# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.703 0.172 0.084 0.029 0.009 0.003 0.001 2 P 0.540 0.238 0.152 0.047 0.017 0.006 0.001 3 W 0.162 0.176 0.191 0.247 0.157 0.060 0.005 4 R 0.235 0.250 0.219 0.158 0.086 0.045 0.008 5 L 0.109 0.125 0.145 0.238 0.225 0.140 0.019 6 E 0.178 0.235 0.271 0.185 0.088 0.036 0.007 7 V 0.082 0.116 0.149 0.214 0.236 0.179 0.025 8 V 0.106 0.129 0.173 0.215 0.227 0.135 0.016 9 L 0.128 0.153 0.187 0.268 0.180 0.078 0.007 10 D 0.457 0.275 0.173 0.066 0.023 0.005 0.001 11 P 0.502 0.263 0.145 0.065 0.021 0.005 0.001 12 P 0.681 0.205 0.080 0.027 0.006 0.001 0.001 13 P 0.707 0.205 0.065 0.018 0.004 0.001 0.001 14 G 0.498 0.297 0.125 0.058 0.019 0.003 0.001 15 R 0.374 0.285 0.179 0.116 0.038 0.007 0.001 16 E 0.521 0.280 0.115 0.064 0.017 0.003 0.001 17 E 0.322 0.295 0.210 0.113 0.047 0.012 0.001 18 V 0.069 0.092 0.160 0.245 0.285 0.137 0.011 19 Y 0.062 0.118 0.199 0.290 0.214 0.104 0.014 20 P 0.184 0.280 0.259 0.152 0.078 0.039 0.008 21 L 0.072 0.112 0.167 0.227 0.228 0.160 0.034 22 L 0.071 0.082 0.107 0.172 0.240 0.248 0.080 23 A 0.130 0.176 0.200 0.215 0.156 0.096 0.027 24 Q 0.190 0.236 0.239 0.175 0.097 0.050 0.013 25 V 0.099 0.102 0.132 0.202 0.240 0.190 0.035 26 A 0.163 0.167 0.178 0.191 0.168 0.108 0.023 27 R 0.265 0.240 0.194 0.158 0.089 0.046 0.009 28 R 0.292 0.231 0.187 0.149 0.089 0.043 0.009 29 A 0.243 0.202 0.183 0.169 0.110 0.075 0.017 30 G 0.303 0.233 0.176 0.137 0.085 0.052 0.014 31 G 0.204 0.215 0.213 0.173 0.110 0.066 0.020 32 V 0.080 0.088 0.113 0.183 0.234 0.239 0.062 33 T 0.097 0.135 0.181 0.217 0.187 0.142 0.040 34 V 0.079 0.075 0.099 0.158 0.228 0.270 0.090 35 R 0.115 0.164 0.198 0.213 0.166 0.108 0.035 36 M 0.116 0.122 0.138 0.193 0.208 0.166 0.057 37 G 0.198 0.200 0.185 0.196 0.123 0.075 0.022 38 D 0.424 0.241 0.168 0.089 0.043 0.027 0.008 39 G 0.230 0.237 0.193 0.163 0.110 0.054 0.012 40 L 0.155 0.119 0.146 0.183 0.200 0.163 0.033 41 A 0.209 0.208 0.184 0.193 0.128 0.066 0.011 42 S 0.252 0.272 0.201 0.150 0.079 0.040 0.006 43 W 0.148 0.133 0.178 0.223 0.202 0.103 0.013 44 S 0.212 0.247 0.197 0.184 0.103 0.048 0.009 45 P 0.288 0.259 0.178 0.150 0.081 0.037 0.007 46 P 0.286 0.231 0.188 0.166 0.083 0.038 0.007 47 E 0.234 0.256 0.243 0.153 0.068 0.039 0.008 48 V 0.069 0.105 0.170 0.240 0.242 0.149 0.025 49 L 0.061 0.090 0.124 0.190 0.236 0.248 0.051 50 V 0.075 0.115 0.166 0.212 0.215 0.174 0.043 51 L 0.090 0.108 0.129 0.198 0.229 0.186 0.060 52 E 0.175 0.221 0.215 0.192 0.107 0.068 0.023 53 G 0.225 0.214 0.181 0.168 0.116 0.074 0.021 54 T 0.196 0.211 0.202 0.178 0.121 0.073 0.019 55 L 0.116 0.101 0.120 0.193 0.235 0.191 0.043 56 A 0.201 0.209 0.196 0.187 0.122 0.071 0.015 57 R 0.258 0.231 0.194 0.153 0.095 0.057 0.013 58 M 0.181 0.146 0.162 0.192 0.169 0.118 0.032 59 G 0.217 0.194 0.175 0.163 0.122 0.096 0.033 60 Q 0.214 0.208 0.180 0.174 0.115 0.082 0.027 61 T 0.174 0.192 0.211 0.179 0.132 0.086 0.027 62 Y 0.068 0.088 0.116 0.185 0.230 0.232 0.082 63 A 0.080 0.107 0.146 0.190 0.208 0.196 0.072 64 Y 0.064 0.087 0.127 0.193 0.239 0.228 0.062 65 R 0.107 0.192 0.239 0.224 0.139 0.080 0.019 66 L 0.081 0.092 0.139 0.203 0.256 0.196 0.034 67 Y 0.121 0.140 0.193 0.236 0.207 0.093 0.011 68 P 0.356 0.296 0.188 0.106 0.040 0.012 0.001 69 K 0.597 0.244 0.102 0.043 0.012 0.003 0.001 70 G 0.581 0.248 0.110 0.041 0.016 0.004 0.001 71 R 0.518 0.268 0.120 0.070 0.019 0.004 0.001 72 R 0.610 0.220 0.102 0.049 0.017 0.003 0.001 73 P 0.623 0.259 0.073 0.034 0.009 0.002 0.001 74 L 0.415 0.208 0.177 0.121 0.066 0.012 0.001