# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.014 0.395 0.326 0.003 0.080 0.012 0.006 0.001 0.160 0.004 0.001 2 P 0.110 0.007 0.780 0.010 0.003 0.029 0.002 0.001 0.001 0.003 0.054 3 W 0.098 0.359 0.243 0.136 0.084 0.027 0.019 0.010 0.022 0.001 0.001 4 R 0.069 0.489 0.280 0.038 0.046 0.033 0.019 0.002 0.023 0.001 0.001 5 L 0.031 0.575 0.280 0.030 0.046 0.023 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 6 E 0.052 0.605 0.178 0.024 0.087 0.028 0.008 0.001 0.016 0.001 0.001 7 V 0.007 0.765 0.140 0.008 0.047 0.015 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 8 V 0.025 0.672 0.195 0.013 0.017 0.057 0.005 0.001 0.015 0.001 0.001 9 L 0.043 0.572 0.215 0.066 0.044 0.020 0.004 0.001 0.033 0.001 0.002 10 D 0.003 0.163 0.327 0.002 0.021 0.056 0.027 0.001 0.396 0.003 0.002 11 P 0.080 0.004 0.848 0.012 0.003 0.010 0.001 0.001 0.002 0.004 0.037 12 P 0.030 0.035 0.781 0.005 0.014 0.023 0.003 0.001 0.085 0.022 0.001 13 P 0.094 0.001 0.819 0.030 0.001 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.038 14 G 0.032 0.003 0.045 0.015 0.024 0.012 0.028 0.678 0.003 0.159 0.001 15 R 0.489 0.053 0.322 0.079 0.011 0.026 0.005 0.002 0.008 0.003 0.002 16 E 0.806 0.040 0.077 0.059 0.003 0.008 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 17 E 0.773 0.058 0.071 0.064 0.011 0.016 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 18 V 0.876 0.034 0.028 0.052 0.003 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 19 Y 0.744 0.067 0.106 0.006 0.004 0.017 0.007 0.001 0.047 0.001 0.001 20 P 0.978 0.001 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 L 0.950 0.005 0.008 0.032 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 22 L 0.986 0.002 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.979 0.002 0.004 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 Q 0.977 0.006 0.005 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 25 V 0.979 0.008 0.004 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 A 0.952 0.007 0.020 0.014 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 27 R 0.894 0.012 0.020 0.063 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 28 R 0.777 0.034 0.048 0.105 0.007 0.006 0.011 0.002 0.009 0.001 0.001 29 A 0.398 0.052 0.126 0.325 0.010 0.006 0.054 0.005 0.019 0.003 0.002 30 G 0.025 0.010 0.051 0.056 0.077 0.003 0.303 0.332 0.005 0.139 0.001 31 G 0.016 0.020 0.101 0.023 0.154 0.010 0.051 0.490 0.002 0.130 0.002 32 V 0.014 0.657 0.217 0.020 0.072 0.009 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 33 T 0.010 0.631 0.253 0.009 0.035 0.044 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 34 V 0.020 0.803 0.105 0.007 0.030 0.019 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 35 R 0.045 0.555 0.229 0.013 0.051 0.062 0.005 0.001 0.038 0.001 0.002 36 M 0.087 0.343 0.375 0.068 0.043 0.025 0.019 0.001 0.035 0.002 0.003 37 G 0.122 0.049 0.118 0.032 0.137 0.019 0.033 0.141 0.020 0.325 0.004 38 D 0.194 0.082 0.233 0.352 0.025 0.014 0.072 0.006 0.014 0.006 0.005 39 G 0.068 0.010 0.035 0.021 0.103 0.007 0.042 0.499 0.004 0.210 0.001 40 L 0.354 0.178 0.294 0.120 0.014 0.017 0.008 0.001 0.010 0.001 0.003 41 A 0.330 0.220 0.205 0.126 0.054 0.020 0.016 0.006 0.016 0.004 0.005 42 S 0.194 0.296 0.211 0.116 0.090 0.024 0.028 0.007 0.024 0.005 0.005 43 W 0.116 0.225 0.241 0.282 0.051 0.030 0.020 0.004 0.023 0.002 0.006 44 S 0.009 0.218 0.372 0.007 0.050 0.014 0.009 0.001 0.316 0.003 0.001 45 P 0.047 0.004 0.904 0.004 0.003 0.012 0.001 0.001 0.006 0.004 0.015 46 P 0.479 0.012 0.450 0.031 0.006 0.009 0.003 0.001 0.003 0.003 0.004 47 E 0.325 0.149 0.362 0.080 0.023 0.023 0.025 0.004 0.009 0.001 0.001 48 V 0.084 0.653 0.190 0.014 0.021 0.023 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 49 L 0.078 0.534 0.264 0.014 0.020 0.073 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 50 V 0.073 0.600 0.184 0.018 0.031 0.067 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 51 L 0.149 0.537 0.159 0.019 0.032 0.060 0.003 0.001 0.040 0.001 0.001 52 E 0.348 0.154 0.269 0.119 0.022 0.032 0.033 0.001 0.018 0.002 0.002 53 G 0.179 0.025 0.059 0.037 0.237 0.013 0.057 0.268 0.006 0.118 0.001 54 T 0.510 0.206 0.164 0.046 0.019 0.031 0.006 0.001 0.017 0.001 0.001 55 L 0.746 0.081 0.093 0.044 0.005 0.020 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 56 A 0.787 0.068 0.062 0.047 0.012 0.009 0.007 0.001 0.005 0.001 0.001 57 R 0.717 0.085 0.056 0.081 0.021 0.011 0.010 0.002 0.014 0.001 0.001 58 M 0.398 0.095 0.157 0.272 0.013 0.010 0.037 0.001 0.017 0.001 0.001 59 G 0.080 0.010 0.044 0.025 0.083 0.008 0.102 0.482 0.004 0.162 0.001 60 Q 0.266 0.219 0.317 0.098 0.036 0.030 0.017 0.004 0.010 0.002 0.001 61 T 0.315 0.268 0.226 0.108 0.026 0.038 0.006 0.001 0.010 0.001 0.001 62 Y 0.277 0.376 0.139 0.087 0.067 0.021 0.007 0.001 0.023 0.001 0.001 63 A 0.386 0.275 0.169 0.060 0.058 0.022 0.011 0.002 0.014 0.001 0.002 64 Y 0.211 0.384 0.132 0.137 0.088 0.018 0.009 0.002 0.017 0.001 0.001 65 R 0.140 0.494 0.193 0.030 0.059 0.022 0.020 0.001 0.040 0.001 0.001 66 L 0.169 0.383 0.285 0.071 0.017 0.044 0.008 0.001 0.021 0.001 0.002 67 Y 0.023 0.233 0.442 0.004 0.041 0.023 0.005 0.001 0.224 0.004 0.001 68 P 0.396 0.002 0.490 0.016 0.002 0.015 0.001 0.001 0.002 0.007 0.070 69 K 0.271 0.068 0.143 0.383 0.011 0.009 0.079 0.014 0.016 0.002 0.002 70 G 0.020 0.005 0.025 0.020 0.062 0.004 0.058 0.569 0.003 0.233 0.001 71 R 0.115 0.205 0.327 0.249 0.025 0.027 0.024 0.006 0.014 0.002 0.007 72 R 0.008 0.340 0.407 0.002 0.057 0.018 0.004 0.001 0.160 0.003 0.001 73 P 0.095 0.004 0.798 0.007 0.002 0.032 0.001 0.001 0.001 0.002 0.057 74 L 0.186 0.250 0.346 0.111 0.033 0.028 0.011 0.005 0.025 0.001 0.001