# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.211 0.039 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.009 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.103 0.095 0.418 2 P 0.038 0.024 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.077 0.046 0.137 0.659 3 W 0.021 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.002 0.005 0.005 0.003 0.002 0.252 0.045 0.120 0.514 4 R 0.020 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.002 0.004 0.008 0.008 0.004 0.301 0.064 0.101 0.459 5 L 0.015 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.003 0.005 0.004 0.481 0.075 0.068 0.325 6 E 0.010 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.004 0.639 0.069 0.035 0.218 7 V 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.003 0.620 0.063 0.044 0.229 8 V 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.610 0.039 0.052 0.273 9 L 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.334 0.030 0.093 0.515 10 D 0.012 0.003 0.001 0.001 0.006 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.149 0.066 0.134 0.605 11 P 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.017 0.114 0.818 12 P 0.303 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.098 0.069 0.476 13 P 0.036 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.036 0.106 0.762 14 G 0.060 0.085 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.054 0.089 0.685 15 R 0.218 0.166 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.009 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.093 0.081 0.378 16 E 0.083 0.115 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.053 0.044 0.121 0.565 17 E 0.013 0.215 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.003 0.008 0.002 0.089 0.040 0.128 0.487 18 V 0.044 0.595 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.029 0.032 0.046 0.242 19 Y 0.081 0.798 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.030 0.015 0.056 20 P 0.028 0.796 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.025 0.020 0.110 21 L 0.026 0.859 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.032 0.013 0.052 22 L 0.030 0.919 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 0.006 0.021 23 A 0.023 0.882 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.024 0.009 0.049 24 Q 0.042 0.833 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.028 0.009 0.067 25 V 0.133 0.590 0.046 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.080 0.023 0.106 26 A 0.116 0.135 0.175 0.003 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.265 0.049 0.229 27 R 0.250 0.009 0.051 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.051 0.037 0.554 28 R 0.203 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.027 0.055 0.690 29 A 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.017 0.124 0.810 30 G 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.130 0.021 0.112 0.730 31 G 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.125 0.037 0.079 0.720 32 V 0.006 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.019 0.012 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.477 0.040 0.053 0.364 33 T 0.011 0.008 0.001 0.001 0.005 0.008 0.020 0.008 0.001 0.001 0.002 0.002 0.025 0.012 0.017 0.010 0.433 0.066 0.041 0.328 34 V 0.007 0.005 0.001 0.001 0.066 0.047 0.031 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.033 0.038 0.013 0.375 0.065 0.038 0.246 35 R 0.042 0.006 0.003 0.001 0.056 0.008 0.013 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.005 0.474 0.070 0.048 0.261 36 M 0.180 0.019 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.184 0.075 0.071 0.459 37 G 0.077 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.102 0.039 0.116 0.633 38 D 0.021 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.102 0.064 0.117 0.661 39 G 0.054 0.035 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.101 0.199 0.106 0.392 40 L 0.172 0.022 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.032 0.014 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.070 0.106 0.104 0.415 41 A 0.073 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 0.003 0.030 0.008 0.004 0.002 0.117 0.062 0.118 0.553 42 S 0.022 0.005 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.017 0.023 0.011 0.003 0.090 0.041 0.133 0.640 43 W 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.080 0.019 0.159 0.721 44 S 0.027 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.039 0.173 0.651 45 P 0.242 0.078 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.062 0.097 0.468 46 P 0.044 0.068 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.042 0.179 0.616 47 E 0.024 0.064 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.455 0.057 0.088 0.304 48 V 0.032 0.070 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.302 0.070 0.079 0.424 49 L 0.019 0.033 0.007 0.001 0.012 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.003 0.003 0.003 0.647 0.059 0.042 0.156 50 V 0.019 0.031 0.004 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.003 0.448 0.128 0.062 0.285 51 L 0.088 0.199 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.334 0.128 0.054 0.182 52 E 0.072 0.421 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.123 0.045 0.060 0.273 53 G 0.045 0.435 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.044 0.064 0.319 54 T 0.123 0.380 0.009 0.001 0.002 0.003 0.004 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.105 0.083 0.056 0.221 55 L 0.113 0.123 0.074 0.002 0.019 0.006 0.010 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.163 0.082 0.309 56 A 0.225 0.067 0.020 0.001 0.008 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.099 0.067 0.082 0.417 57 R 0.245 0.048 0.009 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.052 0.198 0.074 0.361 58 M 0.035 0.071 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.082 0.129 0.610 59 G 0.070 0.179 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.064 0.118 0.519 60 Q 0.046 0.181 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.174 0.073 0.090 0.403 61 T 0.035 0.174 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.144 0.130 0.088 0.403 62 Y 0.080 0.135 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.007 0.002 0.009 0.009 0.003 0.003 0.237 0.137 0.068 0.286 63 A 0.093 0.075 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.008 0.007 0.006 0.286 0.131 0.062 0.316 64 Y 0.055 0.030 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.005 0.319 0.051 0.067 0.450 65 R 0.006 0.010 0.003 0.002 0.009 0.017 0.020 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.480 0.043 0.074 0.323 66 L 0.007 0.005 0.005 0.001 0.015 0.017 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.191 0.047 0.100 0.595 67 Y 0.148 0.009 0.008 0.002 0.023 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.181 0.173 0.081 0.361 68 P 0.308 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.064 0.063 0.527 69 K 0.052 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.025 0.094 0.812 70 G 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.017 0.107 0.774 71 R 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.014 0.087 0.827 72 R 0.024 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.020 0.042 0.039 0.002 0.004 0.002 0.002 0.001 0.125 0.035 0.120 0.574 73 P 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.007 0.004 0.002 0.037 0.019 0.094 0.798 74 L 0.042 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.011 0.017 0.004 0.070 0.039 0.107 0.688