# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.341 0.180 0.150 0.129 0.089 0.056 0.029 0.012 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 2 P 0.219 0.151 0.135 0.139 0.134 0.094 0.067 0.031 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 3 W 0.071 0.053 0.083 0.120 0.158 0.161 0.133 0.103 0.055 0.031 0.017 0.009 0.004 0.001 4 R 0.125 0.112 0.108 0.149 0.158 0.111 0.092 0.065 0.041 0.019 0.012 0.005 0.003 0.001 5 L 0.032 0.019 0.027 0.042 0.076 0.108 0.136 0.155 0.134 0.106 0.081 0.055 0.023 0.007 6 E 0.073 0.072 0.087 0.142 0.159 0.118 0.109 0.095 0.068 0.037 0.023 0.010 0.005 0.003 7 V 0.037 0.019 0.028 0.040 0.061 0.082 0.097 0.130 0.138 0.143 0.109 0.075 0.031 0.012 8 V 0.038 0.039 0.061 0.097 0.130 0.156 0.145 0.138 0.081 0.055 0.034 0.015 0.007 0.004 9 L 0.046 0.040 0.059 0.088 0.128 0.133 0.133 0.137 0.091 0.074 0.040 0.019 0.008 0.004 10 D 0.236 0.205 0.145 0.137 0.097 0.063 0.050 0.027 0.022 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 11 P 0.209 0.147 0.151 0.142 0.125 0.093 0.062 0.032 0.021 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 12 P 0.268 0.169 0.150 0.137 0.113 0.073 0.050 0.020 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 13 P 0.436 0.208 0.139 0.091 0.063 0.031 0.018 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 14 G 0.466 0.181 0.120 0.098 0.065 0.034 0.021 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 R 0.345 0.175 0.148 0.131 0.098 0.052 0.030 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 16 E 0.536 0.206 0.105 0.067 0.040 0.023 0.013 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 E 0.270 0.239 0.181 0.122 0.084 0.049 0.029 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 18 V 0.061 0.042 0.071 0.117 0.195 0.185 0.135 0.102 0.052 0.024 0.009 0.004 0.002 0.001 19 Y 0.091 0.092 0.113 0.167 0.187 0.152 0.085 0.058 0.028 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 20 P 0.311 0.166 0.135 0.107 0.083 0.068 0.055 0.034 0.020 0.010 0.005 0.002 0.002 0.001 21 L 0.067 0.047 0.068 0.115 0.168 0.159 0.115 0.112 0.069 0.036 0.022 0.015 0.005 0.002 22 L 0.056 0.040 0.053 0.094 0.148 0.171 0.153 0.132 0.074 0.042 0.021 0.009 0.003 0.002 23 A 0.147 0.104 0.110 0.129 0.137 0.120 0.092 0.071 0.041 0.026 0.013 0.006 0.003 0.001 24 Q 0.226 0.191 0.164 0.153 0.109 0.063 0.039 0.025 0.017 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 25 V 0.070 0.048 0.080 0.132 0.181 0.178 0.124 0.086 0.052 0.025 0.012 0.007 0.003 0.001 26 A 0.111 0.095 0.125 0.159 0.169 0.144 0.094 0.054 0.028 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 27 R 0.328 0.207 0.151 0.115 0.080 0.051 0.031 0.018 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 28 R 0.278 0.177 0.141 0.136 0.108 0.070 0.041 0.022 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 29 A 0.142 0.097 0.121 0.143 0.151 0.133 0.102 0.052 0.031 0.015 0.007 0.004 0.002 0.001 30 G 0.212 0.142 0.129 0.128 0.120 0.095 0.074 0.044 0.027 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 31 G 0.241 0.154 0.117 0.123 0.108 0.081 0.064 0.046 0.032 0.015 0.009 0.005 0.003 0.001 32 V 0.061 0.039 0.059 0.090 0.133 0.143 0.137 0.122 0.081 0.054 0.038 0.028 0.011 0.004 33 T 0.080 0.067 0.086 0.131 0.158 0.136 0.108 0.095 0.063 0.036 0.022 0.010 0.005 0.003 34 V 0.070 0.036 0.045 0.064 0.092 0.111 0.121 0.135 0.114 0.090 0.067 0.035 0.015 0.007 35 R 0.103 0.083 0.099 0.143 0.137 0.122 0.094 0.076 0.062 0.036 0.025 0.012 0.005 0.003 36 M 0.049 0.038 0.060 0.082 0.116 0.136 0.128 0.116 0.093 0.077 0.051 0.032 0.014 0.007 37 G 0.103 0.102 0.106 0.123 0.126 0.126 0.110 0.078 0.054 0.035 0.021 0.009 0.004 0.003 38 D 0.226 0.165 0.139 0.112 0.094 0.074 0.061 0.044 0.039 0.022 0.013 0.007 0.004 0.002 39 G 0.182 0.129 0.113 0.134 0.135 0.097 0.076 0.052 0.043 0.019 0.011 0.005 0.003 0.001 40 L 0.081 0.058 0.092 0.121 0.153 0.151 0.127 0.092 0.055 0.034 0.019 0.010 0.005 0.002 41 A 0.153 0.119 0.134 0.144 0.144 0.109 0.075 0.054 0.034 0.018 0.010 0.004 0.002 0.001 42 S 0.255 0.166 0.131 0.129 0.110 0.076 0.049 0.035 0.027 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 43 W 0.132 0.082 0.105 0.135 0.156 0.144 0.104 0.063 0.040 0.020 0.010 0.006 0.002 0.001 44 S 0.231 0.191 0.165 0.140 0.098 0.069 0.051 0.024 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 45 P 0.212 0.157 0.138 0.138 0.118 0.087 0.061 0.038 0.026 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 46 P 0.145 0.121 0.128 0.148 0.141 0.116 0.088 0.053 0.031 0.014 0.008 0.005 0.002 0.001 47 E 0.142 0.129 0.131 0.146 0.149 0.105 0.079 0.053 0.036 0.015 0.008 0.003 0.002 0.001 48 V 0.053 0.032 0.052 0.080 0.121 0.146 0.140 0.138 0.102 0.061 0.040 0.022 0.010 0.004 49 L 0.069 0.047 0.058 0.083 0.118 0.125 0.122 0.119 0.095 0.074 0.049 0.025 0.011 0.005 50 V 0.066 0.041 0.055 0.081 0.107 0.117 0.108 0.125 0.100 0.082 0.060 0.036 0.016 0.007 51 L 0.043 0.039 0.045 0.064 0.103 0.112 0.109 0.126 0.117 0.102 0.071 0.042 0.019 0.010 52 E 0.107 0.101 0.107 0.132 0.125 0.118 0.099 0.076 0.055 0.036 0.023 0.012 0.005 0.003 53 G 0.153 0.102 0.100 0.114 0.121 0.107 0.094 0.071 0.058 0.036 0.022 0.012 0.007 0.003 54 T 0.120 0.102 0.116 0.146 0.162 0.123 0.089 0.061 0.041 0.020 0.011 0.005 0.003 0.001 55 L 0.077 0.057 0.089 0.125 0.160 0.155 0.113 0.095 0.061 0.036 0.019 0.009 0.004 0.002 56 A 0.184 0.125 0.126 0.133 0.132 0.108 0.076 0.051 0.034 0.017 0.009 0.003 0.002 0.001 57 R 0.276 0.166 0.143 0.127 0.099 0.071 0.049 0.030 0.021 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 58 M 0.113 0.074 0.095 0.137 0.177 0.146 0.098 0.069 0.043 0.024 0.013 0.007 0.003 0.001 59 G 0.164 0.132 0.140 0.162 0.138 0.107 0.071 0.040 0.022 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 60 Q 0.234 0.145 0.130 0.125 0.114 0.092 0.063 0.041 0.027 0.014 0.008 0.004 0.002 0.001 61 T 0.175 0.115 0.106 0.130 0.138 0.112 0.082 0.061 0.042 0.019 0.011 0.005 0.003 0.001 62 Y 0.074 0.049 0.071 0.109 0.138 0.145 0.130 0.105 0.073 0.047 0.030 0.018 0.008 0.003 63 A 0.085 0.062 0.078 0.119 0.153 0.136 0.115 0.101 0.067 0.040 0.025 0.012 0.006 0.003 64 Y 0.076 0.047 0.056 0.066 0.095 0.112 0.121 0.124 0.102 0.085 0.060 0.034 0.016 0.006 65 R 0.121 0.104 0.111 0.147 0.145 0.110 0.086 0.074 0.049 0.026 0.015 0.006 0.003 0.001 66 L 0.058 0.034 0.048 0.078 0.123 0.133 0.125 0.132 0.103 0.077 0.048 0.028 0.010 0.004 67 Y 0.093 0.092 0.114 0.163 0.158 0.144 0.099 0.064 0.035 0.020 0.010 0.004 0.002 0.001 68 P 0.214 0.135 0.137 0.132 0.121 0.093 0.071 0.041 0.028 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 69 K 0.290 0.207 0.143 0.132 0.094 0.058 0.035 0.018 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 70 G 0.355 0.186 0.143 0.113 0.084 0.053 0.034 0.014 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 71 R 0.320 0.179 0.148 0.126 0.098 0.058 0.037 0.017 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 72 R 0.312 0.165 0.137 0.130 0.109 0.067 0.039 0.021 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 73 P 0.303 0.163 0.138 0.122 0.109 0.072 0.047 0.023 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 74 L 0.197 0.105 0.117 0.135 0.156 0.113 0.075 0.049 0.028 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001