# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.150 0.032 0.012 0.064 0.063 0.096 0.053 0.530 2 P 0.037 0.037 0.023 0.028 0.057 0.102 0.052 0.664 3 W 0.024 0.044 0.056 0.084 0.183 0.115 0.070 0.423 4 R 0.026 0.034 0.076 0.126 0.182 0.073 0.126 0.356 5 L 0.018 0.030 0.076 0.162 0.186 0.065 0.126 0.336 6 E 0.013 0.009 0.134 0.169 0.352 0.046 0.085 0.190 7 V 0.021 0.007 0.125 0.217 0.292 0.054 0.065 0.218 8 V 0.012 0.005 0.156 0.167 0.261 0.062 0.044 0.293 9 L 0.026 0.004 0.081 0.131 0.188 0.091 0.036 0.443 10 D 0.036 0.008 0.047 0.091 0.111 0.127 0.063 0.517 11 P 0.095 0.013 0.024 0.018 0.027 0.145 0.034 0.643 12 P 0.271 0.031 0.016 0.016 0.018 0.110 0.046 0.492 13 P 0.035 0.020 0.009 0.006 0.009 0.101 0.021 0.799 14 G 0.106 0.081 0.015 0.009 0.019 0.085 0.090 0.594 15 R 0.265 0.178 0.011 0.022 0.026 0.073 0.108 0.317 16 E 0.056 0.100 0.015 0.019 0.026 0.086 0.069 0.629 17 E 0.013 0.220 0.023 0.032 0.057 0.099 0.042 0.513 18 V 0.022 0.499 0.016 0.013 0.024 0.060 0.038 0.328 19 Y 0.039 0.843 0.009 0.011 0.008 0.011 0.036 0.044 20 P 0.019 0.865 0.009 0.006 0.007 0.009 0.043 0.041 21 L 0.016 0.925 0.004 0.002 0.003 0.005 0.024 0.021 22 L 0.013 0.935 0.004 0.002 0.003 0.004 0.022 0.016 23 A 0.007 0.903 0.005 0.004 0.005 0.006 0.031 0.039 24 Q 0.013 0.838 0.013 0.007 0.007 0.010 0.066 0.046 25 V 0.080 0.666 0.031 0.019 0.013 0.018 0.110 0.063 26 A 0.158 0.176 0.082 0.032 0.032 0.050 0.238 0.231 27 R 0.176 0.039 0.037 0.018 0.016 0.067 0.098 0.549 28 R 0.246 0.013 0.010 0.005 0.006 0.059 0.032 0.631 29 A 0.032 0.004 0.007 0.004 0.006 0.091 0.021 0.835 30 G 0.014 0.010 0.016 0.010 0.035 0.143 0.025 0.748 31 G 0.013 0.011 0.032 0.036 0.079 0.102 0.039 0.687 32 V 0.016 0.015 0.112 0.259 0.177 0.075 0.050 0.295 33 T 0.012 0.013 0.190 0.158 0.210 0.048 0.090 0.280 34 V 0.030 0.010 0.177 0.203 0.173 0.057 0.058 0.293 35 R 0.055 0.010 0.204 0.146 0.138 0.073 0.068 0.306 36 M 0.064 0.014 0.043 0.033 0.049 0.106 0.034 0.658 37 G 0.114 0.025 0.036 0.028 0.048 0.088 0.052 0.608 38 D 0.044 0.016 0.034 0.044 0.067 0.116 0.079 0.601 39 G 0.051 0.016 0.046 0.051 0.101 0.106 0.159 0.469 40 L 0.086 0.009 0.038 0.104 0.118 0.097 0.066 0.483 41 A 0.056 0.004 0.028 0.061 0.087 0.090 0.053 0.620 42 S 0.019 0.005 0.018 0.030 0.064 0.115 0.037 0.711 43 W 0.008 0.003 0.022 0.029 0.048 0.157 0.023 0.709 44 S 0.079 0.029 0.018 0.031 0.033 0.120 0.044 0.647 45 P 0.251 0.121 0.016 0.018 0.023 0.093 0.082 0.396 46 P 0.069 0.147 0.030 0.021 0.046 0.104 0.064 0.518 47 E 0.041 0.135 0.069 0.064 0.149 0.082 0.098 0.361 48 V 0.024 0.081 0.089 0.093 0.174 0.085 0.087 0.367 49 L 0.015 0.053 0.135 0.183 0.291 0.062 0.067 0.194 50 V 0.024 0.037 0.100 0.119 0.186 0.080 0.162 0.292 51 L 0.042 0.211 0.060 0.099 0.122 0.069 0.158 0.238 52 E 0.047 0.381 0.024 0.038 0.079 0.066 0.032 0.334 53 G 0.041 0.385 0.063 0.066 0.083 0.053 0.061 0.248 54 T 0.070 0.610 0.022 0.053 0.052 0.030 0.049 0.114 55 L 0.135 0.207 0.099 0.053 0.059 0.044 0.194 0.209 56 A 0.206 0.119 0.027 0.057 0.056 0.070 0.096 0.369 57 R 0.161 0.028 0.016 0.017 0.023 0.058 0.223 0.475 58 M 0.015 0.049 0.012 0.015 0.033 0.134 0.068 0.674 59 G 0.030 0.098 0.022 0.028 0.077 0.097 0.043 0.605 60 Q 0.062 0.223 0.020 0.070 0.071 0.083 0.044 0.428 61 T 0.067 0.292 0.039 0.065 0.121 0.057 0.072 0.287 62 Y 0.083 0.119 0.059 0.145 0.178 0.062 0.083 0.271 63 A 0.061 0.058 0.058 0.144 0.204 0.071 0.069 0.334 64 Y 0.072 0.029 0.048 0.113 0.134 0.069 0.053 0.482 65 R 0.012 0.014 0.052 0.177 0.257 0.092 0.039 0.357 66 L 0.008 0.004 0.046 0.057 0.110 0.084 0.043 0.650 67 Y 0.343 0.010 0.036 0.124 0.085 0.071 0.091 0.240 68 P 0.426 0.005 0.008 0.019 0.025 0.050 0.031 0.435 69 K 0.033 0.001 0.007 0.009 0.023 0.091 0.013 0.824 70 G 0.010 0.001 0.014 0.016 0.052 0.109 0.020 0.778 71 R 0.016 0.001 0.014 0.036 0.040 0.102 0.025 0.766 72 R 0.045 0.003 0.031 0.071 0.053 0.108 0.043 0.646 73 P 0.036 0.005 0.022 0.026 0.040 0.094 0.043 0.734 74 L 0.044 0.007 0.035 0.037 0.052 0.094 0.044 0.687