# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.107 0.030 0.261 0.226 0.016 0.194 0.019 0.005 0.010 0.007 0.020 0.024 0.061 0.003 0.003 0.015 2 P 0.034 0.098 0.226 0.355 0.009 0.081 0.008 0.022 0.005 0.001 0.082 0.019 0.045 0.003 0.005 0.008 3 W 0.006 0.127 0.042 0.737 0.002 0.018 0.002 0.007 0.008 0.002 0.007 0.025 0.011 0.001 0.003 0.004 4 R 0.017 0.037 0.148 0.731 0.001 0.024 0.002 0.001 0.005 0.001 0.004 0.004 0.012 0.001 0.001 0.011 5 L 0.019 0.018 0.161 0.694 0.002 0.078 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.003 0.012 0.001 0.001 0.002 6 E 0.002 0.087 0.074 0.811 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 7 V 0.002 0.008 0.019 0.932 0.006 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 8 V 0.002 0.043 0.106 0.727 0.035 0.068 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 9 L 0.003 0.063 0.029 0.816 0.008 0.043 0.001 0.019 0.002 0.001 0.004 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 10 D 0.008 0.104 0.054 0.638 0.025 0.116 0.002 0.009 0.016 0.006 0.007 0.004 0.005 0.001 0.001 0.006 11 P 0.053 0.071 0.139 0.559 0.018 0.082 0.002 0.014 0.004 0.003 0.039 0.007 0.004 0.001 0.001 0.003 12 P 0.003 0.015 0.015 0.046 0.626 0.184 0.046 0.005 0.001 0.005 0.019 0.015 0.002 0.017 0.001 0.001 13 P 0.004 0.048 0.013 0.112 0.005 0.045 0.001 0.590 0.001 0.001 0.112 0.016 0.005 0.001 0.047 0.001 14 G 0.003 0.025 0.004 0.023 0.002 0.046 0.002 0.003 0.205 0.406 0.050 0.185 0.024 0.001 0.001 0.018 15 R 0.222 0.015 0.015 0.019 0.002 0.064 0.002 0.004 0.002 0.001 0.333 0.108 0.206 0.001 0.004 0.003 16 E 0.004 0.029 0.056 0.026 0.001 0.029 0.001 0.002 0.002 0.001 0.136 0.475 0.228 0.001 0.002 0.007 17 E 0.005 0.015 0.043 0.044 0.001 0.035 0.010 0.001 0.001 0.001 0.026 0.191 0.608 0.003 0.004 0.013 18 V 0.001 0.005 0.026 0.028 0.001 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.016 0.027 0.871 0.001 0.003 0.006 19 Y 0.001 0.002 0.008 0.014 0.001 0.031 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.019 0.909 0.001 0.001 0.002 20 P 0.001 0.002 0.004 0.015 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.014 0.878 0.001 0.001 0.002 21 L 0.001 0.002 0.001 0.007 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.098 0.845 0.002 0.001 0.002 22 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.030 0.946 0.001 0.001 0.001 23 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.986 0.001 0.001 0.001 24 Q 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.984 0.001 0.001 0.003 25 V 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.982 0.002 0.002 0.002 26 A 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.968 0.004 0.003 0.004 27 R 0.001 0.003 0.009 0.020 0.002 0.005 0.007 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.899 0.015 0.009 0.019 28 R 0.002 0.005 0.010 0.006 0.048 0.005 0.089 0.002 0.002 0.001 0.005 0.004 0.130 0.653 0.006 0.033 29 A 0.007 0.009 0.034 0.006 0.023 0.005 0.121 0.072 0.001 0.001 0.007 0.004 0.050 0.216 0.430 0.015 30 G 0.008 0.042 0.067 0.026 0.001 0.008 0.005 0.072 0.062 0.029 0.006 0.005 0.033 0.002 0.256 0.377 31 G 0.461 0.030 0.047 0.070 0.001 0.013 0.003 0.001 0.114 0.017 0.010 0.005 0.013 0.001 0.001 0.212 32 V 0.364 0.034 0.440 0.137 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.005 0.001 0.001 0.002 33 T 0.004 0.027 0.310 0.602 0.003 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 34 V 0.001 0.010 0.036 0.917 0.009 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 35 R 0.001 0.013 0.013 0.562 0.315 0.054 0.014 0.008 0.001 0.002 0.004 0.004 0.005 0.004 0.001 0.001 36 M 0.003 0.039 0.025 0.351 0.039 0.148 0.005 0.306 0.005 0.003 0.039 0.009 0.012 0.001 0.014 0.002 37 G 0.003 0.047 0.009 0.081 0.289 0.095 0.059 0.022 0.076 0.154 0.079 0.036 0.009 0.032 0.002 0.007 38 D 0.152 0.108 0.030 0.076 0.005 0.049 0.003 0.313 0.007 0.004 0.075 0.044 0.018 0.001 0.110 0.004 39 G 0.020 0.040 0.082 0.064 0.008 0.063 0.007 0.004 0.172 0.148 0.117 0.091 0.059 0.006 0.003 0.115 40 L 0.365 0.085 0.113 0.078 0.009 0.052 0.010 0.007 0.004 0.001 0.053 0.104 0.087 0.006 0.016 0.010 41 A 0.009 0.145 0.319 0.172 0.007 0.044 0.026 0.010 0.009 0.004 0.025 0.062 0.106 0.006 0.012 0.041 42 S 0.032 0.055 0.209 0.326 0.017 0.113 0.033 0.013 0.012 0.004 0.018 0.023 0.082 0.008 0.011 0.043 43 W 0.027 0.122 0.261 0.400 0.005 0.034 0.007 0.015 0.013 0.002 0.023 0.013 0.033 0.002 0.007 0.038 44 S 0.059 0.118 0.204 0.312 0.007 0.162 0.008 0.008 0.015 0.009 0.014 0.027 0.032 0.001 0.003 0.022 45 P 0.045 0.056 0.147 0.178 0.013 0.364 0.005 0.008 0.003 0.002 0.115 0.017 0.036 0.002 0.002 0.007 46 P 0.015 0.143 0.049 0.233 0.002 0.162 0.002 0.016 0.004 0.001 0.220 0.116 0.029 0.001 0.004 0.003 47 E 0.006 0.297 0.079 0.426 0.001 0.015 0.002 0.002 0.007 0.001 0.015 0.100 0.034 0.001 0.003 0.011 48 V 0.022 0.012 0.281 0.498 0.001 0.032 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.015 0.109 0.001 0.002 0.013 49 L 0.005 0.021 0.368 0.372 0.003 0.070 0.004 0.002 0.001 0.001 0.005 0.007 0.135 0.001 0.001 0.005 50 V 0.002 0.021 0.027 0.759 0.022 0.078 0.004 0.003 0.001 0.001 0.007 0.004 0.066 0.001 0.001 0.003 51 L 0.003 0.019 0.018 0.253 0.384 0.082 0.053 0.016 0.001 0.002 0.027 0.011 0.057 0.071 0.002 0.002 52 E 0.003 0.061 0.026 0.376 0.005 0.044 0.003 0.265 0.006 0.003 0.038 0.020 0.056 0.001 0.086 0.006 53 G 0.011 0.026 0.028 0.199 0.006 0.067 0.007 0.005 0.122 0.183 0.058 0.045 0.182 0.003 0.003 0.056 54 T 0.177 0.042 0.026 0.099 0.006 0.054 0.004 0.004 0.002 0.001 0.089 0.089 0.392 0.005 0.005 0.005 55 L 0.004 0.025 0.043 0.083 0.005 0.081 0.012 0.005 0.003 0.001 0.111 0.146 0.454 0.012 0.005 0.009 56 A 0.003 0.033 0.039 0.065 0.006 0.024 0.021 0.010 0.002 0.001 0.025 0.069 0.661 0.008 0.024 0.010 57 R 0.001 0.006 0.012 0.021 0.060 0.008 0.243 0.002 0.003 0.002 0.018 0.010 0.220 0.368 0.004 0.022 58 M 0.013 0.012 0.052 0.033 0.001 0.009 0.017 0.114 0.002 0.001 0.013 0.022 0.234 0.006 0.456 0.015 59 G 0.006 0.015 0.071 0.046 0.002 0.028 0.008 0.004 0.096 0.073 0.013 0.015 0.203 0.003 0.006 0.412 60 Q 0.507 0.032 0.028 0.079 0.003 0.029 0.007 0.003 0.003 0.002 0.047 0.021 0.213 0.006 0.005 0.017 61 T 0.016 0.132 0.245 0.103 0.002 0.124 0.006 0.006 0.003 0.001 0.040 0.106 0.194 0.003 0.006 0.011 62 Y 0.010 0.048 0.125 0.317 0.005 0.064 0.010 0.003 0.003 0.001 0.063 0.046 0.279 0.006 0.005 0.014 63 A 0.011 0.051 0.111 0.335 0.006 0.067 0.020 0.003 0.003 0.001 0.037 0.063 0.259 0.012 0.006 0.015 64 Y 0.007 0.057 0.110 0.401 0.002 0.026 0.012 0.005 0.003 0.001 0.014 0.029 0.303 0.003 0.010 0.017 65 R 0.007 0.023 0.109 0.588 0.010 0.035 0.008 0.002 0.005 0.002 0.007 0.009 0.161 0.004 0.003 0.027 66 L 0.017 0.059 0.154 0.603 0.006 0.023 0.005 0.006 0.003 0.001 0.010 0.007 0.076 0.002 0.004 0.026 67 Y 0.008 0.025 0.108 0.349 0.096 0.258 0.021 0.011 0.005 0.009 0.008 0.010 0.073 0.007 0.003 0.009 68 P 0.004 0.027 0.013 0.037 0.500 0.060 0.066 0.019 0.002 0.002 0.081 0.003 0.017 0.163 0.002 0.003 69 K 0.004 0.077 0.009 0.090 0.005 0.016 0.004 0.477 0.011 0.003 0.040 0.040 0.009 0.003 0.208 0.005 70 G 0.015 0.020 0.079 0.056 0.006 0.017 0.015 0.005 0.324 0.171 0.014 0.029 0.022 0.005 0.007 0.214 71 R 0.676 0.041 0.109 0.081 0.003 0.007 0.004 0.006 0.005 0.001 0.011 0.008 0.022 0.001 0.008 0.018 72 R 0.025 0.035 0.504 0.208 0.015 0.110 0.009 0.006 0.007 0.011 0.011 0.017 0.022 0.003 0.001 0.015 73 P 0.024 0.044 0.108 0.196 0.172 0.281 0.030 0.021 0.003 0.004 0.057 0.015 0.025 0.013 0.003 0.004 74 L 0.006 0.140 0.028 0.367 0.019 0.078 0.010 0.108 0.013 0.005 0.130 0.054 0.022 0.003 0.012 0.006