# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.058 0.004 0.024 0.052 0.048 0.063 0.006 0.745 2 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 3 W 0.012 0.001 0.036 0.117 0.225 0.092 0.004 0.513 4 R 0.176 0.003 0.046 0.075 0.088 0.097 0.008 0.507 5 L 0.079 0.005 0.096 0.172 0.275 0.058 0.003 0.313 6 E 0.037 0.003 0.157 0.352 0.345 0.033 0.001 0.070 7 V 0.016 0.004 0.121 0.200 0.254 0.030 0.003 0.372 8 V 0.008 0.003 0.267 0.298 0.337 0.016 0.003 0.068 9 L 0.011 0.006 0.099 0.223 0.304 0.041 0.004 0.312 10 D 0.010 0.005 0.107 0.161 0.447 0.038 0.005 0.226 11 P 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.005 0.001 0.986 12 P 0.006 0.001 0.004 0.007 0.014 0.088 0.001 0.880 13 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 14 G 0.048 0.007 0.009 0.022 0.041 0.301 0.006 0.566 15 R 0.363 0.010 0.017 0.010 0.019 0.069 0.006 0.506 16 E 0.047 0.026 0.010 0.011 0.018 0.083 0.003 0.803 17 E 0.116 0.051 0.012 0.012 0.020 0.198 0.010 0.582 18 V 0.205 0.223 0.029 0.015 0.024 0.076 0.021 0.408 19 Y 0.062 0.287 0.043 0.047 0.056 0.054 0.008 0.443 20 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 21 L 0.018 0.290 0.014 0.028 0.079 0.109 0.004 0.458 22 L 0.047 0.747 0.009 0.012 0.019 0.025 0.006 0.135 23 A 0.030 0.840 0.006 0.011 0.014 0.020 0.006 0.073 24 Q 0.053 0.849 0.005 0.006 0.006 0.014 0.005 0.063 25 V 0.037 0.903 0.004 0.004 0.005 0.005 0.005 0.037 26 A 0.014 0.941 0.004 0.005 0.007 0.003 0.004 0.021 27 R 0.020 0.910 0.004 0.006 0.008 0.004 0.012 0.035 28 R 0.051 0.839 0.013 0.008 0.008 0.007 0.028 0.046 29 A 0.048 0.744 0.024 0.017 0.011 0.010 0.043 0.103 30 G 0.247 0.176 0.056 0.043 0.022 0.026 0.194 0.236 31 G 0.201 0.028 0.266 0.035 0.030 0.063 0.040 0.336 32 V 0.076 0.018 0.299 0.138 0.147 0.073 0.009 0.241 33 T 0.014 0.009 0.169 0.121 0.175 0.046 0.003 0.461 34 V 0.008 0.008 0.295 0.175 0.249 0.032 0.003 0.231 35 R 0.010 0.018 0.233 0.216 0.230 0.077 0.004 0.213 36 M 0.025 0.017 0.127 0.132 0.303 0.070 0.009 0.317 37 G 0.039 0.026 0.118 0.085 0.168 0.112 0.015 0.436 38 D 0.077 0.013 0.071 0.046 0.064 0.147 0.024 0.559 39 G 0.108 0.019 0.045 0.039 0.051 0.103 0.025 0.609 40 L 0.342 0.018 0.059 0.037 0.147 0.168 0.010 0.219 41 A 0.096 0.040 0.057 0.131 0.134 0.175 0.015 0.350 42 S 0.158 0.046 0.035 0.076 0.106 0.075 0.026 0.477 43 W 0.131 0.028 0.061 0.046 0.083 0.054 0.027 0.570 44 S 0.061 0.017 0.030 0.064 0.106 0.211 0.019 0.492 45 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.992 46 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.996 47 E 0.058 0.005 0.043 0.069 0.086 0.213 0.008 0.518 48 V 0.273 0.034 0.086 0.059 0.096 0.070 0.006 0.377 49 L 0.039 0.060 0.245 0.267 0.223 0.026 0.004 0.136 50 V 0.033 0.054 0.107 0.138 0.217 0.052 0.003 0.395 51 L 0.019 0.085 0.229 0.170 0.321 0.040 0.006 0.131 52 E 0.018 0.133 0.088 0.109 0.162 0.084 0.011 0.395 53 G 0.059 0.127 0.063 0.077 0.097 0.067 0.031 0.478 54 T 0.187 0.089 0.050 0.042 0.081 0.157 0.018 0.376 55 L 0.062 0.234 0.043 0.063 0.124 0.074 0.011 0.389 56 A 0.053 0.390 0.030 0.059 0.111 0.089 0.018 0.251 57 R 0.120 0.451 0.020 0.033 0.041 0.097 0.032 0.206 58 M 0.187 0.516 0.023 0.026 0.033 0.029 0.028 0.157 59 G 0.174 0.333 0.033 0.047 0.041 0.046 0.062 0.265 60 Q 0.191 0.164 0.107 0.055 0.061 0.087 0.042 0.293 61 T 0.059 0.161 0.052 0.061 0.080 0.070 0.016 0.501 62 Y 0.078 0.153 0.071 0.098 0.185 0.091 0.014 0.309 63 A 0.051 0.180 0.083 0.120 0.166 0.109 0.011 0.279 64 Y 0.052 0.224 0.074 0.158 0.176 0.062 0.015 0.239 65 R 0.090 0.191 0.069 0.222 0.206 0.036 0.022 0.163 66 L 0.091 0.110 0.064 0.129 0.224 0.034 0.028 0.320 67 Y 0.066 0.048 0.062 0.255 0.341 0.039 0.011 0.177 68 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 69 K 0.013 0.009 0.014 0.048 0.090 0.083 0.008 0.735 70 G 0.458 0.007 0.012 0.011 0.013 0.040 0.045 0.414 71 R 0.468 0.014 0.056 0.022 0.032 0.104 0.023 0.280 72 R 0.041 0.006 0.052 0.055 0.042 0.063 0.003 0.738 73 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 74 L 0.021 0.004 0.053 0.064 0.187 0.130 0.004 0.537