# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.093 0.093 0.057 0.137 0.131 0.124 0.149 0.091 0.064 0.039 0.022 2 P 0.227 0.133 0.073 0.145 0.112 0.084 0.090 0.055 0.039 0.026 0.016 3 W 0.046 0.042 0.042 0.080 0.093 0.115 0.173 0.132 0.127 0.089 0.061 4 R 0.058 0.101 0.074 0.199 0.170 0.107 0.111 0.075 0.053 0.034 0.019 5 L 0.007 0.007 0.013 0.026 0.041 0.074 0.157 0.160 0.208 0.187 0.119 6 E 0.050 0.103 0.127 0.253 0.181 0.112 0.079 0.041 0.029 0.017 0.010 7 V 0.013 0.012 0.025 0.041 0.056 0.088 0.165 0.161 0.175 0.161 0.104 8 V 0.017 0.025 0.031 0.073 0.083 0.115 0.162 0.131 0.154 0.134 0.076 9 L 0.012 0.013 0.017 0.032 0.042 0.079 0.173 0.147 0.202 0.181 0.101 10 D 0.078 0.144 0.126 0.223 0.149 0.099 0.075 0.042 0.032 0.020 0.012 11 P 0.159 0.105 0.052 0.117 0.108 0.104 0.143 0.089 0.061 0.038 0.024 12 P 0.276 0.151 0.042 0.109 0.086 0.080 0.096 0.062 0.046 0.032 0.020 13 P 0.316 0.223 0.048 0.135 0.090 0.059 0.056 0.033 0.020 0.013 0.008 14 G 0.319 0.192 0.042 0.102 0.077 0.063 0.070 0.050 0.038 0.029 0.018 15 R 0.218 0.170 0.045 0.147 0.110 0.090 0.093 0.053 0.038 0.023 0.012 16 E 0.264 0.156 0.077 0.167 0.105 0.082 0.068 0.038 0.023 0.014 0.007 17 E 0.098 0.122 0.073 0.202 0.160 0.127 0.102 0.057 0.032 0.018 0.009 18 V 0.022 0.033 0.026 0.051 0.061 0.086 0.150 0.150 0.172 0.157 0.090 19 Y 0.014 0.021 0.027 0.078 0.101 0.161 0.219 0.139 0.120 0.082 0.037 20 P 0.119 0.123 0.213 0.231 0.124 0.074 0.055 0.028 0.018 0.010 0.005 21 L 0.012 0.014 0.026 0.049 0.076 0.113 0.202 0.175 0.148 0.113 0.072 22 L 0.007 0.013 0.017 0.040 0.058 0.076 0.156 0.174 0.194 0.166 0.100 23 A 0.021 0.020 0.060 0.090 0.115 0.150 0.218 0.131 0.100 0.065 0.031 24 Q 0.039 0.071 0.252 0.230 0.157 0.101 0.079 0.035 0.020 0.011 0.006 25 V 0.009 0.009 0.021 0.033 0.050 0.080 0.191 0.176 0.183 0.156 0.094 26 A 0.018 0.022 0.034 0.068 0.082 0.100 0.177 0.147 0.150 0.133 0.069 27 R 0.031 0.061 0.195 0.179 0.145 0.127 0.115 0.058 0.044 0.031 0.014 28 R 0.038 0.093 0.150 0.182 0.147 0.138 0.118 0.060 0.036 0.024 0.013 29 A 0.067 0.078 0.046 0.080 0.086 0.108 0.157 0.124 0.109 0.084 0.060 30 G 0.347 0.141 0.053 0.111 0.091 0.064 0.078 0.051 0.032 0.018 0.012 31 G 0.250 0.125 0.076 0.153 0.109 0.076 0.077 0.050 0.039 0.028 0.018 32 V 0.025 0.023 0.017 0.036 0.047 0.088 0.154 0.133 0.193 0.170 0.112 33 T 0.053 0.131 0.057 0.200 0.165 0.121 0.108 0.067 0.049 0.029 0.019 34 V 0.018 0.011 0.020 0.033 0.048 0.073 0.129 0.153 0.189 0.168 0.158 35 R 0.065 0.096 0.063 0.179 0.159 0.131 0.124 0.076 0.052 0.035 0.021 36 M 0.017 0.021 0.018 0.049 0.061 0.081 0.149 0.157 0.184 0.152 0.111 37 G 0.171 0.117 0.046 0.130 0.115 0.097 0.114 0.076 0.060 0.046 0.029 38 D 0.204 0.141 0.071 0.179 0.118 0.082 0.080 0.050 0.039 0.023 0.014 39 G 0.223 0.126 0.048 0.141 0.118 0.093 0.099 0.065 0.043 0.027 0.018 40 L 0.027 0.031 0.019 0.057 0.067 0.083 0.132 0.139 0.166 0.149 0.130 41 A 0.062 0.057 0.040 0.099 0.119 0.133 0.164 0.121 0.096 0.068 0.041 42 S 0.131 0.132 0.093 0.199 0.138 0.092 0.090 0.052 0.037 0.023 0.014 43 W 0.052 0.034 0.024 0.054 0.066 0.091 0.154 0.128 0.151 0.138 0.108 44 S 0.159 0.181 0.051 0.160 0.123 0.086 0.091 0.058 0.044 0.030 0.017 45 P 0.173 0.168 0.059 0.161 0.119 0.093 0.085 0.056 0.042 0.028 0.017 46 P 0.182 0.088 0.038 0.106 0.106 0.099 0.124 0.094 0.073 0.052 0.036 47 E 0.140 0.161 0.063 0.207 0.140 0.093 0.087 0.051 0.031 0.018 0.009 48 V 0.017 0.018 0.020 0.047 0.062 0.104 0.155 0.136 0.178 0.157 0.105 49 L 0.018 0.025 0.031 0.073 0.092 0.119 0.174 0.140 0.141 0.109 0.079 50 V 0.014 0.026 0.052 0.096 0.107 0.110 0.151 0.129 0.134 0.109 0.072 51 L 0.006 0.011 0.020 0.029 0.044 0.084 0.156 0.141 0.198 0.184 0.126 52 E 0.065 0.094 0.077 0.204 0.166 0.116 0.117 0.069 0.049 0.029 0.016 53 G 0.181 0.074 0.068 0.121 0.104 0.101 0.132 0.089 0.063 0.043 0.024 54 T 0.099 0.111 0.063 0.169 0.137 0.113 0.127 0.076 0.054 0.032 0.019 55 L 0.014 0.017 0.017 0.037 0.051 0.071 0.141 0.161 0.187 0.169 0.135 56 A 0.057 0.058 0.093 0.147 0.153 0.132 0.137 0.088 0.065 0.043 0.028 57 R 0.060 0.104 0.150 0.177 0.136 0.118 0.117 0.059 0.040 0.026 0.014 58 M 0.027 0.029 0.029 0.066 0.082 0.103 0.170 0.148 0.149 0.118 0.079 59 G 0.202 0.124 0.056 0.122 0.094 0.080 0.112 0.076 0.064 0.047 0.024 60 Q 0.095 0.093 0.104 0.193 0.144 0.116 0.110 0.060 0.044 0.026 0.015 61 T 0.103 0.106 0.096 0.155 0.133 0.116 0.116 0.072 0.049 0.035 0.019 62 Y 0.016 0.023 0.022 0.055 0.075 0.130 0.197 0.159 0.153 0.112 0.059 63 A 0.056 0.058 0.065 0.129 0.117 0.114 0.151 0.114 0.091 0.070 0.035 64 Y 0.013 0.016 0.034 0.058 0.066 0.127 0.193 0.133 0.160 0.138 0.062 65 R 0.052 0.080 0.090 0.188 0.160 0.129 0.127 0.072 0.052 0.033 0.017 66 L 0.024 0.024 0.027 0.044 0.057 0.085 0.154 0.150 0.172 0.155 0.108 67 Y 0.034 0.042 0.034 0.091 0.108 0.130 0.185 0.133 0.112 0.080 0.051 68 P 0.243 0.189 0.082 0.121 0.081 0.073 0.088 0.046 0.037 0.025 0.013 69 K 0.325 0.241 0.061 0.159 0.091 0.047 0.036 0.019 0.011 0.006 0.004 70 G 0.565 0.133 0.025 0.062 0.044 0.033 0.045 0.034 0.027 0.020 0.012 71 R 0.221 0.182 0.046 0.159 0.108 0.090 0.081 0.049 0.032 0.021 0.011 72 R 0.109 0.170 0.087 0.164 0.125 0.120 0.093 0.057 0.039 0.024 0.013 73 P 0.238 0.186 0.068 0.153 0.109 0.079 0.074 0.046 0.025 0.014 0.009 74 L 0.150 0.087 0.048 0.103 0.097 0.091 0.135 0.108 0.086 0.057 0.039