0.077 0.160 0.227 0.246 0.182 0.095 0.014 24 Q 0.142 0.257 0.263 0.205 0.091 0.037 0.005 25 V 0.058 0.086 0.137 0.229 0.286 0.184 0.020 26 A 0.099 0.137 0.201 0.256 0.212 0.087 0.008 27 R 0.252 0.287 0.229 0.141 0.067 0.022 0.002 28 R 0.321 0.283 0.187 0.130 0.057 0.020 0.002 29 A 0.286 0.222 0.194 0.172 0.089 0.035 0.004 30 G 0.372 0.281 0.171 0.109 0.047 0.018 0.002 31 G 0.295 0.292 0.196 0.130 0.059 0.024 0.004 32 V 0.082 0.087 0.116 0.206 0.296 0.183 0.030 33 T 0.073 0.191 0.215 0.237 0.172 0.099 0.014 34 V 0.049 0.077 0.115 0.194 0.278 0.244 0.043 35 R 0.083 0.186 0.247 0.241 0.158 0.074 0.011 36 M 0.073 0.101 0.133 0.220 0.258 0.184 0.031 37 G 0.186 0.226 0.229 0.191 0.108 0.051 0.008 38 D 0.295 0.285 0.220 0.136 0.044 0.019 0.002 39 G 0.255 0.251 0.194 0.161 0.092 0.041 0.006 40 L 0.134 0.119 0.139 0.214 0.234 0.141 0.019 41 A 0.185 0.229 0.203 0.183 0.128 0.065 0.007 42 S 0.256 0.301 0.199 0.134 0.072 0.034 0.004 43 W 0.123 0.131 0.181 0.248 0.201 0.101 0.015 44 S 0.216 0.229 0.200 0.168 0.124 0.056 0.008 45 P 0.245 0.244 0.206 0.163 0.088 0.045 0.009 46 P 0.247 0.242 0.203 0.164 0.095 0.042 0.008 47 E 0.140 0.238 0.208 0.206 0.129 0.068 0.011 48 V 0.041 0.077 0.121 0.213 0.279 0.228 0.041 49 L 0.037 0.074 0.120 0.211 0.270 0.241 0.047 50 V 0.042 0.080 0.135 0.226 0.241 0.219 0.057 51 L 0.047 0.077 0.129 0.218 0.266 0.214 0.049 52 E 0.152 0.246 0.236 0.203 0.105 0.049 0.008 53 G 0.198 0.224 0.209 0.195 0.112 0.053 0.008 54 T 0.153 0.217 0.222 0.210 0.127 0.063 0.009 55 L 0.102 0.109 0.146 0.221 0.245 0.154 0.023 56 A 0.200 0.220 0.194 0.180 0.131 0.065 0.009 57 R 0.230 0.243 0.225 0.166 0.086 0.043 0.006 58 M 0.203 0.154 0.158 0.200 0.165 0.100 0.019 59 G 0.286 0.229 0.181 0.146 0.097 0.051 0.011 60 Q 0.276 0.238 0.185 0.149 0.089 0.051 0.012 61 T 0.220 0.220 0.197 0.171 0.114 0.063 0.015 62 Y 0.087 0.114 0.146 0.210 0.230 0.170 0.043 63 A 0.080 0.124 0.137 0.195 0.220 0.196 0.049 64 Y 0.068 0.093 0.126 0.196 0.257 0.219 0.041 65 R 0.108 0.215 0.227 0.209 0.144 0.084 0.012 66 L 0.062 0.088 0.144 0.239 0.263 0.181 0.023 67 Y 0.107 0.149 0.213 0.263 0.182 0.080 0.006 68 P 0.427 0.282 0.155 0.086 0.038 0.011 0.001 69 K 0.623 0.251 0.081 0.034 0.009 0.002 0.001 70 G 0.643 0.215 0.076 0.044 0.017 0.004 0.001 71 R 0.603 0.230 0.099 0.047 0.016 0.004 0.001 72 R 0.666 0.218 0.073 0.030 0.010 0.003 0.001 73 P 0.640 0.220 0.083 0.039 0.014 0.004 0.001 74 L 0.492 0.194 0.143 0.103 0.048 0.017 0.002