# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.002 0.015 0.664 0.005 0.003 0.006 0.001 0.001 0.008 0.190 0.015 0.075 0.016 2 P 0.003 0.012 0.608 0.013 0.021 0.014 0.001 0.001 0.011 0.071 0.095 0.008 0.141 3 W 0.016 0.018 0.374 0.041 0.051 0.033 0.004 0.002 0.027 0.122 0.089 0.177 0.046 4 R 0.063 0.015 0.237 0.044 0.043 0.038 0.019 0.005 0.071 0.047 0.025 0.077 0.317 5 L 0.189 0.012 0.105 0.051 0.025 0.020 0.030 0.011 0.097 0.018 0.010 0.192 0.239 6 E 0.284 0.006 0.054 0.106 0.010 0.014 0.036 0.014 0.075 0.011 0.007 0.218 0.166 7 V 0.323 0.004 0.030 0.015 0.007 0.010 0.044 0.014 0.054 0.008 0.007 0.102 0.382 8 V 0.347 0.007 0.057 0.022 0.007 0.010 0.049 0.013 0.066 0.009 0.010 0.254 0.149 9 L 0.182 0.016 0.174 0.012 0.012 0.011 0.029 0.015 0.052 0.042 0.029 0.124 0.302 10 D 0.011 0.013 0.489 0.007 0.006 0.005 0.004 0.004 0.029 0.187 0.055 0.110 0.079 11 P 0.002 0.014 0.401 0.003 0.006 0.003 0.001 0.001 0.005 0.333 0.196 0.012 0.023 12 P 0.001 0.014 0.621 0.002 0.012 0.004 0.001 0.001 0.003 0.238 0.090 0.008 0.006 13 P 0.001 0.013 0.283 0.003 0.055 0.018 0.001 0.001 0.002 0.271 0.341 0.004 0.009 14 G 0.001 0.026 0.301 0.003 0.062 0.023 0.001 0.001 0.002 0.231 0.337 0.006 0.008 15 R 0.003 0.041 0.432 0.004 0.145 0.099 0.001 0.001 0.004 0.138 0.094 0.012 0.026 16 E 0.006 0.032 0.259 0.008 0.176 0.240 0.001 0.001 0.006 0.089 0.122 0.017 0.043 17 E 0.011 0.030 0.213 0.010 0.110 0.261 0.002 0.001 0.009 0.105 0.128 0.074 0.046 18 V 0.015 0.026 0.248 0.008 0.045 0.362 0.003 0.001 0.010 0.067 0.069 0.014 0.132 19 Y 0.008 0.010 0.250 0.010 0.014 0.484 0.001 0.001 0.006 0.078 0.024 0.096 0.017 20 P 0.005 0.004 0.098 0.003 0.020 0.738 0.001 0.001 0.004 0.018 0.039 0.007 0.062 21 L 0.004 0.002 0.026 0.003 0.019 0.900 0.001 0.001 0.001 0.007 0.016 0.010 0.009 22 L 0.004 0.001 0.007 0.001 0.014 0.955 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.008 23 A 0.005 0.001 0.006 0.002 0.022 0.945 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.005 0.005 24 Q 0.005 0.001 0.003 0.001 0.017 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.005 25 V 0.003 0.001 0.004 0.001 0.009 0.958 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.002 0.004 26 A 0.003 0.001 0.009 0.001 0.011 0.928 0.001 0.001 0.001 0.003 0.035 0.003 0.004 27 R 0.003 0.001 0.012 0.001 0.019 0.894 0.001 0.001 0.001 0.006 0.055 0.004 0.005 28 R 0.003 0.002 0.031 0.002 0.029 0.748 0.001 0.001 0.001 0.028 0.139 0.006 0.012 29 A 0.003 0.002 0.080 0.008 0.036 0.286 0.001 0.001 0.002 0.075 0.483 0.008 0.017 30 G 0.002 0.002 0.072 0.012 0.018 0.051 0.001 0.001 0.003 0.153 0.661 0.015 0.009 31 G 0.012 0.007 0.334 0.016 0.010 0.023 0.002 0.002 0.018 0.232 0.259 0.021 0.064 32 V 0.058 0.011 0.330 0.013 0.004 0.015 0.012 0.012 0.098 0.094 0.021 0.249 0.081 33 T 0.138 0.013 0.113 0.009 0.003 0.014 0.070 0.052 0.139 0.023 0.010 0.061 0.355 34 V 0.198 0.017 0.094 0.033 0.007 0.017 0.094 0.085 0.127 0.018 0.007 0.204 0.098 35 R 0.143 0.017 0.128 0.037 0.009 0.018 0.066 0.056 0.164 0.028 0.021 0.127 0.185 36 M 0.044 0.023 0.287 0.022 0.024 0.023 0.021 0.018 0.081 0.091 0.104 0.062 0.199 37 G 0.008 0.008 0.325 0.023 0.017 0.015 0.003 0.003 0.024 0.272 0.207 0.060 0.036 38 D 0.008 0.014 0.216 0.011 0.068 0.034 0.001 0.001 0.007 0.287 0.286 0.019 0.048 39 G 0.011 0.029 0.226 0.010 0.136 0.066 0.002 0.002 0.007 0.200 0.246 0.029 0.038 40 L 0.022 0.031 0.351 0.008 0.174 0.081 0.004 0.003 0.011 0.118 0.093 0.028 0.078 41 A 0.023 0.029 0.273 0.011 0.199 0.071 0.005 0.002 0.011 0.130 0.135 0.046 0.066 42 S 0.014 0.028 0.259 0.008 0.141 0.052 0.003 0.001 0.005 0.120 0.270 0.040 0.059 43 W 0.007 0.035 0.295 0.007 0.062 0.022 0.002 0.001 0.005 0.230 0.252 0.035 0.048 44 S 0.002 0.017 0.573 0.005 0.008 0.006 0.001 0.001 0.003 0.309 0.041 0.018 0.018 45 P 0.002 0.012 0.599 0.009 0.035 0.019 0.001 0.001 0.004 0.176 0.106 0.011 0.026 46 P 0.005 0.010 0.313 0.030 0.129 0.045 0.001 0.001 0.008 0.115 0.303 0.015 0.025 47 E 0.034 0.013 0.247 0.038 0.098 0.084 0.012 0.008 0.048 0.157 0.080 0.123 0.060 48 V 0.194 0.010 0.070 0.017 0.022 0.042 0.073 0.047 0.104 0.022 0.011 0.049 0.338 49 L 0.374 0.008 0.020 0.027 0.006 0.029 0.109 0.087 0.084 0.006 0.004 0.169 0.076 50 V 0.338 0.009 0.020 0.021 0.009 0.030 0.119 0.094 0.097 0.006 0.007 0.039 0.210 51 L 0.183 0.007 0.115 0.047 0.015 0.067 0.035 0.038 0.105 0.034 0.031 0.193 0.131 52 E 0.044 0.006 0.168 0.053 0.031 0.137 0.010 0.005 0.039 0.099 0.229 0.042 0.137 53 G 0.014 0.005 0.190 0.017 0.028 0.151 0.002 0.002 0.011 0.257 0.239 0.054 0.028 54 T 0.027 0.012 0.210 0.012 0.050 0.346 0.003 0.002 0.013 0.112 0.067 0.071 0.076 55 L 0.036 0.014 0.067 0.005 0.078 0.540 0.005 0.003 0.008 0.033 0.050 0.020 0.140 56 A 0.025 0.014 0.082 0.024 0.118 0.546 0.003 0.001 0.004 0.031 0.085 0.042 0.025 57 R 0.025 0.008 0.064 0.012 0.103 0.485 0.002 0.001 0.003 0.036 0.174 0.024 0.065 58 M 0.012 0.007 0.103 0.020 0.066 0.325 0.002 0.001 0.002 0.073 0.320 0.020 0.049 59 G 0.009 0.005 0.186 0.015 0.030 0.120 0.001 0.001 0.003 0.183 0.373 0.040 0.033 60 Q 0.030 0.014 0.336 0.014 0.025 0.155 0.002 0.001 0.010 0.136 0.068 0.093 0.116 61 T 0.059 0.015 0.221 0.026 0.029 0.176 0.007 0.004 0.024 0.081 0.076 0.068 0.214 62 Y 0.105 0.013 0.147 0.064 0.035 0.165 0.015 0.008 0.039 0.062 0.057 0.166 0.126 63 A 0.167 0.009 0.112 0.037 0.035 0.119 0.023 0.008 0.047 0.023 0.041 0.073 0.305 64 Y 0.263 0.005 0.089 0.050 0.051 0.090 0.024 0.006 0.026 0.020 0.024 0.196 0.157 65 R 0.223 0.008 0.072 0.017 0.028 0.077 0.023 0.006 0.043 0.021 0.038 0.289 0.156 66 L 0.152 0.035 0.130 0.013 0.029 0.044 0.019 0.007 0.028 0.041 0.038 0.053 0.411 67 Y 0.022 0.018 0.521 0.018 0.010 0.013 0.003 0.002 0.021 0.114 0.026 0.189 0.042 68 P 0.007 0.011 0.348 0.010 0.080 0.028 0.001 0.001 0.009 0.115 0.260 0.018 0.113 69 K 0.001 0.004 0.079 0.007 0.088 0.015 0.001 0.001 0.001 0.086 0.705 0.007 0.006 70 G 0.001 0.007 0.189 0.003 0.064 0.011 0.001 0.001 0.003 0.282 0.413 0.017 0.009 71 R 0.003 0.038 0.551 0.002 0.022 0.007 0.001 0.001 0.007 0.236 0.078 0.011 0.044 72 R 0.002 0.051 0.675 0.002 0.006 0.004 0.001 0.001 0.015 0.153 0.024 0.050 0.016 73 P 0.002 0.055 0.742 0.002 0.006 0.004 0.001 0.001 0.016 0.083 0.028 0.007 0.053 74 L 0.001 0.027 0.794 0.005 0.008 0.006 0.001 0.001 0.012 0.089 0.015 0.025 0.015