# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.374 0.213 0.061 0.123 0.083 0.054 0.046 0.021 0.013 0.008 0.004 2 P 0.377 0.151 0.053 0.141 0.101 0.064 0.051 0.026 0.018 0.011 0.006 3 W 0.066 0.049 0.034 0.089 0.101 0.142 0.182 0.119 0.105 0.069 0.044 4 R 0.052 0.124 0.090 0.232 0.192 0.113 0.093 0.043 0.032 0.019 0.010 5 L 0.008 0.009 0.015 0.029 0.038 0.069 0.144 0.198 0.204 0.160 0.128 6 E 0.057 0.092 0.109 0.290 0.205 0.093 0.067 0.033 0.027 0.019 0.007 7 V 0.008 0.014 0.023 0.041 0.041 0.062 0.129 0.157 0.204 0.183 0.138 8 V 0.021 0.031 0.041 0.104 0.097 0.097 0.163 0.121 0.133 0.115 0.077 9 L 0.015 0.021 0.034 0.065 0.067 0.090 0.169 0.156 0.167 0.129 0.085 10 D 0.097 0.160 0.113 0.221 0.165 0.081 0.074 0.040 0.026 0.017 0.007 11 P 0.193 0.094 0.044 0.112 0.102 0.104 0.138 0.085 0.064 0.043 0.020 12 P 0.307 0.166 0.039 0.110 0.085 0.078 0.080 0.047 0.042 0.030 0.016 13 P 0.312 0.213 0.046 0.114 0.090 0.063 0.067 0.039 0.027 0.018 0.010 14 G 0.378 0.248 0.048 0.093 0.072 0.045 0.046 0.030 0.020 0.013 0.008 15 R 0.207 0.212 0.042 0.138 0.145 0.091 0.078 0.041 0.024 0.014 0.008 16 E 0.490 0.157 0.058 0.104 0.073 0.039 0.036 0.020 0.011 0.006 0.003 17 E 0.219 0.134 0.081 0.209 0.145 0.091 0.065 0.030 0.015 0.008 0.003 18 V 0.019 0.029 0.036 0.067 0.064 0.092 0.172 0.151 0.164 0.130 0.076 19 Y 0.010 0.018 0.028 0.075 0.114 0.180 0.246 0.155 0.093 0.056 0.025 20 P 0.176 0.130 0.324 0.188 0.075 0.044 0.029 0.014 0.010 0.008 0.002 21 L 0.012 0.018 0.044 0.077 0.091 0.154 0.228 0.143 0.115 0.078 0.040 22 L 0.009 0.013 0.021 0.028 0.032 0.046 0.135 0.142 0.222 0.204 0.148 23 A 0.012 0.021 0.078 0.123 0.143 0.189 0.198 0.093 0.070 0.051 0.022 24 Q 0.032 0.056 0.355 0.246 0.141 0.069 0.052 0.023 0.014 0.008 0.003 25 V 0.004 0.006 0.018 0.024 0.029 0.061 0.189 0.172 0.212 0.160 0.125 26 A 0.013 0.019 0.054 0.073 0.069 0.083 0.188 0.127 0.158 0.126 0.090 27 R 0.016 0.028 0.209 0.187 0.198 0.123 0.118 0.053 0.034 0.024 0.010 28 R 0.039 0.056 0.179 0.195 0.165 0.142 0.131 0.044 0.026 0.015 0.007 29 A 0.100 0.069 0.055 0.088 0.080 0.107 0.172 0.110 0.099 0.078 0.042 30 G 0.392 0.183 0.051 0.090 0.064 0.063 0.071 0.035 0.026 0.015 0.009 31 G 0.288 0.188 0.080 0.163 0.102 0.060 0.048 0.027 0.022 0.014 0.009 32 V 0.039 0.027 0.020 0.043 0.050 0.070 0.141 0.166 0.182 0.139 0.124 33 T 0.079 0.134 0.058 0.208 0.188 0.096 0.099 0.055 0.041 0.026 0.016 34 V 0.010 0.013 0.019 0.031 0.030 0.055 0.103 0.117 0.211 0.200 0.211 35 R 0.069 0.112 0.084 0.222 0.183 0.109 0.097 0.046 0.037 0.026 0.015 36 M 0.033 0.043 0.032 0.080 0.073 0.097 0.155 0.154 0.137 0.112 0.083 37 G 0.181 0.129 0.051 0.157 0.129 0.100 0.091 0.058 0.046 0.036 0.023 38 D 0.260 0.224 0.066 0.149 0.104 0.059 0.055 0.031 0.025 0.017 0.009 39 G 0.316 0.123 0.038 0.138 0.109 0.078 0.079 0.048 0.036 0.021 0.013 40 L 0.058 0.049 0.028 0.092 0.085 0.088 0.133 0.108 0.146 0.121 0.093 41 A 0.053 0.079 0.041 0.128 0.110 0.127 0.164 0.102 0.099 0.057 0.040 42 S 0.133 0.151 0.075 0.190 0.152 0.090 0.092 0.045 0.036 0.024 0.013 43 W 0.060 0.038 0.024 0.065 0.067 0.089 0.142 0.143 0.151 0.117 0.104 44 S 0.204 0.222 0.060 0.166 0.111 0.073 0.070 0.035 0.027 0.020 0.011 45 P 0.204 0.159 0.048 0.140 0.111 0.081 0.096 0.063 0.045 0.032 0.022 46 P 0.216 0.115 0.039 0.123 0.131 0.124 0.102 0.063 0.043 0.028 0.016 47 E 0.218 0.194 0.067 0.233 0.129 0.071 0.045 0.019 0.013 0.008 0.003 48 V 0.016 0.018 0.019 0.057 0.071 0.093 0.159 0.185 0.172 0.117 0.093 49 L 0.014 0.028 0.038 0.077 0.099 0.103 0.165 0.159 0.137 0.113 0.067 50 V 0.007 0.025 0.076 0.097 0.087 0.098 0.152 0.130 0.130 0.132 0.066 51 L 0.005 0.013 0.038 0.047 0.055 0.084 0.161 0.167 0.177 0.156 0.097 52 E 0.054 0.091 0.101 0.208 0.187 0.106 0.109 0.055 0.042 0.033 0.013 53 G 0.210 0.092 0.084 0.149 0.119 0.093 0.101 0.059 0.044 0.032 0.016 54 T 0.074 0.091 0.070 0.178 0.159 0.126 0.131 0.065 0.056 0.034 0.016 55 L 0.021 0.023 0.030 0.054 0.050 0.064 0.147 0.147 0.196 0.154 0.115 56 A 0.031 0.044 0.090 0.152 0.152 0.142 0.160 0.087 0.073 0.048 0.022 57 R 0.065 0.118 0.193 0.205 0.142 0.095 0.084 0.040 0.030 0.019 0.009 58 M 0.033 0.033 0.035 0.063 0.071 0.115 0.202 0.160 0.130 0.094 0.064 59 G 0.204 0.112 0.086 0.124 0.097 0.084 0.101 0.066 0.058 0.045 0.022 60 Q 0.102 0.093 0.106 0.179 0.145 0.116 0.112 0.060 0.045 0.029 0.014 61 T 0.084 0.069 0.089 0.161 0.139 0.125 0.132 0.075 0.064 0.039 0.023 62 Y 0.021 0.026 0.037 0.072 0.081 0.108 0.188 0.151 0.148 0.103 0.064 63 A 0.019 0.034 0.066 0.110 0.101 0.116 0.167 0.116 0.125 0.089 0.057 64 Y 0.009 0.014 0.044 0.065 0.074 0.101 0.176 0.154 0.160 0.121 0.081 65 R 0.027 0.044 0.103 0.186 0.172 0.126 0.146 0.076 0.064 0.039 0.017 66 L 0.016 0.023 0.036 0.050 0.047 0.080 0.167 0.161 0.172 0.150 0.099 67 Y 0.028 0.032 0.037 0.085 0.083 0.117 0.185 0.152 0.126 0.097 0.058 68 P 0.187 0.155 0.098 0.143 0.101 0.081 0.088 0.056 0.043 0.031 0.017 69 K 0.307 0.236 0.076 0.147 0.100 0.048 0.039 0.021 0.013 0.009 0.004 70 G 0.474 0.123 0.035 0.076 0.066 0.052 0.063 0.045 0.032 0.022 0.012 71 R 0.178 0.160 0.056 0.145 0.123 0.094 0.092 0.057 0.045 0.033 0.017 72 R 0.235 0.167 0.085 0.130 0.093 0.084 0.088 0.053 0.035 0.020 0.011 73 P 0.368 0.172 0.073 0.128 0.090 0.060 0.051 0.027 0.017 0.010 0.004 74 L 0.150 0.071 0.043 0.098 0.099 0.131 0.141 0.095 0.082 0.057 0.032