# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.141 0.036 0.004 0.025 0.078 0.084 0.126 0.009 0.001 0.053 0.443 2 P 0.051 0.019 0.002 0.035 0.037 0.087 0.138 0.004 0.001 0.043 0.584 3 W 0.017 0.015 0.003 0.059 0.119 0.249 0.095 0.003 0.001 0.043 0.397 4 R 0.015 0.011 0.002 0.077 0.121 0.251 0.066 0.003 0.001 0.067 0.387 5 L 0.009 0.008 0.002 0.069 0.243 0.308 0.045 0.003 0.001 0.063 0.250 6 E 0.009 0.005 0.001 0.091 0.235 0.313 0.033 0.002 0.001 0.063 0.247 7 V 0.011 0.002 0.001 0.077 0.263 0.315 0.031 0.001 0.001 0.052 0.248 8 V 0.007 0.001 0.001 0.073 0.174 0.288 0.056 0.002 0.001 0.065 0.332 9 L 0.006 0.001 0.001 0.070 0.173 0.200 0.075 0.001 0.001 0.044 0.430 10 D 0.022 0.002 0.001 0.023 0.058 0.112 0.129 0.001 0.001 0.056 0.596 11 P 0.014 0.001 0.001 0.009 0.010 0.012 0.095 0.001 0.001 0.021 0.838 12 P 0.464 0.009 0.001 0.004 0.005 0.006 0.077 0.004 0.001 0.031 0.400 13 P 0.025 0.013 0.001 0.005 0.004 0.006 0.105 0.001 0.001 0.014 0.826 14 G 0.071 0.070 0.001 0.006 0.006 0.008 0.082 0.003 0.001 0.032 0.721 15 R 0.184 0.170 0.001 0.013 0.038 0.034 0.086 0.010 0.001 0.059 0.404 16 E 0.036 0.071 0.001 0.013 0.017 0.021 0.108 0.001 0.001 0.084 0.648 17 E 0.014 0.236 0.002 0.027 0.049 0.061 0.077 0.002 0.001 0.044 0.486 18 V 0.026 0.621 0.001 0.008 0.012 0.014 0.032 0.005 0.001 0.020 0.260 19 Y 0.028 0.863 0.002 0.003 0.009 0.007 0.010 0.005 0.001 0.021 0.052 20 P 0.015 0.868 0.002 0.003 0.005 0.005 0.012 0.002 0.001 0.025 0.063 21 L 0.010 0.913 0.003 0.002 0.003 0.003 0.007 0.002 0.001 0.025 0.033 22 L 0.012 0.934 0.001 0.002 0.001 0.003 0.006 0.005 0.001 0.023 0.013 23 A 0.008 0.932 0.002 0.001 0.002 0.003 0.005 0.002 0.001 0.024 0.021 24 Q 0.019 0.875 0.004 0.002 0.006 0.005 0.007 0.003 0.001 0.034 0.044 25 V 0.048 0.780 0.008 0.005 0.003 0.006 0.020 0.013 0.003 0.048 0.065 26 A 0.095 0.155 0.204 0.018 0.013 0.019 0.045 0.020 0.143 0.170 0.118 27 R 0.389 0.023 0.014 0.008 0.007 0.013 0.065 0.006 0.011 0.052 0.411 28 R 0.097 0.008 0.002 0.014 0.005 0.011 0.075 0.004 0.001 0.019 0.763 29 A 0.050 0.003 0.003 0.016 0.005 0.009 0.147 0.001 0.001 0.024 0.741 30 G 0.006 0.005 0.001 0.030 0.009 0.035 0.139 0.001 0.001 0.029 0.746 31 G 0.008 0.006 0.001 0.032 0.051 0.085 0.098 0.002 0.001 0.040 0.677 32 V 0.006 0.006 0.001 0.238 0.214 0.197 0.047 0.001 0.001 0.044 0.247 33 T 0.011 0.009 0.001 0.209 0.109 0.186 0.052 0.002 0.001 0.080 0.341 34 V 0.014 0.006 0.002 0.326 0.137 0.149 0.048 0.002 0.001 0.049 0.267 35 R 0.054 0.016 0.003 0.176 0.114 0.190 0.072 0.004 0.002 0.080 0.289 36 M 0.084 0.019 0.002 0.062 0.043 0.071 0.104 0.006 0.001 0.050 0.558 37 G 0.079 0.032 0.002 0.040 0.037 0.055 0.110 0.008 0.001 0.048 0.588 38 D 0.037 0.026 0.002 0.038 0.051 0.078 0.130 0.005 0.001 0.068 0.565 39 G 0.058 0.033 0.004 0.045 0.062 0.113 0.122 0.007 0.001 0.088 0.466 40 L 0.105 0.017 0.003 0.030 0.072 0.087 0.109 0.010 0.002 0.074 0.490 41 A 0.078 0.007 0.002 0.045 0.060 0.128 0.114 0.004 0.001 0.060 0.501 42 S 0.035 0.003 0.001 0.029 0.035 0.089 0.120 0.001 0.001 0.059 0.626 43 W 0.006 0.006 0.001 0.035 0.036 0.078 0.164 0.001 0.001 0.028 0.645 44 S 0.066 0.045 0.002 0.022 0.037 0.043 0.138 0.005 0.001 0.055 0.586 45 P 0.261 0.157 0.002 0.014 0.020 0.026 0.100 0.019 0.001 0.096 0.305 46 P 0.047 0.182 0.002 0.018 0.020 0.041 0.113 0.004 0.001 0.058 0.514 47 E 0.020 0.148 0.002 0.074 0.083 0.213 0.094 0.002 0.001 0.060 0.304 48 V 0.019 0.120 0.001 0.132 0.080 0.242 0.059 0.003 0.001 0.076 0.268 49 L 0.012 0.117 0.005 0.175 0.218 0.228 0.035 0.002 0.001 0.070 0.136 50 V 0.029 0.101 0.003 0.073 0.103 0.117 0.046 0.002 0.001 0.259 0.267 51 L 0.048 0.258 0.005 0.051 0.054 0.061 0.075 0.007 0.001 0.154 0.285 52 E 0.048 0.423 0.003 0.022 0.021 0.031 0.060 0.012 0.001 0.054 0.326 53 G 0.031 0.518 0.004 0.022 0.017 0.041 0.052 0.005 0.001 0.048 0.260 54 T 0.068 0.556 0.006 0.023 0.028 0.036 0.043 0.008 0.002 0.064 0.166 55 L 0.136 0.266 0.044 0.035 0.027 0.031 0.061 0.023 0.012 0.173 0.193 56 A 0.241 0.217 0.010 0.027 0.019 0.030 0.067 0.013 0.003 0.085 0.287 57 R 0.107 0.080 0.005 0.021 0.013 0.023 0.085 0.003 0.001 0.204 0.459 58 M 0.017 0.116 0.004 0.029 0.017 0.026 0.142 0.004 0.001 0.077 0.567 59 G 0.062 0.257 0.003 0.018 0.017 0.026 0.086 0.012 0.001 0.056 0.461 60 Q 0.057 0.316 0.004 0.023 0.056 0.068 0.079 0.009 0.001 0.047 0.340 61 T 0.055 0.225 0.007 0.055 0.050 0.093 0.080 0.008 0.002 0.065 0.359 62 Y 0.099 0.155 0.018 0.046 0.077 0.145 0.069 0.018 0.004 0.076 0.294 63 A 0.133 0.092 0.006 0.040 0.056 0.138 0.074 0.019 0.002 0.067 0.373 64 Y 0.055 0.020 0.003 0.040 0.106 0.145 0.078 0.003 0.001 0.085 0.462 65 R 0.010 0.009 0.002 0.044 0.103 0.194 0.093 0.001 0.001 0.056 0.488 66 L 0.009 0.009 0.002 0.050 0.091 0.144 0.099 0.002 0.002 0.055 0.537 67 Y 0.192 0.012 0.005 0.023 0.099 0.076 0.080 0.010 0.004 0.095 0.405 68 P 0.199 0.006 0.001 0.012 0.015 0.024 0.078 0.006 0.001 0.048 0.611 69 K 0.056 0.002 0.001 0.007 0.005 0.012 0.089 0.002 0.001 0.029 0.797 70 G 0.012 0.002 0.001 0.009 0.013 0.020 0.104 0.001 0.001 0.022 0.817 71 R 0.016 0.002 0.001 0.009 0.017 0.019 0.106 0.001 0.001 0.029 0.801 72 R 0.035 0.003 0.001 0.020 0.046 0.032 0.121 0.001 0.001 0.043 0.698 73 P 0.032 0.005 0.001 0.020 0.011 0.020 0.116 0.002 0.001 0.034 0.760 74 L 0.041 0.008 0.001 0.023 0.018 0.025 0.134 0.002 0.001 0.039 0.708