# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 I 0.089 0.056 0.051 0.094 0.102 0.118 0.181 0.126 0.093 0.057 0.034 2 L 0.035 0.046 0.050 0.100 0.106 0.098 0.149 0.122 0.128 0.095 0.070 3 C 0.012 0.014 0.019 0.033 0.051 0.075 0.155 0.150 0.200 0.169 0.121 4 E 0.078 0.098 0.125 0.228 0.176 0.097 0.086 0.049 0.033 0.019 0.010 5 M 0.033 0.023 0.039 0.068 0.091 0.116 0.205 0.168 0.123 0.086 0.049 6 S 0.042 0.115 0.081 0.179 0.140 0.103 0.117 0.082 0.068 0.047 0.024 7 L 0.012 0.012 0.015 0.034 0.052 0.078 0.172 0.166 0.195 0.158 0.105 8 E 0.143 0.133 0.182 0.231 0.130 0.071 0.054 0.027 0.016 0.009 0.004 9 A 0.039 0.038 0.082 0.124 0.120 0.130 0.188 0.115 0.081 0.053 0.028 10 W 0.013 0.018 0.026 0.045 0.060 0.102 0.154 0.135 0.180 0.155 0.113 11 L 0.019 0.020 0.033 0.064 0.086 0.095 0.187 0.152 0.155 0.116 0.074 12 A 0.031 0.062 0.137 0.136 0.117 0.131 0.135 0.084 0.075 0.061 0.031 13 Q 0.077 0.129 0.103 0.204 0.155 0.103 0.105 0.060 0.035 0.018 0.010 14 G 0.329 0.146 0.043 0.093 0.068 0.067 0.096 0.067 0.044 0.031 0.016 15 H 0.197 0.100 0.049 0.126 0.112 0.107 0.120 0.076 0.057 0.033 0.022 16 P 0.358 0.240 0.069 0.127 0.075 0.044 0.039 0.022 0.012 0.008 0.004 17 L 0.027 0.049 0.022 0.053 0.067 0.105 0.165 0.130 0.161 0.128 0.093 18 P 0.253 0.172 0.057 0.137 0.115 0.081 0.087 0.047 0.027 0.016 0.007 19 K 0.371 0.147 0.123 0.183 0.079 0.040 0.029 0.015 0.008 0.004 0.002 20 R 0.090 0.095 0.064 0.172 0.151 0.132 0.139 0.078 0.043 0.024 0.012 21 V 0.010 0.016 0.013 0.031 0.043 0.064 0.143 0.163 0.204 0.190 0.123 22 R 0.051 0.085 0.158 0.220 0.182 0.122 0.094 0.048 0.023 0.013 0.005 23 N 0.110 0.109 0.314 0.213 0.107 0.062 0.046 0.021 0.010 0.005 0.002 24 A 0.059 0.055 0.068 0.117 0.114 0.120 0.176 0.121 0.085 0.056 0.030 25 Y 0.046 0.041 0.031 0.063 0.079 0.108 0.206 0.158 0.131 0.095 0.042 26 D 0.096 0.166 0.240 0.225 0.119 0.060 0.047 0.024 0.012 0.007 0.003 27 R 0.110 0.092 0.180 0.179 0.141 0.102 0.097 0.052 0.024 0.016 0.007 28 R 0.129 0.111 0.079 0.129 0.112 0.122 0.148 0.087 0.047 0.027 0.010 29 T 0.067 0.145 0.088 0.162 0.124 0.111 0.132 0.081 0.049 0.028 0.012 30 W 0.038 0.021 0.040 0.064 0.089 0.135 0.195 0.144 0.126 0.094 0.055 31 E 0.176 0.188 0.203 0.226 0.100 0.044 0.037 0.015 0.007 0.003 0.001 32 L 0.006 0.009 0.023 0.041 0.058 0.094 0.176 0.159 0.188 0.152 0.094 33 L 0.009 0.010 0.018 0.032 0.054 0.102 0.172 0.146 0.184 0.164 0.108 34 R 0.037 0.094 0.235 0.254 0.163 0.086 0.068 0.033 0.017 0.009 0.004 35 L 0.016 0.019 0.039 0.048 0.070 0.138 0.215 0.160 0.134 0.107 0.054 36 G 0.129 0.179 0.061 0.141 0.099 0.085 0.131 0.074 0.054 0.033 0.014 37 E 0.412 0.159 0.086 0.139 0.076 0.042 0.043 0.023 0.011 0.006 0.003 38 E 0.475 0.181 0.086 0.109 0.060 0.034 0.027 0.014 0.007 0.004 0.002 39 D 0.104 0.224 0.053 0.141 0.104 0.098 0.117 0.073 0.045 0.029 0.012 40 P 0.166 0.136 0.038 0.104 0.111 0.118 0.122 0.088 0.056 0.041 0.020 41 K 0.395 0.198 0.124 0.154 0.061 0.028 0.020 0.012 0.005 0.003 0.001 42 E 0.136 0.164 0.094 0.227 0.128 0.097 0.079 0.039 0.020 0.012 0.005 43 L 0.013 0.010 0.006 0.017 0.026 0.059 0.109 0.129 0.226 0.217 0.186 44 P 0.161 0.266 0.095 0.213 0.129 0.055 0.037 0.023 0.011 0.006 0.003 45 L 0.027 0.024 0.031 0.057 0.073 0.109 0.173 0.149 0.148 0.122 0.087 46 P 0.361 0.239 0.056 0.141 0.083 0.041 0.035 0.020 0.011 0.007 0.004 47 G 0.233 0.113 0.031 0.125 0.101 0.092 0.115 0.084 0.057 0.032 0.017 48 G 0.239 0.149 0.044 0.144 0.106 0.077 0.084 0.062 0.044 0.031 0.019 49 L 0.020 0.018 0.013 0.047 0.063 0.103 0.161 0.149 0.179 0.146 0.102 50 S 0.083 0.133 0.089 0.207 0.163 0.114 0.094 0.056 0.033 0.019 0.010 51 L 0.009 0.013 0.017 0.040 0.057 0.079 0.133 0.144 0.195 0.178 0.134 52 L 0.014 0.014 0.014 0.043 0.065 0.097 0.173 0.155 0.179 0.150 0.096 53 D 0.085 0.122 0.122 0.237 0.150 0.091 0.087 0.046 0.032 0.020 0.009 54 Y 0.027 0.019 0.028 0.058 0.077 0.137 0.196 0.142 0.142 0.111 0.063 55 H 0.086 0.113 0.061 0.147 0.116 0.106 0.141 0.088 0.071 0.047 0.023 56 A 0.063 0.053 0.046 0.101 0.106 0.111 0.161 0.125 0.105 0.078 0.050 57 S 0.126 0.202 0.111 0.161 0.112 0.089 0.086 0.049 0.031 0.022 0.011 58 K 0.147 0.133 0.066 0.196 0.148 0.103 0.091 0.056 0.032 0.018 0.009 59 G 0.379 0.106 0.051 0.088 0.071 0.066 0.088 0.066 0.041 0.028 0.015 60 R 0.070 0.100 0.077 0.237 0.168 0.123 0.109 0.056 0.034 0.018 0.009 61 L 0.011 0.012 0.013 0.017 0.025 0.057 0.108 0.110 0.202 0.244 0.200 62 Q 0.067 0.168 0.107 0.260 0.192 0.084 0.058 0.032 0.018 0.009 0.005 63 G 0.282 0.117 0.075 0.118 0.087 0.067 0.094 0.067 0.044 0.031 0.017 64 R 0.146 0.122 0.056 0.157 0.125 0.109 0.109 0.069 0.050 0.036 0.021 65 E 0.199 0.238 0.059 0.154 0.102 0.080 0.076 0.046 0.025 0.015 0.007 66 G 0.270 0.128 0.043 0.132 0.108 0.083 0.085 0.064 0.040 0.028 0.018 67 G 0.166 0.097 0.040 0.097 0.091 0.095 0.136 0.101 0.084 0.060 0.032 68 R 0.068 0.105 0.056 0.207 0.161 0.124 0.113 0.073 0.049 0.030 0.014 69 V 0.012 0.014 0.016 0.041 0.058 0.102 0.154 0.152 0.183 0.153 0.115 70 A 0.032 0.044 0.046 0.125 0.141 0.133 0.160 0.120 0.095 0.064 0.041 71 W 0.013 0.017 0.025 0.054 0.069 0.098 0.154 0.138 0.175 0.150 0.107 72 V 0.020 0.019 0.023 0.065 0.092 0.104 0.159 0.133 0.158 0.129 0.097 73 A 0.058 0.051 0.040 0.091 0.099 0.108 0.175 0.123 0.119 0.087 0.048 74 D 0.079 0.203 0.088 0.202 0.135 0.094 0.084 0.048 0.033 0.021 0.012 75 P 0.250 0.129 0.041 0.109 0.096 0.085 0.116 0.073 0.050 0.031 0.019 76 K 0.601 0.198 0.035 0.078 0.034 0.019 0.016 0.009 0.005 0.003 0.002 77 D 0.200 0.220 0.052 0.146 0.102 0.087 0.075 0.047 0.034 0.023 0.013 78 P 0.271 0.154 0.037 0.115 0.095 0.074 0.089 0.069 0.046 0.032 0.017 79 R 0.162 0.150 0.062 0.137 0.101 0.120 0.114 0.063 0.045 0.031 0.013 80 K 0.132 0.204 0.136 0.227 0.131 0.072 0.044 0.028 0.014 0.008 0.004 81 P 0.211 0.135 0.045 0.133 0.101 0.094 0.111 0.078 0.047 0.030 0.014 82 I 0.033 0.028 0.015 0.046 0.057 0.092 0.154 0.143 0.176 0.152 0.103 83 P 0.221 0.207 0.122 0.202 0.115 0.052 0.037 0.023 0.012 0.007 0.003 84 H 0.126 0.083 0.069 0.172 0.138 0.123 0.122 0.074 0.049 0.029 0.016 85 L 0.028 0.030 0.018 0.041 0.048 0.065 0.134 0.149 0.178 0.163 0.146 86 T 0.117 0.144 0.064 0.202 0.158 0.093 0.091 0.062 0.037 0.020 0.011 87 G 0.294 0.124 0.081 0.151 0.100 0.069 0.069 0.048 0.031 0.020 0.012 88 L 0.089 0.049 0.032 0.088 0.093 0.101 0.155 0.132 0.119 0.085 0.058 89 L 0.074 0.095 0.037 0.101 0.100 0.101 0.150 0.121 0.106 0.072 0.044 90 V 0.099 0.105 0.059 0.125 0.125 0.102 0.128 0.097 0.078 0.049 0.034 91 P 0.474 0.170 0.060 0.108 0.066 0.035 0.038 0.022 0.014 0.008 0.004