# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.077 0.011 0.038 0.064 0.082 0.088 0.006 0.633 2 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 3 W 0.019 0.003 0.037 0.160 0.282 0.090 0.002 0.406 4 R 0.185 0.007 0.049 0.086 0.114 0.084 0.004 0.471 5 L 0.058 0.019 0.083 0.181 0.327 0.024 0.003 0.304 6 E 0.025 0.015 0.197 0.215 0.327 0.038 0.003 0.179 7 V 0.022 0.008 0.124 0.237 0.221 0.025 0.003 0.360 8 V 0.010 0.009 0.149 0.288 0.369 0.019 0.002 0.156 9 L 0.013 0.008 0.132 0.212 0.320 0.028 0.003 0.283 10 D 0.016 0.004 0.091 0.175 0.303 0.039 0.004 0.368 11 P 0.001 0.001 0.003 0.002 0.010 0.004 0.001 0.979 12 P 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.008 0.001 0.976 13 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 14 G 0.056 0.002 0.008 0.012 0.028 0.083 0.003 0.808 15 R 0.422 0.004 0.007 0.009 0.014 0.065 0.005 0.474 16 E 0.116 0.023 0.017 0.022 0.029 0.102 0.006 0.685 17 E 0.112 0.034 0.018 0.024 0.040 0.140 0.008 0.623 18 V 0.129 0.120 0.048 0.027 0.072 0.052 0.008 0.544 19 Y 0.051 0.173 0.075 0.085 0.139 0.083 0.005 0.389 20 P 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.992 21 L 0.029 0.192 0.017 0.026 0.070 0.131 0.004 0.530 22 L 0.066 0.592 0.020 0.013 0.033 0.063 0.004 0.209 23 A 0.024 0.756 0.009 0.008 0.016 0.023 0.003 0.161 24 Q 0.018 0.832 0.007 0.003 0.007 0.026 0.004 0.103 25 V 0.023 0.921 0.005 0.003 0.004 0.006 0.003 0.035 26 A 0.006 0.970 0.006 0.002 0.004 0.001 0.002 0.009 27 R 0.022 0.927 0.008 0.004 0.008 0.002 0.008 0.022 28 R 0.077 0.844 0.006 0.005 0.007 0.003 0.021 0.037 29 A 0.073 0.727 0.015 0.008 0.009 0.010 0.076 0.083 30 G 0.217 0.223 0.060 0.022 0.021 0.018 0.189 0.250 31 G 0.164 0.065 0.271 0.038 0.024 0.069 0.057 0.311 32 V 0.078 0.029 0.209 0.229 0.101 0.078 0.010 0.266 33 T 0.022 0.016 0.091 0.098 0.141 0.062 0.003 0.566 34 V 0.017 0.013 0.099 0.251 0.288 0.034 0.002 0.296 35 R 0.017 0.022 0.091 0.191 0.311 0.122 0.003 0.243 36 M 0.037 0.032 0.054 0.126 0.238 0.122 0.007 0.383 37 G 0.060 0.051 0.069 0.079 0.196 0.102 0.015 0.428 38 D 0.036 0.019 0.026 0.029 0.044 0.115 0.008 0.723 39 G 0.107 0.035 0.036 0.029 0.051 0.166 0.029 0.547 40 L 0.235 0.061 0.047 0.041 0.066 0.169 0.018 0.362 41 A 0.071 0.095 0.058 0.091 0.104 0.157 0.011 0.412 42 S 0.163 0.072 0.044 0.056 0.088 0.084 0.021 0.473 43 W 0.282 0.060 0.058 0.036 0.061 0.052 0.026 0.424 44 S 0.101 0.033 0.048 0.048 0.064 0.207 0.019 0.481 45 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 46 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.994 47 E 0.093 0.003 0.027 0.044 0.048 0.202 0.004 0.578 48 V 0.318 0.023 0.068 0.051 0.070 0.052 0.005 0.412 49 L 0.063 0.051 0.194 0.246 0.265 0.028 0.003 0.150 50 V 0.032 0.054 0.186 0.143 0.210 0.037 0.003 0.335 51 L 0.020 0.067 0.111 0.232 0.382 0.032 0.004 0.152 52 E 0.018 0.092 0.081 0.077 0.200 0.056 0.010 0.466 53 G 0.048 0.063 0.057 0.050 0.087 0.117 0.022 0.557 54 T 0.162 0.060 0.048 0.037 0.048 0.268 0.022 0.355 55 L 0.069 0.171 0.067 0.099 0.124 0.075 0.010 0.386 56 A 0.038 0.231 0.063 0.090 0.193 0.084 0.007 0.294 57 R 0.081 0.356 0.029 0.032 0.054 0.161 0.011 0.278 58 M 0.096 0.570 0.026 0.020 0.050 0.032 0.025 0.180 59 G 0.124 0.379 0.030 0.023 0.047 0.034 0.046 0.316 60 Q 0.147 0.238 0.067 0.076 0.060 0.067 0.029 0.315 61 T 0.063 0.210 0.055 0.058 0.072 0.065 0.020 0.457 62 Y 0.071 0.171 0.059 0.151 0.197 0.044 0.012 0.294 63 A 0.042 0.212 0.099 0.133 0.183 0.062 0.009 0.260 64 Y 0.051 0.158 0.052 0.258 0.232 0.038 0.011 0.201 65 R 0.080 0.145 0.055 0.209 0.248 0.039 0.013 0.213 66 L 0.046 0.092 0.057 0.153 0.295 0.020 0.012 0.324 67 Y 0.036 0.042 0.069 0.211 0.364 0.053 0.008 0.218 68 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.997 69 K 0.012 0.005 0.016 0.035 0.088 0.072 0.005 0.767 70 G 0.416 0.003 0.014 0.025 0.029 0.042 0.016 0.455 71 R 0.250 0.012 0.047 0.041 0.065 0.087 0.016 0.483 72 R 0.073 0.006 0.058 0.092 0.099 0.145 0.003 0.525 73 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 74 L 0.019 0.004 0.030 0.100 0.238 0.122 0.002 0.486