# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.001 0.008 0.723 0.003 0.007 0.004 0.001 0.001 0.005 0.173 0.017 0.039 0.020 2 P 0.002 0.011 0.544 0.011 0.045 0.024 0.001 0.001 0.008 0.084 0.148 0.007 0.115 3 W 0.012 0.016 0.371 0.039 0.105 0.041 0.002 0.001 0.024 0.111 0.099 0.119 0.058 4 R 0.057 0.012 0.208 0.031 0.067 0.034 0.013 0.003 0.059 0.049 0.038 0.091 0.338 5 L 0.112 0.016 0.121 0.057 0.030 0.025 0.045 0.011 0.073 0.027 0.026 0.129 0.330 6 E 0.217 0.010 0.064 0.051 0.011 0.020 0.075 0.017 0.072 0.016 0.011 0.330 0.107 7 V 0.372 0.007 0.026 0.012 0.006 0.009 0.099 0.043 0.083 0.007 0.005 0.072 0.260 8 V 0.316 0.010 0.053 0.029 0.007 0.008 0.097 0.030 0.079 0.009 0.011 0.237 0.114 9 L 0.174 0.021 0.162 0.034 0.009 0.005 0.042 0.018 0.089 0.048 0.030 0.139 0.228 10 D 0.007 0.009 0.656 0.008 0.004 0.002 0.002 0.001 0.022 0.120 0.022 0.080 0.066 11 P 0.001 0.021 0.529 0.003 0.012 0.003 0.001 0.001 0.007 0.315 0.079 0.009 0.021 12 P 0.001 0.009 0.610 0.001 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.270 0.078 0.008 0.005 13 P 0.001 0.009 0.102 0.001 0.103 0.013 0.001 0.001 0.001 0.138 0.629 0.001 0.003 14 G 0.001 0.020 0.104 0.001 0.035 0.016 0.001 0.001 0.001 0.238 0.581 0.003 0.002 15 R 0.001 0.036 0.458 0.002 0.100 0.082 0.001 0.001 0.002 0.205 0.090 0.005 0.020 16 E 0.001 0.060 0.276 0.006 0.064 0.262 0.001 0.001 0.009 0.164 0.110 0.012 0.035 17 E 0.004 0.034 0.158 0.006 0.068 0.522 0.002 0.001 0.008 0.061 0.065 0.042 0.031 18 V 0.008 0.043 0.119 0.007 0.025 0.626 0.002 0.002 0.013 0.042 0.038 0.008 0.066 19 Y 0.006 0.006 0.114 0.004 0.019 0.727 0.001 0.001 0.004 0.040 0.013 0.057 0.008 20 P 0.001 0.001 0.018 0.001 0.017 0.917 0.001 0.001 0.002 0.006 0.026 0.001 0.009 21 L 0.002 0.001 0.009 0.001 0.022 0.942 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.002 0.002 22 L 0.001 0.001 0.007 0.001 0.012 0.957 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.006 23 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 24 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.004 25 V 0.001 0.001 0.004 0.001 0.010 0.956 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.001 0.004 26 A 0.002 0.001 0.011 0.002 0.027 0.896 0.001 0.001 0.001 0.004 0.048 0.002 0.007 27 R 0.001 0.001 0.015 0.002 0.054 0.830 0.001 0.001 0.001 0.008 0.079 0.003 0.007 28 R 0.005 0.005 0.072 0.004 0.075 0.530 0.001 0.001 0.004 0.036 0.222 0.016 0.029 29 A 0.007 0.006 0.162 0.016 0.042 0.203 0.001 0.001 0.006 0.120 0.385 0.028 0.024 30 G 0.003 0.003 0.129 0.013 0.012 0.035 0.001 0.001 0.006 0.135 0.639 0.014 0.010 31 G 0.012 0.006 0.482 0.019 0.012 0.022 0.003 0.002 0.020 0.160 0.179 0.022 0.061 32 V 0.104 0.013 0.295 0.015 0.006 0.016 0.029 0.022 0.136 0.056 0.022 0.184 0.104 33 T 0.186 0.018 0.074 0.010 0.005 0.013 0.118 0.054 0.098 0.013 0.009 0.080 0.322 34 V 0.132 0.017 0.059 0.046 0.006 0.017 0.172 0.079 0.090 0.012 0.007 0.249 0.114 35 R 0.143 0.012 0.098 0.021 0.010 0.021 0.074 0.064 0.111 0.027 0.017 0.154 0.248 36 M 0.061 0.017 0.194 0.033 0.030 0.040 0.029 0.023 0.067 0.073 0.128 0.078 0.228 37 G 0.018 0.012 0.212 0.030 0.032 0.035 0.004 0.003 0.019 0.202 0.334 0.069 0.029 38 D 0.008 0.010 0.176 0.009 0.049 0.027 0.001 0.001 0.006 0.332 0.336 0.018 0.028 39 G 0.008 0.031 0.200 0.007 0.075 0.044 0.001 0.001 0.006 0.272 0.302 0.025 0.028 40 L 0.014 0.050 0.335 0.011 0.105 0.096 0.004 0.002 0.012 0.151 0.140 0.024 0.057 41 A 0.025 0.035 0.245 0.016 0.176 0.089 0.005 0.002 0.013 0.133 0.168 0.041 0.052 42 S 0.021 0.031 0.267 0.009 0.122 0.061 0.004 0.002 0.013 0.143 0.198 0.044 0.084 43 W 0.010 0.031 0.351 0.009 0.050 0.048 0.003 0.001 0.010 0.178 0.207 0.026 0.075 44 S 0.005 0.029 0.483 0.007 0.014 0.014 0.001 0.001 0.011 0.312 0.060 0.044 0.019 45 P 0.001 0.006 0.751 0.003 0.016 0.009 0.001 0.001 0.005 0.146 0.026 0.007 0.029 46 P 0.003 0.007 0.343 0.056 0.098 0.071 0.001 0.001 0.017 0.120 0.249 0.011 0.024 47 E 0.015 0.011 0.191 0.050 0.120 0.091 0.006 0.003 0.037 0.181 0.213 0.040 0.042 48 V 0.080 0.014 0.160 0.026 0.059 0.085 0.059 0.031 0.102 0.037 0.032 0.032 0.282 49 L 0.195 0.015 0.039 0.009 0.008 0.055 0.131 0.095 0.114 0.011 0.007 0.256 0.065 50 V 0.239 0.020 0.032 0.008 0.005 0.038 0.120 0.172 0.091 0.007 0.006 0.064 0.199 51 L 0.182 0.012 0.109 0.055 0.010 0.107 0.049 0.068 0.092 0.032 0.028 0.192 0.065 52 E 0.064 0.009 0.179 0.071 0.019 0.151 0.013 0.009 0.049 0.093 0.186 0.036 0.120 53 G 0.031 0.009 0.184 0.029 0.032 0.203 0.003 0.002 0.020 0.224 0.186 0.044 0.034 54 T 0.042 0.014 0.250 0.010 0.046 0.268 0.004 0.002 0.017 0.102 0.075 0.054 0.116 55 L 0.030 0.018 0.103 0.014 0.101 0.441 0.004 0.001 0.009 0.033 0.097 0.018 0.130 56 A 0.019 0.009 0.066 0.015 0.095 0.586 0.003 0.001 0.004 0.032 0.097 0.047 0.025 57 R 0.026 0.009 0.061 0.007 0.084 0.572 0.002 0.002 0.006 0.056 0.089 0.019 0.067 58 M 0.018 0.008 0.085 0.012 0.046 0.416 0.002 0.001 0.004 0.058 0.285 0.023 0.044 59 G 0.013 0.007 0.153 0.015 0.026 0.272 0.001 0.001 0.005 0.109 0.346 0.030 0.023 60 Q 0.021 0.012 0.270 0.009 0.037 0.307 0.001 0.001 0.007 0.135 0.096 0.041 0.063 61 T 0.041 0.017 0.192 0.015 0.041 0.266 0.003 0.002 0.015 0.082 0.088 0.049 0.190 62 Y 0.056 0.013 0.110 0.042 0.058 0.360 0.008 0.003 0.019 0.040 0.103 0.106 0.083 63 A 0.101 0.011 0.107 0.024 0.081 0.283 0.013 0.005 0.025 0.031 0.103 0.052 0.164 64 Y 0.180 0.011 0.104 0.027 0.058 0.187 0.018 0.004 0.019 0.036 0.062 0.106 0.190 65 R 0.140 0.015 0.092 0.019 0.031 0.130 0.018 0.004 0.026 0.035 0.053 0.287 0.150 66 L 0.122 0.037 0.154 0.015 0.020 0.072 0.012 0.004 0.020 0.058 0.064 0.062 0.359 67 Y 0.020 0.019 0.571 0.016 0.009 0.018 0.001 0.001 0.011 0.090 0.021 0.176 0.047 68 P 0.003 0.012 0.371 0.005 0.079 0.044 0.001 0.001 0.005 0.140 0.252 0.013 0.075 69 K 0.001 0.005 0.069 0.006 0.074 0.018 0.001 0.001 0.002 0.070 0.745 0.006 0.005 70 G 0.001 0.015 0.164 0.002 0.089 0.014 0.001 0.001 0.003 0.278 0.416 0.010 0.007 71 R 0.001 0.038 0.570 0.002 0.030 0.008 0.001 0.001 0.007 0.244 0.057 0.012 0.031 72 R 0.001 0.052 0.625 0.002 0.009 0.005 0.001 0.001 0.013 0.203 0.020 0.048 0.022 73 P 0.001 0.033 0.758 0.004 0.012 0.008 0.001 0.001 0.012 0.071 0.025 0.010 0.066 74 L 0.001 0.016 0.760 0.008 0.027 0.013 0.001 0.001 0.012 0.085 0.022 0.031 0.023