# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.320 0.168 0.153 0.117 0.088 0.068 0.039 0.021 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 2 P 0.229 0.152 0.123 0.132 0.123 0.093 0.064 0.031 0.027 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 3 W 0.084 0.067 0.073 0.114 0.143 0.146 0.122 0.106 0.059 0.040 0.025 0.013 0.006 0.002 4 R 0.097 0.093 0.102 0.135 0.152 0.128 0.093 0.075 0.058 0.032 0.020 0.008 0.003 0.003 5 L 0.025 0.019 0.028 0.048 0.074 0.105 0.115 0.132 0.145 0.121 0.082 0.066 0.031 0.009 6 E 0.081 0.082 0.094 0.108 0.132 0.126 0.116 0.092 0.072 0.040 0.037 0.011 0.004 0.005 7 V 0.033 0.023 0.039 0.051 0.077 0.095 0.114 0.132 0.127 0.117 0.093 0.058 0.030 0.010 8 V 0.032 0.039 0.042 0.084 0.125 0.143 0.147 0.143 0.100 0.061 0.045 0.021 0.012 0.007 9 L 0.045 0.048 0.061 0.104 0.135 0.141 0.129 0.118 0.092 0.059 0.034 0.023 0.009 0.004 10 D 0.192 0.167 0.157 0.135 0.109 0.087 0.063 0.040 0.028 0.012 0.009 0.002 0.001 0.001 11 P 0.180 0.139 0.150 0.155 0.136 0.111 0.057 0.034 0.021 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 12 P 0.270 0.153 0.155 0.133 0.113 0.071 0.053 0.024 0.017 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 13 P 0.391 0.182 0.136 0.116 0.074 0.048 0.028 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 14 G 0.455 0.165 0.136 0.090 0.064 0.038 0.029 0.010 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 15 R 0.282 0.165 0.168 0.139 0.103 0.065 0.040 0.018 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 16 E 0.486 0.174 0.123 0.085 0.053 0.035 0.024 0.008 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 17 E 0.309 0.193 0.145 0.125 0.092 0.069 0.033 0.016 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 18 V 0.075 0.051 0.059 0.113 0.161 0.172 0.135 0.112 0.061 0.033 0.016 0.009 0.004 0.001 19 Y 0.087 0.073 0.094 0.152 0.175 0.143 0.108 0.080 0.045 0.023 0.011 0.006 0.002 0.001 20 P 0.283 0.144 0.126 0.115 0.098 0.081 0.054 0.037 0.028 0.015 0.011 0.004 0.002 0.001 21 L 0.075 0.055 0.068 0.103 0.150 0.150 0.130 0.106 0.069 0.043 0.027 0.015 0.007 0.003 22 L 0.042 0.036 0.052 0.085 0.134 0.153 0.159 0.146 0.083 0.049 0.035 0.014 0.008 0.004 23 A 0.136 0.102 0.094 0.133 0.149 0.121 0.097 0.068 0.046 0.027 0.015 0.007 0.003 0.002 24 Q 0.216 0.160 0.153 0.138 0.115 0.089 0.052 0.035 0.022 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 25 V 0.072 0.051 0.070 0.109 0.160 0.162 0.138 0.109 0.059 0.032 0.021 0.010 0.005 0.002 26 A 0.104 0.097 0.109 0.152 0.171 0.141 0.096 0.064 0.037 0.017 0.007 0.003 0.002 0.001 27 R 0.338 0.178 0.145 0.120 0.085 0.062 0.032 0.019 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 28 R 0.240 0.147 0.136 0.138 0.128 0.093 0.052 0.029 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 29 A 0.125 0.087 0.102 0.128 0.156 0.142 0.103 0.068 0.044 0.024 0.012 0.005 0.003 0.001 30 G 0.216 0.124 0.112 0.123 0.123 0.107 0.078 0.050 0.032 0.019 0.010 0.004 0.001 0.001 31 G 0.191 0.117 0.112 0.122 0.121 0.103 0.076 0.061 0.043 0.025 0.017 0.007 0.003 0.002 32 V 0.062 0.043 0.055 0.079 0.112 0.128 0.129 0.129 0.092 0.073 0.052 0.029 0.013 0.005 33 T 0.074 0.066 0.085 0.121 0.148 0.131 0.111 0.100 0.069 0.046 0.027 0.013 0.005 0.005 34 V 0.062 0.035 0.041 0.058 0.086 0.100 0.119 0.126 0.116 0.100 0.086 0.042 0.022 0.008 35 R 0.098 0.090 0.110 0.125 0.141 0.114 0.100 0.087 0.055 0.035 0.028 0.009 0.004 0.004 36 M 0.062 0.053 0.067 0.101 0.125 0.128 0.111 0.114 0.088 0.066 0.041 0.025 0.012 0.006 37 G 0.121 0.106 0.099 0.136 0.135 0.115 0.097 0.074 0.053 0.035 0.017 0.007 0.003 0.002 38 D 0.240 0.155 0.146 0.132 0.094 0.084 0.056 0.041 0.023 0.014 0.009 0.003 0.001 0.001 39 G 0.191 0.131 0.124 0.136 0.133 0.101 0.074 0.047 0.030 0.020 0.008 0.004 0.001 0.001 40 L 0.123 0.087 0.086 0.125 0.146 0.130 0.106 0.085 0.051 0.032 0.015 0.007 0.004 0.002 41 A 0.146 0.100 0.109 0.140 0.145 0.116 0.090 0.072 0.038 0.024 0.012 0.006 0.002 0.001 42 S 0.203 0.136 0.119 0.131 0.132 0.096 0.069 0.046 0.032 0.020 0.009 0.004 0.001 0.001 43 W 0.119 0.088 0.092 0.121 0.151 0.131 0.102 0.084 0.048 0.030 0.019 0.009 0.004 0.002 44 S 0.214 0.138 0.144 0.138 0.118 0.090 0.062 0.039 0.027 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 45 P 0.160 0.121 0.108 0.156 0.139 0.116 0.077 0.055 0.033 0.019 0.010 0.004 0.002 0.001 46 P 0.125 0.104 0.102 0.154 0.144 0.125 0.095 0.064 0.039 0.023 0.014 0.006 0.002 0.001 47 E 0.124 0.117 0.128 0.156 0.148 0.129 0.077 0.055 0.034 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 48 V 0.049 0.035 0.043 0.071 0.116 0.135 0.146 0.134 0.104 0.073 0.048 0.028 0.014 0.005 49 L 0.052 0.033 0.044 0.063 0.102 0.118 0.140 0.141 0.105 0.082 0.060 0.036 0.017 0.007 50 V 0.061 0.038 0.047 0.061 0.088 0.099 0.115 0.125 0.111 0.088 0.078 0.052 0.024 0.013 51 L 0.054 0.034 0.037 0.057 0.084 0.104 0.110 0.120 0.128 0.106 0.081 0.050 0.023 0.010 52 E 0.092 0.074 0.083 0.118 0.136 0.123 0.119 0.097 0.062 0.045 0.030 0.012 0.005 0.005 53 G 0.122 0.076 0.083 0.104 0.128 0.123 0.108 0.091 0.066 0.046 0.032 0.013 0.006 0.003 54 T 0.120 0.092 0.100 0.130 0.158 0.129 0.100 0.076 0.046 0.028 0.013 0.005 0.002 0.001 55 L 0.097 0.063 0.069 0.103 0.134 0.135 0.124 0.109 0.072 0.046 0.026 0.014 0.006 0.002 56 A 0.185 0.116 0.112 0.127 0.135 0.107 0.082 0.058 0.036 0.022 0.011 0.005 0.002 0.001 57 R 0.282 0.150 0.150 0.124 0.102 0.073 0.047 0.031 0.020 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 58 M 0.149 0.087 0.088 0.122 0.151 0.130 0.099 0.075 0.045 0.027 0.014 0.007 0.003 0.001 59 G 0.202 0.127 0.132 0.145 0.127 0.100 0.070 0.044 0.027 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 60 Q 0.278 0.140 0.117 0.123 0.109 0.087 0.060 0.037 0.023 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 61 T 0.180 0.120 0.111 0.122 0.135 0.110 0.081 0.052 0.042 0.025 0.014 0.006 0.002 0.001 62 Y 0.085 0.054 0.073 0.093 0.131 0.132 0.129 0.114 0.071 0.055 0.036 0.016 0.007 0.003 63 A 0.078 0.065 0.073 0.108 0.143 0.129 0.115 0.101 0.079 0.051 0.032 0.015 0.007 0.005 64 Y 0.068 0.046 0.054 0.075 0.095 0.110 0.108 0.114 0.110 0.092 0.059 0.042 0.020 0.006 65 R 0.118 0.106 0.114 0.126 0.139 0.119 0.097 0.073 0.048 0.027 0.021 0.007 0.003 0.003 66 L 0.058 0.039 0.056 0.079 0.114 0.131 0.125 0.125 0.103 0.071 0.051 0.027 0.015 0.005 67 Y 0.087 0.088 0.090 0.144 0.173 0.138 0.111 0.081 0.044 0.022 0.013 0.005 0.002 0.002 68 P 0.231 0.147 0.132 0.137 0.117 0.093 0.059 0.035 0.026 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 69 K 0.331 0.171 0.175 0.107 0.076 0.059 0.037 0.020 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 70 G 0.396 0.152 0.132 0.108 0.082 0.053 0.041 0.014 0.011 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 71 R 0.359 0.168 0.137 0.112 0.084 0.060 0.041 0.019 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 72 R 0.378 0.154 0.130 0.111 0.090 0.057 0.038 0.020 0.011 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 73 P 0.312 0.154 0.118 0.121 0.108 0.072 0.051 0.026 0.018 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 74 L 0.176 0.100 0.100 0.133 0.150 0.119 0.083 0.061 0.034 0.022 0.011 0.007 0.003 0.001