# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 I 0.078 0.514 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 0.074 0.035 0.179 2 L 0.060 0.274 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.123 0.209 0.047 0.260 3 C 0.042 0.410 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.123 0.136 0.039 0.234 4 E 0.035 0.500 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.040 0.045 0.274 5 M 0.014 0.611 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.025 0.033 0.204 6 S 0.017 0.879 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.023 0.009 0.039 7 L 0.035 0.899 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.018 0.007 0.031 8 E 0.042 0.859 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.020 0.009 0.042 9 A 0.062 0.504 0.034 0.002 0.004 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.156 0.024 0.134 10 W 0.126 0.135 0.212 0.003 0.016 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.237 0.041 0.150 11 L 0.482 0.024 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.047 0.064 0.316 12 A 0.205 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.033 0.062 0.671 13 Q 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.019 0.105 0.836 14 G 0.031 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.021 0.120 0.796 15 H 0.025 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.031 0.163 0.704 16 P 0.009 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.007 0.133 0.805 17 L 0.218 0.186 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.007 0.009 0.003 0.001 0.040 0.057 0.090 0.378 18 P 0.202 0.304 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.033 0.115 0.070 0.262 19 K 0.047 0.178 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.098 0.174 0.082 0.407 20 R 0.060 0.262 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 0.107 0.088 0.365 21 V 0.159 0.277 0.011 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.067 0.085 0.310 22 R 0.083 0.238 0.016 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.092 0.080 0.427 23 N 0.221 0.299 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.072 0.043 0.318 24 A 0.159 0.200 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.090 0.064 0.448 25 Y 0.076 0.060 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.293 0.058 0.450 26 D 0.053 0.194 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.218 0.062 0.425 27 R 0.081 0.176 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.050 0.093 0.541 28 R 0.031 0.440 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.044 0.048 0.375 29 T 0.054 0.694 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.034 0.031 0.134 30 W 0.067 0.516 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.079 0.072 0.041 0.204 31 E 0.092 0.369 0.010 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.240 0.100 0.027 0.143 32 L 0.047 0.149 0.037 0.002 0.003 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.190 0.142 0.068 0.344 33 L 0.127 0.050 0.017 0.001 0.004 0.005 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.290 0.056 0.080 0.356 34 R 0.077 0.044 0.015 0.001 0.008 0.006 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.137 0.058 0.084 0.563 35 L 0.048 0.027 0.015 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.076 0.091 0.649 36 G 0.252 0.017 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.047 0.087 0.540 37 E 0.032 0.011 0.005 0.001 0.009 0.006 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.031 0.085 0.766 38 E 0.015 0.006 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.012 0.110 0.812 39 D 0.543 0.016 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.057 0.049 0.289 40 P 0.264 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.041 0.068 0.604 41 K 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.069 0.029 0.074 0.795 42 E 0.024 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.040 0.026 0.113 0.769 43 L 0.026 0.007 0.004 0.001 0.010 0.009 0.005 0.003 0.003 0.006 0.004 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.083 0.050 0.196 0.585 44 P 0.023 0.012 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.036 0.027 0.146 0.743 45 L 0.335 0.029 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.035 0.056 0.081 0.449 46 P 0.187 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.089 0.100 0.555 47 G 0.031 0.060 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.119 0.052 0.093 0.639 48 G 0.034 0.110 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.196 0.052 0.099 0.474 49 L 0.035 0.095 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.243 0.080 0.079 0.431 50 S 0.086 0.176 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.002 0.012 0.007 0.003 0.002 0.298 0.088 0.070 0.235 51 L 0.075 0.157 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.006 0.003 0.167 0.120 0.080 0.365 52 L 0.054 0.129 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.246 0.059 0.097 0.391 53 D 0.075 0.094 0.010 0.002 0.004 0.010 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.235 0.128 0.071 0.348 54 Y 0.046 0.064 0.017 0.001 0.008 0.006 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.142 0.128 0.119 0.460 55 H 0.118 0.067 0.025 0.001 0.016 0.004 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.168 0.123 0.088 0.381 56 A 0.150 0.024 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.041 0.081 0.637 57 S 0.207 0.051 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.045 0.076 0.531 58 K 0.043 0.026 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.050 0.116 0.687 59 G 0.034 0.023 0.007 0.001 0.009 0.004 0.003 0.004 0.011 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.117 0.078 0.099 0.589 60 R 0.084 0.016 0.007 0.002 0.008 0.006 0.009 0.006 0.016 0.015 0.011 0.002 0.005 0.002 0.002 0.003 0.137 0.055 0.092 0.523 61 L 0.182 0.017 0.005 0.002 0.020 0.061 0.028 0.011 0.002 0.003 0.004 0.002 0.009 0.005 0.003 0.003 0.062 0.051 0.082 0.449 62 Q 0.038 0.015 0.011 0.003 0.065 0.034 0.013 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.004 0.003 0.057 0.077 0.094 0.561 63 G 0.076 0.007 0.012 0.001 0.037 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.051 0.056 0.084 0.659 64 R 0.469 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.049 0.044 0.392 65 E 0.098 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.036 0.083 0.741 66 G 0.011 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.086 0.029 0.112 0.736 67 G 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.048 0.021 0.006 0.005 0.003 0.003 0.003 0.215 0.037 0.088 0.501 68 R 0.009 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.046 0.089 0.098 0.009 0.018 0.012 0.010 0.010 0.330 0.098 0.055 0.191 69 V 0.011 0.026 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.005 0.015 0.004 0.083 0.049 0.027 0.012 0.321 0.098 0.058 0.279 70 A 0.007 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.068 0.058 0.009 0.584 0.057 0.024 0.145 71 W 0.031 0.006 0.001 0.001 0.002 0.010 0.021 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.031 0.010 0.459 0.083 0.049 0.270 72 V 0.006 0.004 0.007 0.001 0.024 0.025 0.016 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.451 0.064 0.062 0.326 73 A 0.008 0.006 0.004 0.001 0.006 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.418 0.040 0.090 0.421 74 D 0.427 0.007 0.002 0.001 0.004 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.110 0.060 0.332 75 P 0.026 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.036 0.145 0.747 76 K 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.014 0.098 0.827 77 D 0.266 0.008 0.002 0.001 0.004 0.003 0.001 0.002 0.011 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.100 0.080 0.482 78 P 0.040 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.037 0.141 0.746 79 R 0.069 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.021 0.024 0.082 0.784 80 K 0.016 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.003 0.004 0.003 0.001 0.043 0.045 0.169 0.695 81 P 0.027 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.038 0.026 0.151 0.724 82 I 0.184 0.023 0.003 0.001 0.005 0.006 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.004 0.004 0.003 0.002 0.063 0.185 0.099 0.407 83 P 0.039 0.031 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.171 0.112 0.569 84 H 0.104 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.144 0.042 0.100 0.573 85 L 0.120 0.026 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.104 0.075 0.083 0.576 86 T 0.049 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.240 0.046 0.089 0.552 87 G 0.036 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.202 0.051 0.068 0.620 88 L 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.394 0.045 0.075 0.457 89 L 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.261 0.023 0.092 0.603 90 V 0.028 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.173 0.030 0.113 0.639 91 P 0.043 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.101 0.031 0.144 0.668