# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.073 0.305 0.227 0.032 0.220 0.020 0.018 0.033 0.022 0.030 0.020 2 P 0.243 0.161 0.041 0.014 0.236 0.017 0.030 0.073 0.067 0.056 0.062 3 W 0.123 0.210 0.066 0.015 0.302 0.033 0.045 0.070 0.053 0.045 0.038 4 R 0.283 0.108 0.018 0.007 0.411 0.012 0.036 0.040 0.020 0.024 0.041 5 L 0.285 0.110 0.016 0.005 0.479 0.010 0.012 0.021 0.014 0.013 0.035 6 E 0.174 0.135 0.013 0.005 0.579 0.013 0.028 0.016 0.008 0.007 0.020 7 V 0.310 0.074 0.007 0.002 0.562 0.002 0.003 0.005 0.004 0.005 0.027 8 V 0.272 0.111 0.012 0.006 0.483 0.008 0.015 0.014 0.009 0.014 0.056 9 L 0.174 0.229 0.043 0.011 0.388 0.015 0.019 0.008 0.008 0.028 0.077 10 D 0.150 0.238 0.161 0.023 0.330 0.008 0.008 0.005 0.005 0.025 0.046 11 P 0.050 0.251 0.166 0.063 0.111 0.040 0.073 0.054 0.101 0.061 0.028 12 P 0.046 0.236 0.401 0.076 0.100 0.029 0.033 0.023 0.019 0.022 0.015 13 P 0.037 0.141 0.068 0.077 0.058 0.047 0.111 0.146 0.174 0.096 0.045 14 G 0.036 0.144 0.159 0.096 0.051 0.036 0.032 0.076 0.063 0.247 0.060 15 R 0.062 0.141 0.051 0.018 0.129 0.015 0.018 0.180 0.190 0.137 0.058 16 E 0.034 0.081 0.037 0.011 0.063 0.029 0.055 0.358 0.221 0.087 0.025 17 E 0.050 0.091 0.031 0.008 0.107 0.008 0.031 0.437 0.109 0.104 0.025 18 V 0.081 0.074 0.021 0.007 0.097 0.006 0.015 0.446 0.142 0.079 0.033 19 Y 0.034 0.130 0.070 0.006 0.081 0.008 0.009 0.560 0.079 0.013 0.010 20 P 0.011 0.038 0.010 0.001 0.024 0.003 0.014 0.816 0.071 0.008 0.004 21 L 0.008 0.012 0.004 0.001 0.010 0.002 0.014 0.881 0.053 0.012 0.003 22 L 0.004 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.886 0.090 0.007 0.002 23 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.932 0.059 0.001 0.001 24 Q 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.945 0.036 0.003 0.001 25 V 0.005 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.009 0.886 0.077 0.008 0.003 26 A 0.006 0.005 0.001 0.001 0.009 0.003 0.015 0.793 0.149 0.014 0.003 27 R 0.012 0.038 0.013 0.003 0.022 0.008 0.079 0.659 0.141 0.021 0.005 28 R 0.042 0.027 0.040 0.010 0.031 0.024 0.210 0.323 0.082 0.158 0.052 29 A 0.056 0.296 0.160 0.059 0.102 0.044 0.122 0.046 0.030 0.058 0.026 30 G 0.029 0.042 0.048 0.393 0.024 0.114 0.051 0.027 0.031 0.169 0.074 31 G 0.094 0.104 0.063 0.155 0.111 0.020 0.027 0.041 0.048 0.214 0.123 32 V 0.159 0.183 0.033 0.006 0.501 0.006 0.009 0.026 0.019 0.019 0.039 33 T 0.219 0.110 0.011 0.002 0.602 0.004 0.008 0.014 0.007 0.005 0.017 34 V 0.237 0.167 0.030 0.005 0.464 0.009 0.008 0.014 0.007 0.010 0.047 35 R 0.244 0.131 0.095 0.031 0.297 0.034 0.038 0.029 0.009 0.028 0.065 36 M 0.087 0.151 0.130 0.078 0.114 0.043 0.076 0.132 0.076 0.065 0.048 37 G 0.040 0.062 0.110 0.240 0.048 0.086 0.068 0.102 0.060 0.144 0.041 38 D 0.032 0.162 0.128 0.158 0.082 0.056 0.066 0.091 0.083 0.113 0.030 39 G 0.061 0.076 0.080 0.095 0.065 0.049 0.033 0.085 0.096 0.274 0.087 40 L 0.100 0.119 0.047 0.025 0.155 0.015 0.026 0.126 0.199 0.124 0.065 41 A 0.064 0.137 0.063 0.024 0.123 0.038 0.060 0.137 0.230 0.091 0.033 42 S 0.093 0.135 0.061 0.022 0.157 0.019 0.069 0.134 0.140 0.120 0.050 43 W 0.091 0.113 0.061 0.020 0.133 0.017 0.050 0.059 0.129 0.269 0.057 44 S 0.031 0.326 0.449 0.015 0.118 0.008 0.008 0.009 0.010 0.018 0.009 45 P 0.086 0.429 0.185 0.007 0.182 0.005 0.014 0.036 0.035 0.011 0.011 46 P 0.038 0.131 0.028 0.008 0.073 0.024 0.101 0.271 0.253 0.052 0.021 47 E 0.119 0.128 0.017 0.006 0.271 0.012 0.109 0.157 0.080 0.063 0.038 48 V 0.324 0.057 0.004 0.001 0.520 0.002 0.006 0.034 0.011 0.009 0.032 49 L 0.160 0.141 0.010 0.002 0.580 0.008 0.019 0.042 0.007 0.008 0.021 50 V 0.382 0.071 0.010 0.003 0.420 0.005 0.006 0.025 0.006 0.011 0.063 51 L 0.166 0.112 0.046 0.044 0.231 0.050 0.043 0.121 0.031 0.055 0.100 52 E 0.071 0.109 0.058 0.089 0.094 0.085 0.112 0.178 0.072 0.094 0.036 53 G 0.051 0.112 0.113 0.080 0.079 0.029 0.023 0.175 0.095 0.201 0.042 54 T 0.074 0.169 0.047 0.011 0.147 0.007 0.017 0.334 0.100 0.056 0.038 55 L 0.076 0.046 0.009 0.004 0.095 0.012 0.026 0.464 0.207 0.035 0.026 56 A 0.022 0.045 0.022 0.009 0.040 0.030 0.077 0.555 0.166 0.024 0.011 57 R 0.058 0.027 0.027 0.016 0.055 0.026 0.091 0.440 0.100 0.124 0.036 58 M 0.041 0.312 0.120 0.055 0.091 0.035 0.063 0.149 0.057 0.058 0.019 59 G 0.060 0.047 0.057 0.101 0.046 0.044 0.028 0.151 0.066 0.273 0.126 60 Q 0.073 0.164 0.059 0.019 0.186 0.013 0.029 0.237 0.103 0.086 0.032 61 T 0.154 0.127 0.032 0.012 0.218 0.027 0.037 0.218 0.079 0.043 0.054 62 Y 0.132 0.128 0.044 0.016 0.241 0.028 0.050 0.202 0.074 0.048 0.037 63 A 0.197 0.107 0.019 0.007 0.290 0.011 0.028 0.176 0.094 0.032 0.039 64 Y 0.162 0.130 0.032 0.010 0.308 0.022 0.034 0.119 0.083 0.050 0.050 65 R 0.155 0.149 0.037 0.008 0.376 0.013 0.045 0.091 0.040 0.041 0.044 66 L 0.153 0.182 0.051 0.015 0.256 0.016 0.040 0.049 0.047 0.123 0.069 67 Y 0.080 0.328 0.279 0.020 0.210 0.009 0.011 0.019 0.010 0.015 0.020 68 P 0.047 0.149 0.090 0.036 0.086 0.043 0.089 0.215 0.190 0.028 0.027 69 K 0.018 0.085 0.057 0.087 0.028 0.080 0.219 0.132 0.150 0.124 0.021 70 G 0.046 0.062 0.059 0.079 0.063 0.026 0.027 0.061 0.062 0.402 0.113 71 R 0.074 0.193 0.093 0.027 0.161 0.014 0.026 0.048 0.064 0.226 0.074 72 R 0.058 0.364 0.264 0.019 0.173 0.014 0.014 0.026 0.022 0.024 0.021 73 P 0.156 0.271 0.098 0.022 0.244 0.014 0.026 0.050 0.037 0.032 0.049 74 L 0.127 0.189 0.071 0.027 0.187 0.028 0.045 0.117 0.093 0.061 0.056