# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 I 0.066 0.087 0.084 0.066 0.099 0.110 0.008 0.481 2 L 0.040 0.137 0.134 0.105 0.193 0.050 0.006 0.336 3 C 0.027 0.135 0.149 0.141 0.206 0.057 0.007 0.278 4 E 0.033 0.147 0.097 0.068 0.131 0.072 0.011 0.441 5 M 0.063 0.170 0.107 0.060 0.113 0.104 0.015 0.370 6 S 0.054 0.221 0.049 0.034 0.072 0.137 0.017 0.416 7 L 0.050 0.237 0.087 0.030 0.103 0.073 0.012 0.408 8 E 0.021 0.262 0.022 0.019 0.038 0.196 0.007 0.435 9 A 0.065 0.391 0.010 0.015 0.026 0.210 0.012 0.271 10 W 0.049 0.821 0.005 0.007 0.013 0.020 0.004 0.082 11 L 0.046 0.856 0.009 0.009 0.018 0.010 0.004 0.047 12 A 0.057 0.794 0.011 0.016 0.020 0.010 0.017 0.076 13 Q 0.196 0.522 0.016 0.020 0.029 0.013 0.076 0.128 14 G 0.314 0.215 0.029 0.020 0.021 0.028 0.112 0.261 15 H 0.156 0.047 0.157 0.042 0.024 0.117 0.021 0.437 16 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 17 L 0.032 0.003 0.048 0.048 0.114 0.247 0.004 0.504 18 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 19 K 0.016 0.006 0.026 0.021 0.048 0.141 0.002 0.741 20 R 0.168 0.025 0.026 0.014 0.020 0.117 0.006 0.623 21 V 0.140 0.189 0.059 0.040 0.087 0.071 0.006 0.407 22 R 0.048 0.271 0.066 0.063 0.116 0.086 0.007 0.344 23 N 0.075 0.299 0.024 0.030 0.048 0.104 0.020 0.400 24 A 0.214 0.289 0.044 0.033 0.069 0.059 0.032 0.260 25 Y 0.109 0.242 0.039 0.036 0.039 0.204 0.029 0.302 26 D 0.098 0.135 0.038 0.033 0.036 0.187 0.030 0.444 27 R 0.077 0.208 0.040 0.018 0.052 0.066 0.016 0.524 28 R 0.069 0.110 0.029 0.023 0.029 0.389 0.024 0.325 29 T 0.194 0.087 0.040 0.028 0.043 0.214 0.045 0.349 30 W 0.063 0.342 0.053 0.058 0.103 0.056 0.010 0.315 31 E 0.031 0.210 0.046 0.102 0.125 0.187 0.008 0.292 32 L 0.043 0.326 0.045 0.073 0.132 0.083 0.012 0.286 33 L 0.059 0.383 0.051 0.138 0.237 0.016 0.010 0.105 34 R 0.071 0.364 0.043 0.105 0.161 0.026 0.022 0.209 35 L 0.105 0.245 0.089 0.101 0.144 0.038 0.043 0.235 36 G 0.146 0.126 0.044 0.084 0.105 0.076 0.050 0.369 37 E 0.109 0.041 0.039 0.056 0.068 0.070 0.023 0.593 38 E 0.048 0.022 0.029 0.019 0.027 0.192 0.015 0.650 39 D 0.174 0.022 0.031 0.031 0.053 0.204 0.013 0.473 40 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 41 K 0.014 0.007 0.010 0.013 0.025 0.378 0.006 0.549 42 E 0.607 0.008 0.008 0.006 0.007 0.034 0.032 0.298 43 L 0.454 0.063 0.039 0.048 0.058 0.074 0.009 0.255 44 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.992 45 L 0.033 0.005 0.040 0.053 0.150 0.110 0.005 0.603 46 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 47 G 0.022 0.004 0.022 0.018 0.038 0.108 0.005 0.783 48 G 0.413 0.006 0.054 0.016 0.025 0.070 0.014 0.403 49 L 0.168 0.029 0.076 0.067 0.073 0.096 0.007 0.483 50 S 0.037 0.023 0.058 0.103 0.129 0.185 0.005 0.460 51 L 0.075 0.048 0.064 0.063 0.165 0.087 0.007 0.492 52 L 0.060 0.078 0.080 0.128 0.218 0.156 0.010 0.269 53 D 0.099 0.092 0.032 0.074 0.104 0.135 0.022 0.443 54 Y 0.096 0.178 0.042 0.056 0.100 0.066 0.014 0.448 55 H 0.071 0.163 0.035 0.067 0.116 0.173 0.016 0.358 56 A 0.094 0.120 0.041 0.054 0.084 0.141 0.020 0.445 57 S 0.069 0.180 0.030 0.057 0.097 0.163 0.019 0.386 58 K 0.143 0.144 0.029 0.033 0.077 0.065 0.027 0.483 59 G 0.130 0.106 0.040 0.041 0.060 0.155 0.035 0.433 60 R 0.177 0.039 0.066 0.081 0.073 0.140 0.037 0.388 61 L 0.068 0.070 0.059 0.140 0.167 0.069 0.012 0.415 62 Q 0.034 0.051 0.049 0.132 0.203 0.082 0.009 0.441 63 G 0.051 0.029 0.051 0.093 0.144 0.072 0.014 0.546 64 R 0.063 0.032 0.059 0.148 0.147 0.096 0.013 0.443 65 E 0.022 0.011 0.017 0.043 0.047 0.063 0.009 0.788 66 G 0.077 0.013 0.038 0.038 0.081 0.150 0.023 0.579 67 G 0.225 0.008 0.096 0.090 0.117 0.078 0.027 0.357 68 R 0.048 0.004 0.091 0.130 0.135 0.142 0.007 0.443 69 V 0.006 0.001 0.089 0.186 0.298 0.041 0.002 0.378 70 A 0.003 0.001 0.088 0.351 0.456 0.019 0.001 0.082 71 W 0.012 0.006 0.091 0.174 0.228 0.062 0.003 0.423 72 V 0.013 0.005 0.157 0.205 0.484 0.017 0.003 0.117 73 A 0.021 0.011 0.087 0.205 0.305 0.056 0.009 0.305 74 D 0.042 0.010 0.036 0.161 0.206 0.115 0.007 0.423 75 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.001 0.989 76 K 0.013 0.003 0.005 0.009 0.024 0.542 0.011 0.393 77 D 0.822 0.002 0.004 0.005 0.006 0.051 0.017 0.092 78 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 79 R 0.021 0.005 0.006 0.010 0.023 0.402 0.007 0.526 80 K 0.815 0.002 0.007 0.008 0.009 0.034 0.010 0.115 81 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 82 I 0.045 0.003 0.037 0.076 0.184 0.174 0.002 0.479 83 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 84 H 0.026 0.003 0.038 0.050 0.106 0.109 0.003 0.664 85 L 0.282 0.012 0.079 0.045 0.080 0.052 0.007 0.442 86 T 0.105 0.038 0.083 0.081 0.106 0.083 0.009 0.496 87 G 0.088 0.021 0.078 0.071 0.114 0.076 0.012 0.540 88 L 0.160 0.022 0.145 0.135 0.141 0.086 0.011 0.300 89 L 0.047 0.022 0.098 0.112 0.188 0.062 0.011 0.460 90 V 0.038 0.013 0.116 0.182 0.296 0.064 0.004 0.286 91 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998