# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 N 0.100 0.103 0.142 0.236 0.260 0.135 0.024 2 R 0.056 0.130 0.189 0.259 0.224 0.128 0.014 3 F 0.035 0.053 0.098 0.165 0.239 0.330 0.080 4 A 0.024 0.072 0.158 0.265 0.256 0.189 0.035 5 L 0.023 0.044 0.083 0.151 0.279 0.359 0.061 6 R 0.069 0.212 0.273 0.252 0.151 0.040 0.002 7 P 0.231 0.465 0.187 0.077 0.032 0.007 0.001 8 L 0.031 0.053 0.184 0.424 0.251 0.055 0.002 9 N 0.367 0.396 0.147 0.056 0.029 0.004 0.001 10 P 0.467 0.344 0.125 0.053 0.009 0.001 0.001 11 E 0.695 0.255 0.038 0.010 0.002 0.001 0.001 12 E 0.298 0.412 0.188 0.084 0.014 0.002 0.001 13 L 0.086 0.070 0.202 0.297 0.288 0.055 0.002 14 R 0.221 0.431 0.231 0.089 0.024 0.004 0.001 15 P 0.239 0.330 0.213 0.137 0.063 0.017 0.001 16 W 0.035 0.090 0.186 0.309 0.258 0.113 0.009 17 R 0.070 0.228 0.296 0.247 0.113 0.042 0.005 18 L 0.017 0.039 0.090 0.208 0.366 0.248 0.032 19 E 0.043 0.210 0.295 0.281 0.129 0.039 0.003 20 V 0.011 0.027 0.053 0.138 0.305 0.422 0.044 21 V 0.035 0.152 0.286 0.310 0.161 0.054 0.003 22 L 0.044 0.081 0.151 0.289 0.293 0.135 0.007 23 D 0.350 0.378 0.174 0.069 0.025 0.005 0.001 24 P 0.447 0.339 0.124 0.068 0.018 0.003 0.001 25 P 0.420 0.303 0.159 0.077 0.035 0.006 0.001 26 P 0.371 0.254 0.198 0.131 0.039 0.006 0.001 27 G 0.650 0.249 0.070 0.022 0.007 0.001 0.001 28 R 0.535 0.273 0.126 0.051 0.012 0.002 0.001 29 E 0.588 0.259 0.097 0.040 0.014 0.002 0.001 30 E 0.438 0.385 0.109 0.046 0.018 0.003 0.001 31 V 0.119 0.196 0.232 0.257 0.145 0.047 0.003 32 Y 0.057 0.147 0.274 0.284 0.172 0.064 0.003 33 P 0.136 0.298 0.292 0.190 0.066 0.017 0.001 34 L 0.014 0.032 0.098 0.203 0.373 0.236 0.044 35 L 0.008 0.023 0.032 0.082 0.239 0.466 0.150 36 A 0.015 0.078 0.193 0.321 0.228 0.145 0.020 37 Q 0.033 0.127 0.272 0.330 0.150 0.074 0.014 38 V 0.005 0.012 0.029 0.074 0.235 0.496 0.149 39 A 0.012 0.018 0.032 0.110 0.229 0.377 0.222 40 R 0.032 0.120 0.224 0.241 0.195 0.142 0.045 41 R 0.042 0.112 0.203 0.278 0.187 0.131 0.046 42 A 0.019 0.023 0.038 0.090 0.210 0.425 0.195 43 G 0.048 0.108 0.140 0.198 0.205 0.206 0.095 44 G 0.030 0.041 0.066 0.134 0.194 0.285 0.249 45 V 0.012 0.017 0.022 0.046 0.131 0.369 0.404 46 T 0.020 0.043 0.069 0.126 0.182 0.274 0.286 47 V 0.011 0.018 0.024 0.052 0.137 0.364 0.394 48 R 0.025 0.056 0.094 0.182 0.226 0.263 0.155 49 M 0.017 0.026 0.042 0.098 0.201 0.376 0.240 50 G 0.047 0.092 0.125 0.196 0.216 0.227 0.097 51 D 0.160 0.234 0.243 0.189 0.099 0.060 0.015 52 G 0.143 0.206 0.222 0.218 0.126 0.070 0.014 53 L 0.105 0.122 0.154 0.211 0.219 0.159 0.030 54 A 0.103 0.090 0.119 0.216 0.233 0.196 0.044 55 S 0.256 0.331 0.177 0.114 0.079 0.038 0.005 56 W 0.157 0.193 0.200 0.234 0.143 0.064 0.009 57 S 0.252 0.255 0.182 0.148 0.112 0.046 0.005 58 P 0.198 0.279 0.234 0.171 0.079 0.033 0.005 59 P 0.110 0.097 0.151 0.239 0.259 0.123 0.020 60 E 0.177 0.292 0.216 0.160 0.101 0.047 0.005 61 V 0.081 0.136 0.176 0.234 0.226 0.128 0.019 62 L 0.092 0.169 0.202 0.235 0.211 0.083 0.008 63 V 0.076 0.176 0.230 0.235 0.196 0.079 0.008 64 L 0.057 0.098 0.132 0.209 0.274 0.199 0.032 65 E 0.140 0.250 0.318 0.205 0.063 0.021 0.002 66 G 0.117 0.183 0.326 0.290 0.058 0.024 0.002 67 T 0.104 0.145 0.203 0.251 0.198 0.093 0.007 68 L 0.093 0.076 0.096 0.209 0.274 0.224 0.028 69 A 0.239 0.319 0.195 0.143 0.072 0.031 0.003 70 R 0.232 0.313 0.209 0.144 0.071 0.028 0.003 71 M 0.245 0.258 0.219 0.165 0.079 0.029 0.004 72 G 0.172 0.212 0.233 0.188 0.133 0.054 0.008 73 Q 0.101 0.193 0.233 0.220 0.153 0.083 0.016 74 T 0.047 0.103 0.161 0.221 0.255 0.180 0.033 75 Y 0.033 0.117 0.176 0.256 0.232 0.163 0.023 76 A 0.031 0.115 0.189 0.257 0.233 0.153 0.023 77 Y 0.010 0.027 0.051 0.110 0.310 0.425 0.067 78 R 0.017 0.116 0.246 0.360 0.181 0.074 0.006 79 L 0.011 0.030 0.071 0.178 0.323 0.347 0.039 80 Y 0.036 0.127 0.256 0.337 0.185 0.056 0.002 81 P 0.363 0.377 0.136 0.075 0.040 0.008 0.001 82 K 0.263 0.386 0.218 0.101 0.027 0.005 0.001 83 G 0.160 0.229 0.198 0.215 0.156 0.040 0.002 84 R 0.104 0.191 0.322 0.260 0.098 0.024 0.001 85 R 0.286 0.351 0.217 0.107 0.032 0.007 0.001 86 P 0.196 0.304 0.264 0.161 0.060 0.014 0.001 87 L 0.079 0.078 0.140 0.286 0.312 0.101 0.004 88 D 0.264 0.400 0.216 0.083 0.030 0.007 0.001 89 P 0.215 0.204 0.242 0.233 0.087 0.018 0.001 90 K 0.591 0.299 0.076 0.025 0.007 0.001 0.001 91 D 0.429 0.273 0.162 0.100 0.030 0.007 0.001 92 P 0.604 0.243 0.098 0.039 0.013 0.002 0.001 93 G 0.451 0.372 0.115 0.045 0.015 0.003 0.001 94 E 0.140 0.219 0.202 0.215 0.165 0.054 0.005 95 R 0.045 0.113 0.246 0.316 0.205 0.071 0.003 96 S 0.175 0.307 0.270 0.162 0.066 0.019 0.001 97 V 0.026 0.056 0.140 0.233 0.281 0.230 0.035 98 L 0.036 0.048 0.087 0.177 0.300 0.298 0.054 99 S 0.145 0.350 0.244 0.157 0.077 0.025 0.002 100 A 0.121 0.284 0.255 0.217 0.091 0.029 0.002 101 L 0.029 0.045 0.114 0.258 0.342 0.197 0.015 102 A 0.148 0.317 0.236 0.172 0.095 0.030 0.002 103 R 0.099 0.190 0.267 0.243 0.150 0.047 0.003 104 R 0.169 0.341 0.270 0.150 0.057 0.012 0.001 105 L 0.083 0.185 0.256 0.282 0.148 0.044 0.002 106 L 0.046 0.068 0.133 0.247 0.357 0.140 0.008 107 Q 0.195 0.337 0.246 0.154 0.056 0.011 0.001 108 E 0.409 0.381 0.135 0.056 0.017 0.003 0.001 109 R 0.156 0.327 0.280 0.181 0.047 0.009 0.001 110 L 0.060 0.071 0.161 0.301 0.307 0.095 0.004 111 R 0.265 0.322 0.245 0.119 0.041 0.008 0.001 112 R 0.402 0.363 0.150 0.062 0.018 0.005 0.001 113 L 0.101 0.123 0.183 0.288 0.216 0.081 0.008 114 E 0.153 0.271 0.247 0.189 0.096 0.040 0.004 115 G 0.091 0.155 0.204 0.240 0.179 0.109 0.021 116 V 0.041 0.053 0.081 0.147 0.274 0.292 0.112 117 W 0.019 0.041 0.062 0.117 0.190 0.354 0.216 118 V 0.019 0.034 0.067 0.131 0.207 0.315 0.227 119 E 0.029 0.089 0.159 0.210 0.223 0.202 0.088 120 G 0.023 0.048 0.073 0.148 0.233 0.330 0.146 121 L 0.017 0.033 0.063 0.135 0.266 0.371 0.115 122 A 0.071 0.231 0.263 0.233 0.127 0.066 0.009 123 V 0.040 0.077 0.127 0.246 0.309 0.183 0.017 124 Y 0.141 0.227 0.243 0.223 0.126 0.038 0.002 125 R 0.343 0.331 0.176 0.096 0.043 0.011 0.001 126 R 0.338 0.309 0.207 0.106 0.032 0.007 0.001 127 E 0.184 0.200 0.222 0.237 0.131 0.027 0.001 128 H 0.408 0.326 0.163 0.074 0.024 0.005 0.001 129 A 0.383 0.274 0.189 0.112 0.036 0.006 0.001 130 R 0.505 0.346 0.098 0.036 0.012 0.003 0.001 131 G 0.131 0.145 0.228 0.295 0.156 0.042 0.003 132 P 0.267 0.349 0.228 0.106 0.039 0.011 0.001 133 G 0.142 0.243 0.230 0.212 0.113 0.053 0.008 134 W 0.035 0.043 0.085 0.167 0.327 0.287 0.055 135 R 0.047 0.149 0.241 0.258 0.159 0.120 0.026 136 V 0.023 0.031 0.051 0.107 0.201 0.362 0.224 137 L 0.017 0.034 0.064 0.133 0.237 0.355 0.159 138 G 0.032 0.085 0.154 0.212 0.209 0.216 0.092 139 G 0.035 0.077 0.113 0.174 0.214 0.252 0.134 140 A 0.018 0.057 0.107 0.178 0.286 0.269 0.085 141 V 0.023 0.086 0.167 0.231 0.225 0.193 0.076 142 L 0.007 0.016 0.025 0.071 0.224 0.469 0.187 143 D 0.021 0.090 0.162 0.270 0.255 0.174 0.028 144 L 0.010 0.025 0.049 0.110 0.255 0.460 0.090 145 W 0.021 0.101 0.228 0.281 0.228 0.128 0.014 146 V 0.015 0.044 0.126 0.274 0.344 0.184 0.013 147 S 0.188 0.343 0.238 0.151 0.069 0.011 0.001 148 D 0.489 0.366 0.084 0.039 0.018 0.003 0.001 149 S 0.415 0.350 0.138 0.070 0.022 0.004 0.001 150 G 0.256 0.346 0.229 0.125 0.037 0.007 0.001 151 A 0.089 0.242 0.328 0.249 0.073 0.018 0.001 152 F 0.013 0.029 0.067 0.145 0.363 0.344 0.039 153 L 0.013 0.031 0.076 0.161 0.235 0.373 0.112 154 L 0.006 0.012 0.024 0.051 0.130 0.437 0.341 155 E 0.015 0.040 0.095 0.156 0.215 0.249 0.229 156 V 0.004 0.009 0.015 0.037 0.129 0.422 0.384 157 D 0.023 0.061 0.119 0.186 0.241 0.250 0.121 158 P 0.029 0.086 0.132 0.203 0.218 0.240 0.093 159 A 0.045 0.115 0.175 0.215 0.216 0.171 0.063 160 Y 0.022 0.038 0.063 0.133 0.305 0.351 0.089 161 R 0.058 0.156 0.210 0.223 0.193 0.130 0.031 162 I 0.043 0.047 0.077 0.210 0.237 0.288 0.099 163 L 0.041 0.068 0.114 0.201 0.249 0.246 0.081 164 C 0.049 0.092 0.152 0.223 0.249 0.193 0.042 165 E 0.168 0.341 0.238 0.144 0.070 0.034 0.006 166 M 0.047 0.088 0.167 0.295 0.247 0.136 0.019 167 S 0.065 0.172 0.255 0.248 0.176 0.073 0.011 168 L 0.024 0.040 0.066 0.160 0.294 0.356 0.060 169 E 0.069 0.242 0.286 0.238 0.128 0.035 0.002 170 A 0.097 0.286 0.259 0.233 0.094 0.029 0.002 171 W 0.015 0.043 0.117 0.260 0.361 0.191 0.013 172 L 0.025 0.060 0.119 0.265 0.355 0.168 0.009 173 A 0.270 0.416 0.210 0.075 0.025 0.005 0.001 174 Q 0.248 0.351 0.223 0.142 0.030 0.006 0.001 175 G 0.123 0.172 0.247 0.245 0.158 0.053 0.002 176 H 0.182 0.181 0.255 0.242 0.117 0.023 0.001 177 P 0.429 0.427 0.106 0.028 0.008 0.002 0.001 178 L 0.086 0.126 0.164 0.267 0.254 0.097 0.007 179 P 0.109 0.222 0.263 0.239 0.128 0.036 0.002 180 K 0.333 0.384 0.175 0.079 0.023 0.006 0.001 181 R 0.084 0.169 0.308 0.293 0.118 0.026 0.003 182 V 0.031 0.037 0.049 0.114 0.351 0.374 0.043 183 R 0.048 0.167 0.292 0.311 0.135 0.045 0.003 184 N 0.189 0.344 0.236 0.146 0.062 0.022 0.001 185 A 0.092 0.168 0.238 0.276 0.169 0.053 0.003 186 Y 0.094 0.123 0.206 0.260 0.230 0.082 0.005 187 D 0.279 0.324 0.222 0.113 0.046 0.015 0.001 188 R 0.344 0.295 0.199 0.112 0.038 0.011 0.001 189 R 0.240 0.247 0.210 0.182 0.092 0.027 0.002 190 T 0.190 0.326 0.219 0.156 0.075 0.031 0.003 191 W 0.072 0.088 0.149 0.267 0.270 0.140 0.015 192 E 0.113 0.280 0.256 0.204 0.101 0.042 0.004 193 L 0.060 0.089 0.131 0.235 0.277 0.185 0.023 194 L 0.064 0.136 0.186 0.230 0.236 0.136 0.012 195 R 0.100 0.212 0.261 0.226 0.141 0.055 0.004 196 L 0.109 0.143 0.215 0.271 0.182 0.073 0.006 197 G 0.251 0.256 0.209 0.158 0.099 0.025 0.001 198 E 0.514 0.299 0.109 0.053 0.021 0.004 0.001 199 E 0.614 0.286 0.064 0.026 0.009 0.002 0.001 200 D 0.413 0.311 0.153 0.087 0.029 0.006 0.001 201 P 0.311 0.214 0.252 0.163 0.051 0.009 0.001 202 K 0.583 0.280 0.091 0.034 0.010 0.002 0.001 203 E 0.415 0.321 0.169 0.071 0.020 0.004 0.001 204 L 0.126 0.138 0.249 0.296 0.158 0.032 0.001 205 P 0.385 0.377 0.159 0.058 0.018 0.004 0.001 206 L 0.245 0.199 0.225 0.217 0.092 0.021 0.001 207 P 0.566 0.309 0.082 0.029 0.011 0.002 0.001 208 G 0.376 0.314 0.163 0.101 0.035 0.010 0.001 209 G 0.187 0.292 0.224 0.161 0.096 0.036 0.004 210 L 0.019 0.052 0.129 0.238 0.299 0.231 0.032 211 S 0.014 0.042 0.112 0.189 0.305 0.259 0.078 212 L 0.005 0.014 0.027 0.050 0.163 0.484 0.258 213 L 0.007 0.027 0.070 0.165 0.289 0.356 0.086 214 D 0.051 0.205 0.265 0.248 0.155 0.066 0.009 215 Y 0.009 0.030 0.078 0.207 0.345 0.299 0.032 216 H 0.023 0.058 0.131 0.213 0.361 0.199 0.015 217 A 0.140 0.278 0.292 0.205 0.066 0.018 0.001 218 S 0.467 0.347 0.110 0.050 0.021 0.005 0.001 219 K 0.431 0.271 0.152 0.104 0.033 0.009 0.001 220 G 0.447 0.247 0.156 0.094 0.045 0.010 0.001 221 R 0.325 0.325 0.224 0.097 0.024 0.005 0.001 222 L 0.221 0.153 0.217 0.227 0.146 0.035 0.002 223 Q 0.398 0.325 0.157 0.078 0.033 0.008 0.001 224 G 0.483 0.276 0.137 0.073 0.024 0.006 0.001 225 R 0.518 0.308 0.103 0.047 0.019 0.004 0.001 226 E 0.310 0.323 0.181 0.117 0.053 0.016 0.001 227 G 0.088 0.124 0.224 0.270 0.203 0.080 0.010 228 G 0.138 0.283 0.261 0.189 0.090 0.035 0.003 229 R 0.041 0.114 0.203 0.293 0.221 0.114 0.014 230 V 0.012 0.026 0.045 0.103 0.295 0.439 0.080 231 A 0.014 0.052 0.113 0.219 0.260 0.288 0.054 232 W 0.014 0.037 0.073 0.167 0.283 0.351 0.074 233 V 0.030 0.103 0.242 0.296 0.225 0.098 0.007 234 A 0.130 0.220 0.248 0.240 0.125 0.035 0.001 235 D 0.375 0.318 0.171 0.091 0.036 0.009 0.001 236 P 0.507 0.248 0.136 0.079 0.025 0.005 0.001 237 K 0.715 0.222 0.043 0.015 0.004 0.001 0.001 238 D 0.602 0.276 0.080 0.032 0.008 0.002 0.001 239 P 0.349 0.258 0.196 0.129 0.055 0.012 0.001 240 R 0.431 0.297 0.159 0.076 0.031 0.006 0.001 241 K 0.264 0.269 0.224 0.150 0.073 0.018 0.001 242 P 0.186 0.225 0.198 0.186 0.136 0.063 0.007 243 I 0.078 0.111 0.196 0.262 0.217 0.124 0.013 244 P 0.261 0.313 0.218 0.127 0.053 0.025 0.003 245 H 0.061 0.080 0.149 0.220 0.250 0.186 0.054 246 L 0.037 0.040 0.049 0.097 0.209 0.382 0.185 247 T 0.082 0.143 0.209 0.257 0.171 0.112 0.025 248 G 0.182 0.275 0.215 0.171 0.091 0.053 0.013 249 L 0.052 0.083 0.139 0.237 0.240 0.197 0.052 250 L 0.035 0.043 0.065 0.147 0.264 0.330 0.117 251 V 0.089 0.166 0.203 0.201 0.176 0.125 0.040 252 P 0.073 0.116 0.131 0.186 0.216 0.205 0.073 253 V 0.065 0.090 0.120 0.189 0.227 0.229 0.079 254 L 0.047 0.059 0.096 0.168 0.247 0.273 0.110 255 T 0.066 0.115 0.146 0.178 0.200 0.204 0.092 256 L 0.049 0.060 0.099 0.180 0.258 0.272 0.083 257 E 0.173 0.296 0.216 0.156 0.108 0.046 0.005 258 D 0.096 0.208 0.232 0.240 0.158 0.060 0.006 259 L 0.040 0.055 0.115 0.237 0.345 0.194 0.014 260 H 0.200 0.331 0.227 0.149 0.079 0.013 0.001 261 E 0.360 0.394 0.162 0.064 0.017 0.003 0.001 262 E 0.263 0.248 0.239 0.189 0.054 0.007 0.001 263 E 0.514 0.267 0.134 0.064 0.017 0.003 0.001 264 G 0.617 0.248 0.090 0.036 0.008 0.001 0.001 265 S 0.590 0.283 0.091 0.029 0.007 0.001 0.001 266 L 0.239 0.265 0.242 0.181 0.062 0.011 0.001 267 A 0.281 0.254 0.247 0.146 0.061 0.012 0.001 268 L 0.338 0.266 0.209 0.136 0.043 0.008 0.001 269 S 0.600 0.269 0.091 0.029 0.010 0.002 0.001 270 L 0.334 0.241 0.205 0.160 0.051 0.008 0.001 271 P 0.555 0.342 0.067 0.023 0.010 0.002 0.001 272 W 0.121 0.170 0.236 0.295 0.139 0.038 0.001 273 E 0.385 0.321 0.180 0.076 0.031 0.006 0.001 274 E 0.337 0.309 0.204 0.112 0.031 0.007 0.001 275 R 0.124 0.167 0.278 0.244 0.148 0.037 0.002 276 R 0.125 0.212 0.300 0.247 0.096 0.019 0.001 277 R 0.331 0.437 0.148 0.057 0.023 0.004 0.001 278 R 0.082 0.184 0.232 0.308 0.147 0.044 0.002 279 T 0.033 0.094 0.210 0.334 0.239 0.088 0.002 280 R 0.333 0.411 0.180 0.059 0.014 0.003 0.001 281 E 0.093 0.273 0.355 0.214 0.057 0.008 0.001 282 I 0.016 0.028 0.044 0.127 0.411 0.345 0.029 283 A 0.015 0.114 0.275 0.429 0.132 0.033 0.001 284 S 0.298 0.506 0.123 0.050 0.017 0.005 0.001 285 W 0.021 0.076 0.225 0.422 0.201 0.053 0.002 286 I 0.024 0.036 0.064 0.149 0.400 0.305 0.022 287 G 0.119 0.297 0.332 0.170 0.065 0.017 0.001 288 R 0.316 0.352 0.175 0.107 0.039 0.011 0.001 289 R 0.139 0.165 0.219 0.241 0.172 0.060 0.004 290 L 0.192 0.197 0.212 0.214 0.132 0.049 0.003 291 G 0.452 0.275 0.142 0.073 0.042 0.014 0.001 292 L 0.365 0.231 0.190 0.138 0.056 0.018 0.001 293 G 0.540 0.225 0.113 0.072 0.036 0.012 0.001 294 T 0.619 0.200 0.098 0.057 0.020 0.007 0.001 295 P 0.817 0.139 0.028 0.010 0.004 0.001 0.001