# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.157 0.046 0.017 0.062 0.053 0.100 0.126 0.439 2 P 0.065 0.014 0.017 0.031 0.047 0.114 0.051 0.660 3 W 0.058 0.021 0.065 0.057 0.182 0.099 0.082 0.437 4 R 0.024 0.010 0.053 0.117 0.170 0.115 0.050 0.461 5 L 0.013 0.008 0.042 0.157 0.257 0.082 0.027 0.413 6 E 0.016 0.011 0.080 0.178 0.403 0.053 0.051 0.208 7 V 0.020 0.005 0.052 0.181 0.250 0.081 0.038 0.373 8 V 0.008 0.004 0.079 0.183 0.306 0.095 0.039 0.285 9 L 0.012 0.002 0.077 0.081 0.152 0.119 0.028 0.529 10 D 0.019 0.006 0.043 0.050 0.066 0.156 0.097 0.562 11 P 0.053 0.012 0.011 0.009 0.010 0.117 0.039 0.750 12 P 0.366 0.061 0.005 0.005 0.006 0.064 0.096 0.398 13 P 0.053 0.048 0.006 0.005 0.005 0.104 0.030 0.749 14 G 0.089 0.120 0.014 0.007 0.019 0.103 0.055 0.592 15 R 0.145 0.221 0.009 0.022 0.025 0.077 0.107 0.394 16 E 0.068 0.095 0.015 0.026 0.037 0.099 0.110 0.550 17 E 0.016 0.292 0.017 0.035 0.061 0.085 0.070 0.425 18 V 0.046 0.564 0.013 0.014 0.034 0.041 0.051 0.239 19 Y 0.034 0.791 0.005 0.021 0.010 0.015 0.076 0.048 20 P 0.035 0.757 0.007 0.008 0.010 0.015 0.097 0.071 21 L 0.026 0.840 0.007 0.003 0.007 0.008 0.064 0.045 22 L 0.016 0.906 0.004 0.003 0.005 0.006 0.038 0.022 23 A 0.007 0.910 0.004 0.006 0.007 0.006 0.034 0.027 24 Q 0.018 0.830 0.005 0.008 0.011 0.008 0.067 0.052 25 V 0.076 0.491 0.036 0.031 0.032 0.024 0.211 0.099 26 A 0.090 0.092 0.117 0.078 0.080 0.064 0.266 0.212 27 R 0.195 0.010 0.050 0.029 0.038 0.070 0.116 0.493 28 R 0.307 0.005 0.017 0.009 0.012 0.061 0.032 0.557 29 A 0.045 0.003 0.052 0.004 0.017 0.137 0.036 0.707 30 G 0.002 0.002 0.046 0.014 0.025 0.196 0.016 0.699 31 G 0.004 0.002 0.016 0.037 0.041 0.138 0.012 0.749 32 V 0.008 0.009 0.195 0.246 0.156 0.076 0.045 0.265 33 T 0.025 0.014 0.267 0.115 0.135 0.053 0.082 0.309 34 V 0.026 0.009 0.263 0.132 0.126 0.067 0.096 0.282 35 R 0.056 0.012 0.187 0.108 0.178 0.068 0.060 0.332 36 M 0.100 0.020 0.058 0.078 0.153 0.075 0.037 0.479 37 G 0.134 0.034 0.022 0.042 0.072 0.099 0.045 0.552 38 D 0.047 0.016 0.024 0.047 0.074 0.120 0.042 0.630 39 G 0.102 0.027 0.042 0.076 0.113 0.104 0.081 0.454 40 L 0.152 0.016 0.034 0.046 0.068 0.101 0.062 0.521 41 A 0.085 0.008 0.042 0.039 0.079 0.121 0.045 0.581 42 S 0.012 0.003 0.022 0.020 0.055 0.183 0.029 0.677 43 W 0.006 0.003 0.027 0.025 0.050 0.207 0.029 0.652 44 S 0.085 0.051 0.021 0.032 0.039 0.165 0.095 0.513 45 P 0.189 0.165 0.012 0.016 0.018 0.106 0.117 0.376 46 P 0.042 0.147 0.027 0.019 0.036 0.118 0.156 0.454 47 E 0.015 0.163 0.067 0.079 0.136 0.091 0.123 0.325 48 V 0.023 0.118 0.089 0.091 0.255 0.077 0.052 0.294 49 L 0.017 0.099 0.125 0.195 0.192 0.060 0.146 0.166 50 V 0.025 0.047 0.042 0.121 0.194 0.078 0.171 0.322 51 L 0.066 0.166 0.070 0.125 0.179 0.058 0.120 0.216 52 E 0.053 0.165 0.025 0.059 0.088 0.068 0.052 0.491 53 G 0.045 0.300 0.032 0.079 0.093 0.065 0.088 0.299 54 T 0.087 0.266 0.038 0.083 0.116 0.063 0.108 0.239 55 L 0.092 0.075 0.061 0.092 0.107 0.088 0.165 0.319 56 A 0.227 0.113 0.023 0.041 0.067 0.066 0.072 0.392 57 R 0.223 0.032 0.022 0.015 0.038 0.088 0.178 0.404 58 M 0.013 0.052 0.033 0.042 0.043 0.160 0.065 0.591 59 G 0.078 0.082 0.017 0.017 0.050 0.122 0.047 0.588 60 Q 0.051 0.134 0.021 0.115 0.053 0.107 0.080 0.439 61 T 0.091 0.123 0.033 0.067 0.129 0.085 0.072 0.399 62 Y 0.118 0.116 0.071 0.078 0.167 0.072 0.106 0.272 63 A 0.066 0.044 0.066 0.079 0.166 0.087 0.095 0.397 64 Y 0.038 0.023 0.042 0.156 0.272 0.074 0.049 0.345 65 R 0.011 0.011 0.045 0.110 0.327 0.092 0.022 0.381 66 L 0.010 0.004 0.049 0.108 0.168 0.096 0.026 0.539 67 Y 0.194 0.018 0.038 0.125 0.102 0.081 0.116 0.325 68 P 0.423 0.008 0.013 0.016 0.021 0.046 0.042 0.431 69 K 0.035 0.003 0.021 0.011 0.025 0.086 0.022 0.797 70 G 0.011 0.003 0.019 0.019 0.038 0.115 0.016 0.780 71 R 0.023 0.002 0.009 0.033 0.029 0.098 0.017 0.789 72 R 0.116 0.009 0.028 0.053 0.056 0.096 0.061 0.582 73 P 0.041 0.004 0.014 0.019 0.029 0.086 0.024 0.782 74 L 0.053 0.008 0.031 0.035 0.062 0.110 0.042 0.659