# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.092 0.006 0.005 0.020 0.057 0.041 0.128 0.001 0.001 0.004 0.646 2 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 3 W 0.015 0.001 0.001 0.046 0.100 0.257 0.079 0.001 0.001 0.001 0.499 4 R 0.101 0.005 0.001 0.077 0.078 0.110 0.132 0.001 0.001 0.007 0.488 5 L 0.060 0.013 0.003 0.121 0.182 0.313 0.044 0.001 0.001 0.004 0.258 6 E 0.020 0.006 0.003 0.173 0.192 0.293 0.081 0.001 0.001 0.003 0.228 7 V 0.024 0.007 0.001 0.188 0.169 0.298 0.034 0.001 0.001 0.001 0.277 8 V 0.009 0.008 0.001 0.273 0.214 0.387 0.015 0.001 0.001 0.001 0.091 9 L 0.008 0.009 0.002 0.227 0.181 0.349 0.038 0.002 0.001 0.002 0.182 10 D 0.019 0.007 0.013 0.100 0.195 0.287 0.058 0.002 0.001 0.006 0.313 11 P 0.004 0.001 0.001 0.008 0.008 0.034 0.012 0.001 0.001 0.001 0.934 12 P 0.002 0.001 0.001 0.005 0.003 0.006 0.033 0.001 0.001 0.001 0.952 13 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 14 G 0.124 0.002 0.001 0.007 0.006 0.015 0.134 0.001 0.001 0.003 0.708 15 R 0.491 0.011 0.004 0.008 0.005 0.009 0.092 0.001 0.001 0.008 0.371 16 E 0.054 0.024 0.001 0.009 0.012 0.024 0.061 0.001 0.001 0.002 0.812 17 E 0.093 0.029 0.004 0.011 0.020 0.038 0.188 0.001 0.001 0.005 0.612 18 V 0.206 0.165 0.006 0.019 0.010 0.025 0.094 0.005 0.001 0.004 0.466 19 Y 0.066 0.435 0.021 0.013 0.028 0.041 0.089 0.004 0.001 0.002 0.301 20 P 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.988 21 L 0.041 0.176 0.002 0.006 0.012 0.031 0.095 0.001 0.001 0.001 0.634 22 L 0.089 0.717 0.002 0.002 0.003 0.005 0.051 0.003 0.001 0.001 0.127 23 A 0.016 0.894 0.002 0.001 0.002 0.004 0.014 0.002 0.001 0.001 0.065 24 Q 0.014 0.893 0.004 0.001 0.002 0.003 0.011 0.003 0.001 0.001 0.070 25 V 0.015 0.929 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.044 26 A 0.014 0.933 0.002 0.001 0.002 0.004 0.003 0.011 0.001 0.001 0.029 27 R 0.021 0.888 0.013 0.001 0.004 0.006 0.004 0.032 0.001 0.001 0.031 28 R 0.054 0.839 0.022 0.002 0.004 0.006 0.003 0.041 0.001 0.001 0.029 29 A 0.139 0.641 0.040 0.007 0.010 0.011 0.009 0.051 0.001 0.001 0.091 30 G 0.261 0.147 0.040 0.019 0.045 0.053 0.039 0.046 0.001 0.005 0.344 31 G 0.188 0.025 0.155 0.034 0.029 0.038 0.074 0.009 0.001 0.009 0.439 32 V 0.108 0.013 0.057 0.152 0.142 0.115 0.088 0.003 0.001 0.005 0.317 33 T 0.008 0.004 0.004 0.106 0.109 0.126 0.070 0.001 0.001 0.002 0.572 34 V 0.008 0.005 0.004 0.262 0.218 0.288 0.029 0.001 0.001 0.002 0.183 35 R 0.005 0.004 0.001 0.203 0.137 0.233 0.086 0.001 0.001 0.003 0.326 36 M 0.013 0.005 0.002 0.168 0.109 0.254 0.071 0.001 0.001 0.006 0.373 37 G 0.027 0.005 0.001 0.210 0.062 0.140 0.175 0.001 0.001 0.011 0.368 38 D 0.086 0.006 0.002 0.059 0.021 0.029 0.143 0.001 0.001 0.015 0.638 39 G 0.135 0.013 0.004 0.044 0.029 0.045 0.187 0.001 0.001 0.018 0.524 40 L 0.171 0.018 0.010 0.052 0.048 0.097 0.199 0.001 0.001 0.011 0.393 41 A 0.039 0.031 0.002 0.076 0.099 0.200 0.111 0.001 0.001 0.004 0.437 42 S 0.079 0.026 0.005 0.046 0.122 0.238 0.066 0.003 0.001 0.006 0.410 43 W 0.150 0.052 0.017 0.062 0.057 0.160 0.054 0.007 0.001 0.007 0.434 44 S 0.094 0.030 0.026 0.028 0.065 0.138 0.173 0.005 0.001 0.009 0.431 45 P 0.010 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.013 0.001 0.001 0.001 0.964 46 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.990 47 E 0.098 0.005 0.002 0.025 0.030 0.042 0.200 0.001 0.001 0.003 0.595 48 V 0.363 0.027 0.003 0.043 0.028 0.038 0.095 0.001 0.001 0.005 0.397 49 L 0.079 0.068 0.009 0.144 0.217 0.269 0.049 0.002 0.001 0.002 0.160 50 V 0.016 0.056 0.006 0.174 0.161 0.237 0.048 0.002 0.001 0.001 0.299 51 L 0.012 0.061 0.002 0.204 0.196 0.300 0.030 0.002 0.001 0.001 0.192 52 E 0.019 0.066 0.002 0.137 0.100 0.241 0.074 0.002 0.001 0.002 0.357 53 G 0.039 0.059 0.004 0.110 0.067 0.143 0.126 0.002 0.001 0.005 0.445 54 T 0.074 0.083 0.012 0.056 0.057 0.082 0.164 0.003 0.001 0.005 0.463 55 L 0.053 0.210 0.009 0.036 0.055 0.116 0.090 0.004 0.001 0.004 0.423 56 A 0.054 0.267 0.009 0.034 0.080 0.188 0.097 0.006 0.001 0.005 0.260 57 R 0.125 0.361 0.009 0.022 0.037 0.055 0.058 0.013 0.001 0.005 0.315 58 M 0.189 0.478 0.018 0.013 0.026 0.040 0.027 0.013 0.001 0.004 0.193 59 G 0.154 0.174 0.016 0.024 0.037 0.062 0.070 0.019 0.001 0.005 0.439 60 Q 0.176 0.147 0.068 0.029 0.041 0.050 0.080 0.010 0.001 0.006 0.393 61 T 0.039 0.077 0.007 0.035 0.046 0.063 0.088 0.003 0.001 0.003 0.639 62 Y 0.061 0.088 0.013 0.037 0.090 0.114 0.119 0.003 0.001 0.004 0.471 63 A 0.056 0.150 0.008 0.053 0.087 0.168 0.084 0.002 0.001 0.005 0.386 64 Y 0.064 0.128 0.008 0.075 0.127 0.248 0.077 0.003 0.001 0.005 0.266 65 R 0.087 0.156 0.010 0.087 0.131 0.191 0.054 0.008 0.001 0.005 0.272 66 L 0.076 0.149 0.020 0.061 0.105 0.213 0.037 0.012 0.001 0.005 0.324 67 Y 0.047 0.074 0.012 0.054 0.182 0.271 0.075 0.007 0.001 0.003 0.273 68 P 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.975 69 K 0.031 0.007 0.004 0.026 0.041 0.100 0.103 0.001 0.001 0.003 0.684 70 G 0.456 0.008 0.008 0.013 0.010 0.014 0.100 0.002 0.001 0.026 0.364 71 R 0.366 0.015 0.031 0.025 0.011 0.017 0.073 0.002 0.001 0.008 0.453 72 R 0.053 0.006 0.007 0.036 0.067 0.041 0.130 0.001 0.001 0.003 0.655 73 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 74 L 0.013 0.003 0.001 0.056 0.077 0.316 0.068 0.001 0.001 0.001 0.465