# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.207 0.055 0.003 0.022 0.044 0.052 0.109 0.012 0.001 0.066 0.429 2 P 0.047 0.057 0.003 0.029 0.036 0.041 0.130 0.003 0.001 0.052 0.601 3 W 0.027 0.062 0.004 0.082 0.064 0.117 0.132 0.004 0.001 0.059 0.449 4 R 0.034 0.051 0.004 0.091 0.094 0.188 0.087 0.006 0.001 0.069 0.375 5 L 0.022 0.048 0.003 0.133 0.190 0.185 0.090 0.004 0.001 0.050 0.275 6 E 0.012 0.014 0.001 0.124 0.192 0.343 0.048 0.003 0.001 0.044 0.219 7 V 0.017 0.007 0.002 0.137 0.220 0.292 0.050 0.004 0.001 0.061 0.210 8 V 0.018 0.003 0.001 0.140 0.183 0.250 0.048 0.003 0.001 0.043 0.312 9 L 0.016 0.002 0.001 0.131 0.097 0.099 0.058 0.001 0.001 0.041 0.553 10 D 0.014 0.001 0.002 0.089 0.061 0.079 0.146 0.002 0.001 0.035 0.571 11 P 0.021 0.004 0.001 0.016 0.015 0.015 0.140 0.002 0.001 0.014 0.772 12 P 0.431 0.017 0.001 0.017 0.009 0.013 0.107 0.007 0.001 0.042 0.355 13 P 0.058 0.021 0.001 0.014 0.006 0.008 0.130 0.001 0.001 0.019 0.741 14 G 0.053 0.065 0.002 0.021 0.012 0.029 0.085 0.005 0.001 0.027 0.699 15 R 0.236 0.085 0.002 0.017 0.022 0.042 0.061 0.013 0.001 0.038 0.485 16 E 0.053 0.046 0.001 0.033 0.055 0.044 0.123 0.004 0.001 0.083 0.557 17 E 0.011 0.094 0.002 0.032 0.043 0.062 0.152 0.003 0.001 0.056 0.544 18 V 0.011 0.713 0.002 0.008 0.024 0.014 0.021 0.004 0.001 0.014 0.189 19 Y 0.062 0.805 0.002 0.005 0.017 0.015 0.009 0.007 0.001 0.028 0.050 20 P 0.019 0.811 0.003 0.003 0.006 0.010 0.012 0.004 0.001 0.049 0.083 21 L 0.020 0.881 0.004 0.003 0.004 0.005 0.007 0.004 0.002 0.028 0.043 22 L 0.012 0.951 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.007 0.017 23 A 0.012 0.903 0.004 0.002 0.003 0.003 0.005 0.005 0.002 0.023 0.039 24 Q 0.020 0.779 0.008 0.004 0.008 0.011 0.014 0.007 0.004 0.081 0.064 25 V 0.049 0.666 0.032 0.008 0.010 0.010 0.023 0.007 0.010 0.107 0.078 26 A 0.115 0.143 0.095 0.021 0.016 0.022 0.064 0.015 0.037 0.225 0.246 27 R 0.232 0.033 0.066 0.013 0.009 0.019 0.068 0.014 0.046 0.094 0.406 28 R 0.233 0.009 0.004 0.007 0.007 0.008 0.051 0.007 0.003 0.030 0.641 29 A 0.038 0.003 0.001 0.009 0.006 0.008 0.121 0.002 0.001 0.037 0.777 30 G 0.011 0.004 0.001 0.027 0.017 0.037 0.199 0.001 0.001 0.029 0.675 31 G 0.008 0.007 0.001 0.056 0.054 0.134 0.116 0.001 0.001 0.028 0.595 32 V 0.006 0.011 0.001 0.131 0.218 0.205 0.090 0.001 0.001 0.029 0.307 33 T 0.007 0.007 0.001 0.170 0.180 0.345 0.067 0.001 0.001 0.033 0.189 34 V 0.020 0.012 0.001 0.181 0.163 0.204 0.071 0.002 0.001 0.055 0.290 35 R 0.065 0.011 0.003 0.168 0.134 0.180 0.076 0.004 0.001 0.060 0.296 36 M 0.113 0.026 0.002 0.047 0.046 0.066 0.075 0.005 0.001 0.027 0.592 37 G 0.116 0.049 0.001 0.036 0.028 0.046 0.081 0.007 0.001 0.029 0.606 38 D 0.051 0.039 0.001 0.029 0.042 0.064 0.147 0.004 0.001 0.058 0.564 39 G 0.076 0.058 0.002 0.027 0.057 0.128 0.094 0.010 0.001 0.082 0.466 40 L 0.161 0.034 0.004 0.029 0.115 0.096 0.083 0.012 0.001 0.070 0.395 41 A 0.060 0.014 0.002 0.029 0.114 0.119 0.060 0.004 0.001 0.034 0.565 42 S 0.028 0.007 0.001 0.026 0.069 0.129 0.086 0.002 0.001 0.038 0.613 43 W 0.007 0.008 0.002 0.016 0.064 0.063 0.145 0.001 0.001 0.026 0.667 44 S 0.054 0.084 0.005 0.013 0.056 0.048 0.118 0.007 0.002 0.043 0.570 45 P 0.210 0.149 0.003 0.013 0.024 0.029 0.096 0.009 0.001 0.096 0.370 46 P 0.025 0.218 0.003 0.028 0.025 0.029 0.158 0.002 0.001 0.075 0.438 47 E 0.019 0.159 0.003 0.123 0.037 0.161 0.083 0.004 0.001 0.143 0.269 48 V 0.009 0.122 0.007 0.154 0.111 0.119 0.051 0.003 0.001 0.132 0.290 49 L 0.009 0.073 0.007 0.166 0.175 0.219 0.053 0.004 0.002 0.115 0.177 50 V 0.032 0.034 0.004 0.087 0.079 0.092 0.048 0.008 0.002 0.372 0.244 51 L 0.079 0.341 0.007 0.087 0.079 0.037 0.041 0.009 0.004 0.096 0.220 52 E 0.036 0.456 0.003 0.038 0.034 0.041 0.057 0.005 0.002 0.046 0.283 53 G 0.017 0.527 0.004 0.020 0.025 0.058 0.050 0.005 0.001 0.065 0.228 54 T 0.055 0.463 0.011 0.022 0.045 0.070 0.039 0.012 0.003 0.138 0.144 55 L 0.070 0.446 0.039 0.016 0.045 0.040 0.046 0.013 0.012 0.083 0.190 56 A 0.168 0.214 0.012 0.018 0.035 0.042 0.047 0.014 0.007 0.087 0.357 57 R 0.095 0.040 0.004 0.015 0.020 0.027 0.063 0.009 0.003 0.260 0.464 58 M 0.027 0.099 0.012 0.027 0.034 0.026 0.114 0.004 0.005 0.098 0.553 59 G 0.054 0.170 0.007 0.026 0.032 0.066 0.105 0.008 0.003 0.062 0.468 60 Q 0.061 0.211 0.006 0.022 0.043 0.059 0.088 0.011 0.002 0.070 0.427 61 T 0.054 0.166 0.008 0.034 0.072 0.085 0.100 0.008 0.003 0.109 0.363 62 Y 0.117 0.170 0.017 0.053 0.067 0.106 0.094 0.013 0.005 0.081 0.276 63 A 0.113 0.059 0.007 0.054 0.072 0.116 0.075 0.014 0.002 0.049 0.440 64 Y 0.050 0.014 0.002 0.079 0.111 0.172 0.072 0.006 0.001 0.050 0.443 65 R 0.011 0.010 0.003 0.099 0.118 0.161 0.114 0.002 0.001 0.033 0.449 66 L 0.012 0.010 0.004 0.055 0.094 0.096 0.122 0.003 0.001 0.030 0.573 67 Y 0.271 0.013 0.005 0.036 0.058 0.086 0.115 0.017 0.002 0.050 0.346 68 P 0.337 0.009 0.001 0.019 0.021 0.031 0.053 0.006 0.001 0.018 0.505 69 K 0.080 0.004 0.001 0.022 0.020 0.031 0.085 0.002 0.001 0.019 0.736 70 G 0.019 0.003 0.001 0.024 0.021 0.065 0.102 0.001 0.001 0.018 0.748 71 R 0.018 0.003 0.001 0.015 0.035 0.043 0.092 0.001 0.001 0.023 0.769 72 R 0.045 0.003 0.001 0.021 0.085 0.086 0.117 0.002 0.001 0.034 0.604 73 P 0.020 0.004 0.001 0.015 0.037 0.044 0.111 0.001 0.001 0.023 0.744 74 L 0.033 0.010 0.001 0.033 0.050 0.079 0.107 0.001 0.001 0.035 0.651