This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 12 NATAA N A 2 13 NATAA R A 3 14 NATAA F A 4 15 NATAA A A 5 16 NATAA L A 6 17 NATAA R A 7 18 NATRO P A 8 19 NATAA L A 9 20 NATAA N A 10 21 NATRO P A 11 22 NATAA E A 12 23 NATAA E A 13 24 NATAA L A 14 25 NATAA R A 15 26 NATRO P A 16 27 NATAA W A 17 28 NATAA R A 18 29 NATAA L A 19 30 NATAA E A 20 31 NATAA V A 21 32 NATAA V A 22 33 NATAA L A 23 34 NATAA D A 24 35 NATRO P A 25 36 NATRO P A 26 37 NATRO P A 27 38 NATAA G A 28 39 NATAA R A 29 40 NATAA E A 30 41 NATAA E A 31 42 NATAA V A 32 43 NATAA Y A 33 44 NATRO P A 34 45 NATAA L A 35 46 NATAA L A 36 47 NATAA A A 37 48 NATAA Q A 38 49 NATAA V A 39 50 NATAA A A 40 51 NATAA R A 41 52 NATAA R A 42 53 NATAA A A 43 54 NATAA G A 44 55 NATAA G A 45 56 NATAA V A 46 57 NATAA T A 47 58 NATAA V A 48 59 NATAA R A 49 60 NATAA M A 50 61 NATAA G A 51 62 NATAA D A 52 63 NATAA G A 53 64 NATAA L A 54 65 NATAA A A 55 66 NATAA S A 56 67 NATAA W A 57 68 NATAA S A 58 69 NATRO P A 59 70 NATRO P A 60 71 NATAA E A 61 72 NATAA V A 62 73 NATAA L A 63 74 NATAA V A 64 75 NATAA L A 65 76 NATAA E A 66 77 NATAA G A 67 78 NATAA T A 68 79 NATAA L A 69 80 NATAA A A 70 81 NATAA R A 71 82 NATAA M A 72 83 NATAA G A 73 84 NATAA Q A 74 85 NATAA T A 75 86 NATAA Y A 76 87 NATAA A A 77 88 NATAA Y A 78 89 NATAA R A 79 90 NATAA L A 80 91 NATAA Y A 81 92 NATRO P A 82 93 NATAA K A 83 94 NATAA G A 84 95 NATAA R A 85 96 NATAA R A 86 97 NATRO P A 87 98 NATAA L A 88 99 NATAA D A 89 100 NATRO P A 90 101 NATAA K A 91 102 NATAA D A 92 103 NATRO P A 93 104 NATAA G A 94 105 NATAA E A 95 106 NATAA R A 96 107 NATAA S A 97 108 NATAA V A 98 109 NATAA L A 99 110 NATAA S A 100 111 NATAA A A 101 112 NATAA L A 102 113 NATAA A A 103 114 NATAA R A 104 115 NATAA R A 105 116 NATAA L A 106 117 NATAA L A 107 118 NATAA Q A 108 119 NATAA E A 109 120 NATAA R A 110 121 NATAA L A 111 122 NATAA R A 112 123 NATAA R A 113 124 NATAA L A 114 125 NATAA E A 115 126 NATAA G A 116 127 NATAA V A 117 128 NATAA W A 118 129 NATAA V A 119 130 NATAA E A 120 131 NATAA G A 121 132 NATAA L A 122 133 NATAA A A 123 134 NATAA V A 124 135 NATAA Y A 125 136 NATAA R A 126 137 NATAA R A 127 138 NATAA E A 128 139 NATAA H A 129 140 NATAA A A 130 141 NATAA R A 131 142 NATAA G A 132 143 NATRO P A 133 144 NATAA G A 134 145 NATAA W A 135 146 NATAA R A 136 147 NATAA V A 137 148 NATAA L A 138 149 NATAA G A 139 150 NATAA G A 140 151 NATAA A A 141 152 NATAA V A 142 153 NATAA L A 143 154 NATAA D A 144 155 NATAA L A 145 156 NATAA W A 146 157 NATAA V A 147 158 NATAA S A 148 159 NATAA D A 149 160 NATAA S A 150 161 NATAA G A 151 162 NATAA A A 152 163 NATAA F A 153 164 NATAA L A 154 165 NATAA L A 155 166 NATAA E A 156 167 NATAA V A 157 168 NATAA D A 158 169 NATRO P A 159 170 NATAA A A 160 171 NATAA Y A 161 172 NATAA R A 162 173 NATAA I A 163 174 NATAA L A 164 175 NATRO C A 165 176 NATAA E A 166 177 NATAA M A 167 178 NATAA S A 168 179 NATAA L A 169 180 NATAA E A 170 181 NATAA A A 171 182 NATAA W A 172 183 NATAA L A 173 184 NATAA A A 174 185 NATAA Q A 175 186 NATAA G A 176 187 NATAA H A 177 188 NATRO P A 178 189 NATAA L A 179 190 NATRO P A 180 191 NATAA K A 181 192 NATAA R A 182 193 NATAA V A 183 194 NATAA R A 184 195 NATAA N A 185 196 NATAA A A 186 197 NATAA Y A 187 198 NATAA D A 188 199 NATAA R A 189 200 NATAA R A 190 201 NATAA T A 191 202 NATAA W A 192 203 NATAA E A 193 204 NATAA L A 194 205 NATAA L A 195 206 NATAA R A 196 207 NATAA L A 197 208 NATAA G A 198 209 NATAA E A 199 210 NATAA E A 200 211 NATAA D A 201 212 NATRO P A 202 213 NATAA K A 203 214 NATAA E A 204 215 NATAA L A 205 216 NATRO P A 206 217 NATAA L A 207 218 NATRO P A 208 219 NATAA G A 209 220 NATAA G A 210 221 NATAA L A 211 222 NATAA S A 212 223 NATAA L A 213 224 NATAA L A 214 225 NATAA D A 215 226 NATAA Y A 216 227 NATAA H A 217 228 NATAA A A 218 229 NATAA S A 219 230 NATAA K A 220 231 NATAA G A 221 232 NATAA R A 222 233 NATAA L A 223 234 NATAA Q A 224 235 NATAA G A 225 236 NATAA R A 226 237 NATAA E A 227 238 NATAA G A 228 239 NATAA G A 229 240 NATAA R A 230 241 NATAA V A 231 242 NATAA A A 232 243 NATAA W A 233 244 NATAA V A 234 245 NATAA A A 235 246 NATAA D A 236 247 NATRO P A 237 248 NATAA K A 238 249 NATAA D A 239 250 NATRO P A 240 251 NATAA R A 241 252 NATAA K A 242 253 NATRO P A 243 254 NATAA I A 244 255 NATRO P A 245 256 NATAA H A 246 257 NATAA L A 247 258 NATAA T A 248 259 NATAA G A 249 260 NATAA L A 250 261 NATAA L A 251 262 NATAA V A 252 263 NATRO P A 253 264 NATAA V A 254 265 NATAA L A 255 266 NATAA T A 256 267 NATAA L A 257 268 NATAA E A 258 269 NATAA D A 259 270 NATAA L A 260 271 NATAA H A 261 272 NATAA E A 262 273 NATAA E A 263 274 NATAA E A 264 275 NATAA G A 265 276 NATAA S A 266 277 NATAA L A 267 278 NATAA A A 268 279 NATAA L A 269 280 NATAA S A 270 281 NATAA L A 271 282 NATRO P A 272 283 NATAA W A 273 284 NATAA E A 274 285 NATAA E A 275 286 NATAA R A 276 287 NATAA R A 277 288 NATAA R A 278 289 NATAA R A 279 290 NATAA T A 280 291 NATAA R A 281 292 NATAA E A 282 293 NATAA I A 283 294 NATAA A A 284 295 NATAA S A 285 296 NATAA W A 286 297 NATAA I A 287 298 NATAA G A 288 299 NATAA R A 289 300 NATAA R A 290 301 NATAA L A 291 302 NATAA G A 292 303 NATAA L A 293 304 NATAA G A 294 305 NATAA T A 295 306 NATRO P