# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.225 0.140 0.151 0.146 0.129 0.084 0.052 0.029 0.019 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 2 P 0.180 0.121 0.136 0.133 0.147 0.098 0.072 0.045 0.033 0.019 0.009 0.004 0.001 0.001 3 W 0.060 0.040 0.054 0.107 0.135 0.156 0.132 0.120 0.073 0.072 0.030 0.012 0.007 0.003 4 R 0.066 0.070 0.078 0.123 0.158 0.121 0.111 0.099 0.076 0.046 0.027 0.017 0.005 0.004 5 L 0.020 0.012 0.019 0.037 0.052 0.091 0.109 0.155 0.133 0.161 0.113 0.058 0.030 0.010 6 E 0.056 0.060 0.076 0.113 0.123 0.108 0.111 0.106 0.096 0.058 0.046 0.029 0.010 0.008 7 V 0.020 0.015 0.023 0.043 0.059 0.093 0.095 0.159 0.135 0.148 0.115 0.057 0.027 0.010 8 V 0.026 0.027 0.034 0.071 0.104 0.129 0.152 0.171 0.127 0.072 0.041 0.028 0.011 0.005 9 L 0.034 0.039 0.051 0.099 0.115 0.151 0.146 0.131 0.091 0.067 0.048 0.017 0.007 0.003 10 D 0.184 0.165 0.169 0.144 0.121 0.087 0.056 0.028 0.025 0.009 0.007 0.003 0.001 0.001 11 P 0.220 0.159 0.150 0.152 0.130 0.084 0.047 0.023 0.019 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 12 P 0.420 0.228 0.143 0.091 0.059 0.028 0.015 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 13 P 0.459 0.205 0.149 0.085 0.051 0.026 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 G 0.458 0.174 0.137 0.087 0.072 0.037 0.018 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 R 0.316 0.171 0.144 0.145 0.118 0.055 0.026 0.013 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 16 E 0.585 0.196 0.093 0.056 0.035 0.018 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 E 0.291 0.183 0.155 0.141 0.113 0.057 0.029 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 18 V 0.080 0.048 0.064 0.113 0.161 0.186 0.146 0.105 0.055 0.026 0.011 0.005 0.002 0.001 19 Y 0.102 0.087 0.115 0.156 0.177 0.141 0.095 0.059 0.032 0.020 0.009 0.004 0.001 0.001 20 P 0.324 0.150 0.127 0.106 0.090 0.068 0.051 0.035 0.023 0.012 0.008 0.003 0.001 0.001 21 L 0.080 0.060 0.079 0.129 0.168 0.169 0.114 0.076 0.055 0.035 0.020 0.010 0.004 0.002 22 L 0.047 0.037 0.055 0.100 0.144 0.163 0.162 0.111 0.097 0.044 0.023 0.011 0.004 0.002 23 A 0.140 0.112 0.109 0.147 0.130 0.128 0.091 0.058 0.038 0.023 0.016 0.006 0.002 0.001 24 Q 0.286 0.207 0.164 0.115 0.087 0.057 0.036 0.021 0.014 0.005 0.006 0.002 0.001 0.001 25 V 0.062 0.051 0.077 0.136 0.173 0.167 0.138 0.101 0.051 0.026 0.011 0.004 0.002 0.001 26 A 0.089 0.083 0.119 0.149 0.169 0.147 0.115 0.064 0.039 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 27 R 0.325 0.192 0.148 0.121 0.090 0.050 0.032 0.021 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 28 R 0.265 0.175 0.158 0.134 0.106 0.070 0.043 0.021 0.014 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 29 A 0.122 0.080 0.114 0.125 0.164 0.153 0.104 0.058 0.040 0.022 0.011 0.005 0.002 0.001 30 G 0.182 0.109 0.107 0.135 0.143 0.111 0.082 0.058 0.032 0.020 0.012 0.005 0.002 0.001 31 G 0.143 0.102 0.106 0.125 0.138 0.109 0.089 0.068 0.052 0.033 0.017 0.010 0.004 0.002 32 V 0.074 0.041 0.050 0.085 0.107 0.128 0.118 0.121 0.096 0.085 0.052 0.025 0.012 0.004 33 T 0.075 0.077 0.090 0.128 0.137 0.128 0.116 0.086 0.067 0.041 0.029 0.017 0.006 0.004 34 V 0.065 0.034 0.045 0.069 0.091 0.130 0.127 0.107 0.105 0.100 0.066 0.039 0.016 0.006 35 R 0.094 0.093 0.108 0.143 0.138 0.112 0.101 0.081 0.057 0.031 0.023 0.010 0.004 0.002 36 M 0.069 0.048 0.061 0.084 0.107 0.153 0.127 0.105 0.085 0.071 0.047 0.027 0.010 0.005 37 G 0.141 0.099 0.107 0.117 0.140 0.114 0.086 0.078 0.054 0.031 0.018 0.010 0.004 0.002 38 D 0.196 0.145 0.133 0.142 0.121 0.076 0.061 0.048 0.032 0.022 0.013 0.006 0.003 0.001 39 G 0.187 0.125 0.115 0.126 0.119 0.110 0.080 0.055 0.041 0.021 0.014 0.005 0.002 0.001 40 L 0.088 0.084 0.097 0.126 0.155 0.142 0.111 0.079 0.058 0.029 0.020 0.007 0.003 0.002 41 A 0.141 0.102 0.106 0.145 0.132 0.137 0.106 0.055 0.033 0.021 0.014 0.005 0.002 0.001 42 S 0.248 0.182 0.159 0.124 0.108 0.070 0.049 0.026 0.018 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 43 W 0.095 0.067 0.096 0.132 0.165 0.156 0.112 0.078 0.046 0.029 0.014 0.005 0.003 0.001 44 S 0.246 0.156 0.156 0.140 0.115 0.073 0.050 0.031 0.017 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 45 P 0.265 0.133 0.131 0.126 0.123 0.083 0.049 0.036 0.026 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 46 P 0.187 0.115 0.104 0.143 0.145 0.109 0.070 0.050 0.035 0.022 0.011 0.005 0.002 0.001 47 E 0.143 0.125 0.120 0.156 0.146 0.102 0.076 0.052 0.037 0.022 0.014 0.005 0.002 0.001 48 V 0.058 0.047 0.061 0.095 0.129 0.156 0.138 0.115 0.089 0.052 0.033 0.015 0.007 0.003 49 L 0.062 0.040 0.053 0.089 0.118 0.142 0.134 0.118 0.093 0.064 0.045 0.025 0.012 0.006 50 V 0.063 0.039 0.048 0.078 0.104 0.116 0.123 0.129 0.106 0.079 0.059 0.034 0.015 0.006 51 L 0.061 0.035 0.044 0.070 0.092 0.139 0.121 0.111 0.108 0.087 0.064 0.042 0.019 0.007 52 E 0.142 0.095 0.108 0.130 0.142 0.109 0.090 0.058 0.054 0.030 0.021 0.013 0.004 0.003 53 G 0.156 0.109 0.109 0.130 0.124 0.104 0.086 0.064 0.048 0.034 0.021 0.008 0.003 0.001 54 T 0.182 0.135 0.120 0.136 0.133 0.113 0.073 0.044 0.033 0.015 0.010 0.004 0.001 0.001 55 L 0.098 0.081 0.100 0.136 0.154 0.133 0.114 0.078 0.056 0.027 0.014 0.005 0.002 0.001 56 A 0.217 0.121 0.123 0.124 0.115 0.113 0.084 0.048 0.026 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 57 R 0.338 0.195 0.151 0.104 0.088 0.050 0.033 0.020 0.011 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 58 M 0.159 0.081 0.103 0.133 0.145 0.137 0.102 0.061 0.035 0.024 0.012 0.005 0.002 0.001 59 G 0.259 0.138 0.141 0.126 0.121 0.083 0.056 0.033 0.023 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 60 Q 0.256 0.134 0.117 0.138 0.120 0.080 0.057 0.040 0.025 0.019 0.009 0.003 0.001 0.001 61 T 0.239 0.158 0.127 0.123 0.108 0.085 0.062 0.039 0.028 0.015 0.010 0.004 0.001 0.001 62 Y 0.094 0.065 0.087 0.121 0.143 0.147 0.117 0.085 0.057 0.040 0.027 0.011 0.004 0.002 63 A 0.082 0.063 0.078 0.106 0.137 0.135 0.131 0.107 0.075 0.041 0.024 0.013 0.004 0.003 64 Y 0.089 0.053 0.058 0.086 0.102 0.128 0.112 0.118 0.083 0.076 0.054 0.024 0.013 0.004 65 R 0.140 0.125 0.121 0.146 0.132 0.094 0.087 0.060 0.042 0.023 0.017 0.009 0.003 0.002 66 L 0.064 0.038 0.054 0.086 0.115 0.147 0.137 0.126 0.092 0.071 0.041 0.019 0.007 0.002 67 Y 0.098 0.082 0.112 0.152 0.162 0.138 0.104 0.064 0.044 0.023 0.011 0.006 0.002 0.001 68 P 0.275 0.130 0.116 0.130 0.118 0.079 0.053 0.037 0.029 0.019 0.009 0.003 0.001 0.001 69 K 0.305 0.167 0.153 0.131 0.100 0.060 0.037 0.021 0.014 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 70 G 0.419 0.160 0.120 0.097 0.077 0.054 0.031 0.019 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 71 R 0.285 0.153 0.148 0.137 0.127 0.066 0.038 0.023 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 72 R 0.359 0.143 0.119 0.118 0.103 0.067 0.039 0.026 0.013 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 73 P 0.279 0.141 0.131 0.128 0.124 0.080 0.050 0.031 0.018 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 74 L 0.153 0.077 0.088 0.129 0.146 0.138 0.102 0.073 0.040 0.031 0.013 0.006 0.002 0.001