# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.004 0.004 0.097 0.097 0.050 0.001 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.008 0.039 0.027 0.161 0.470 0.001 2 P 0.004 0.006 0.024 0.027 0.368 0.001 0.017 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.019 0.271 0.050 0.048 0.137 0.001 3 W 0.017 0.040 0.135 0.154 0.115 0.013 0.210 0.030 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.002 0.041 0.014 0.069 0.036 0.036 0.074 0.001 4 R 0.079 0.112 0.067 0.142 0.286 0.003 0.050 0.022 0.001 0.001 0.008 0.006 0.017 0.004 0.022 0.019 0.038 0.026 0.053 0.036 0.007 5 L 0.164 0.195 0.066 0.066 0.250 0.001 0.017 0.012 0.001 0.001 0.015 0.015 0.049 0.012 0.043 0.023 0.014 0.008 0.024 0.012 0.012 6 E 0.219 0.328 0.082 0.124 0.074 0.001 0.007 0.008 0.001 0.001 0.014 0.017 0.045 0.011 0.027 0.007 0.005 0.004 0.008 0.004 0.016 7 V 0.248 0.283 0.042 0.063 0.201 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.016 0.019 0.042 0.008 0.016 0.013 0.004 0.004 0.007 0.005 0.016 8 V 0.201 0.257 0.154 0.136 0.057 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.012 0.013 0.040 0.009 0.064 0.005 0.007 0.003 0.007 0.009 0.016 9 L 0.199 0.203 0.036 0.101 0.279 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.010 0.012 0.040 0.013 0.023 0.021 0.011 0.007 0.011 0.016 0.010 10 D 0.077 0.067 0.189 0.181 0.086 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.011 0.012 0.019 0.010 0.077 0.013 0.018 0.018 0.095 0.108 0.007 11 P 0.009 0.009 0.036 0.041 0.241 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.038 0.036 0.119 0.047 0.080 0.326 0.001 12 P 0.003 0.003 0.032 0.038 0.073 0.004 0.037 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.019 0.066 0.048 0.185 0.433 0.001 13 P 0.001 0.001 0.033 0.018 0.022 0.004 0.031 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.007 0.556 0.065 0.052 0.184 0.001 14 G 0.001 0.002 0.010 0.009 0.060 0.019 0.307 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.023 0.073 0.076 0.081 0.306 0.001 15 R 0.001 0.002 0.050 0.013 0.027 0.001 0.046 0.025 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.018 0.008 0.446 0.127 0.092 0.139 0.001 16 E 0.003 0.006 0.019 0.020 0.071 0.015 0.218 0.197 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.015 0.199 0.058 0.057 0.099 0.001 17 E 0.009 0.009 0.048 0.067 0.047 0.016 0.179 0.231 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.023 0.014 0.132 0.031 0.109 0.076 0.001 18 V 0.014 0.017 0.016 0.035 0.154 0.003 0.083 0.181 0.003 0.001 0.003 0.003 0.008 0.003 0.022 0.032 0.169 0.070 0.127 0.055 0.002 19 Y 0.006 0.011 0.052 0.063 0.015 0.002 0.022 0.417 0.002 0.001 0.002 0.003 0.003 0.002 0.033 0.008 0.187 0.016 0.077 0.078 0.001 20 P 0.001 0.002 0.001 0.003 0.023 0.003 0.014 0.776 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.134 0.008 0.004 0.014 0.001 21 L 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.003 0.025 0.903 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.040 0.003 0.002 0.003 0.001 22 L 0.002 0.002 0.002 0.004 0.004 0.002 0.017 0.894 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.055 0.003 0.004 0.003 0.001 23 A 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.003 0.028 0.895 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.050 0.002 0.002 0.002 0.001 24 Q 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.030 0.900 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.042 0.004 0.001 0.002 0.001 25 V 0.001 0.003 0.002 0.004 0.007 0.003 0.028 0.871 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.051 0.009 0.005 0.005 0.001 26 A 0.003 0.003 0.005 0.008 0.009 0.005 0.037 0.781 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.103 0.009 0.008 0.006 0.001 27 R 0.004 0.004 0.011 0.012 0.014 0.031 0.109 0.615 0.024 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.003 0.119 0.013 0.009 0.011 0.001 28 R 0.004 0.003 0.010 0.023 0.017 0.011 0.162 0.076 0.146 0.132 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.005 0.326 0.031 0.016 0.021 0.001 29 A 0.002 0.002 0.006 0.013 0.032 0.003 0.429 0.013 0.017 0.015 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.020 0.143 0.033 0.072 0.180 0.001 30 G 0.002 0.003 0.019 0.014 0.039 0.003 0.281 0.006 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.020 0.021 0.064 0.335 0.061 0.117 0.002 31 G 0.012 0.020 0.062 0.027 0.175 0.003 0.053 0.008 0.002 0.001 0.007 0.005 0.011 0.014 0.033 0.172 0.042 0.140 0.108 0.094 0.009 32 V 0.036 0.049 0.209 0.077 0.121 0.001 0.006 0.008 0.001 0.001 0.016 0.012 0.040 0.029 0.174 0.031 0.025 0.016 0.076 0.045 0.027 33 T 0.055 0.068 0.058 0.046 0.252 0.001 0.007 0.011 0.001 0.001 0.044 0.035 0.052 0.047 0.102 0.083 0.018 0.014 0.041 0.014 0.051 34 V 0.070 0.078 0.097 0.114 0.069 0.001 0.006 0.007 0.001 0.001 0.031 0.028 0.087 0.083 0.221 0.036 0.014 0.006 0.019 0.015 0.019 35 R 0.062 0.067 0.051 0.109 0.195 0.001 0.014 0.008 0.001 0.001 0.028 0.031 0.051 0.092 0.098 0.080 0.030 0.014 0.028 0.028 0.011 36 M 0.046 0.050 0.080 0.102 0.171 0.003 0.039 0.013 0.002 0.001 0.010 0.008 0.019 0.026 0.162 0.048 0.099 0.027 0.038 0.052 0.005 37 G 0.025 0.028 0.070 0.092 0.118 0.005 0.104 0.018 0.007 0.004 0.004 0.006 0.009 0.014 0.099 0.037 0.092 0.058 0.060 0.146 0.003 38 D 0.010 0.011 0.059 0.039 0.129 0.006 0.093 0.023 0.003 0.001 0.003 0.002 0.004 0.005 0.037 0.031 0.253 0.060 0.068 0.160 0.002 39 G 0.008 0.014 0.048 0.035 0.104 0.016 0.247 0.052 0.003 0.001 0.002 0.002 0.005 0.005 0.027 0.028 0.131 0.139 0.055 0.077 0.002 40 L 0.015 0.015 0.102 0.051 0.114 0.006 0.081 0.054 0.006 0.002 0.005 0.004 0.006 0.005 0.033 0.030 0.192 0.070 0.124 0.083 0.003 41 A 0.015 0.022 0.082 0.075 0.117 0.020 0.093 0.045 0.009 0.004 0.002 0.004 0.010 0.007 0.053 0.025 0.198 0.050 0.054 0.116 0.001 42 S 0.010 0.016 0.049 0.079 0.122 0.026 0.190 0.027 0.004 0.002 0.003 0.003 0.004 0.004 0.033 0.026 0.136 0.051 0.084 0.131 0.002 43 W 0.012 0.012 0.062 0.067 0.139 0.004 0.091 0.008 0.002 0.001 0.002 0.002 0.005 0.002 0.039 0.019 0.139 0.113 0.121 0.158 0.002 44 S 0.005 0.006 0.076 0.055 0.051 0.001 0.019 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.036 0.014 0.064 0.049 0.150 0.460 0.001 45 P 0.002 0.003 0.031 0.031 0.066 0.001 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.019 0.130 0.025 0.149 0.505 0.001 46 P 0.003 0.007 0.029 0.015 0.114 0.008 0.116 0.027 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.029 0.027 0.424 0.050 0.040 0.101 0.001 47 E 0.020 0.042 0.096 0.078 0.040 0.025 0.327 0.108 0.001 0.001 0.003 0.004 0.011 0.006 0.046 0.016 0.066 0.044 0.029 0.033 0.004 48 V 0.088 0.107 0.030 0.030 0.299 0.002 0.034 0.062 0.001 0.001 0.018 0.018 0.036 0.024 0.026 0.090 0.020 0.020 0.047 0.019 0.025 49 L 0.210 0.162 0.129 0.076 0.044 0.001 0.007 0.032 0.001 0.001 0.012 0.023 0.092 0.055 0.092 0.014 0.014 0.006 0.012 0.006 0.012 50 V 0.223 0.169 0.036 0.079 0.131 0.002 0.009 0.034 0.002 0.001 0.030 0.033 0.055 0.078 0.023 0.032 0.016 0.006 0.013 0.005 0.023 51 L 0.166 0.137 0.063 0.099 0.048 0.003 0.019 0.035 0.008 0.003 0.011 0.031 0.077 0.100 0.112 0.016 0.031 0.008 0.012 0.011 0.010 52 E 0.078 0.102 0.027 0.094 0.121 0.004 0.060 0.059 0.006 0.002 0.012 0.014 0.036 0.057 0.097 0.038 0.112 0.013 0.021 0.038 0.008 53 G 0.051 0.074 0.055 0.047 0.136 0.006 0.115 0.126 0.005 0.002 0.007 0.009 0.017 0.021 0.062 0.036 0.059 0.093 0.031 0.040 0.007 54 T 0.035 0.040 0.095 0.052 0.094 0.007 0.034 0.244 0.006 0.001 0.004 0.004 0.008 0.010 0.039 0.032 0.157 0.041 0.046 0.046 0.004 55 L 0.020 0.023 0.033 0.027 0.096 0.011 0.062 0.365 0.009 0.003 0.002 0.003 0.006 0.009 0.046 0.023 0.177 0.028 0.033 0.023 0.002 56 A 0.008 0.012 0.039 0.045 0.023 0.035 0.090 0.456 0.008 0.004 0.001 0.002 0.003 0.007 0.043 0.009 0.157 0.013 0.017 0.027 0.001 57 R 0.009 0.012 0.012 0.040 0.052 0.020 0.195 0.204 0.041 0.027 0.001 0.003 0.005 0.008 0.021 0.018 0.211 0.054 0.025 0.041 0.001 58 M 0.004 0.005 0.021 0.027 0.042 0.006 0.247 0.113 0.007 0.003 0.002 0.001 0.002 0.002 0.032 0.017 0.257 0.032 0.049 0.129 0.001 59 G 0.005 0.007 0.023 0.018 0.076 0.008 0.219 0.116 0.007 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.015 0.015 0.117 0.235 0.051 0.080 0.001 60 Q 0.008 0.009 0.097 0.051 0.059 0.007 0.046 0.128 0.008 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.031 0.023 0.249 0.063 0.093 0.116 0.002 61 T 0.013 0.025 0.032 0.037 0.187 0.010 0.081 0.210 0.007 0.002 0.002 0.003 0.007 0.005 0.035 0.019 0.163 0.035 0.066 0.060 0.002 62 Y 0.019 0.035 0.089 0.092 0.069 0.009 0.076 0.251 0.004 0.002 0.005 0.005 0.008 0.011 0.071 0.022 0.122 0.028 0.041 0.039 0.003 63 A 0.035 0.067 0.034 0.081 0.163 0.008 0.082 0.198 0.009 0.003 0.006 0.009 0.019 0.020 0.041 0.031 0.102 0.032 0.030 0.024 0.004 64 Y 0.054 0.069 0.096 0.083 0.099 0.013 0.097 0.170 0.009 0.003 0.008 0.010 0.020 0.022 0.079 0.024 0.071 0.019 0.021 0.029 0.004 65 R 0.069 0.075 0.094 0.140 0.142 0.016 0.061 0.079 0.006 0.002 0.005 0.007 0.016 0.014 0.064 0.019 0.079 0.026 0.029 0.050 0.006 66 L 0.060 0.055 0.042 0.063 0.304 0.003 0.062 0.020 0.005 0.001 0.008 0.007 0.021 0.012 0.043 0.035 0.085 0.048 0.067 0.051 0.008 67 Y 0.018 0.019 0.140 0.131 0.046 0.002 0.014 0.011 0.004 0.001 0.005 0.005 0.007 0.006 0.069 0.011 0.043 0.038 0.170 0.256 0.003 68 P 0.003 0.004 0.014 0.022 0.209 0.003 0.014 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.037 0.276 0.043 0.094 0.249 0.001 69 K 0.001 0.002 0.025 0.020 0.032 0.019 0.274 0.016 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.011 0.329 0.057 0.049 0.124 0.001 70 G 0.002 0.002 0.029 0.022 0.034 0.020 0.381 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.012 0.101 0.119 0.087 0.156 0.001 71 R 0.003 0.004 0.035 0.029 0.115 0.003 0.069 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.020 0.037 0.106 0.125 0.206 0.232 0.001 72 R 0.003 0.004 0.096 0.063 0.044 0.002 0.013 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.051 0.012 0.064 0.033 0.152 0.449 0.001 73 P 0.003 0.005 0.022 0.031 0.233 0.003 0.031 0.016 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.023 0.045 0.164 0.066 0.137 0.212 0.001 74 L 0.005 0.009 0.094 0.091 0.065 0.009 0.088 0.045 0.002 0.001 0.003 0.002 0.005 0.003 0.096 0.026 0.123 0.059 0.106 0.167 0.001