# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.093 0.018 0.201 0.293 0.016 0.262 0.015 0.004 0.003 0.005 0.017 0.017 0.045 0.001 0.002 0.007 2 P 0.013 0.197 0.180 0.326 0.006 0.131 0.004 0.014 0.003 0.001 0.077 0.013 0.028 0.001 0.002 0.005 3 W 0.008 0.156 0.035 0.654 0.001 0.046 0.001 0.004 0.009 0.002 0.017 0.049 0.013 0.001 0.001 0.004 4 R 0.015 0.078 0.208 0.631 0.001 0.023 0.001 0.002 0.002 0.001 0.007 0.008 0.018 0.001 0.001 0.004 5 L 0.006 0.016 0.208 0.701 0.001 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.015 0.001 0.001 0.002 6 E 0.001 0.023 0.079 0.884 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 7 V 0.001 0.002 0.018 0.941 0.005 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 8 V 0.001 0.033 0.037 0.780 0.064 0.063 0.003 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 9 L 0.001 0.055 0.008 0.879 0.008 0.017 0.001 0.019 0.002 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 10 D 0.005 0.053 0.050 0.682 0.028 0.088 0.008 0.005 0.027 0.018 0.006 0.004 0.006 0.001 0.001 0.017 11 P 0.056 0.068 0.117 0.674 0.019 0.022 0.002 0.007 0.004 0.003 0.013 0.004 0.005 0.001 0.001 0.005 12 P 0.002 0.003 0.008 0.026 0.810 0.082 0.039 0.001 0.001 0.003 0.004 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 13 P 0.001 0.042 0.004 0.030 0.002 0.008 0.001 0.847 0.001 0.001 0.028 0.002 0.001 0.001 0.032 0.001 14 G 0.001 0.010 0.001 0.017 0.001 0.042 0.001 0.004 0.446 0.385 0.018 0.049 0.006 0.001 0.001 0.017 15 R 0.515 0.021 0.016 0.013 0.001 0.035 0.003 0.003 0.003 0.002 0.163 0.130 0.090 0.001 0.003 0.002 16 E 0.006 0.021 0.101 0.024 0.001 0.041 0.002 0.002 0.002 0.001 0.108 0.506 0.177 0.001 0.002 0.005 17 E 0.009 0.023 0.053 0.082 0.002 0.042 0.003 0.001 0.002 0.001 0.045 0.181 0.543 0.001 0.002 0.009 18 V 0.003 0.028 0.067 0.099 0.001 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.021 0.045 0.704 0.001 0.002 0.007 19 Y 0.001 0.003 0.030 0.036 0.001 0.043 0.002 0.001 0.001 0.001 0.019 0.025 0.836 0.001 0.001 0.002 20 P 0.001 0.004 0.002 0.012 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.020 0.895 0.001 0.001 0.001 21 L 0.001 0.007 0.001 0.007 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.121 0.814 0.001 0.001 0.001 22 L 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.026 0.956 0.001 0.002 0.001 23 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.983 0.001 0.001 0.001 24 Q 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.979 0.001 0.001 0.003 25 V 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.971 0.004 0.002 0.004 26 A 0.001 0.004 0.010 0.006 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.949 0.004 0.004 0.006 27 R 0.002 0.006 0.010 0.017 0.002 0.011 0.010 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.896 0.005 0.007 0.022 28 R 0.005 0.004 0.013 0.005 0.074 0.005 0.077 0.002 0.001 0.001 0.010 0.002 0.130 0.636 0.005 0.030 29 A 0.004 0.012 0.023 0.005 0.030 0.005 0.142 0.074 0.001 0.001 0.009 0.005 0.053 0.166 0.463 0.007 30 G 0.006 0.036 0.037 0.021 0.001 0.005 0.007 0.141 0.086 0.040 0.008 0.007 0.052 0.003 0.282 0.269 31 G 0.514 0.020 0.045 0.071 0.001 0.003 0.002 0.001 0.116 0.016 0.003 0.005 0.016 0.001 0.002 0.185 32 V 0.495 0.013 0.355 0.113 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.001 0.001 0.002 33 T 0.003 0.020 0.354 0.574 0.003 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 34 V 0.001 0.011 0.020 0.921 0.010 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 35 R 0.001 0.015 0.017 0.398 0.496 0.039 0.010 0.002 0.001 0.001 0.006 0.004 0.004 0.006 0.001 0.001 36 M 0.003 0.049 0.021 0.386 0.080 0.090 0.003 0.301 0.003 0.003 0.015 0.007 0.017 0.001 0.020 0.002 37 G 0.002 0.028 0.011 0.067 0.367 0.105 0.048 0.022 0.063 0.153 0.052 0.013 0.012 0.037 0.001 0.016 38 D 0.077 0.069 0.010 0.060 0.003 0.036 0.002 0.507 0.009 0.005 0.067 0.045 0.015 0.001 0.092 0.002 39 G 0.010 0.040 0.046 0.046 0.004 0.064 0.005 0.007 0.286 0.135 0.074 0.101 0.038 0.005 0.003 0.134 40 L 0.383 0.059 0.086 0.109 0.006 0.029 0.015 0.006 0.004 0.001 0.056 0.123 0.098 0.004 0.010 0.009 41 A 0.014 0.074 0.356 0.153 0.007 0.071 0.019 0.015 0.006 0.005 0.021 0.073 0.137 0.009 0.014 0.026 42 S 0.032 0.048 0.108 0.217 0.015 0.166 0.030 0.018 0.011 0.008 0.074 0.029 0.177 0.010 0.017 0.041 43 W 0.034 0.227 0.255 0.280 0.003 0.013 0.007 0.009 0.014 0.002 0.026 0.022 0.052 0.002 0.009 0.045 44 S 0.059 0.042 0.286 0.296 0.009 0.124 0.024 0.003 0.005 0.009 0.007 0.045 0.065 0.002 0.004 0.021 45 P 0.018 0.059 0.165 0.109 0.009 0.421 0.008 0.009 0.001 0.002 0.088 0.010 0.089 0.002 0.003 0.007 46 P 0.009 0.196 0.034 0.235 0.002 0.119 0.002 0.013 0.008 0.002 0.236 0.089 0.047 0.001 0.002 0.006 47 E 0.017 0.258 0.096 0.367 0.001 0.020 0.002 0.002 0.010 0.001 0.009 0.155 0.053 0.001 0.003 0.007 48 V 0.013 0.013 0.366 0.444 0.001 0.019 0.002 0.002 0.001 0.001 0.021 0.005 0.099 0.001 0.002 0.012 49 L 0.004 0.019 0.374 0.502 0.004 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.058 0.001 0.001 0.003 50 V 0.003 0.017 0.030 0.689 0.045 0.125 0.004 0.002 0.001 0.001 0.005 0.006 0.067 0.002 0.001 0.002 51 L 0.002 0.040 0.018 0.254 0.388 0.132 0.034 0.013 0.001 0.002 0.037 0.007 0.046 0.022 0.002 0.003 52 E 0.003 0.098 0.021 0.213 0.010 0.060 0.002 0.387 0.011 0.005 0.053 0.018 0.044 0.003 0.063 0.007 53 G 0.018 0.047 0.047 0.224 0.003 0.054 0.003 0.018 0.126 0.146 0.085 0.062 0.104 0.001 0.004 0.059 54 T 0.201 0.042 0.034 0.089 0.007 0.145 0.006 0.004 0.005 0.004 0.077 0.152 0.223 0.003 0.002 0.008 55 L 0.006 0.033 0.064 0.076 0.012 0.100 0.014 0.007 0.001 0.001 0.177 0.103 0.389 0.007 0.005 0.004 56 A 0.002 0.066 0.031 0.126 0.008 0.033 0.007 0.008 0.003 0.001 0.024 0.176 0.495 0.002 0.009 0.007 57 R 0.009 0.011 0.017 0.061 0.091 0.029 0.100 0.005 0.007 0.005 0.020 0.018 0.304 0.274 0.004 0.044 58 M 0.011 0.024 0.121 0.052 0.003 0.013 0.014 0.115 0.002 0.001 0.023 0.017 0.197 0.004 0.391 0.011 59 G 0.009 0.025 0.074 0.056 0.003 0.049 0.008 0.007 0.062 0.068 0.026 0.027 0.316 0.003 0.007 0.260 60 Q 0.417 0.043 0.042 0.110 0.002 0.034 0.006 0.002 0.004 0.001 0.056 0.048 0.217 0.002 0.002 0.013 61 T 0.016 0.103 0.208 0.163 0.003 0.117 0.007 0.004 0.003 0.001 0.030 0.103 0.225 0.003 0.005 0.010 62 Y 0.006 0.068 0.107 0.254 0.004 0.148 0.005 0.005 0.002 0.001 0.055 0.045 0.285 0.002 0.005 0.009 63 A 0.007 0.098 0.086 0.419 0.004 0.044 0.004 0.005 0.002 0.001 0.049 0.043 0.223 0.003 0.004 0.009 64 Y 0.007 0.024 0.125 0.502 0.003 0.031 0.004 0.006 0.002 0.001 0.018 0.021 0.236 0.003 0.007 0.010 65 R 0.010 0.030 0.144 0.483 0.013 0.035 0.012 0.004 0.004 0.001 0.016 0.008 0.195 0.011 0.005 0.030 66 L 0.014 0.055 0.116 0.651 0.011 0.023 0.010 0.006 0.002 0.001 0.006 0.007 0.066 0.004 0.006 0.021 67 Y 0.012 0.029 0.129 0.375 0.065 0.267 0.015 0.006 0.004 0.007 0.006 0.008 0.057 0.003 0.002 0.015 68 P 0.007 0.020 0.013 0.040 0.571 0.081 0.086 0.009 0.001 0.003 0.076 0.004 0.014 0.071 0.001 0.002 69 K 0.003 0.154 0.010 0.066 0.005 0.019 0.003 0.521 0.009 0.003 0.032 0.038 0.009 0.004 0.123 0.003 70 G 0.008 0.027 0.028 0.070 0.003 0.018 0.008 0.007 0.456 0.143 0.020 0.027 0.032 0.002 0.008 0.144 71 R 0.594 0.060 0.137 0.109 0.002 0.005 0.009 0.002 0.008 0.002 0.008 0.018 0.018 0.001 0.003 0.021 72 R 0.033 0.018 0.549 0.286 0.008 0.049 0.006 0.004 0.002 0.003 0.004 0.012 0.015 0.001 0.002 0.007 73 P 0.009 0.020 0.076 0.191 0.227 0.369 0.024 0.007 0.002 0.006 0.031 0.008 0.022 0.005 0.001 0.003 74 L 0.007 0.231 0.015 0.242 0.062 0.074 0.009 0.106 0.008 0.004 0.161 0.042 0.020 0.008 0.007 0.003