# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.133 0.015 0.016 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.010 0.136 0.603 2 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 3 W 0.018 0.002 0.001 0.001 0.006 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.214 0.003 0.087 0.659 4 R 0.125 0.007 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.278 0.004 0.115 0.460 5 L 0.058 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.589 0.004 0.038 0.284 6 E 0.017 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.735 0.002 0.041 0.185 7 V 0.017 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.596 0.002 0.038 0.327 8 V 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.891 0.001 0.023 0.064 9 L 0.008 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.006 0.003 0.571 0.005 0.055 0.321 10 D 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.017 0.003 0.023 0.010 0.010 0.010 0.456 0.008 0.055 0.373 11 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.008 0.968 12 P 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.002 0.218 0.744 13 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.996 14 G 0.028 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.007 0.251 0.635 15 R 0.485 0.004 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.008 0.088 0.387 16 E 0.053 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.003 0.044 0.846 17 E 0.113 0.026 0.003 0.001 0.007 0.007 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.007 0.138 0.671 18 V 0.238 0.143 0.005 0.001 0.001 0.017 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.021 0.092 0.442 19 Y 0.082 0.212 0.007 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.009 0.105 0.510 20 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 21 L 0.063 0.206 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.020 0.070 0.606 22 L 0.067 0.744 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.038 0.136 23 A 0.034 0.852 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 0.019 0.074 24 Q 0.020 0.917 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.006 0.045 25 V 0.024 0.934 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.002 0.027 26 A 0.009 0.956 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.003 0.019 27 R 0.020 0.914 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.003 0.036 28 R 0.079 0.820 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.025 0.002 0.055 29 A 0.127 0.667 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.058 0.008 0.104 30 G 0.175 0.198 0.119 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.122 0.028 0.312 31 G 0.066 0.022 0.548 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.023 0.039 0.245 32 V 0.055 0.010 0.089 0.027 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.323 0.004 0.147 0.335 33 T 0.004 0.005 0.001 0.003 0.022 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.004 0.002 0.436 0.001 0.084 0.422 34 V 0.005 0.005 0.001 0.002 0.046 0.027 0.016 0.008 0.001 0.001 0.002 0.002 0.078 0.103 0.027 0.015 0.377 0.002 0.048 0.233 35 R 0.006 0.011 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.004 0.006 0.011 0.021 0.004 0.045 0.016 0.007 0.009 0.558 0.002 0.074 0.215 36 M 0.007 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.067 0.009 0.005 0.003 0.002 0.001 0.003 0.477 0.003 0.047 0.261 37 G 0.010 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.377 0.006 0.101 0.408 38 D 0.038 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.027 0.123 0.735 39 G 0.120 0.011 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.037 0.096 0.651 40 L 0.079 0.019 0.046 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.120 0.008 0.329 0.381 41 A 0.048 0.045 0.007 0.006 0.062 0.020 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.185 0.009 0.154 0.448 42 S 0.129 0.040 0.005 0.002 0.024 0.022 0.010 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.003 0.002 0.088 0.011 0.075 0.573 43 W 0.160 0.045 0.007 0.002 0.001 0.005 0.006 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.177 0.014 0.079 0.488 44 S 0.083 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.147 0.006 0.145 0.582 45 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.992 46 P 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 0.025 0.932 47 E 0.114 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.198 0.003 0.181 0.487 48 V 0.148 0.045 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.232 0.004 0.045 0.512 49 L 0.028 0.052 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.009 0.004 0.003 0.698 0.003 0.028 0.152 50 V 0.024 0.082 0.002 0.001 0.002 0.004 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.005 0.003 0.431 0.004 0.080 0.342 51 L 0.017 0.099 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.627 0.006 0.050 0.170 52 E 0.018 0.138 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.431 0.007 0.075 0.319 53 G 0.037 0.119 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.151 0.024 0.097 0.558 54 T 0.116 0.098 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.083 0.043 0.129 0.487 55 L 0.052 0.256 0.024 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.004 0.001 0.001 0.087 0.026 0.082 0.451 56 A 0.043 0.352 0.025 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.084 0.021 0.128 0.316 57 R 0.099 0.418 0.011 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.025 0.109 0.279 58 M 0.188 0.487 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.065 0.023 0.180 59 G 0.171 0.289 0.034 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.095 0.033 0.330 60 Q 0.133 0.048 0.318 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.026 0.101 0.321 61 T 0.032 0.083 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.128 0.007 0.077 0.653 62 Y 0.070 0.104 0.010 0.003 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.264 0.018 0.107 0.400 63 A 0.073 0.112 0.010 0.002 0.006 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.295 0.013 0.161 0.315 64 Y 0.062 0.126 0.008 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.414 0.013 0.092 0.263 65 R 0.091 0.116 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.010 0.009 0.003 0.480 0.012 0.056 0.203 66 L 0.102 0.144 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.006 0.005 0.005 0.002 0.232 0.021 0.068 0.391 67 Y 0.036 0.059 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.024 0.012 0.002 0.008 0.002 0.001 0.002 0.485 0.013 0.053 0.276 68 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 69 K 0.029 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.159 0.015 0.110 0.669 70 G 0.305 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.028 0.086 0.513 71 R 0.358 0.019 0.024 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.023 0.080 0.419 72 R 0.036 0.008 0.006 0.003 0.007 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.003 0.140 0.694 73 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 74 L 0.028 0.004 0.001 0.001 0.006 0.016 0.014 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.002 0.180 0.005 0.131 0.599