# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.70837 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 N 0.294 0.210 0.187 0.130 0.100 0.066 0.014 2 R 0.116 0.156 0.222 0.238 0.158 0.092 0.018 3 F 0.154 0.195 0.214 0.187 0.149 0.086 0.014 4 A 0.063 0.101 0.201 0.247 0.233 0.139 0.016 5 L 0.043 0.045 0.084 0.180 0.349 0.278 0.021 6 R 0.131 0.292 0.308 0.189 0.064 0.015 0.001 7 P 0.297 0.491 0.145 0.050 0.013 0.004 0.001 8 L 0.043 0.070 0.171 0.454 0.217 0.044 0.001 9 N 0.427 0.365 0.139 0.056 0.011 0.002 0.001 10 P 0.614 0.257 0.088 0.033 0.007 0.001 0.001 11 E 0.793 0.155 0.041 0.010 0.001 0.001 0.001 12 E 0.495 0.276 0.177 0.038 0.011 0.002 0.001 13 L 0.113 0.156 0.235 0.307 0.153 0.035 0.001 14 R 0.338 0.327 0.209 0.089 0.027 0.010 0.001 15 P 0.166 0.225 0.245 0.180 0.130 0.050 0.005 16 W 0.068 0.118 0.163 0.261 0.233 0.140 0.018 17 R 0.084 0.157 0.216 0.230 0.177 0.110 0.026 18 L 0.057 0.095 0.115 0.226 0.254 0.217 0.035 19 E 0.083 0.201 0.321 0.226 0.112 0.048 0.009 20 V 0.046 0.083 0.107 0.221 0.263 0.248 0.033 21 V 0.084 0.174 0.251 0.245 0.179 0.061 0.005 22 L 0.084 0.108 0.149 0.303 0.253 0.098 0.006 23 D 0.576 0.238 0.145 0.034 0.007 0.001 0.001 24 P 0.652 0.256 0.070 0.018 0.004 0.001 0.001 25 P 0.515 0.275 0.146 0.049 0.013 0.002 0.001 26 P 0.511 0.268 0.154 0.052 0.014 0.002 0.001 27 G 0.579 0.340 0.055 0.022 0.003 0.001 0.001 28 R 0.526 0.296 0.111 0.050 0.016 0.001 0.001 29 E 0.617 0.247 0.090 0.039 0.007 0.001 0.001 30 E 0.586 0.279 0.090 0.037 0.007 0.001 0.001 31 V 0.276 0.313 0.224 0.125 0.052 0.010 0.001 32 Y 0.066 0.153 0.272 0.320 0.155 0.034 0.001 33 P 0.161 0.349 0.288 0.134 0.052 0.015 0.001 34 L 0.015 0.060 0.175 0.288 0.316 0.135 0.011 35 L 0.008 0.023 0.048 0.114 0.269 0.432 0.106 36 A 0.016 0.078 0.197 0.311 0.250 0.125 0.024 37 Q 0.041 0.170 0.274 0.256 0.160 0.076 0.024 38 V 0.008 0.023 0.051 0.120 0.251 0.408 0.140 39 A 0.005 0.009 0.018 0.056 0.181 0.461 0.270 40 R 0.025 0.116 0.174 0.274 0.224 0.139 0.048 41 R 0.036 0.130 0.175 0.237 0.202 0.137 0.082 42 A 0.009 0.029 0.048 0.107 0.194 0.388 0.224 43 G 0.018 0.069 0.106 0.202 0.236 0.233 0.137 44 G 0.016 0.047 0.089 0.165 0.262 0.262 0.159 45 V 0.006 0.012 0.022 0.049 0.133 0.420 0.359 46 T 0.005 0.009 0.018 0.046 0.113 0.364 0.446 47 V 0.005 0.008 0.017 0.039 0.108 0.396 0.427 48 R 0.014 0.053 0.108 0.206 0.248 0.225 0.145 49 M 0.008 0.027 0.055 0.121 0.223 0.337 0.230 50 G 0.011 0.039 0.075 0.157 0.226 0.319 0.174 51 D 0.054 0.152 0.221 0.229 0.173 0.130 0.040 52 G 0.027 0.108 0.173 0.288 0.257 0.116 0.032 53 L 0.011 0.016 0.030 0.063 0.178 0.490 0.213 54 A 0.015 0.029 0.051 0.113 0.200 0.427 0.166 55 S 0.035 0.098 0.143 0.244 0.247 0.190 0.042 56 W 0.044 0.106 0.169 0.269 0.238 0.143 0.030 57 S 0.079 0.185 0.220 0.244 0.155 0.098 0.019 58 P 0.147 0.225 0.184 0.203 0.143 0.083 0.014 59 P 0.204 0.227 0.233 0.216 0.085 0.030 0.004 60 E 0.320 0.315 0.240 0.081 0.029 0.013 0.002 61 V 0.033 0.083 0.182 0.296 0.250 0.138 0.017 62 L 0.020 0.033 0.061 0.136 0.287 0.385 0.078 63 V 0.067 0.176 0.230 0.238 0.168 0.099 0.023 64 L 0.072 0.120 0.160 0.232 0.217 0.152 0.047 65 E 0.068 0.127 0.154 0.201 0.208 0.178 0.065 66 G 0.108 0.153 0.170 0.217 0.172 0.127 0.053 67 T 0.164 0.204 0.173 0.184 0.147 0.097 0.032 68 L 0.122 0.137 0.142 0.192 0.191 0.166 0.052 69 A 0.146 0.133 0.144 0.178 0.180 0.162 0.057 70 R 0.198 0.199 0.181 0.177 0.125 0.090 0.029 71 M 0.175 0.173 0.174 0.184 0.151 0.110 0.033 72 G 0.167 0.150 0.177 0.189 0.166 0.122 0.027 73 Q 0.159 0.200 0.209 0.203 0.134 0.078 0.017 74 T 0.129 0.165 0.191 0.201 0.170 0.121 0.022 75 Y 0.105 0.186 0.180 0.220 0.191 0.095 0.024 76 A 0.118 0.294 0.248 0.229 0.068 0.035 0.008 77 Y 0.031 0.056 0.098 0.233 0.366 0.197 0.018 78 R 0.061 0.198 0.254 0.285 0.134 0.059 0.009 79 L 0.022 0.033 0.059 0.128 0.312 0.381 0.064 80 Y 0.062 0.163 0.246 0.312 0.156 0.054 0.007 81 P 0.230 0.351 0.206 0.130 0.055 0.025 0.003 82 K 0.190 0.272 0.242 0.180 0.083 0.030 0.003 83 G 0.108 0.165 0.187 0.212 0.209 0.108 0.010 84 R 0.111 0.235 0.248 0.264 0.109 0.031 0.003 85 R 0.227 0.355 0.196 0.148 0.059 0.015 0.001 86 P 0.193 0.301 0.275 0.154 0.060 0.016 0.001 87 L 0.062 0.067 0.121 0.306 0.337 0.103 0.004 88 D 0.298 0.417 0.189 0.077 0.016 0.003 0.001 89 P 0.253 0.253 0.208 0.186 0.086 0.013 0.001 90 K 0.571 0.302 0.094 0.028 0.005 0.001 0.001 91 D 0.452 0.313 0.125 0.075 0.030 0.004 0.001 92 P 0.444 0.286 0.142 0.098 0.024 0.004 0.001 93 G 0.479 0.257 0.185 0.054 0.019 0.005 0.001 94 E 0.122 0.236 0.235 0.233 0.124 0.047 0.003 95 R 0.043 0.100 0.198 0.310 0.261 0.082 0.005 96 S 0.137 0.321 0.280 0.171 0.065 0.024 0.003 97 V 0.042 0.071 0.139 0.249 0.312 0.172 0.015 98 L 0.032 0.048 0.094 0.220 0.339 0.237 0.029 99 S 0.181 0.305 0.296 0.153 0.047 0.017 0.002 100 A 0.195 0.318 0.263 0.143 0.063 0.017 0.002 101 L 0.054 0.082 0.125 0.283 0.287 0.157 0.011 102 A 0.230 0.315 0.247 0.130 0.053 0.023 0.002 103 R 0.184 0.241 0.217 0.230 0.103 0.025 0.001 104 R 0.274 0.368 0.208 0.109 0.032 0.009 0.001 105 L 0.146 0.253 0.265 0.189 0.112 0.032 0.002 106 L 0.053 0.068 0.110 0.295 0.330 0.138 0.006 107 Q 0.293 0.294 0.279 0.107 0.023 0.005 0.001 108 E 0.470 0.322 0.134 0.057 0.014 0.003 0.001 109 R 0.278 0.327 0.293 0.075 0.023 0.004 0.001 110 L 0.043 0.063 0.113 0.344 0.343 0.092 0.002 111 R 0.339 0.358 0.214 0.073 0.014 0.002 0.001 112 R 0.413 0.421 0.118 0.036 0.010 0.002 0.001 113 L 0.063 0.115 0.214 0.388 0.178 0.040 0.001 114 E 0.383 0.323 0.205 0.066 0.017 0.006 0.001 115 G 0.211 0.394 0.210 0.131 0.043 0.010 0.001 116 V 0.034 0.089 0.173 0.263 0.295 0.136 0.010 117 W 0.015 0.045 0.096 0.198 0.279 0.299 0.068 118 V 0.014 0.024 0.054 0.104 0.221 0.405 0.179 119 E 0.038 0.128 0.192 0.270 0.201 0.119 0.051 120 G 0.024 0.059 0.095 0.159 0.251 0.280 0.133 121 L 0.016 0.023 0.049 0.104 0.230 0.398 0.180 122 A 0.071 0.187 0.232 0.236 0.151 0.097 0.027 123 V 0.072 0.153 0.209 0.227 0.214 0.109 0.016 124 Y 0.082 0.099 0.150 0.247 0.252 0.153 0.018 125 R 0.241 0.299 0.222 0.147 0.065 0.023 0.003 126 R 0.364 0.317 0.161 0.104 0.040 0.012 0.001 127 E 0.378 0.235 0.177 0.127 0.065 0.017 0.001 128 H 0.500 0.301 0.105 0.071 0.018 0.005 0.001 129 A 0.500 0.217 0.152 0.081 0.040 0.010 0.001 130 R 0.476 0.244 0.157 0.084 0.030 0.009 0.001 131 G 0.350 0.257 0.185 0.126 0.060 0.021 0.002 132 P 0.434 0.273 0.150 0.086 0.037 0.017 0.003 133 G 0.167 0.201 0.207 0.195 0.147 0.072 0.012 134 W 0.070 0.081 0.128 0.207 0.248 0.214 0.052 135 R 0.080 0.100 0.150 0.200 0.218 0.186 0.067 136 V 0.048 0.041 0.059 0.090 0.165 0.361 0.235 137 L 0.064 0.094 0.112 0.173 0.230 0.207 0.121 138 G 0.064 0.124 0.135 0.172 0.153 0.179 0.172 139 G 0.030 0.060 0.088 0.137 0.204 0.283 0.198 140 A 0.020 0.063 0.099 0.175 0.218 0.260 0.164 141 V 0.011 0.035 0.086 0.152 0.246 0.278 0.192 142 L 0.002 0.004 0.008 0.021 0.094 0.494 0.376 143 D 0.005 0.013 0.043 0.104 0.212 0.323 0.301 144 L 0.003 0.006 0.011 0.020 0.068 0.456 0.436 145 W 0.007 0.028 0.096 0.233 0.302 0.264 0.070 146 V 0.006 0.013 0.037 0.117 0.368 0.390 0.069 147 S 0.071 0.216 0.317 0.249 0.110 0.034 0.003 148 D 0.326 0.325 0.212 0.092 0.035 0.010 0.001 149 S 0.375 0.354 0.174 0.071 0.019 0.006 0.001 150 G 0.293 0.302 0.235 0.116 0.042 0.011 0.001 151 A 0.099 0.299 0.283 0.204 0.088 0.026 0.002 152 F 0.006 0.019 0.057 0.175 0.412 0.309 0.023 153 L 0.009 0.022 0.057 0.120 0.222 0.402 0.168 154 L 0.004 0.009 0.018 0.039 0.109 0.524 0.297 155 E 0.013 0.052 0.129 0.298 0.252 0.161 0.095 156 V 0.004 0.007 0.016 0.043 0.166 0.444 0.320 157 D 0.019 0.064 0.102 0.179 0.226 0.272 0.137 158 P 0.046 0.115 0.139 0.218 0.201 0.200 0.081 159 A 0.063 0.154 0.235 0.246 0.159 0.100 0.042 160 Y 0.032 0.075 0.095 0.187 0.254 0.284 0.074 161 R 0.061 0.133 0.193 0.233 0.214 0.135 0.030 162 I 0.037 0.047 0.069 0.152 0.263 0.342 0.091 163 L 0.068 0.114 0.160 0.207 0.220 0.183 0.049 164 C 0.060 0.138 0.149 0.243 0.219 0.155 0.036 165 E 0.181 0.280 0.258 0.172 0.063 0.036 0.009 166 M 0.066 0.111 0.154 0.256 0.252 0.144 0.018 167 S 0.082 0.205 0.267 0.224 0.143 0.068 0.012 168 L 0.026 0.039 0.062 0.173 0.309 0.346 0.044 169 E 0.140 0.275 0.308 0.199 0.060 0.016 0.002 170 A 0.123 0.340 0.274 0.165 0.069 0.026 0.003 171 W 0.043 0.069 0.149 0.286 0.313 0.130 0.009 172 L 0.053 0.087 0.152 0.267 0.314 0.119 0.008 173 A 0.380 0.353 0.175 0.074 0.015 0.003 0.001 174 Q 0.373 0.355 0.190 0.057 0.020 0.004 0.001 175 G 0.127 0.208 0.244 0.256 0.120 0.044 0.001 176 H 0.276 0.342 0.197 0.140 0.038 0.006 0.001 177 P 0.405 0.451 0.099 0.035 0.008 0.002 0.001 178 L 0.049 0.081 0.177 0.334 0.289 0.068 0.002 179 P 0.149 0.301 0.274 0.213 0.047 0.015 0.002 180 K 0.371 0.381 0.176 0.053 0.015 0.004 0.001 181 R 0.036 0.132 0.320 0.320 0.159 0.032 0.002 182 V 0.004 0.009 0.027 0.111 0.444 0.382 0.024 183 R 0.027 0.114 0.260 0.237 0.227 0.122 0.012 184 N 0.055 0.146 0.204 0.271 0.190 0.124 0.010 185 A 0.067 0.242 0.295 0.233 0.129 0.033 0.002 186 Y 0.064 0.100 0.168 0.361 0.215 0.087 0.005 187 D 0.488 0.278 0.173 0.041 0.017 0.003 0.001 188 R 0.539 0.335 0.078 0.039 0.006 0.002 0.001 189 R 0.557 0.230 0.145 0.045 0.020 0.003 0.001 190 T 0.360 0.390 0.150 0.079 0.015 0.005 0.001 191 W 0.145 0.160 0.224 0.267 0.174 0.029 0.001 192 E 0.183 0.306 0.269 0.178 0.051 0.012 0.001 193 L 0.063 0.079 0.122 0.199 0.317 0.210 0.011 194 L 0.111 0.187 0.250 0.262 0.138 0.049 0.003 195 R 0.227 0.397 0.227 0.104 0.033 0.011 0.001 196 L 0.066 0.096 0.199 0.365 0.207 0.065 0.002 197 G 0.163 0.292 0.260 0.181 0.081 0.023 0.001 198 E 0.521 0.357 0.090 0.027 0.005 0.001 0.001 199 E 0.562 0.328 0.068 0.035 0.007 0.001 0.001 200 D 0.344 0.292 0.210 0.105 0.042 0.006 0.001 201 P 0.155 0.222 0.267 0.283 0.063 0.010 0.001 202 K 0.627 0.235 0.116 0.019 0.004 0.001 0.001 203 E 0.204 0.451 0.217 0.098 0.025 0.004 0.001 204 L 0.035 0.055 0.115 0.317 0.341 0.133 0.004 205 P 0.208 0.290 0.267 0.151 0.065 0.019 0.001 206 L 0.198 0.196 0.220 0.250 0.110 0.025 0.002 207 P 0.495 0.285 0.139 0.053 0.020 0.007 0.001 208 G 0.340 0.257 0.186 0.113 0.064 0.034 0.006 209 G 0.173 0.241 0.201 0.175 0.119 0.075 0.016 210 L 0.061 0.090 0.162 0.213 0.236 0.202 0.035 211 S 0.049 0.096 0.162 0.227 0.244 0.177 0.047 212 L 0.027 0.034 0.048 0.082 0.158 0.433 0.217 213 L 0.023 0.034 0.071 0.157 0.316 0.279 0.119 214 D 0.054 0.223 0.281 0.255 0.098 0.064 0.027 215 Y 0.027 0.058 0.149 0.275 0.287 0.179 0.026 216 H 0.030 0.045 0.069 0.157 0.357 0.298 0.044 217 A 0.123 0.235 0.275 0.235 0.095 0.033 0.003 218 S 0.356 0.309 0.202 0.084 0.039 0.009 0.001 219 K 0.286 0.300 0.223 0.137 0.039 0.014 0.001 220 G 0.420 0.261 0.167 0.101 0.041 0.009 0.001 221 R 0.455 0.365 0.129 0.039 0.009 0.002 0.001 222 L 0.185 0.170 0.221 0.267 0.136 0.021 0.001 223 Q 0.520 0.333 0.107 0.033 0.006 0.001 0.001 224 G 0.554 0.311 0.088 0.037 0.008 0.001 0.001 225 R 0.675 0.236 0.067 0.019 0.004 0.001 0.001 226 E 0.518 0.321 0.099 0.051 0.010 0.001 0.001 227 G 0.319 0.333 0.237 0.082 0.023 0.005 0.001 228 G 0.018 0.083 0.198 0.293 0.311 0.095 0.003 229 R 0.016 0.094 0.207 0.310 0.263 0.099 0.011 230 V 0.004 0.014 0.049 0.087 0.246 0.444 0.156 231 A 0.003 0.011 0.029 0.054 0.118 0.528 0.257 232 W 0.004 0.012 0.039 0.133 0.327 0.362 0.123 233 V 0.006 0.012 0.037 0.094 0.335 0.404 0.112 234 A 0.030 0.143 0.254 0.279 0.190 0.093 0.012 235 D 0.146 0.323 0.262 0.170 0.068 0.029 0.002 236 P 0.222 0.222 0.244 0.193 0.097 0.022 0.001 237 K 0.541 0.305 0.096 0.047 0.009 0.002 0.001 238 D 0.659 0.227 0.083 0.023 0.007 0.001 0.001 239 P 0.562 0.245 0.130 0.049 0.012 0.002 0.001 240 R 0.647 0.240 0.078 0.028 0.005 0.001 0.001 241 K 0.521 0.287 0.122 0.051 0.017 0.003 0.001 242 P 0.294 0.290 0.196 0.140 0.061 0.019 0.001 243 I 0.086 0.126 0.206 0.299 0.211 0.066 0.004 244 P 0.199 0.285 0.246 0.167 0.074 0.026 0.003 245 H 0.063 0.106 0.185 0.229 0.255 0.140 0.023 246 L 0.041 0.043 0.054 0.107 0.209 0.396 0.151 247 T 0.090 0.141 0.180 0.254 0.191 0.109 0.034 248 G 0.172 0.231 0.199 0.174 0.114 0.077 0.033 249 L 0.082 0.126 0.161 0.205 0.199 0.161 0.065 250 L 0.052 0.060 0.066 0.131 0.206 0.313 0.173 251 V 0.088 0.153 0.177 0.211 0.178 0.138 0.055 252 P 0.075 0.116 0.122 0.176 0.196 0.210 0.105 253 V 0.049 0.083 0.127 0.181 0.214 0.228 0.118 254 L 0.031 0.052 0.071 0.119 0.203 0.347 0.178 255 T 0.034 0.074 0.117 0.199 0.234 0.224 0.118 256 L 0.016 0.020 0.041 0.089 0.229 0.435 0.170 257 E 0.062 0.186 0.233 0.256 0.149 0.090 0.023 258 D 0.062 0.180 0.292 0.249 0.152 0.056 0.008 259 L 0.026 0.030 0.059 0.186 0.405 0.276 0.018 260 H 0.140 0.260 0.298 0.213 0.072 0.016 0.001 261 E 0.623 0.287 0.071 0.015 0.003 0.001 0.001 262 E 0.469 0.251 0.170 0.079 0.028 0.003 0.001 263 E 0.557 0.300 0.086 0.047 0.007 0.002 0.001 264 G 0.661 0.213 0.095 0.022 0.008 0.001 0.001 265 S 0.524 0.279 0.114 0.066 0.014 0.002 0.001 266 L 0.235 0.266 0.240 0.156 0.085 0.016 0.001 267 A 0.174 0.233 0.259 0.199 0.103 0.031 0.001 268 L 0.143 0.140 0.231 0.245 0.193 0.046 0.002 269 S 0.373 0.433 0.124 0.055 0.013 0.002 0.001 270 L 0.292 0.283 0.178 0.166 0.070 0.011 0.001 271 P 0.551 0.308 0.103 0.029 0.007 0.001 0.001 272 W 0.277 0.321 0.185 0.165 0.048 0.005 0.001 273 E 0.530 0.324 0.093 0.043 0.009 0.001 0.001 274 E 0.423 0.359 0.130 0.069 0.017 0.003 0.001 275 R 0.264 0.240 0.250 0.169 0.068 0.009 0.001 276 R 0.383 0.362 0.150 0.086 0.016 0.003 0.001 277 R 0.299 0.314 0.242 0.098 0.040 0.007 0.001 278 R 0.099 0.153 0.218 0.256 0.199 0.071 0.004 279 T 0.077 0.152 0.287 0.313 0.129 0.039 0.002 280 R 0.389 0.356 0.192 0.047 0.012 0.004 0.001 281 E 0.056 0.180 0.351 0.253 0.127 0.030 0.002 282 I 0.010 0.015 0.027 0.102 0.409 0.405 0.032 283 A 0.025 0.123 0.298 0.345 0.166 0.040 0.003 284 S 0.225 0.445 0.229 0.075 0.020 0.006 0.001 285 W 0.023 0.106 0.267 0.339 0.214 0.047 0.003 286 I 0.010 0.021 0.039 0.153 0.365 0.371 0.041 287 G 0.148 0.310 0.364 0.135 0.036 0.007 0.001 288 R 0.177 0.437 0.242 0.107 0.030 0.007 0.001 289 R 0.028 0.082 0.190 0.293 0.289 0.114 0.004 290 L 0.027 0.048 0.108 0.249 0.385 0.173 0.010 291 G 0.258 0.476 0.183 0.067 0.014 0.003 0.001 292 L 0.214 0.331 0.233 0.157 0.055 0.009 0.001 293 G 0.178 0.225 0.272 0.220 0.087 0.017 0.001 294 T 0.605 0.272 0.086 0.031 0.005 0.001 0.001 295 P 0.797 0.169 0.026 0.007 0.001 0.001 0.001