# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.605 0.223 0.098 0.049 0.019 0.006 0.001 2 P 0.540 0.278 0.105 0.050 0.020 0.007 0.001 3 W 0.149 0.135 0.196 0.248 0.180 0.080 0.012 4 R 0.160 0.253 0.241 0.182 0.100 0.054 0.010 5 L 0.066 0.089 0.131 0.217 0.259 0.200 0.037 6 E 0.111 0.216 0.212 0.212 0.154 0.083 0.013 7 V 0.046 0.073 0.109 0.200 0.278 0.248 0.045 8 V 0.060 0.100 0.148 0.218 0.243 0.195 0.036 9 L 0.083 0.123 0.199 0.259 0.218 0.107 0.013 10 D 0.298 0.313 0.192 0.117 0.058 0.020 0.002 11 P 0.336 0.260 0.175 0.140 0.067 0.021 0.001 12 P 0.547 0.253 0.110 0.056 0.026 0.007 0.001 13 P 0.592 0.250 0.100 0.043 0.012 0.003 0.001 14 G 0.528 0.229 0.132 0.073 0.029 0.008 0.001 15 R 0.410 0.260 0.172 0.106 0.040 0.012 0.001 16 E 0.482 0.279 0.129 0.070 0.031 0.009 0.001 17 E 0.269 0.319 0.200 0.131 0.058 0.021 0.002 18 V 0.091 0.108 0.142 0.226 0.247 0.160 0.025 19 Y 0.071 0.122 0.196 0.259 0.208 0.127 0.017 20 P 0.180 0.251 0.234 0.179 0.099 0.048 0.009 21 L 0.053 0.075 0.125 0.217 0.272 0.205 0.053 22 L 0.055 0.089 0.108 0.180 0.250 0.249 0.070 23 A 0.092 0.154 0.208 0.232 0.182 0.109 0.023 24 Q 0.156 0.240 0.248 0.203 0.096 0.047 0.009 25 V 0.073 0.088 0.127 0.215 0.270 0.197 0.030 26 A 0.117 0.140 0.187 0.242 0.201 0.099 0.014 27 R 0.249 0.262 0.220 0.151 0.081 0.033 0.004 28 R 0.297 0.262 0.189 0.145 0.073 0.030 0.004 29 A 0.288 0.212 0.183 0.171 0.095 0.044 0.007 30 G 0.335 0.255 0.182 0.131 0.062 0.030 0.005 31 G 0.271 0.255 0.196 0.151 0.079 0.039 0.009 32 V 0.094 0.087 0.110 0.193 0.275 0.197 0.043 33 T 0.087 0.190 0.197 0.227 0.169 0.109 0.022 34 V 0.057 0.079 0.114 0.192 0.266 0.239 0.052 35 R 0.097 0.192 0.231 0.228 0.155 0.082 0.016 36 M 0.083 0.108 0.133 0.209 0.243 0.184 0.040 37 G 0.186 0.210 0.214 0.195 0.117 0.064 0.014 38 D 0.275 0.259 0.230 0.152 0.052 0.027 0.005 39 G 0.246 0.221 0.181 0.171 0.111 0.057 0.012 40 L 0.155 0.127 0.137 0.206 0.211 0.139 0.025 41 A 0.208 0.221 0.186 0.175 0.124 0.075 0.012 42 S 0.269 0.287 0.187 0.135 0.075 0.040 0.007 43 W 0.137 0.127 0.164 0.230 0.203 0.116 0.023 44 S 0.224 0.221 0.190 0.164 0.123 0.065 0.013 45 P 0.250 0.236 0.195 0.159 0.092 0.054 0.015 46 P 0.238 0.224 0.197 0.169 0.103 0.054 0.014 47 E 0.141 0.218 0.198 0.203 0.138 0.083 0.018 48 V 0.049 0.077 0.112 0.200 0.261 0.242 0.059 49 L 0.042 0.071 0.110 0.201 0.258 0.255 0.063 50 V 0.047 0.081 0.125 0.210 0.229 0.232 0.076 51 L 0.052 0.078 0.123 0.208 0.255 0.218 0.066 52 E 0.147 0.231 0.221 0.207 0.116 0.063 0.015 53 G 0.191 0.206 0.198 0.194 0.126 0.070 0.015 54 T 0.163 0.209 0.208 0.203 0.128 0.073 0.016 55 L 0.115 0.108 0.137 0.208 0.232 0.166 0.034 56 A 0.206 0.205 0.186 0.181 0.131 0.076 0.015 57 R 0.254 0.232 0.208 0.160 0.086 0.050 0.010 58 M 0.222 0.154 0.147 0.186 0.156 0.108 0.027 59 G 0.289 0.213 0.167 0.145 0.103 0.064 0.018 60 Q 0.262 0.217 0.179 0.154 0.102 0.068 0.019 61 T 0.230 0.217 0.185 0.162 0.113 0.070 0.022 62 Y 0.092 0.111 0.140 0.204 0.221 0.177 0.055 63 A 0.082 0.117 0.128 0.190 0.213 0.206 0.063 64 Y 0.069 0.089 0.118 0.192 0.249 0.230 0.053 65 R 0.105 0.203 0.210 0.209 0.157 0.100 0.017 66 L 0.058 0.083 0.135 0.233 0.269 0.193 0.028 67 Y 0.096 0.139 0.199 0.263 0.199 0.095 0.010 68 P 0.406 0.282 0.163 0.092 0.043 0.013 0.001 69 K 0.583 0.254 0.100 0.046 0.013 0.004 0.001 70 G 0.606 0.217 0.091 0.056 0.024 0.007 0.001 71 R 0.558 0.232 0.116 0.062 0.024 0.008 0.001 72 R 0.609 0.233 0.092 0.044 0.016 0.005 0.001 73 P 0.585 0.229 0.100 0.054 0.022 0.008 0.001 74 L 0.466 0.180 0.148 0.116 0.059 0.027 0.004