# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.076 0.006 0.004 0.027 0.043 0.054 0.108 0.001 0.001 0.002 0.679 2 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.993 3 W 0.012 0.002 0.001 0.035 0.106 0.213 0.075 0.001 0.001 0.001 0.555 4 R 0.132 0.008 0.001 0.096 0.122 0.156 0.073 0.001 0.001 0.006 0.406 5 L 0.061 0.016 0.001 0.082 0.197 0.280 0.043 0.001 0.001 0.004 0.315 6 E 0.029 0.010 0.001 0.182 0.326 0.296 0.038 0.001 0.001 0.003 0.115 7 V 0.008 0.007 0.001 0.093 0.217 0.194 0.039 0.001 0.001 0.001 0.441 8 V 0.007 0.005 0.001 0.133 0.279 0.493 0.011 0.001 0.001 0.001 0.070 9 L 0.011 0.013 0.001 0.110 0.181 0.311 0.039 0.001 0.001 0.002 0.330 10 D 0.018 0.008 0.001 0.072 0.139 0.233 0.039 0.001 0.001 0.003 0.485 11 P 0.004 0.001 0.001 0.002 0.003 0.011 0.013 0.001 0.001 0.001 0.967 12 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.121 0.001 0.001 0.001 0.874 13 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.990 14 G 0.054 0.004 0.001 0.008 0.016 0.033 0.085 0.001 0.001 0.010 0.789 15 R 0.568 0.010 0.001 0.013 0.015 0.038 0.064 0.001 0.001 0.004 0.286 16 E 0.039 0.015 0.001 0.006 0.017 0.018 0.094 0.001 0.001 0.004 0.807 17 E 0.061 0.028 0.001 0.007 0.011 0.015 0.172 0.001 0.001 0.004 0.701 18 V 0.159 0.146 0.005 0.024 0.014 0.054 0.098 0.003 0.001 0.005 0.492 19 Y 0.099 0.204 0.008 0.040 0.048 0.076 0.077 0.002 0.001 0.004 0.443 20 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.995 21 L 0.026 0.235 0.002 0.019 0.031 0.082 0.085 0.001 0.001 0.002 0.516 22 L 0.047 0.783 0.001 0.005 0.011 0.008 0.024 0.001 0.001 0.001 0.120 23 A 0.021 0.834 0.001 0.002 0.005 0.007 0.012 0.001 0.001 0.001 0.117 24 Q 0.038 0.876 0.001 0.002 0.002 0.003 0.010 0.002 0.001 0.001 0.068 25 V 0.026 0.924 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.037 26 A 0.013 0.925 0.004 0.002 0.004 0.005 0.003 0.004 0.001 0.001 0.041 27 R 0.017 0.913 0.003 0.004 0.011 0.005 0.003 0.007 0.001 0.001 0.037 28 R 0.076 0.809 0.004 0.004 0.011 0.007 0.004 0.031 0.001 0.001 0.054 29 A 0.230 0.532 0.016 0.009 0.013 0.016 0.013 0.065 0.001 0.001 0.105 30 G 0.322 0.183 0.029 0.027 0.025 0.032 0.016 0.079 0.001 0.014 0.273 31 G 0.200 0.018 0.301 0.031 0.013 0.015 0.064 0.024 0.001 0.006 0.329 32 V 0.126 0.008 0.067 0.175 0.125 0.098 0.105 0.003 0.001 0.003 0.291 33 T 0.010 0.004 0.004 0.172 0.105 0.185 0.095 0.001 0.001 0.001 0.422 34 V 0.008 0.004 0.001 0.252 0.187 0.339 0.030 0.001 0.001 0.001 0.178 35 R 0.007 0.009 0.001 0.283 0.180 0.191 0.089 0.001 0.001 0.004 0.237 36 M 0.016 0.011 0.001 0.115 0.184 0.282 0.062 0.001 0.001 0.004 0.326 37 G 0.025 0.015 0.001 0.107 0.069 0.184 0.164 0.002 0.001 0.008 0.425 38 D 0.091 0.009 0.003 0.040 0.032 0.051 0.172 0.001 0.001 0.011 0.590 39 G 0.057 0.011 0.004 0.026 0.027 0.046 0.153 0.002 0.001 0.017 0.657 40 L 0.186 0.026 0.015 0.040 0.047 0.085 0.193 0.001 0.001 0.012 0.395 41 A 0.072 0.040 0.002 0.036 0.081 0.086 0.114 0.002 0.001 0.008 0.557 42 S 0.089 0.048 0.003 0.021 0.066 0.137 0.106 0.004 0.001 0.005 0.520 43 W 0.226 0.042 0.006 0.033 0.035 0.090 0.050 0.005 0.001 0.005 0.509 44 S 0.069 0.021 0.007 0.018 0.039 0.073 0.188 0.002 0.001 0.004 0.578 45 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.992 46 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 0.001 0.962 47 E 0.193 0.004 0.001 0.026 0.041 0.071 0.199 0.001 0.001 0.009 0.456 48 V 0.201 0.062 0.002 0.053 0.065 0.068 0.051 0.001 0.001 0.003 0.494 49 L 0.036 0.055 0.001 0.203 0.275 0.285 0.022 0.001 0.001 0.002 0.120 50 V 0.026 0.073 0.001 0.170 0.249 0.212 0.023 0.001 0.001 0.001 0.245 51 L 0.012 0.075 0.001 0.097 0.336 0.351 0.027 0.001 0.001 0.002 0.101 52 E 0.029 0.111 0.002 0.083 0.075 0.153 0.118 0.003 0.001 0.004 0.423 53 G 0.065 0.086 0.006 0.057 0.043 0.077 0.129 0.004 0.001 0.015 0.519 54 T 0.090 0.073 0.024 0.039 0.030 0.049 0.324 0.003 0.001 0.008 0.360 55 L 0.069 0.214 0.014 0.079 0.052 0.100 0.076 0.003 0.001 0.006 0.387 56 A 0.028 0.372 0.005 0.035 0.079 0.109 0.055 0.002 0.001 0.004 0.311 57 R 0.084 0.514 0.003 0.015 0.055 0.051 0.067 0.007 0.001 0.003 0.201 58 M 0.173 0.554 0.004 0.008 0.017 0.036 0.022 0.019 0.001 0.002 0.165 59 G 0.194 0.303 0.016 0.012 0.025 0.055 0.028 0.023 0.001 0.008 0.336 60 Q 0.176 0.157 0.134 0.022 0.024 0.027 0.076 0.010 0.001 0.004 0.369 61 T 0.071 0.141 0.019 0.024 0.050 0.058 0.084 0.007 0.001 0.004 0.542 62 Y 0.060 0.183 0.010 0.038 0.103 0.188 0.058 0.004 0.001 0.004 0.353 63 A 0.050 0.209 0.006 0.055 0.106 0.184 0.075 0.003 0.001 0.003 0.308 64 Y 0.074 0.232 0.003 0.035 0.169 0.188 0.045 0.003 0.001 0.003 0.247 65 R 0.081 0.268 0.003 0.030 0.153 0.177 0.033 0.007 0.001 0.003 0.246 66 L 0.087 0.168 0.014 0.028 0.105 0.222 0.037 0.013 0.001 0.002 0.324 67 Y 0.133 0.050 0.007 0.046 0.196 0.295 0.036 0.004 0.001 0.002 0.231 68 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.994 69 K 0.008 0.005 0.001 0.011 0.036 0.076 0.133 0.001 0.001 0.001 0.727 70 G 0.286 0.017 0.002 0.019 0.022 0.034 0.040 0.002 0.001 0.052 0.527 71 R 0.317 0.017 0.040 0.021 0.021 0.037 0.136 0.001 0.001 0.008 0.402 72 R 0.094 0.005 0.003 0.033 0.044 0.036 0.119 0.001 0.001 0.004 0.660 73 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.987 74 L 0.019 0.005 0.001 0.049 0.078 0.222 0.089 0.001 0.001 0.002 0.535