# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 I 0.101 0.597 0.178 0.021 0.048 0.036 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 2 L 0.154 0.444 0.262 0.029 0.033 0.061 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 3 C 0.260 0.365 0.147 0.046 0.100 0.032 0.009 0.001 0.037 0.002 0.001 4 E 0.383 0.193 0.208 0.072 0.057 0.045 0.021 0.001 0.018 0.001 0.001 5 M 0.369 0.278 0.143 0.096 0.050 0.026 0.012 0.002 0.022 0.001 0.001 6 S 0.352 0.172 0.260 0.055 0.051 0.060 0.012 0.001 0.034 0.002 0.001 7 L 0.813 0.050 0.077 0.032 0.009 0.011 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 8 E 0.906 0.027 0.026 0.024 0.007 0.005 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 9 A 0.864 0.044 0.023 0.039 0.017 0.004 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 10 W 0.848 0.054 0.033 0.037 0.013 0.006 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 11 L 0.831 0.071 0.044 0.036 0.007 0.005 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 12 A 0.811 0.047 0.031 0.061 0.019 0.007 0.006 0.001 0.017 0.001 0.001 13 Q 0.215 0.024 0.098 0.586 0.007 0.007 0.054 0.001 0.006 0.001 0.001 14 G 0.017 0.004 0.021 0.029 0.012 0.005 0.178 0.655 0.001 0.077 0.001 15 H 0.026 0.227 0.631 0.012 0.023 0.015 0.006 0.001 0.056 0.003 0.001 16 P 0.155 0.009 0.720 0.025 0.002 0.043 0.002 0.001 0.002 0.002 0.040 17 L 0.050 0.206 0.521 0.014 0.030 0.030 0.004 0.001 0.143 0.002 0.001 18 P 0.437 0.003 0.478 0.013 0.003 0.017 0.001 0.001 0.003 0.001 0.043 19 K 0.755 0.052 0.092 0.068 0.014 0.008 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 20 R 0.578 0.116 0.130 0.088 0.041 0.023 0.006 0.001 0.014 0.001 0.001 21 V 0.551 0.141 0.136 0.104 0.020 0.023 0.005 0.001 0.019 0.001 0.001 22 R 0.581 0.130 0.122 0.100 0.027 0.014 0.009 0.001 0.016 0.001 0.001 23 N 0.359 0.088 0.172 0.164 0.069 0.049 0.048 0.011 0.025 0.013 0.001 24 A 0.585 0.069 0.129 0.148 0.021 0.017 0.016 0.003 0.010 0.002 0.001 25 Y 0.467 0.102 0.126 0.216 0.023 0.026 0.019 0.003 0.014 0.003 0.001 26 D 0.356 0.079 0.182 0.181 0.034 0.064 0.069 0.005 0.025 0.005 0.001 27 R 0.612 0.085 0.127 0.105 0.018 0.019 0.016 0.003 0.011 0.002 0.001 28 R 0.594 0.081 0.126 0.117 0.022 0.028 0.019 0.003 0.009 0.002 0.001 29 T 0.544 0.147 0.098 0.142 0.020 0.022 0.008 0.001 0.016 0.001 0.001 30 W 0.665 0.126 0.111 0.036 0.032 0.010 0.007 0.001 0.010 0.001 0.001 31 E 0.687 0.156 0.062 0.040 0.025 0.015 0.006 0.001 0.008 0.001 0.001 32 L 0.607 0.158 0.116 0.061 0.017 0.023 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 33 L 0.482 0.290 0.104 0.065 0.022 0.012 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 34 R 0.244 0.267 0.208 0.060 0.077 0.048 0.023 0.001 0.070 0.002 0.001 35 L 0.210 0.179 0.355 0.168 0.026 0.015 0.021 0.001 0.019 0.002 0.003 36 G 0.038 0.016 0.071 0.029 0.080 0.013 0.056 0.391 0.006 0.300 0.001 37 E 0.251 0.129 0.412 0.103 0.046 0.032 0.008 0.001 0.012 0.003 0.003 38 E 0.204 0.199 0.331 0.151 0.027 0.051 0.012 0.004 0.013 0.006 0.002 39 D 0.030 0.151 0.505 0.014 0.035 0.051 0.016 0.001 0.186 0.009 0.002 40 P 0.737 0.003 0.181 0.024 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.044 41 K 0.622 0.034 0.090 0.196 0.016 0.018 0.012 0.004 0.005 0.001 0.001 42 E 0.208 0.108 0.216 0.371 0.016 0.036 0.020 0.004 0.016 0.001 0.003 43 L 0.034 0.271 0.519 0.010 0.012 0.012 0.007 0.001 0.133 0.001 0.001 44 P 0.131 0.008 0.694 0.023 0.003 0.043 0.001 0.001 0.003 0.002 0.093 45 L 0.044 0.246 0.430 0.015 0.024 0.020 0.004 0.001 0.212 0.004 0.001 46 P 0.204 0.006 0.678 0.030 0.003 0.011 0.002 0.001 0.003 0.002 0.062 47 G 0.052 0.014 0.087 0.058 0.050 0.009 0.081 0.540 0.003 0.105 0.001 48 G 0.083 0.042 0.177 0.064 0.121 0.030 0.043 0.284 0.006 0.149 0.001 49 L 0.197 0.281 0.395 0.059 0.035 0.014 0.004 0.001 0.011 0.002 0.001 50 S 0.282 0.250 0.220 0.072 0.078 0.056 0.013 0.002 0.022 0.005 0.001 51 L 0.313 0.267 0.193 0.091 0.064 0.042 0.006 0.001 0.021 0.001 0.002 52 L 0.381 0.329 0.142 0.075 0.030 0.017 0.005 0.001 0.020 0.001 0.001 53 D 0.288 0.146 0.250 0.090 0.072 0.073 0.039 0.003 0.036 0.003 0.001 54 Y 0.440 0.210 0.113 0.144 0.039 0.018 0.011 0.002 0.021 0.002 0.001 55 H 0.365 0.183 0.163 0.134 0.054 0.036 0.022 0.003 0.036 0.005 0.001 56 A 0.573 0.088 0.160 0.089 0.035 0.018 0.013 0.003 0.014 0.006 0.001 57 S 0.545 0.090 0.125 0.144 0.023 0.026 0.019 0.002 0.021 0.004 0.001 58 K 0.263 0.049 0.192 0.354 0.022 0.014 0.082 0.006 0.011 0.005 0.001 59 G 0.057 0.013 0.042 0.029 0.040 0.006 0.123 0.528 0.004 0.158 0.001 60 R 0.211 0.223 0.382 0.077 0.050 0.024 0.010 0.002 0.018 0.004 0.001 61 L 0.189 0.248 0.369 0.076 0.028 0.047 0.008 0.001 0.029 0.002 0.003 62 Q 0.180 0.271 0.264 0.162 0.049 0.020 0.024 0.002 0.024 0.003 0.002 63 G 0.065 0.038 0.115 0.049 0.201 0.026 0.080 0.148 0.017 0.259 0.001 64 R 0.259 0.227 0.304 0.108 0.041 0.020 0.006 0.002 0.026 0.005 0.003 65 E 0.175 0.137 0.376 0.177 0.031 0.027 0.039 0.003 0.026 0.007 0.002 66 G 0.023 0.014 0.056 0.036 0.056 0.006 0.104 0.465 0.003 0.237 0.001 67 G 0.055 0.065 0.186 0.043 0.207 0.016 0.057 0.202 0.008 0.160 0.001 68 R 0.098 0.318 0.412 0.061 0.056 0.031 0.006 0.001 0.014 0.002 0.001 69 V 0.093 0.579 0.207 0.026 0.052 0.021 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 70 A 0.082 0.561 0.158 0.021 0.135 0.020 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 71 W 0.062 0.521 0.264 0.027 0.051 0.051 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 72 V 0.087 0.584 0.172 0.043 0.050 0.031 0.004 0.001 0.028 0.001 0.001 73 A 0.085 0.422 0.213 0.077 0.108 0.040 0.013 0.003 0.031 0.004 0.002 74 D 0.012 0.176 0.434 0.010 0.038 0.056 0.019 0.001 0.249 0.005 0.001 75 P 0.586 0.004 0.286 0.029 0.004 0.012 0.001 0.001 0.003 0.002 0.073 76 K 0.390 0.060 0.108 0.372 0.015 0.028 0.009 0.009 0.005 0.002 0.001 77 D 0.034 0.139 0.435 0.038 0.028 0.037 0.026 0.001 0.253 0.008 0.001 78 P 0.703 0.002 0.199 0.023 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 79 R 0.330 0.050 0.118 0.424 0.009 0.040 0.012 0.008 0.006 0.001 0.002 80 K 0.040 0.193 0.541 0.016 0.016 0.016 0.008 0.001 0.165 0.002 0.002 81 P 0.190 0.005 0.688 0.024 0.002 0.023 0.001 0.001 0.002 0.001 0.065 82 I 0.037 0.233 0.428 0.012 0.024 0.021 0.005 0.001 0.237 0.002 0.001 83 P 0.225 0.004 0.637 0.018 0.002 0.019 0.001 0.001 0.002 0.001 0.091 84 H 0.219 0.249 0.221 0.138 0.077 0.034 0.012 0.018 0.029 0.003 0.001 85 L 0.215 0.271 0.335 0.072 0.041 0.035 0.005 0.001 0.019 0.002 0.004 86 T 0.181 0.149 0.273 0.232 0.053 0.021 0.064 0.004 0.017 0.004 0.002 87 G 0.030 0.035 0.058 0.030 0.133 0.009 0.065 0.473 0.004 0.163 0.001 88 L 0.073 0.388 0.390 0.061 0.045 0.023 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 89 L 0.054 0.354 0.448 0.039 0.018 0.063 0.007 0.001 0.012 0.001 0.004 90 V 0.010 0.506 0.294 0.002 0.031 0.009 0.002 0.001 0.144 0.001 0.001 91 P 0.052 0.006 0.840 0.006 0.004 0.031 0.001 0.001 0.004 0.001 0.054