# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 I 0.067 0.087 0.091 0.116 0.085 0.008 0.047 0.136 0.006 0.001 0.013 0.011 0.028 0.037 0.085 0.032 0.043 0.031 0.038 0.029 0.007 2 L 0.087 0.088 0.039 0.046 0.236 0.007 0.035 0.132 0.007 0.002 0.014 0.013 0.036 0.039 0.061 0.042 0.039 0.020 0.030 0.021 0.008 3 C 0.075 0.093 0.077 0.091 0.068 0.010 0.041 0.164 0.019 0.003 0.015 0.010 0.036 0.041 0.104 0.023 0.037 0.025 0.035 0.029 0.005 4 E 0.033 0.036 0.026 0.044 0.145 0.011 0.115 0.180 0.014 0.003 0.010 0.010 0.026 0.022 0.050 0.032 0.132 0.039 0.038 0.030 0.003 5 M 0.020 0.028 0.071 0.059 0.040 0.013 0.147 0.198 0.014 0.002 0.007 0.005 0.014 0.018 0.082 0.018 0.083 0.059 0.042 0.078 0.002 6 S 0.014 0.014 0.018 0.025 0.134 0.007 0.065 0.238 0.005 0.001 0.002 0.002 0.004 0.006 0.019 0.050 0.111 0.067 0.088 0.128 0.001 7 L 0.010 0.014 0.033 0.045 0.034 0.004 0.019 0.308 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.041 0.011 0.384 0.018 0.023 0.038 0.001 8 E 0.012 0.011 0.008 0.011 0.026 0.010 0.048 0.733 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.004 0.088 0.008 0.014 0.012 0.001 9 A 0.020 0.013 0.006 0.009 0.011 0.020 0.033 0.808 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.030 0.015 0.013 0.006 0.001 10 W 0.004 0.005 0.004 0.005 0.015 0.019 0.027 0.843 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.047 0.006 0.009 0.004 0.001 11 L 0.004 0.006 0.009 0.013 0.010 0.014 0.096 0.594 0.046 0.022 0.001 0.001 0.003 0.003 0.011 0.002 0.128 0.014 0.018 0.006 0.001 12 A 0.003 0.003 0.027 0.020 0.028 0.022 0.339 0.098 0.163 0.047 0.003 0.001 0.004 0.003 0.010 0.005 0.156 0.010 0.019 0.039 0.001 13 Q 0.001 0.001 0.004 0.008 0.007 0.005 0.548 0.011 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.098 0.084 0.055 0.157 0.001 14 G 0.001 0.001 0.005 0.002 0.024 0.003 0.123 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.150 0.433 0.089 0.138 0.001 15 H 0.001 0.001 0.038 0.015 0.006 0.002 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.012 0.063 0.047 0.265 0.517 0.001 16 P 0.001 0.001 0.009 0.004 0.148 0.002 0.058 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.057 0.169 0.154 0.145 0.229 0.001 17 L 0.001 0.001 0.089 0.047 0.011 0.002 0.019 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.016 0.054 0.023 0.201 0.439 0.001 18 P 0.001 0.001 0.005 0.016 0.043 0.001 0.014 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.062 0.215 0.028 0.172 0.420 0.001 19 K 0.002 0.002 0.031 0.027 0.036 0.012 0.151 0.109 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.076 0.045 0.288 0.071 0.052 0.083 0.001 20 R 0.003 0.004 0.039 0.038 0.048 0.023 0.186 0.241 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.007 0.046 0.035 0.074 0.063 0.094 0.089 0.001 21 V 0.007 0.008 0.042 0.033 0.101 0.009 0.064 0.240 0.004 0.001 0.003 0.002 0.006 0.009 0.043 0.057 0.152 0.063 0.086 0.068 0.001 22 R 0.010 0.010 0.083 0.055 0.051 0.011 0.074 0.287 0.005 0.001 0.003 0.002 0.008 0.007 0.083 0.017 0.169 0.026 0.041 0.055 0.001 23 N 0.014 0.018 0.031 0.039 0.081 0.018 0.116 0.326 0.005 0.002 0.002 0.002 0.005 0.004 0.024 0.017 0.101 0.039 0.065 0.089 0.001 24 A 0.005 0.006 0.019 0.031 0.047 0.009 0.087 0.249 0.005 0.002 0.002 0.001 0.004 0.005 0.030 0.018 0.346 0.040 0.048 0.046 0.001 25 Y 0.005 0.006 0.033 0.025 0.033 0.013 0.187 0.281 0.006 0.003 0.002 0.001 0.003 0.004 0.031 0.013 0.167 0.059 0.058 0.069 0.001 26 D 0.006 0.006 0.031 0.026 0.057 0.014 0.170 0.200 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.019 0.012 0.147 0.084 0.100 0.116 0.001 27 R 0.004 0.005 0.019 0.025 0.053 0.008 0.133 0.180 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.016 0.012 0.325 0.075 0.054 0.078 0.001 28 R 0.005 0.006 0.052 0.036 0.042 0.010 0.163 0.233 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.027 0.011 0.218 0.044 0.055 0.083 0.001 29 T 0.014 0.020 0.043 0.072 0.109 0.007 0.119 0.215 0.005 0.001 0.002 0.002 0.004 0.004 0.019 0.025 0.117 0.050 0.069 0.102 0.001 30 W 0.022 0.028 0.029 0.029 0.101 0.007 0.049 0.404 0.003 0.001 0.003 0.002 0.007 0.006 0.031 0.017 0.150 0.047 0.034 0.030 0.001 31 E 0.025 0.024 0.047 0.052 0.030 0.013 0.045 0.592 0.003 0.002 0.002 0.002 0.006 0.006 0.039 0.006 0.045 0.016 0.022 0.021 0.001 32 L 0.036 0.060 0.024 0.034 0.141 0.015 0.080 0.417 0.009 0.004 0.008 0.004 0.015 0.013 0.018 0.019 0.051 0.019 0.021 0.010 0.002 33 L 0.025 0.033 0.036 0.042 0.041 0.010 0.074 0.528 0.015 0.006 0.003 0.003 0.011 0.009 0.051 0.008 0.051 0.017 0.018 0.015 0.004 34 R 0.015 0.019 0.049 0.084 0.080 0.021 0.093 0.258 0.047 0.012 0.006 0.003 0.011 0.011 0.030 0.018 0.140 0.032 0.031 0.039 0.001 35 L 0.011 0.013 0.019 0.034 0.065 0.010 0.317 0.085 0.015 0.009 0.002 0.002 0.005 0.006 0.024 0.017 0.156 0.065 0.056 0.088 0.001 36 G 0.010 0.010 0.035 0.022 0.069 0.009 0.093 0.064 0.005 0.003 0.002 0.001 0.003 0.003 0.025 0.014 0.100 0.235 0.124 0.174 0.001 37 E 0.002 0.002 0.027 0.031 0.033 0.007 0.048 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.010 0.490 0.053 0.096 0.140 0.001 38 E 0.001 0.002 0.023 0.010 0.055 0.021 0.211 0.051 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.017 0.014 0.409 0.049 0.037 0.086 0.001 39 D 0.001 0.001 0.012 0.020 0.013 0.002 0.032 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 0.038 0.068 0.515 0.267 0.001 40 P 0.001 0.001 0.008 0.006 0.046 0.003 0.017 0.028 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.013 0.546 0.049 0.067 0.203 0.001 41 K 0.001 0.001 0.014 0.011 0.009 0.016 0.617 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.003 0.172 0.027 0.028 0.054 0.001 42 E 0.001 0.001 0.008 0.004 0.029 0.012 0.578 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.009 0.117 0.112 0.051 0.051 0.001 43 L 0.001 0.001 0.086 0.026 0.011 0.002 0.041 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.033 0.061 0.084 0.273 0.354 0.001 44 P 0.001 0.001 0.040 0.007 0.163 0.002 0.029 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.037 0.048 0.163 0.150 0.132 0.219 0.001 45 L 0.001 0.001 0.045 0.032 0.010 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.023 0.057 0.009 0.238 0.541 0.001 46 P 0.001 0.001 0.005 0.017 0.042 0.001 0.024 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.033 0.489 0.022 0.092 0.247 0.001 47 G 0.001 0.001 0.019 0.019 0.023 0.007 0.468 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.032 0.039 0.163 0.072 0.046 0.077 0.001 48 G 0.003 0.003 0.041 0.028 0.063 0.009 0.225 0.042 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.008 0.037 0.076 0.079 0.158 0.104 0.110 0.001 49 L 0.013 0.015 0.097 0.043 0.147 0.005 0.057 0.071 0.002 0.001 0.005 0.005 0.012 0.009 0.063 0.054 0.170 0.043 0.071 0.114 0.003 50 S 0.034 0.036 0.113 0.085 0.108 0.011 0.074 0.132 0.004 0.001 0.007 0.007 0.020 0.014 0.084 0.028 0.062 0.035 0.059 0.083 0.004 51 L 0.038 0.058 0.038 0.064 0.179 0.008 0.064 0.147 0.006 0.001 0.015 0.012 0.036 0.023 0.049 0.043 0.121 0.025 0.041 0.030 0.004 52 L 0.049 0.056 0.096 0.084 0.067 0.010 0.072 0.196 0.007 0.002 0.010 0.009 0.022 0.024 0.112 0.019 0.065 0.024 0.036 0.039 0.004 53 D 0.062 0.055 0.040 0.064 0.145 0.012 0.091 0.173 0.006 0.003 0.007 0.007 0.012 0.021 0.033 0.036 0.088 0.037 0.059 0.049 0.002 54 Y 0.036 0.036 0.042 0.052 0.113 0.017 0.095 0.187 0.006 0.003 0.005 0.006 0.014 0.015 0.062 0.025 0.141 0.043 0.039 0.059 0.003 55 H 0.024 0.035 0.054 0.057 0.079 0.017 0.117 0.197 0.004 0.003 0.004 0.003 0.008 0.006 0.035 0.020 0.127 0.053 0.090 0.065 0.002 56 A 0.021 0.027 0.050 0.058 0.122 0.011 0.096 0.145 0.008 0.004 0.004 0.004 0.009 0.006 0.032 0.024 0.179 0.049 0.070 0.079 0.003 57 S 0.022 0.023 0.072 0.083 0.096 0.009 0.128 0.071 0.014 0.005 0.004 0.003 0.006 0.006 0.034 0.013 0.145 0.041 0.084 0.139 0.001 58 K 0.009 0.010 0.032 0.061 0.083 0.005 0.167 0.042 0.002 0.002 0.001 0.002 0.004 0.003 0.020 0.018 0.268 0.051 0.069 0.148 0.002 59 G 0.024 0.037 0.065 0.045 0.146 0.010 0.229 0.061 0.002 0.001 0.004 0.003 0.008 0.004 0.023 0.019 0.096 0.111 0.046 0.064 0.002 60 R 0.040 0.049 0.139 0.140 0.172 0.005 0.058 0.049 0.002 0.001 0.003 0.003 0.008 0.003 0.030 0.019 0.069 0.048 0.086 0.071 0.005 61 L 0.050 0.050 0.105 0.098 0.363 0.004 0.036 0.027 0.003 0.002 0.004 0.004 0.008 0.005 0.030 0.019 0.046 0.031 0.044 0.068 0.004 62 Q 0.033 0.032 0.146 0.209 0.156 0.005 0.061 0.014 0.001 0.002 0.003 0.004 0.008 0.003 0.050 0.012 0.069 0.028 0.059 0.101 0.004 63 G 0.025 0.040 0.068 0.070 0.309 0.004 0.087 0.017 0.001 0.001 0.004 0.004 0.010 0.002 0.021 0.022 0.081 0.082 0.059 0.091 0.005 64 R 0.030 0.023 0.243 0.148 0.123 0.002 0.040 0.009 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.002 0.044 0.010 0.078 0.059 0.084 0.091 0.002 65 E 0.013 0.013 0.115 0.108 0.238 0.001 0.118 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.023 0.010 0.181 0.017 0.033 0.117 0.001 66 G 0.018 0.023 0.086 0.079 0.089 0.001 0.377 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.022 0.009 0.051 0.106 0.038 0.089 0.002 67 G 0.050 0.056 0.124 0.049 0.351 0.001 0.074 0.002 0.001 0.001 0.004 0.006 0.011 0.002 0.022 0.021 0.051 0.069 0.029 0.073 0.004 68 R 0.076 0.127 0.282 0.103 0.226 0.001 0.016 0.003 0.001 0.001 0.005 0.006 0.013 0.004 0.047 0.013 0.010 0.012 0.017 0.029 0.011 69 V 0.079 0.139 0.035 0.037 0.478 0.001 0.008 0.004 0.001 0.001 0.018 0.023 0.054 0.018 0.040 0.029 0.008 0.003 0.006 0.005 0.014 70 A 0.151 0.173 0.152 0.195 0.052 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.014 0.014 0.050 0.026 0.130 0.007 0.002 0.002 0.003 0.003 0.014 71 W 0.194 0.195 0.019 0.042 0.336 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.022 0.023 0.060 0.027 0.018 0.024 0.003 0.003 0.003 0.002 0.015 72 V 0.149 0.166 0.150 0.178 0.055 0.003 0.012 0.005 0.001 0.001 0.015 0.012 0.036 0.031 0.130 0.015 0.008 0.010 0.010 0.007 0.005 73 A 0.094 0.115 0.040 0.047 0.355 0.001 0.031 0.002 0.002 0.001 0.011 0.015 0.036 0.027 0.042 0.043 0.029 0.043 0.026 0.035 0.004 74 D 0.034 0.015 0.060 0.061 0.061 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.045 0.018 0.023 0.029 0.224 0.416 0.001 75 P 0.001 0.001 0.005 0.016 0.035 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.011 0.675 0.013 0.034 0.185 0.001 76 K 0.001 0.001 0.008 0.004 0.020 0.005 0.645 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.004 0.198 0.058 0.013 0.022 0.001 77 D 0.001 0.001 0.025 0.018 0.011 0.002 0.047 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 0.027 0.032 0.433 0.386 0.001 78 P 0.001 0.001 0.007 0.015 0.056 0.001 0.021 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.016 0.409 0.103 0.084 0.278 0.001 79 R 0.001 0.001 0.030 0.013 0.050 0.013 0.468 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.020 0.013 0.107 0.105 0.065 0.100 0.001 80 K 0.001 0.001 0.023 0.054 0.011 0.002 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.012 0.036 0.041 0.324 0.466 0.001 81 P 0.001 0.002 0.022 0.012 0.238 0.001 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.097 0.083 0.144 0.126 0.230 0.001 82 I 0.001 0.001 0.113 0.058 0.012 0.001 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.024 0.080 0.017 0.176 0.415 0.001 83 P 0.002 0.003 0.017 0.023 0.145 0.004 0.046 0.019 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.022 0.055 0.310 0.030 0.082 0.230 0.001 84 H 0.010 0.011 0.071 0.052 0.045 0.010 0.227 0.052 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.014 0.097 0.029 0.106 0.096 0.093 0.071 0.002 85 L 0.008 0.011 0.070 0.049 0.169 0.006 0.110 0.038 0.003 0.001 0.009 0.007 0.016 0.023 0.071 0.089 0.112 0.037 0.096 0.073 0.002 86 T 0.013 0.020 0.110 0.106 0.076 0.004 0.126 0.022 0.004 0.001 0.006 0.007 0.017 0.019 0.101 0.059 0.154 0.020 0.042 0.086 0.006 87 G 0.051 0.042 0.061 0.046 0.237 0.006 0.178 0.017 0.003 0.001 0.010 0.012 0.025 0.021 0.049 0.054 0.059 0.057 0.026 0.037 0.007 88 L 0.056 0.082 0.127 0.128 0.130 0.006 0.057 0.013 0.001 0.001 0.011 0.008 0.022 0.022 0.092 0.044 0.033 0.046 0.057 0.056 0.008 89 L 0.035 0.050 0.062 0.044 0.260 0.003 0.032 0.007 0.001 0.001 0.012 0.013 0.026 0.024 0.066 0.106 0.041 0.074 0.085 0.050 0.009 90 V 0.037 0.034 0.186 0.105 0.085 0.002 0.012 0.005 0.003 0.001 0.009 0.010 0.022 0.024 0.121 0.043 0.029 0.017 0.077 0.172 0.007 91 P 0.017 0.016 0.024 0.071 0.253 0.002 0.015 0.008 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.006 0.029 0.056 0.124 0.022 0.102 0.239 0.004