# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.70837 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 N 0.112 0.118 0.152 0.227 0.231 0.132 0.028 2 R 0.064 0.138 0.195 0.237 0.221 0.128 0.017 3 F 0.031 0.051 0.092 0.164 0.240 0.337 0.086 4 A 0.021 0.073 0.165 0.277 0.264 0.174 0.026 5 L 0.023 0.048 0.094 0.168 0.281 0.338 0.048 6 R 0.080 0.238 0.274 0.236 0.139 0.032 0.001 7 P 0.250 0.474 0.177 0.067 0.027 0.005 0.001 8 L 0.032 0.059 0.203 0.427 0.235 0.044 0.001 9 N 0.439 0.398 0.109 0.034 0.017 0.002 0.001 10 P 0.530 0.330 0.096 0.037 0.006 0.001 0.001 11 E 0.710 0.244 0.036 0.009 0.002 0.001 0.001 12 E 0.343 0.418 0.166 0.061 0.010 0.002 0.001 13 L 0.086 0.070 0.217 0.303 0.276 0.046 0.002 14 R 0.207 0.432 0.246 0.087 0.023 0.004 0.001 15 P 0.186 0.296 0.228 0.171 0.090 0.027 0.002 16 W 0.029 0.085 0.187 0.319 0.255 0.115 0.010 17 R 0.065 0.236 0.311 0.236 0.108 0.039 0.005 18 L 0.013 0.034 0.081 0.211 0.378 0.248 0.036 19 E 0.030 0.182 0.283 0.312 0.145 0.044 0.003 20 V 0.007 0.020 0.041 0.124 0.292 0.463 0.054 21 V 0.023 0.128 0.264 0.335 0.181 0.066 0.004 22 L 0.031 0.068 0.140 0.285 0.312 0.155 0.009 23 D 0.267 0.374 0.214 0.099 0.038 0.008 0.001 24 P 0.379 0.333 0.156 0.094 0.031 0.006 0.001 25 P 0.385 0.309 0.169 0.086 0.042 0.008 0.001 26 P 0.322 0.245 0.219 0.152 0.052 0.010 0.001 27 G 0.644 0.248 0.074 0.024 0.008 0.002 0.001 28 R 0.575 0.256 0.111 0.045 0.011 0.002 0.001 29 E 0.607 0.242 0.094 0.040 0.015 0.002 0.001 30 E 0.483 0.347 0.104 0.044 0.018 0.004 0.001 31 V 0.179 0.233 0.224 0.207 0.113 0.039 0.004 32 Y 0.067 0.140 0.261 0.277 0.180 0.071 0.005 33 P 0.157 0.298 0.272 0.176 0.073 0.022 0.002 34 L 0.018 0.038 0.101 0.199 0.352 0.240 0.052 35 L 0.010 0.030 0.043 0.103 0.244 0.420 0.149 36 A 0.023 0.087 0.197 0.298 0.221 0.146 0.027 37 Q 0.045 0.133 0.274 0.313 0.140 0.077 0.019 38 V 0.009 0.017 0.034 0.087 0.227 0.458 0.169 39 A 0.017 0.021 0.037 0.119 0.212 0.352 0.241 40 R 0.040 0.118 0.209 0.239 0.197 0.145 0.054 41 R 0.044 0.113 0.190 0.246 0.208 0.142 0.057 42 A 0.023 0.029 0.045 0.112 0.190 0.369 0.233 43 G 0.031 0.073 0.113 0.184 0.220 0.247 0.133 44 G 0.027 0.041 0.073 0.138 0.214 0.288 0.221 45 V 0.009 0.013 0.018 0.038 0.118 0.363 0.440 46 T 0.011 0.017 0.026 0.069 0.109 0.289 0.480 47 V 0.009 0.017 0.029 0.078 0.159 0.334 0.374 48 R 0.019 0.057 0.113 0.204 0.274 0.231 0.104 49 M 0.012 0.035 0.057 0.118 0.264 0.356 0.158 50 G 0.023 0.071 0.107 0.194 0.234 0.254 0.117 51 D 0.053 0.135 0.243 0.243 0.169 0.122 0.036 52 G 0.027 0.072 0.194 0.294 0.219 0.151 0.043 53 L 0.017 0.018 0.026 0.069 0.198 0.480 0.191 54 A 0.019 0.025 0.036 0.095 0.170 0.413 0.242 55 S 0.033 0.083 0.125 0.200 0.224 0.241 0.095 56 W 0.030 0.084 0.163 0.242 0.286 0.163 0.032 57 S 0.107 0.240 0.219 0.210 0.153 0.064 0.008 58 P 0.203 0.283 0.193 0.163 0.106 0.045 0.007 59 P 0.209 0.250 0.259 0.173 0.078 0.028 0.004 60 E 0.180 0.302 0.258 0.183 0.054 0.020 0.002 61 V 0.032 0.069 0.126 0.244 0.305 0.200 0.025 62 L 0.032 0.053 0.083 0.179 0.299 0.306 0.048 63 V 0.076 0.191 0.237 0.231 0.160 0.092 0.013 64 L 0.072 0.137 0.167 0.232 0.243 0.125 0.023 65 E 0.116 0.199 0.189 0.199 0.179 0.100 0.018 66 G 0.162 0.201 0.233 0.212 0.117 0.062 0.014 67 T 0.196 0.203 0.244 0.201 0.092 0.053 0.011 68 L 0.164 0.171 0.179 0.199 0.165 0.102 0.020 69 A 0.147 0.118 0.120 0.176 0.212 0.182 0.044 70 R 0.204 0.254 0.198 0.156 0.104 0.070 0.014 71 M 0.204 0.201 0.192 0.192 0.124 0.072 0.015 72 G 0.212 0.215 0.189 0.162 0.135 0.071 0.016 73 Q 0.153 0.226 0.203 0.187 0.133 0.081 0.017 74 T 0.081 0.114 0.170 0.232 0.221 0.148 0.034 75 Y 0.102 0.219 0.244 0.229 0.130 0.067 0.009 76 A 0.106 0.236 0.233 0.210 0.135 0.069 0.011 77 Y 0.019 0.040 0.083 0.190 0.358 0.278 0.032 78 R 0.040 0.194 0.288 0.299 0.126 0.050 0.004 79 L 0.020 0.038 0.079 0.192 0.307 0.320 0.044 80 Y 0.054 0.146 0.240 0.319 0.176 0.061 0.004 81 P 0.302 0.336 0.174 0.110 0.060 0.017 0.001 82 K 0.233 0.363 0.229 0.123 0.041 0.010 0.001 83 G 0.100 0.177 0.179 0.234 0.228 0.076 0.005 84 R 0.076 0.167 0.286 0.282 0.138 0.047 0.003 85 R 0.185 0.300 0.259 0.166 0.070 0.020 0.001 86 P 0.174 0.298 0.271 0.172 0.067 0.018 0.001 87 L 0.067 0.069 0.135 0.292 0.314 0.116 0.006 88 D 0.274 0.382 0.207 0.090 0.036 0.010 0.001 89 P 0.222 0.200 0.241 0.225 0.090 0.022 0.001 90 K 0.606 0.293 0.070 0.023 0.007 0.001 0.001 91 D 0.387 0.267 0.177 0.118 0.041 0.011 0.001 92 P 0.552 0.254 0.118 0.051 0.020 0.004 0.001 93 G 0.427 0.365 0.131 0.053 0.019 0.005 0.001 94 E 0.125 0.200 0.200 0.222 0.180 0.065 0.007 95 R 0.046 0.108 0.241 0.308 0.212 0.081 0.004 96 S 0.204 0.331 0.243 0.141 0.060 0.019 0.002 97 V 0.025 0.054 0.134 0.225 0.273 0.246 0.043 98 L 0.031 0.043 0.083 0.170 0.299 0.309 0.065 99 S 0.153 0.365 0.239 0.144 0.072 0.024 0.002 100 A 0.103 0.261 0.260 0.235 0.105 0.033 0.004 101 L 0.023 0.040 0.099 0.229 0.357 0.232 0.020 102 A 0.121 0.297 0.246 0.191 0.105 0.036 0.003 103 R 0.090 0.175 0.260 0.253 0.165 0.054 0.004 104 R 0.163 0.351 0.271 0.147 0.057 0.011 0.001 105 L 0.087 0.199 0.256 0.273 0.142 0.042 0.002 106 L 0.042 0.063 0.136 0.255 0.367 0.129 0.007 107 Q 0.214 0.366 0.230 0.132 0.049 0.009 0.001 108 E 0.436 0.385 0.123 0.042 0.012 0.002 0.001 109 R 0.158 0.301 0.303 0.194 0.038 0.006 0.001 110 L 0.069 0.082 0.208 0.295 0.279 0.066 0.002 111 R 0.342 0.361 0.195 0.078 0.022 0.003 0.001 112 R 0.562 0.342 0.070 0.020 0.006 0.001 0.001 113 L 0.147 0.173 0.227 0.293 0.133 0.027 0.001 114 E 0.420 0.352 0.148 0.056 0.021 0.003 0.001 115 G 0.321 0.376 0.191 0.084 0.023 0.005 0.001 116 V 0.064 0.131 0.207 0.275 0.249 0.069 0.006 117 W 0.019 0.067 0.138 0.277 0.260 0.214 0.026 118 V 0.016 0.027 0.058 0.122 0.228 0.401 0.149 119 E 0.033 0.096 0.230 0.280 0.194 0.129 0.039 120 G 0.027 0.057 0.080 0.150 0.259 0.296 0.131 121 L 0.013 0.027 0.051 0.104 0.217 0.412 0.177 122 A 0.041 0.133 0.216 0.260 0.192 0.130 0.028 123 V 0.046 0.113 0.165 0.230 0.256 0.162 0.028 124 Y 0.070 0.111 0.164 0.254 0.254 0.132 0.014 125 R 0.246 0.281 0.206 0.142 0.089 0.033 0.002 126 R 0.307 0.285 0.207 0.132 0.051 0.016 0.001 127 E 0.316 0.228 0.187 0.158 0.086 0.023 0.001 128 H 0.459 0.275 0.152 0.078 0.026 0.009 0.001 129 A 0.382 0.220 0.191 0.135 0.056 0.016 0.001 130 R 0.498 0.291 0.126 0.057 0.020 0.007 0.001 131 G 0.245 0.181 0.189 0.208 0.125 0.047 0.006 132 P 0.322 0.316 0.176 0.104 0.054 0.025 0.004 133 G 0.165 0.194 0.173 0.202 0.151 0.094 0.020 134 W 0.066 0.090 0.142 0.200 0.247 0.205 0.049 135 R 0.065 0.129 0.173 0.207 0.191 0.174 0.061 136 V 0.037 0.037 0.052 0.109 0.185 0.334 0.246 137 L 0.032 0.056 0.093 0.168 0.237 0.282 0.131 138 G 0.041 0.085 0.131 0.179 0.196 0.234 0.134 139 G 0.029 0.060 0.088 0.147 0.218 0.288 0.170 140 A 0.019 0.065 0.126 0.195 0.252 0.243 0.101 141 V 0.013 0.047 0.119 0.192 0.238 0.250 0.141 142 L 0.002 0.005 0.009 0.028 0.137 0.493 0.325 143 D 0.007 0.035 0.088 0.212 0.276 0.293 0.089 144 L 0.003 0.008 0.017 0.046 0.150 0.540 0.236 145 W 0.007 0.040 0.123 0.227 0.284 0.268 0.051 146 V 0.008 0.030 0.091 0.212 0.352 0.274 0.032 147 S 0.096 0.269 0.281 0.219 0.111 0.023 0.001 148 D 0.388 0.381 0.121 0.067 0.035 0.008 0.001 149 S 0.395 0.358 0.138 0.073 0.028 0.007 0.001 150 G 0.211 0.315 0.250 0.155 0.056 0.012 0.001 151 A 0.096 0.264 0.321 0.226 0.072 0.019 0.002 152 F 0.012 0.031 0.071 0.158 0.353 0.332 0.043 153 L 0.012 0.033 0.085 0.176 0.242 0.354 0.098 154 L 0.007 0.015 0.033 0.072 0.156 0.433 0.285 155 E 0.017 0.049 0.106 0.167 0.223 0.243 0.195 156 V 0.005 0.012 0.021 0.055 0.162 0.416 0.328 157 D 0.029 0.075 0.124 0.186 0.236 0.237 0.113 158 P 0.030 0.090 0.133 0.194 0.214 0.239 0.099 159 A 0.044 0.114 0.183 0.222 0.207 0.161 0.068 160 Y 0.023 0.046 0.077 0.151 0.315 0.314 0.075 161 R 0.056 0.158 0.216 0.226 0.196 0.121 0.026 162 I 0.038 0.044 0.079 0.250 0.258 0.260 0.070 163 L 0.039 0.069 0.120 0.224 0.254 0.232 0.060 164 C 0.050 0.102 0.183 0.259 0.241 0.142 0.023 165 E 0.234 0.423 0.196 0.092 0.037 0.015 0.002 166 M 0.047 0.095 0.195 0.336 0.217 0.099 0.011 167 S 0.084 0.204 0.277 0.236 0.142 0.050 0.006 168 L 0.028 0.045 0.076 0.188 0.317 0.304 0.042 169 E 0.084 0.277 0.283 0.216 0.112 0.027 0.001 170 A 0.126 0.352 0.255 0.182 0.066 0.018 0.001 171 W 0.017 0.047 0.123 0.283 0.356 0.165 0.010 172 L 0.027 0.070 0.148 0.296 0.335 0.120 0.005 173 A 0.365 0.424 0.152 0.043 0.014 0.002 0.001 174 Q 0.365 0.361 0.169 0.086 0.016 0.003 0.001 175 G 0.213 0.204 0.238 0.211 0.105 0.028 0.001 176 H 0.321 0.218 0.223 0.162 0.065 0.011 0.001 177 P 0.646 0.307 0.038 0.007 0.002 0.001 0.001 178 L 0.162 0.172 0.206 0.264 0.153 0.040 0.003 179 P 0.290 0.284 0.208 0.130 0.068 0.018 0.001 180 K 0.490 0.324 0.109 0.051 0.020 0.006 0.001 181 R 0.135 0.180 0.252 0.248 0.128 0.049 0.010 182 V 0.040 0.041 0.059 0.123 0.299 0.351 0.087 183 R 0.044 0.112 0.166 0.213 0.220 0.198 0.046 184 N 0.052 0.120 0.176 0.198 0.266 0.162 0.026 185 A 0.065 0.169 0.244 0.261 0.173 0.079 0.009 186 Y 0.091 0.119 0.204 0.241 0.226 0.109 0.011 187 D 0.278 0.274 0.226 0.147 0.055 0.019 0.002 188 R 0.508 0.267 0.131 0.066 0.022 0.006 0.001 189 R 0.421 0.319 0.144 0.083 0.026 0.007 0.001 190 T 0.276 0.351 0.178 0.120 0.056 0.019 0.001 191 W 0.061 0.084 0.181 0.303 0.260 0.102 0.009 192 E 0.091 0.291 0.319 0.202 0.072 0.022 0.002 193 L 0.034 0.058 0.098 0.205 0.315 0.255 0.035 194 L 0.032 0.108 0.182 0.270 0.263 0.136 0.009 195 R 0.086 0.269 0.283 0.208 0.109 0.042 0.003 196 L 0.036 0.061 0.143 0.323 0.272 0.149 0.016 197 G 0.120 0.196 0.226 0.221 0.184 0.050 0.002 198 E 0.387 0.354 0.157 0.071 0.025 0.005 0.001 199 E 0.567 0.339 0.064 0.022 0.007 0.001 0.001 200 D 0.278 0.326 0.202 0.132 0.050 0.011 0.001 201 P 0.159 0.175 0.277 0.253 0.113 0.023 0.001 202 K 0.469 0.338 0.125 0.049 0.016 0.003 0.001 203 E 0.288 0.328 0.236 0.114 0.027 0.006 0.001 204 L 0.087 0.077 0.164 0.278 0.285 0.104 0.005 205 P 0.343 0.372 0.184 0.071 0.024 0.006 0.001 206 L 0.229 0.211 0.213 0.218 0.099 0.028 0.002 207 P 0.562 0.293 0.091 0.036 0.014 0.003 0.001 208 G 0.495 0.295 0.122 0.063 0.019 0.006 0.001 209 G 0.337 0.282 0.166 0.107 0.076 0.028 0.004 210 L 0.062 0.112 0.203 0.282 0.211 0.114 0.017 211 S 0.047 0.102 0.166 0.201 0.256 0.180 0.048 212 L 0.020 0.042 0.073 0.121 0.220 0.364 0.161 213 L 0.024 0.050 0.100 0.186 0.276 0.284 0.078 214 D 0.118 0.253 0.248 0.196 0.114 0.058 0.013 215 Y 0.025 0.046 0.083 0.198 0.302 0.288 0.058 216 H 0.043 0.077 0.127 0.188 0.295 0.233 0.037 217 A 0.119 0.201 0.250 0.249 0.124 0.051 0.007 218 S 0.399 0.331 0.138 0.074 0.042 0.015 0.001 219 K 0.296 0.236 0.200 0.170 0.071 0.025 0.002 220 G 0.463 0.243 0.145 0.088 0.046 0.015 0.001 221 R 0.284 0.268 0.249 0.144 0.043 0.012 0.001 222 L 0.224 0.138 0.210 0.225 0.161 0.041 0.002 223 Q 0.536 0.309 0.102 0.038 0.013 0.002 0.001 224 G 0.634 0.260 0.067 0.028 0.009 0.002 0.001 225 R 0.663 0.237 0.065 0.026 0.007 0.001 0.001 226 E 0.579 0.274 0.095 0.038 0.012 0.002 0.001 227 G 0.398 0.331 0.171 0.069 0.024 0.006 0.001 228 G 0.067 0.125 0.220 0.289 0.221 0.072 0.006 229 R 0.044 0.172 0.255 0.283 0.165 0.076 0.005 230 V 0.011 0.034 0.091 0.180 0.301 0.336 0.047 231 A 0.006 0.017 0.040 0.086 0.243 0.491 0.118 232 W 0.008 0.038 0.111 0.251 0.300 0.246 0.045 233 V 0.011 0.041 0.097 0.206 0.323 0.288 0.035 234 A 0.095 0.262 0.291 0.213 0.114 0.024 0.001 235 D 0.274 0.341 0.202 0.127 0.045 0.011 0.001 236 P 0.310 0.249 0.236 0.142 0.055 0.009 0.001 237 K 0.605 0.263 0.087 0.036 0.008 0.001 0.001 238 D 0.669 0.239 0.063 0.021 0.006 0.001 0.001 239 P 0.562 0.261 0.106 0.053 0.016 0.003 0.001 240 R 0.579 0.260 0.104 0.040 0.015 0.003 0.001 241 K 0.441 0.291 0.152 0.078 0.031 0.007 0.001 242 P 0.316 0.273 0.187 0.124 0.072 0.025 0.003 243 I 0.123 0.149 0.229 0.247 0.162 0.081 0.009 244 P 0.258 0.283 0.220 0.139 0.065 0.031 0.004 245 H 0.075 0.098 0.164 0.214 0.222 0.174 0.053 246 L 0.045 0.045 0.059 0.118 0.221 0.349 0.164 247 T 0.094 0.153 0.203 0.245 0.163 0.113 0.027 248 G 0.172 0.240 0.202 0.178 0.115 0.074 0.020 249 L 0.065 0.101 0.145 0.229 0.219 0.185 0.056 250 L 0.040 0.050 0.077 0.163 0.264 0.299 0.107 251 V 0.107 0.178 0.196 0.186 0.165 0.123 0.044 252 P 0.065 0.103 0.125 0.184 0.229 0.216 0.079 253 V 0.058 0.093 0.122 0.188 0.232 0.228 0.080 254 L 0.039 0.055 0.095 0.164 0.255 0.281 0.110 255 T 0.053 0.104 0.138 0.177 0.218 0.216 0.094 256 L 0.037 0.050 0.085 0.164 0.270 0.303 0.092 257 E 0.132 0.275 0.232 0.170 0.125 0.058 0.006 258 D 0.076 0.194 0.256 0.257 0.157 0.056 0.004 259 L 0.033 0.054 0.123 0.243 0.358 0.180 0.010 260 H 0.219 0.328 0.245 0.142 0.058 0.008 0.001 261 E 0.498 0.364 0.100 0.030 0.007 0.001 0.001 262 E 0.454 0.282 0.162 0.084 0.016 0.002 0.001 263 E 0.643 0.235 0.082 0.031 0.007 0.001 0.001 264 G 0.675 0.243 0.057 0.019 0.005 0.001 0.001 265 S 0.591 0.273 0.097 0.031 0.008 0.001 0.001 266 L 0.267 0.308 0.244 0.140 0.035 0.006 0.001 267 A 0.173 0.221 0.282 0.194 0.104 0.026 0.001 268 L 0.129 0.137 0.220 0.275 0.186 0.052 0.002 269 S 0.490 0.350 0.109 0.033 0.015 0.003 0.001 270 L 0.339 0.262 0.193 0.149 0.047 0.009 0.001 271 P 0.563 0.277 0.097 0.041 0.018 0.004 0.001 272 W 0.415 0.257 0.181 0.109 0.031 0.006 0.001 273 E 0.680 0.235 0.060 0.018 0.006 0.001 0.001 274 E 0.458 0.304 0.138 0.073 0.021 0.005 0.001 275 R 0.154 0.173 0.263 0.236 0.136 0.034 0.002 276 R 0.287 0.335 0.235 0.102 0.033 0.007 0.001 277 R 0.239 0.329 0.227 0.137 0.057 0.011 0.001 278 R 0.068 0.129 0.204 0.289 0.222 0.083 0.005 279 T 0.050 0.115 0.221 0.315 0.218 0.078 0.003 280 R 0.368 0.427 0.147 0.043 0.013 0.003 0.001 281 E 0.076 0.199 0.315 0.300 0.093 0.016 0.001 282 I 0.022 0.034 0.067 0.148 0.390 0.314 0.026 283 A 0.044 0.186 0.321 0.313 0.112 0.023 0.001 284 S 0.345 0.495 0.113 0.035 0.011 0.002 0.001 285 W 0.028 0.110 0.250 0.383 0.188 0.039 0.002 286 I 0.015 0.036 0.078 0.171 0.386 0.294 0.019 287 G 0.083 0.312 0.373 0.176 0.048 0.009 0.001 288 R 0.231 0.438 0.204 0.102 0.021 0.004 0.001 289 R 0.022 0.069 0.184 0.367 0.275 0.080 0.002 290 L 0.046 0.063 0.129 0.272 0.339 0.146 0.005 291 G 0.377 0.448 0.128 0.034 0.012 0.002 0.001 292 L 0.450 0.384 0.109 0.046 0.010 0.001 0.001 293 G 0.332 0.231 0.201 0.157 0.066 0.012 0.001 294 T 0.598 0.228 0.110 0.049 0.013 0.002 0.001 295 P 0.840 0.134 0.020 0.005 0.001 0.001 0.001