# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.088 0.008 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.012 0.146 0.657 2 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.995 3 W 0.015 0.004 0.002 0.001 0.015 0.010 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.398 0.006 0.097 0.440 4 R 0.100 0.010 0.001 0.001 0.003 0.004 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.283 0.008 0.068 0.511 5 L 0.032 0.014 0.002 0.001 0.007 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.556 0.005 0.036 0.335 6 E 0.015 0.007 0.001 0.001 0.004 0.004 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.700 0.005 0.055 0.193 7 V 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 0.008 0.518 0.002 0.035 0.391 8 V 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.030 0.040 0.010 0.769 0.003 0.021 0.104 9 L 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.017 0.037 0.015 0.006 0.556 0.003 0.036 0.294 10 D 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.015 0.005 0.010 0.011 0.005 0.004 0.403 0.003 0.039 0.467 11 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.007 0.975 12 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.014 0.979 13 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 14 G 0.094 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.009 0.113 0.725 15 R 0.482 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.006 0.052 0.423 16 E 0.053 0.019 0.001 0.001 0.009 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.003 0.081 0.751 17 E 0.127 0.023 0.003 0.001 0.008 0.030 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.093 0.014 0.164 0.523 18 V 0.176 0.120 0.016 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.102 0.013 0.083 0.477 19 Y 0.086 0.136 0.006 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.305 0.010 0.081 0.363 20 P 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.986 21 L 0.030 0.080 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.144 0.005 0.128 0.605 22 L 0.108 0.386 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.006 0.107 0.362 23 A 0.046 0.732 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.006 0.026 0.149 24 Q 0.022 0.847 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.005 0.012 0.096 25 V 0.021 0.893 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 0.004 0.065 26 A 0.015 0.928 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.005 0.034 27 R 0.041 0.902 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.010 0.003 0.030 28 R 0.076 0.817 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.033 0.004 0.052 29 A 0.157 0.664 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.072 0.005 0.074 30 G 0.188 0.120 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.122 0.040 0.467 31 G 0.127 0.015 0.161 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.036 0.107 0.493 32 V 0.183 0.007 0.059 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.213 0.016 0.125 0.375 33 T 0.005 0.006 0.002 0.007 0.009 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.003 0.255 0.002 0.070 0.622 34 V 0.006 0.006 0.004 0.003 0.052 0.018 0.042 0.014 0.002 0.001 0.005 0.004 0.053 0.079 0.042 0.013 0.364 0.005 0.048 0.239 35 R 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.006 0.012 0.006 0.005 0.004 0.019 0.004 0.020 0.015 0.008 0.008 0.484 0.003 0.119 0.272 36 M 0.009 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.041 0.007 0.002 0.003 0.001 0.002 0.003 0.458 0.003 0.050 0.316 37 G 0.019 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.328 0.008 0.113 0.481 38 D 0.023 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.013 0.121 0.775 39 G 0.194 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.119 0.041 0.110 0.517 40 L 0.219 0.026 0.015 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.133 0.017 0.183 0.389 41 A 0.032 0.036 0.004 0.002 0.095 0.009 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.008 0.006 0.212 0.013 0.119 0.438 42 S 0.047 0.033 0.005 0.002 0.025 0.054 0.027 0.011 0.003 0.001 0.002 0.004 0.013 0.028 0.016 0.008 0.064 0.015 0.067 0.574 43 W 0.123 0.030 0.010 0.002 0.001 0.006 0.007 0.005 0.003 0.002 0.003 0.002 0.007 0.007 0.004 0.003 0.153 0.015 0.070 0.546 44 S 0.054 0.022 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.007 0.188 0.603 45 P 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.020 0.936 46 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.011 0.984 47 E 0.098 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.125 0.011 0.141 0.613 48 V 0.347 0.073 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.122 0.017 0.041 0.387 49 L 0.039 0.127 0.002 0.001 0.014 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.008 0.002 0.002 0.653 0.005 0.019 0.109 50 V 0.013 0.077 0.003 0.001 0.012 0.023 0.006 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.003 0.587 0.006 0.035 0.215 51 L 0.014 0.086 0.004 0.001 0.001 0.005 0.003 0.002 0.034 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.631 0.007 0.048 0.154 52 E 0.018 0.099 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.361 0.014 0.062 0.433 53 G 0.034 0.054 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.208 0.039 0.113 0.544 54 T 0.176 0.050 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.026 0.121 0.506 55 L 0.043 0.150 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.137 0.009 0.084 0.561 56 A 0.075 0.299 0.006 0.001 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.158 0.017 0.115 0.290 57 R 0.108 0.420 0.004 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.023 0.065 0.298 58 M 0.156 0.517 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.032 0.020 0.204 59 G 0.128 0.307 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.074 0.066 0.341 60 Q 0.179 0.110 0.148 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.038 0.092 0.369 61 T 0.042 0.105 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.165 0.016 0.090 0.558 62 Y 0.067 0.137 0.013 0.002 0.006 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.262 0.018 0.080 0.400 63 A 0.039 0.131 0.008 0.001 0.007 0.005 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.329 0.010 0.078 0.370 64 Y 0.057 0.120 0.008 0.001 0.003 0.004 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.006 0.005 0.362 0.015 0.071 0.317 65 R 0.100 0.142 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.033 0.012 0.005 0.406 0.020 0.035 0.211 66 L 0.067 0.145 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.008 0.006 0.003 0.003 0.287 0.022 0.046 0.390 67 Y 0.065 0.092 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.024 0.026 0.006 0.018 0.011 0.006 0.006 0.387 0.024 0.052 0.253 68 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.006 0.984 69 K 0.017 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.144 0.012 0.170 0.620 70 G 0.318 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.034 0.060 0.478 71 R 0.213 0.024 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.023 0.115 0.538 72 R 0.080 0.011 0.009 0.002 0.015 0.003 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.147 0.012 0.149 0.554 73 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.990 74 L 0.026 0.008 0.003 0.002 0.015 0.009 0.009 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.267 0.007 0.105 0.529