# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.010 0.277 0.381 0.002 0.068 0.011 0.005 0.001 0.242 0.004 0.001 2 P 0.129 0.002 0.777 0.007 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 3 W 0.163 0.344 0.236 0.101 0.082 0.021 0.018 0.017 0.015 0.003 0.001 4 R 0.065 0.508 0.282 0.036 0.050 0.032 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 5 L 0.056 0.545 0.266 0.033 0.050 0.027 0.007 0.001 0.015 0.001 0.001 6 E 0.042 0.655 0.168 0.015 0.071 0.025 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 7 V 0.024 0.757 0.130 0.011 0.033 0.026 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 8 V 0.031 0.680 0.200 0.015 0.024 0.029 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 9 L 0.053 0.616 0.167 0.051 0.045 0.031 0.003 0.001 0.030 0.001 0.001 10 D 0.007 0.188 0.370 0.005 0.043 0.045 0.008 0.001 0.329 0.002 0.001 11 P 0.039 0.004 0.903 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 0.008 0.001 0.031 12 P 0.035 0.012 0.900 0.002 0.004 0.006 0.001 0.001 0.035 0.001 0.004 13 P 0.189 0.001 0.717 0.027 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 14 G 0.108 0.012 0.107 0.042 0.063 0.014 0.059 0.457 0.007 0.131 0.001 15 R 0.432 0.064 0.330 0.117 0.021 0.021 0.004 0.001 0.007 0.002 0.002 16 E 0.703 0.043 0.120 0.076 0.016 0.016 0.013 0.003 0.006 0.002 0.002 17 E 0.713 0.059 0.093 0.067 0.018 0.036 0.006 0.002 0.006 0.001 0.001 18 V 0.751 0.075 0.076 0.053 0.005 0.027 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 19 Y 0.711 0.051 0.088 0.007 0.016 0.023 0.003 0.001 0.100 0.001 0.001 20 P 0.940 0.001 0.045 0.008 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 L 0.963 0.004 0.006 0.021 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 L 0.971 0.005 0.009 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.978 0.002 0.006 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 24 Q 0.963 0.006 0.007 0.014 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 V 0.944 0.015 0.011 0.017 0.001 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 26 A 0.930 0.010 0.011 0.033 0.003 0.009 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 27 R 0.870 0.017 0.020 0.071 0.005 0.008 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 28 R 0.754 0.033 0.034 0.133 0.008 0.011 0.017 0.002 0.007 0.001 0.001 29 A 0.291 0.032 0.102 0.506 0.009 0.010 0.037 0.001 0.011 0.001 0.001 30 G 0.030 0.004 0.032 0.088 0.042 0.002 0.352 0.310 0.001 0.139 0.001 31 G 0.025 0.026 0.102 0.030 0.180 0.008 0.092 0.368 0.005 0.163 0.001 32 V 0.018 0.705 0.202 0.012 0.048 0.009 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 33 T 0.030 0.540 0.295 0.014 0.042 0.061 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 34 V 0.022 0.795 0.094 0.008 0.055 0.012 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 35 R 0.054 0.598 0.175 0.020 0.053 0.066 0.002 0.001 0.032 0.001 0.001 36 M 0.095 0.357 0.270 0.102 0.077 0.049 0.015 0.001 0.033 0.003 0.001 37 G 0.074 0.030 0.061 0.023 0.157 0.013 0.073 0.201 0.010 0.357 0.001 38 D 0.151 0.076 0.277 0.281 0.054 0.039 0.085 0.005 0.023 0.007 0.002 39 G 0.060 0.016 0.048 0.025 0.077 0.014 0.100 0.422 0.005 0.233 0.001 40 L 0.279 0.198 0.314 0.107 0.035 0.038 0.008 0.001 0.017 0.002 0.001 41 A 0.277 0.197 0.234 0.156 0.054 0.032 0.020 0.005 0.017 0.006 0.003 42 S 0.192 0.252 0.218 0.146 0.088 0.030 0.037 0.008 0.021 0.007 0.001 43 W 0.152 0.203 0.287 0.189 0.056 0.052 0.023 0.005 0.025 0.005 0.003 44 S 0.015 0.246 0.410 0.010 0.077 0.022 0.008 0.001 0.201 0.010 0.001 45 P 0.024 0.005 0.939 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.008 0.001 0.017 46 P 0.418 0.004 0.519 0.011 0.002 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.034 47 E 0.387 0.170 0.216 0.142 0.028 0.025 0.010 0.007 0.012 0.001 0.002 48 V 0.064 0.664 0.192 0.021 0.033 0.010 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 49 L 0.147 0.429 0.265 0.018 0.029 0.083 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 50 V 0.109 0.576 0.185 0.020 0.023 0.053 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 51 L 0.233 0.387 0.195 0.052 0.036 0.067 0.003 0.001 0.027 0.001 0.001 52 E 0.328 0.186 0.200 0.138 0.064 0.031 0.022 0.001 0.027 0.001 0.001 53 G 0.187 0.018 0.061 0.018 0.201 0.011 0.061 0.262 0.005 0.176 0.001 54 T 0.546 0.138 0.158 0.049 0.040 0.046 0.004 0.001 0.017 0.001 0.001 55 L 0.773 0.058 0.071 0.042 0.012 0.033 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 56 A 0.802 0.054 0.058 0.053 0.014 0.010 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 57 R 0.720 0.056 0.047 0.113 0.014 0.025 0.014 0.001 0.009 0.001 0.001 58 M 0.303 0.068 0.123 0.421 0.015 0.015 0.038 0.001 0.016 0.001 0.001 59 G 0.063 0.005 0.027 0.016 0.083 0.005 0.149 0.454 0.002 0.196 0.001 60 Q 0.395 0.150 0.252 0.081 0.039 0.049 0.013 0.002 0.018 0.001 0.001 61 T 0.353 0.300 0.158 0.083 0.048 0.040 0.006 0.001 0.011 0.001 0.001 62 Y 0.390 0.257 0.081 0.092 0.108 0.047 0.009 0.002 0.013 0.001 0.001 63 A 0.377 0.288 0.145 0.083 0.046 0.031 0.008 0.001 0.021 0.001 0.001 64 Y 0.297 0.385 0.099 0.089 0.080 0.024 0.010 0.001 0.014 0.001 0.001 65 R 0.171 0.450 0.177 0.049 0.056 0.049 0.012 0.001 0.033 0.001 0.001 66 L 0.182 0.299 0.282 0.118 0.019 0.072 0.006 0.001 0.020 0.001 0.001 67 Y 0.019 0.279 0.289 0.005 0.058 0.023 0.005 0.001 0.320 0.002 0.001 68 P 0.288 0.004 0.647 0.013 0.002 0.016 0.003 0.001 0.002 0.001 0.024 69 K 0.286 0.055 0.172 0.399 0.019 0.010 0.032 0.014 0.010 0.002 0.001 70 G 0.039 0.010 0.061 0.029 0.072 0.009 0.076 0.495 0.005 0.204 0.001 71 R 0.139 0.198 0.392 0.165 0.035 0.035 0.013 0.001 0.014 0.003 0.003 72 R 0.015 0.290 0.491 0.005 0.051 0.019 0.003 0.001 0.123 0.003 0.001 73 P 0.121 0.005 0.806 0.008 0.002 0.019 0.001 0.001 0.003 0.001 0.035 74 L 0.293 0.166 0.319 0.123 0.032 0.027 0.010 0.007 0.019 0.002 0.003