# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.054 0.028 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.123 0.073 0.127 0.575 2 P 0.028 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.037 0.142 0.684 3 W 0.033 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.005 0.002 0.005 0.003 0.003 0.002 0.326 0.069 0.091 0.429 4 R 0.040 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.003 0.002 0.004 0.004 0.004 0.003 0.285 0.084 0.083 0.457 5 L 0.013 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.002 0.570 0.047 0.054 0.286 6 E 0.025 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.005 0.686 0.059 0.031 0.174 7 V 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.639 0.065 0.043 0.214 8 V 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.596 0.051 0.063 0.266 9 L 0.025 0.004 0.001 0.001 0.005 0.014 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.251 0.085 0.110 0.489 10 D 0.017 0.006 0.001 0.001 0.004 0.009 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 0.084 0.139 0.613 11 P 0.040 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.017 0.092 0.830 12 P 0.194 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.056 0.083 0.602 13 P 0.036 0.024 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.025 0.109 0.784 14 G 0.166 0.064 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.033 0.076 0.637 15 R 0.138 0.160 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.062 0.089 0.492 16 E 0.048 0.121 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.002 0.003 0.003 0.003 0.001 0.057 0.046 0.107 0.594 17 E 0.018 0.220 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.009 0.004 0.012 0.019 0.024 0.009 0.105 0.078 0.086 0.400 18 V 0.021 0.714 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.003 0.018 0.026 0.027 0.173 19 Y 0.038 0.848 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.023 0.012 0.057 20 P 0.013 0.843 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.047 0.014 0.069 21 L 0.016 0.896 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.040 0.008 0.029 22 L 0.012 0.949 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.003 0.016 23 A 0.017 0.884 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.035 0.005 0.047 24 Q 0.043 0.767 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.093 0.013 0.063 25 V 0.082 0.621 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.137 0.023 0.096 26 A 0.074 0.136 0.238 0.006 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.257 0.037 0.227 27 R 0.311 0.007 0.062 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.061 0.045 0.499 28 R 0.221 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.020 0.082 0.660 29 A 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.028 0.155 0.781 30 G 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.123 0.030 0.166 0.672 31 G 0.012 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.175 0.049 0.120 0.606 32 V 0.008 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.005 0.003 0.001 0.003 0.001 0.002 0.003 0.458 0.046 0.059 0.382 33 T 0.012 0.010 0.001 0.001 0.004 0.016 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.014 0.008 0.005 0.478 0.079 0.054 0.259 34 V 0.018 0.008 0.003 0.002 0.058 0.039 0.021 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.013 0.013 0.003 0.317 0.075 0.074 0.339 35 R 0.073 0.008 0.005 0.001 0.025 0.006 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.406 0.081 0.075 0.308 36 M 0.200 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.132 0.058 0.109 0.480 37 G 0.089 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.043 0.133 0.653 38 D 0.035 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.051 0.145 0.663 39 G 0.067 0.024 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.131 0.110 0.493 40 L 0.182 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.021 0.012 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.066 0.125 0.091 0.459 41 A 0.064 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.003 0.007 0.002 0.016 0.007 0.003 0.001 0.096 0.084 0.117 0.585 42 S 0.025 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.001 0.030 0.027 0.125 0.776 43 W 0.007 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.078 0.025 0.168 0.705 44 S 0.041 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.037 0.144 0.718 45 P 0.289 0.116 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.093 0.090 0.377 46 P 0.149 0.130 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.069 0.128 0.481 47 E 0.055 0.135 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.254 0.082 0.092 0.369 48 V 0.051 0.091 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.300 0.078 0.091 0.364 49 L 0.026 0.054 0.003 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.002 0.574 0.092 0.053 0.176 50 V 0.026 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.429 0.202 0.064 0.242 51 L 0.035 0.169 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.348 0.120 0.075 0.244 52 E 0.044 0.333 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.111 0.053 0.103 0.352 53 G 0.045 0.352 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.127 0.118 0.080 0.268 54 T 0.091 0.480 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.120 0.057 0.190 55 L 0.131 0.234 0.033 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.189 0.062 0.284 56 A 0.244 0.113 0.015 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.082 0.075 0.419 57 R 0.121 0.034 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.120 0.089 0.577 58 M 0.025 0.058 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.065 0.138 0.661 59 G 0.058 0.097 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.044 0.130 0.602 60 Q 0.037 0.153 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.104 0.053 0.118 0.516 61 T 0.039 0.118 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.215 0.104 0.106 0.392 62 Y 0.068 0.139 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.005 0.003 0.003 0.002 0.263 0.087 0.087 0.329 63 A 0.058 0.084 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.002 0.357 0.097 0.068 0.312 64 Y 0.040 0.025 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.310 0.042 0.071 0.491 65 R 0.012 0.024 0.003 0.002 0.010 0.038 0.043 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.360 0.052 0.093 0.350 66 L 0.008 0.008 0.008 0.002 0.022 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.143 0.047 0.122 0.622 67 Y 0.383 0.022 0.017 0.002 0.018 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.158 0.052 0.255 68 P 0.195 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.048 0.079 0.628 69 K 0.034 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.023 0.084 0.833 70 G 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.022 0.112 0.773 71 R 0.022 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.030 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.047 0.109 0.695 72 R 0.031 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.011 0.038 0.003 0.009 0.003 0.002 0.002 0.088 0.049 0.110 0.619 73 P 0.028 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.014 0.005 0.002 0.054 0.033 0.089 0.747 74 L 0.030 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.019 0.024 0.004 0.118 0.049 0.118 0.596